那么，方腊起义军的上述情况，到底是一般的鬼神迷信活动，还是用当时流行的摩尼教在组织起义呢？《宋会要辑稿·禁约》载，宣和年间，江浙一带诸州村民多学妖法，自称明教，又号吃菜事魔，各村建有斋堂或道场，其经文与道、佛诸教不同，人们夜聚晓散，时而结集社会，习以成风。这就是摩尼教，其敬摩尼为光明之神，或尊张角为教祖，提倡素食、戒酒、禁欲、裸葬等教规。如起义与此教有关，方腊就应该是摩尼教的首领。然而此点，宋代史籍记载相当含混，致使近代学者的看法也完全不同。
不少史学著作认为，方腊起义时盛传的“妖术”、“左道”应与当时的摩尼教有关。首先，起义队伍中不少将领都是摩尼教徒或首领，如教徒兰溪朱言、剡县仇道人裘日新、仙居吕师囊，还有郑魔王、方七佛、八大王、俞道安等人。其次，史籍中关于摩尼教的“妖法”记载，常与方腊起义有关。《建炎以来系年要录》载绍兴四年五月，起居舍人王居正说：“伏见两浙州县有吃菜事魔之俗。方腊以前，法禁尚宽，而事魔之俗犹未至于甚炽。方腊之后，法禁愈严，而事魔之俗愈不可胜禁。”陆游在《条对状》中这样说：“淮南谓之二桧之，两浙谓之牟尼教，江东谓之四果，江西谓之金刚禅，福建谓之明教、揭谛斋之类，名号不一，明教尤甚……汉之张角、晋之孙恩、近岁之方腊，皆是类也。”《容斋逸史》说得最清楚：“睦州方腊之乱，其徒处处相煸而起。闻其法断荤酒，不事神佛、祖先，不会宾客，死则袒葬。”庄绰《鸡肋篇》中也有完全相同的记载。当时，睦州一带确是吃菜事魔教秘密活动的重要地区，信教的人很多，所以方腊以宗教为掩护，组织起义队伍，是完全可能的。因此有人认为方腊是青溪摩尼教首领，或称其为睦州一带的魔头，或称其是食菜事魔教的首领。
宋史专家朱瑞熙《论方腊起义与摩尼教的关系》一文提出异议，认为方腊不可能是摩尼教的首领，甚至不可能是教徒。首先，许多史籍只是含糊其辞地说方腊“托左道以惑众”，李焘的《续资治通鉴长编》素以治学严谨出名，也只说方腊“善妖术”。如果方腊果真是摩尼教首领，史籍不载简直是不可思议的。其次，方腊的身份职业也不允许他当摩尼教首领。按照教义，摩尼教徒不能积聚财产，且禁止结婚。如方腊为中产之家的漆园主，就不能为摩尼教首领。如方腊为一贫如洗的佣工，为了维持生活，须终岁勤劳，他也不可能有什么闲暇时间去进行传教活动。方腊有妻室、儿子，起义失败时一同为宋军俘获。再次，摩尼教主张断荤戒酒，而方腊起义伊始，就召集百余名骨干“椎牛酾酒”、“饮酒数行”，以发表著名的誓师演说，这些做法显然与摩尼教教规格格不入。由此，方腊起义所采用的“妖术”、“左道”之类，应是当时农村中流行的一些“星云神怪”、“役使鬼神”、“指挥阴兵”等迷信活动，或也利用了有关道教、佛教的一些活动。
当然如吕师囊、裘日新、郑魔王、俞道安等人，根据史料分析应是摩尼教的僧侣或首领，他们率领部分摩尼教徒参加了方腊起义，接受方腊的领导，作为起义军的几个方面军与官军进行着殊死的战斗。但他们不是方腊起义军的主力，因此在整个战场上不起决定性作用。而且这几支队伍参加起义军都较晚而先后不一，也使他们没能在对付官军的镇压方面，发挥出更大的威力。所以，方腊起义只存在部分摩尼教徒参加的情况。
三是有无政治纲领及其口号的读法。有学者认为，方腊起义没有政治纲领，理由是在史料上没有发现其起义过程中提出过什么简明口号类的纲领。而史学界一般认为，方腊起义是利用了佛教《金刚经》的经文“是法平等，无有高下”作为口号，表达了农民要求平等的愿望，所以其政治纲领是“法平等”。
然而，史籍却如此记载起义者对这句口号的读法：《鸡肋篇》载，食菜事魔教“亦诵《金刚经》，取‘以色见我’为‘邪道’，故不事神佛，但拜日月，以为真佛，其说经如：‘是法平等，无有高下’，则以‘无’字连上句，大抵多如此解释。”就是说《金刚经》中的经文，教徒们读作“是法平等无，有高下”。读法一改，意思就相反了，即认为佛法所谓的“平等”是不存在的。《容斋逸史》中也有同样的记载，只是“其说经”，改为“其说不经”。而叶梦得《避暑录话》还谈到了如此读经的原因：“近世江浙有事魔吃菜者，云其原出于五斗米，而诵《金刚经》，其说皆与今佛者之言异，故或谓之《金刚禅》。”就是说，吃菜事魔教徒不是照本诵读佛经，而是往往按照自己的理解，去变动原意地诵读。所以，这只能说起义者在用佛经解释现实世界，而谈不上是什么政治口号。
有学者如此进行辩解：教徒们这样解释佛经，正是因为他们认识到佛经上所谓的“平等”，不过是欺骗，从现实社会中他们深深感受到等级的森严，人世的极不平等。所以将《金刚经》的改读，是对当时社会本质的揭露，也是对佛经的一种批判。起义农民在批判佛经的过程中，反映出他们向往一个真正“法平等”的社会，而这个社会正是他们奋斗的目标。所以，尽管起义首领方腊没有直接宣布“法平等”主张，但这一主张就从批判佛经的经文中折射出来，并指导着这次农民起义的实践。
也有学者提出，食菜事魔教的信仰者并不会误读佛经，《鸡肋篇》等史籍这样描述起义农民对佛经的错读，实是对方腊起义的诬蔑。
四是方腊起义失败被谁擒获。许多学者根据苏州灵岩山《韩忠武王世忠中兴佐命定国元勋之碑》，认为方腊就擒于韩世忠。碑文详细记载了方腊在青溪帮源洞被俘的经过：韩世忠时为王渊裨将，率军潜行溪谷间，询问村妇路径，终于到达洞口。即挺身仗戈而前，越险数里，直捣巢穴，先抓缚八大王，格杀数人后，遂擒获方腊，并缚俘以出。这段碑文收入《名臣碑传琬琰集》，与《容斋逸史》的记载也可相印证。后来，《宋史·韩世忠传》、《宋史纪事本末·方腊之乱》以及《续资治通鉴》诸书都采用这一说法。
然而许多史籍却说方腊为陕西名将辛兴宗等捕获。《东都事略·徽宗纪》载，宣和“三年……夏四月，庚寅，童贯以其将辛兴宗与方腊战于青溪，擒之”。《宋史·徽宗纪》亦载：“忠州防御史辛兴宗擒方腊于青溪。”《续通鉴长编纪事本末》卷一百四十一载，官军合围击败方腊起义军，在“翌日搜山”中“王禀、辛兴宗、杨惟忠生擒方腊于帮源山东北隅石涧中”。《皇朝编年纲目备要·徽宗皇帝》也说：王“禀寻及辛嗣宗、杨惟忠生擒方腊于帮源山东北隅石涧中”。此“辛嗣宗”应是“辛兴宗”之误。应该说，载“辛兴宗擒方腊”的史籍并不少于载“韩世忠擒方腊”者，是否因为韩世忠以后成为中兴名将，后人便将此功往名将身上揽呢？然而《宋史纪事本末·方腊之乱》又这样讲述：韩世忠率兵入洞“擒腊以出，辛兴宗领兵截洞口，掠为己功”。《续资治通鉴》也采此说法。当时辛兴宗为剿方腊官军的主将之一，而韩世忠只是裨将，那么是否主将在掠取裨将之功呢？
有学者根据《桂林方氏宗谱》所载徐直之的《方庚传》，认为方腊是为方庚所诱捕。其如是说：宣和三年四月，起义已大部被官军镇压，就是没有捕得方腊。不离方腊左右的方京，一次出洞寻食品，被方庚抓住，方庚以利诱之，使方京回去骗方腊，说：“刚出洞，就看到两个太阳在相斗，天象如此，不是在说圣公要东山再起嘛！”并请方腊出洞观看，方腊以为是真的，便走出帮源洞以观日影，方庚正埋伏了打手，将方腊生擒，献给官军。这简直就是一篇传奇小说的片断，你觉得可信吗？而清人方象璜的《重修桂林方氏宗谱叙》是说，方庚奔命江淮，迎领官军，为韩世忠军向导，乃诱擒方腊，并其党羽。方庚本人在《上郑寺丞札子》中也说：“投身军前，为之乡导，大破贼徒，安复州县，立功非一。”这好像有一些可能，然也只是韩世忠军的向导，其作用有多大呢？
有学者根据范圭《宋故武功大夫河东第二将折公（可存）墓志铭》，认为也可能是折可存捕获了方腊。铭文说：折可存率三将兵，奋然先登，将士用命，方腊被擒，迁官武节大夫。有学者指出，据《宋史·杨震传》，杨震虽“从折可存讨方腊”，但折可存当时率军是在浙东一带镇压吕师囊等部，没有参加围剿帮源洞的战斗，所以铭文不可信，不如理解为：方腊起义被镇压后，折可存官升武节大夫。另外，《舆地纪胜》卷八说：“宣和初，腊陷睦州，命刘光世、姚步仲擒之，斩于都下。”似乎方腊是被刘光世、姚平仲二将擒获的。其实，查有关史籍可知，刘光世当时正率部攻打衢、信等州，俘获郑魔王，后又攻下龙游、兰溪、婺州等地。姚平仲也正率部征讨浙东一带，四月下旬才攻下浦江县。两将都不可能参加四月下旬围剿帮源洞的战斗。
此外，据《严州府志》等书记载，擒获方腊者，还有王马、余木杓、余宗德诸将，但也均没有多少确凿的证据。另有方腊就擒于宋江说，由于宋江是否投降官军都还存在疑问，所以此说更悬，且看另一专节的分析。
《容斋逸史》究竟是谁做的
“容斋”是南宋著名学者洪迈的号，所著《容斋随笔》，史料价值颇高，历来为史家所重。《容斋逸史》记载了方腊起义过程中的两件重要史事，多年以来，人们一直以为《容斋逸史》也是洪迈的作品。20世纪70年代开始，史学界有人怀疑它的可靠性，认为它可能是一部伪作。
《容斋逸史》是宋方勺《青溪寇轨》附载的两则文字。一则是记载方腊起义的始缘及其被官军镇压的经过，其中对方腊“漆园誓师”的演说与经过，描述得非常生动而具体。另一则是记载宋代摩尼教的有关情况及其与方腊起义的关系，其中对该教的一些教规和习俗进行了颇为详尽的介绍。如谈到其教“又谓人生为苦，若杀之是救其苦也，谓之度人，度人多者，则可成佛。故结集既众，乘乱而起，日嗜杀人，最为大害”。令人毛骨悚然。
怀疑论者认为，从未见洪迈使用过“容斋逸史”这个名称，他本人更没有提到过有这本著作，在他的《容斋随笔》和《夷坚志》中也找不到相关文字的记载。洪迈作为洪皓的儿子，又累官中书舍人、翰林学士，学识博洽，论述弘富，历宋徽、钦、高、孝、光宗五朝，享年八十，在南宋时名声已很大，其议论、记事常为史家所采摘引用。然而，南宋以来许多历史著作记述方腊起义事迹，多引用方勺《泊宅编》的材料，《容斋逸史》中这些极其重要的记载却从未被转引过，或者说此书在南宋时竟无人知晓。再者，《容斋逸史》中方腊在“漆园誓师”的演说词，不像是一个普通佣工的口吻，倒像是士大夫的一篇政论。其后面谈到方腊起义与摩尼教的密切关系，但在其鼓动起义的演说词中却毫无相关的宗教内容。誓师时还“椎牛酾酒”、“饮酒数行”，与其信奉的食菜事魔教的教规不符。此外，其中对某些基本史实也有说错，如写到方勺著《泊宅编》时，韩世忠“犹未知名”。实际上当时已是南宋绍兴年间，韩世忠已为战功显赫的中兴名将了。总之，从种种迹象看，《容斋逸史》不是洪迈的作品，既然作者是伪托的，其前一则史料的可靠性就要大打折扣了，而其后一则史料其实主要是节录自南宋庄绰的《鸡肋篇》。
肯定论者指出，洪迈对方腊起义的有关史料是非常熟悉的，他不仅可以看到官方提供的有关资料，还可从他兄长洪适那里得到此次起义的第一手材料，所以《容斋逸史》历来被认为是研究方腊起义的珍贵史料，它是洪迈主要依据宋朝《国史·童贯传》所附《方腊传》等材料撰写的，有一定的史实根据，无须去怀疑它的真实性。如其中关于摩尼教的一则记载，与庄绰《鸡肋篇》中的记载几乎完全一样。洪迈的著述是经常被人采摘引用，但不能由此就认为未被引用的著述就是伪作。其中说方腊“家有漆园”，也就是漆园主，而并非是一个普通佣工，所以有一定的文化，能说出一些颇有逻辑的政论性言词。当然并不排除其中参有士大夫作者的一些思想在内。如果方腊是佣工，他也不可能有余力去长期从事武装起义的准备工作，他秘密组织“贫乏农民”，“赈恤结纳之”，最后鼓动武装起义，这是当时东南地区各种社会矛盾激化，主要是社会各阶层与宋朝统治者之间矛盾激化的结果。方勺《泊宅编》有三卷本、十卷本之分，主要是方勺遇事的随时记录，其中有些条目肯定作于北宋末年。当时韩世忠确实“犹未知名”，不能以此以为作者搞错了基本史实。总之，怀疑《容斋逸史》作者及其史料价值的证据是不充分的，不足以判定此书的真伪。
还有学者指出，《容斋逸史》既有可能是洪迈所撰，又有可能是其他以“容斋”为号的士大夫所撰，尚不能最后定论。从《容斋逸史》的有关内容分析，其作者必定是生活在宋孝宗乾道四年（1168）到南宋末年，其间凡是以“容斋”为号的士大夫，都有可能为其作者，所以它不是后人编造的伪作。当时以“容斋”为号的士大夫，除洪迈外，还有刘元刚、唐廷瑞、庄圭复三人，其中刘元刚、唐廷瑞都曾撰《容斋杂著》一书。尤其是唐廷端，博洽多闻，还为徽州歙县人，和方腊同乡，又曾在建德府遂安县任主簿，这里也曾经是方腊起义军浴血奋战的地点之一，所以《容斋逸史》很可能是他的《容斋杂著》的部分内容。当然，洪迈一生著述极为丰富，今存的作品只是其中的一小部分，大都散佚，所以也已无法确凿考证。其实，《容斋逸史》究竟是一部独立的著作，还是附于某一著作中的几卷或单篇文章？《容斋逸史》究竟是原作者自定的名称，还是《青溪寇轨》的编纂者擅自命名，或是在原名《逸史》上冠以原作者之号“容斋”？这些问题现在都难以一一搞清。
《容斋逸史》是研究宋代方腊起义的最重要史料之一，如果其真伪难定，作者不知，那么想破译上述方腊起义诸谜，自然就更难了。
官逼民反与宋江受招安
《水浒传》以宋江为核心人物，演绎了一个个生动的官逼民反的故事，然而最后还是受了朝廷的招安，结局颇为悲哀。那么，历史上宋江是如何被招安的？招安后，他们是否跟从官军去征讨方腊起义？这些问题由于史料记载的错综复杂，矛盾百出，所以史学界也分歧很大，看法不一。
北宋徽宗时期，在方腊起义之前，北方山东、河北地区就爆发了宋江领导的农民起义。相传曾驻水泊梁山。后来声势发展壮大，他们采用流动战术，“转略十郡，官军不敢婴其锋”，对大宋王朝构成一定威胁。《宋史·侯蒙传》载，宋江寇京东，知毫州侯蒙上奏说：“宋江以三十六人横行齐魏诸地，官军数万都打不过他，宋江必有过人之才。今青溪方腊盗起，不如赦免其罪而加以招安，让他率军去讨伐方腊以自赎，或可平东南之乱。”《宋史·张叔夜传》载，张叔夜知海州（今江苏连云港西南海州镇）时，派出间谍侦察起义军动向，宋江率军向海州进发，夺得十余条装载货物的官府大船，遂将其作为大本营。张叔夜招募了千名敢死队员，预先设下埋伏，然后派轻兵引诱起义军上岸作战，藏匿海边的壮卒乘机举火焚其船，起义军一看大本营起火，皆无斗志。此时敢死队伏兵再包围突袭其大本营，多名副将被官军擒获，损失惨重，宋江于是投降。上述相关历史资料，王称《东都事略》也有类似记载，应是主张宋江投降官军观点的主要根据。