李自成得知吴三桂拒绝投降，决定亲自带二十多万大军，进攻山海关。吴三桂本来就害怕农民军，听到这消息，吓得灵魂出窍。他也顾不了什么民族气节，写了一封信，派人飞马出关，请求清朝帮助他镇压起义军。清朝辅政的亲王多尔衮接到吴三桂的求救信，觉得机会来到，立即回信同意。接着，他亲自带着十几万清兵，日夜不停地向山海关进兵。
清军到了山海关下，吴三桂已经迫不及待地带着五百个亲兵出关迎接多尔衮。他见了多尔衮，卑躬屈膝地哀求多尔衮帮他报仇。多尔衮自然顺水推舟地答应。吴三桂把多尔衮请进关里，大摆酒宴，杀了白马乌牛，祭拜天地，订立了同盟。李自成大军从南面开到山海关边。二十多万起义军，依山靠海，摆开浩浩荡荡的一字阵，一眼望不到边。老奸巨猾的多尔衮从城头望见起义军阵容坚强，料想不容易对付，就让吴三桂打先锋，叫清军埋伏起来，自己和几名清将远远躲在后面的山头观战。
战斗开始了，李自成骑着马登上西山指挥作战。吴三桂带兵一出城，起义军的左右两翼合围包抄，把吴三桂和他的队伍团团围住。明兵东窜西突，冲不出重围，起义军个个血战，喊杀声震天动地。正在双方激烈战斗的时候，不料海边一阵狂风，把地面上的尘沙刮起，一霎时，天昏地黑，对面见不到人。多尔衮看准时机，命令埋伏在阵后的几万清兵一起出动，向起义军突然袭击。起义军毫无防备，也弄不清是哪儿来的敌人，心里一慌张，阵势也就乱了。直到风定下来，天色转晴，才看清楚对手是留着辫子的清兵。李自成在西山上发现清兵已经进关，想稳住阵脚，指挥抵抗，已经来不及了，只好传令后撤。多尔衮和吴三桂的队伍里外夹击，起义军遭到惨重失败。
闯王之死
李自成带领将士边战边退。吴三桂仗着清兵的势，在后面紧紧追赶。起义军回到北京，兵力已经大大削弱。李自成回北京后，在皇宫大殿里举行即位典礼，接受官员的朝见。第二天一清早就率领起义军，离开北京，向西安撤退。李自成离开北京的第三天，多尔衮带领清兵，耀武扬威地开进北京城。公元1644年10月，多尔衮把顺治帝从沈阳接到北京，把北京作为清朝国都。打那时候起，清王朝就开始在中国建立了它的统治。
第二年，清朝分兵两路攻打西安。一路由阿济格和吴三桂、尚可喜率领，一路由多铎和孔有德率领。李自成率领农民军在潼关抗击清军，经过激烈战斗，终于被迫放弃西安，向襄阳转移。过了几个月，农民军在湖北通山县九宫山，遭到当地地主武装袭击，李自成战败牺牲。李自成退出北京后，张献忠在四川称帝，国号大西，继续抗击清军。到公元1647年张献忠在川北西充的一场战斗中中箭牺牲，这样明末主要的两支起义军都灭亡了。
弘光皇帝的荒淫
崇祯皇帝死后，南逃的大臣们推举福王朱由崧为帝，年号为弘光。
傀儡登基
按照皇室的血统来说，朱由崧确实和崇祯皇帝一家最为接近。他的父亲朱常洵是万历皇帝的第三子，当年万历皇帝因为宠爱郑贵妃，执意要废长立幼，立朱常洵为太子，并为此与群臣对峙近二十年。后来他的愿望最终没能达成，就改而赏赐了朱常洵无数的土地金银财帛，并封他为福王。
所以朱由崧是和天启、崇祯两人血缘关系最近的堂兄弟。这是他被大臣们推选为皇帝的原因之一。
他的登基当然也还有其他原因。其中最重要的一点就是，当时的朝廷都陷入党派之争，其中的一派是魏忠贤死后的阉党余孽，他们看中了福王的懦弱无能，认为如果是福王当了皇帝，更有利于他们控制朝廷大权。所以，以马士英、阮大铖为首的一帮人先下手为强，最先在南京拥立福王即了位。其他大臣，如史可法等人本来不同意由福王继承皇位，想选一位比较有为能干的宗室，但这时已经为时过晚，他们只好承认现实，也改而投入弘光朝廷中。
本质冥顽
福王既然是被怀有这样野心的大臣推为皇帝，他的本性也就不难推测了，实在也不应该对他寄予什么复国的希望。就福王自己而言，他也并不愿意被推上皇位。明代的皇帝宗室都被命令不能参政，所有朱家子孙都只是坐在家中等着朝廷发的俸禄过日子。所以大多数宗室王都昏庸无能，只懂得吃喝玩乐，福王也不例外。他对朝廷政治一无所知，对掌握大权也没什么兴趣。而且即使不当皇帝，他的财富也已经足够他任意挥霍了，再当皇帝对他又有什么好处呢？多出的只是一份他承担不了的重任而已。
福王再无能，也还有一点自知之明，所以他对自己被推上皇位，内心是十分惶恐不安的。在他即位之初，他也为了这一份皇帝的责任作出了他的最大努力，他起用了许多正直有为的大臣，尽力组成一个合理健康的政府机构。他也认真地参加各种仪式，树立他自己的皇帝形象。
可是不久之后，他就发现自己力不从心，再加上马士英、阮大铖等人的成心引诱，朱由崧开始疏远廷臣，缩回他的后宫，又过起那种纵情享乐的日子来了。他整日沉溺在声色犬马之中，国家大权落入马、阮之手，更加暗无天日。
即位当年的除夕晚上，弘光帝一直闷闷不乐，前来朝见他的大臣以为皇帝在为外面不安定的局势而担心，都劝他不要过于忧虑。谁知他的回答却让大臣们都目瞪口呆，原来皇帝愁眉不展根本就不是为了国家大事，而是为了宫中没有好的戏班子！这样的皇帝，你又能指望他有什么作为呢？此后，投其所好的马、阮之流为他找来几个戏班，轮流入宫演戏，供他玩乐。
蛤蟆天子
弘光元年正月，他边看戏，边饮酒，醉意朦胧中竟大发兽性，接连淫死童女二人。二女俱是雏妓，由老鸨领走尸体了事。此后，这类祸害雏妓的事时有发生，宦官们怕张扬出去坏事，就随便将尸体在宫中埋掉。一天夜里，宫中大钟忽然响了起来。内臣们还以为出了什么大事，都惊慌失措地涌入内宫，结果是数十个戏班子的人装扮成牛头马面，在那里胡闹。因为是朱由崧允许的，大家哭笑不得，只得散去。
苏州医生郑三山向朱由崧进献春药，深受朱由崧钟爱，被选进宫来，讲房中术，供春药，竟因此当了官。到了端午节，朱由崧不上朝，却下旨命人四处捕蛤蟆配房中药，令百官啼笑皆非。人们都称朱由崧是“蛤蟆天子”。
宫中的后妃侍女不够，朱由崧又令太监“选淑女”入宫。这些如狼似虎的太监们，在街上见谁家少女美貌，便在其额上贴上黄纸，带着就走。
他们还挨家挨户访查，或由地方官选定。隐匿者要治罪，选的姿色差要治罪，并限定数目、时日，必须完成。这样一来，弄得百姓人心惶惶，有女之家不分昼夜，仓促选婿，赶紧来个“拉郎配”，官宦人家也忙着“抢新郎”，一时间闹得鸡犬不宁，民怨沸腾。朱由崧整天有那些抢来的美女陪伴，把往日的旧妃抛在一边。
他的原妻童妃带着六岁的儿子来南京，朱由崧竟然拒不相认，还把童妃打入大牢，严刑拷打致死。满朝大臣都眼睁睁地看着，谁也不敢上前劝阻。
女色不在话下，男色他也照样来者不拒，照单全收。当时，朱由崧身边有一个太监张执中，长的貌美如花，身段纤细宛如少女，朱由崧对他异常宠爱，总是把他带在身边，同食同寝。这个张执中仗着皇帝的宠爱，满朝大臣都入不了他的眼，只有马士英登门求见，他才开门迎客，但也只是以一杯清水待客而已。
弘光皇帝对朝政不闻不问，马士英和阮大铖作威作福，他们把朝中反对他们的官员全都遣到外面，朝廷就成了他们的天下。他们把各种官职全都明码标价，公开出售，只要有钱，什么人都能作官。当时民间有一首民谣说：“都督多如狗，职方满街走；相公只爱钱，皇上但吃酒。”
朝廷如此腐败黑暗，迅速灭亡是必然的。仅仅一年不到，弘光朝廷被清军的铁骑踏平。朱由崧也被叛将献给清廷，作了清廷的刀下之鬼。