宦官和外戚争权夺利，使得社会不安定，加深了人民的痛苦。而且，从汉和帝刘肇的时候起，全国各地接连不断地闹水灾、旱灾和蝗灾。农民实在没有活路了，只好离开家乡，四处逃亡，形成了一群一群的流民。流民四处乞讨，餐风宿露，饿死冻死的很多，连首都洛阳的街头，也经常可以看到冻饿而死的流民的尸体。当农民被逼得走投无路的时候，他们终于被迫打出了造反的旗号，开始聚众起义。东汉政府对各地的农民起义进行了残酷镇压，可是农民反抗斗争的烈火是扑不灭的。当时民间曾流行着这样一首歌谣：
发如韭，剪复生；头如鸡，割复鸣。
吏不必可畏，小民从来不可轻。
广大农民群众唱出了这种富有反抗精神的歌谣，他们藐视统治阶级，酝酿着起来斗争。从汉安帝刘祜在位的时候起，小规模的农民起义已时有发生。到汉灵帝刘宏在位的时候，终于爆发了一次波澜壮阔的黄巾大起义。
黄巾大起义是张角领导的。张角是巨鹿（今河北省平乡县西南）人，太平道的首领。太平道是道教的一派，他们信奉中黄太一之神，以《太平清领书》作为他们的经典，宣传“黄天太平”思想，认为只有到了太平的时代，人们才能不愁吃穿，过无忧无虑的日子。张角本人懂点医道，常常免费给农民治病，病治好了，他就劝人家参加太平道。穷苦农民为了摆脱眼前困苦的生活，把张角看成是自己的救星，都纷纷信奉太平道，张角的信徒越来越多。在青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八州（即今山东、河北、河南、湖北、湖南、江西、安徽、江苏一带），太平道的信徒很快就发展到了几十万人。
古代集市图张角派弟子去把信徒们组织起来，把八个州的信徒组织成为三十六方，大方一万多人，小方六七千人，每一方都指派一名首领去领导，叫做渠帅。三十六个渠帅都听张角统一指挥。张角还制定了“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的十六字起义口号。“苍天”是指东汉，“黄天”是指起义军要创造的天下，甲子是年号，就是汉灵帝中平元年（公元184年）。他们预定在这一年的三月五日，八个州同时发动起义。张角还叫人在首都洛阳和地方州郡官府的门上，用白土写上“甲子”二字，标明这些官府衙门到时候都将改变主人，借以鼓舞人心。
张角手下最得力的弟子是大方渠帅之一的马元义。他经常到首都洛阳联系，传达张角的命令。张角叫他先把荆州、扬州两地的信徒几万人调到邺城（今河南省安阳市北）集中，作为起义军的主力，以便配合首都附近各州郡的起义军进攻洛阳。
在预定的起义日期前一个月，济南的起义军中出了一个名叫唐周的叛徒，他写信给政府告密，起义的消息泄露了。东汉政府逮捕了马元义，在洛阳当众把他杀害。在洛阳受牵连被害的有一千多人，起义者的鲜血染红了洛阳街头。东汉政府还下令搜捕张角。张角得知消息以后，连夜派人赶去通知各地的信徒，叫他们立即发动起义。
叛徒的告密虽然打乱了起义的日程，使得起义军牺牲了一个重要领袖和一千多名战士，但是并不能扑灭起义的烈火。各地的太平道信徒早已组织起来，有了充分的准备。接到张角的命令以后，三十六方立即同时发动起义。起义军用黄巾裹头，作为“黄天“的标志，因此被称为黄巾军。张角自己称为天公将军，他的两个弟弟张宝和张梁称为地公将军和人公将军。他们三个人共同指挥起义军的战斗。
起义军每打到一个地方，就焚烧当地的官府衙门，攻打豪强地主的坞堡，捕杀为非作恶的官吏和地主。地方州郡的长官和大地主吓得纷纷逃窜。十几天工夫，封建统治的秩序就被打乱了。
东汉朝廷十分惊慌，派重兵守住洛阳和附近的关口，又派皇甫嵩为左中郎将，朱隽〔jùn〕为右中郎将，率领四万多名精兵来镇压黄巾起义军。颍川的黄巾军首领波才打败了皇甫嵩，把他围困在长社（今河南省长葛县东）。官军看到黄巾军作战勇敢，声势浩大，都十分害怕。老奸巨滑的皇甫嵩，却看出了黄巾军缺乏作战经验的弱点。他召集自己的部下说：“打仗要用计谋，不在乎人数多少。我看黄巾军结草为营，一定害怕火攻。如果我们乘着月黑风紧的夜晚去偷袭，放火烧他们的营寨，准能取得胜利。”在一个刮风的夜晚，皇甫嵩命令官军偷袭黄巾军，放火焚烧波才古代风景画鉴赏的军营。波才从梦中惊醒，赶快整顿队伍，奋勇抵抗，可是已经迟了。皇甫嵩、朱隽和骑兵都尉曹操率领官军，包围了他们，乘乱砍杀了成千上万的黄巾军战士。汝南、陈国两地的黄巾军闻讯赶来援救，也被打败。波才没有办法，只好退往阳翟。
北方由张角兄弟亲自率领的黄巾军打了胜仗，打败了东汉官军的北中郎将卢植和东中郎将董卓。汉灵帝赶快命令皇甫嵩从河南北上，夹击黄巾军。张角派张梁迎战皇甫嵩，两军在广宗（今河北省威县东）地方大战。张梁作战很英勇，他率领黄巾军奋勇冲杀，打得皇甫嵩招架不住，只好紧闭营门，躲藏起来。就在战局十分紧张的时候，可惜张角得病死了。张梁因为料理哥哥的后事，放松了警惕。皇甫嵩乘机向黄巾军反扑。他命令官军连夜准备，天刚蒙蒙亮就发动进攻，打破了黄巾军的大营。张梁率领部下奋勇抵抗，他和三万多名黄巾军战士英勇战死，另外五万多名黄巾军战败以后英勇不屈，投到河里壮烈牺牲。皇甫嵩居然劈开张角的棺材，砍下他的脑袋，送到京城里去请功。接着，皇甫嵩又去进攻张宝率领的黄巾军。张宝势孤力单，在下曲阳（今河北省晋县西）战死。
黄巾军的主力被东汉政府镇压下去了。但是各地的黄巾军仍然在战斗，沉重地打击东汉朝廷的统治。在黄巾军影响下的各地各族农民起义军，也纷纷起来跟地主阶级斗争。直到汉灵帝的儿子献帝刘协的时候，农民起义的浪潮还没有平息下去。