黄淮海平原是河流冲积平原，在平原形成的过程中河流水体中有大量的盐分存留在了平原成土母质和地下水的水体中，加之成土母质颗粒细密，造成地下水排水不畅而且埋深浅，在蒸发作用下，地下浅层水经毛细管输送到地表蒸发掉，毛细管向地表输水的过程中，也把水中的盐分带到地表，水被蒸发后，盐分就留在了地表及地面浅层土壤中，这样积累的盐分多了，又没有足够的淡水稀释并将其排走，就形成了土壤盐碱化。南水北调东线工程通水后，虽然将有大量水源补充到黄淮海平原地区，对改善这一地区土壤水分状况，淋洗土壤盐分，增加农作物产量等都将起到积极的作用，但也会改变这个地区的水盐平衡状况，在沿线排水不畅的地区有发生土壤次生盐碱化的可能。在特别重视排水问题，因地制宜采取以保持调水沿线地下水平衡为中心的措施，注意水利工程和农业生物措施相结合，建立严格的用水管理制度的情况下，这些局部地区土壤次生盐碱化是可以预防和控制的。
从1978年开始，中国科学院南京土壤所、土肥所、地理所等单位对南水北调灌区土壤次生盐碱化问题进行了研究。1983年国家科学技术委员会把灌区土壤次生盐碱化的可能性及预防对策作为主要研究课题列入国家攻关项目第七项、第三十八项，由中国科学院、水利电力部、农牧渔业部负责。1983年由水利电力部科技司委托茌平县人民政府、山东省水利科学研究所、水文总站负责，水利电力部水利科学研究院水利所、农田灌溉研究所、华北水电学院等参加，开展了黄淮海平原中低产地区综合治理和综合开发科技攻关项目，提出了实验区引黄提灌井渠结合综合治理旱涝碱实验研究总结报告。经过十几年的研究及试验，认为黄淮海105平原已经形成比较完善的排水系统，并积累了丰富的防治土壤盐碱化的经验，北方灌区次生盐碱化能够预防和控制。
三、调水能否使血吸虫病流行区北移
血吸虫病是通过水传播的寄生虫病，该病的传播主要与血吸虫的唯一中间宿主钉螺的扩散有关。目前我国血吸虫病流行区的北界是江苏省京航大运河东岸的宝应县境内。从2004年开始，南水北调办公室组织江苏省血吸虫病防治研究所、淮河流域水资源保护局、南水北调办公室政策及技术研究中心联合开展了“南水北调东线工程造成血吸虫病北移的可能性及对策研究”专项工作，课题涉及多个学科。血防部门从生物学角度研究了血吸虫的生存习性、运动、扩散的规律；水利部门从水利学角度分析研究了南水北调东线工程的水流运动规律及水工建设物对防止血吸虫扩散的作用；水资源环境部门从生态学角度，研究了血吸虫孳生繁衍的环境。经过专家论证，得出“南水北调东线工程不会增加血吸虫北移扩散的风险，东线工程安排的防止血吸虫北移和扩散的工程措施总体布局合理、重点突出，措施落实后可有效消除血吸虫扩散风险”的结论。
江苏省江水北调工程的实践经验也证明调水不会使血吸虫流行区北移。江苏省江水北调工程运行40多年来尚未有确切证据表明调水工程造成钉螺及血吸虫病的扩散。由于江水北调工程是通过泵站作用使水从低处调向高处，因此在逐级提水过程中水泵的作用可使钉螺与载体分离、输水河道缓慢的水流可促使钉螺沉降，加之水、土、植被、水流变化（互为上下游）等因素的作用，钉螺在输水河道中扩散的范围是有限的。江水北调血吸虫病流行区的湖泊（高邮湖、邵伯湖）由于水位、水流的作用，钉螺难以进入输水河道而发生北移扩散，钉螺通过船闸或吸附于船体扩散的可能性也极小。里运河宝应、高邮段螺情纵向监测结果表明，钉螺孳生范围相对稳定，江水北调工程运行40多年以来，输水干线的钉螺无明显北移迹象，迄今为止没有逾越北纬33°15′的北界。实验证明，钉螺在北纬33°15′以北地区由于气温、地温等自然条件的制约，越冬钉螺绝大部分死亡，极少数存活者也因生殖器官萎缩而不能繁殖。
四、调水对长江口及其附近海域、输水干线湖泊水生生物的影响
受淮委会委托，中国水利水电科学研究院水库渔业研究所、中国水产科学研究院东海水产研究所从1988年开始，就南水北调东线工程对长江口及其附近海域水生生物的影响进行了调查研究，经两年多的野外考察和室内鉴定，初步评价东线调水对长江口及其附近海域水生生物不会有明显影响，对输水沿线湖泊的水生生物是有利的。
在南水北调东线一期工程调水规模下，因调水量只占长江下游总径流量的0.5%~1.0%，长江口地区生态环境不会因调水产生明显变化，对水生生物和鱼类不会带来不利影响；在实施二期工程调水规模并经多年调水情况下，对长江口及长江口以外近海区水生生物及鱼类的影响，尚需进行实验生态学和生态经济的长期监测和深入研究。调水后黄河以南沿输水干线调蓄湖泊的平均蓄水位将有所抬高，水面扩大，水环境改善。从总体上看，浮游动植物的种类及数量将略有上升，优势种群将发生局部调整，但不会发生显着变化，湖泊渔业潜力不会下降，底栖动物种类及数量也将略有上升。对黄河以北用于调蓄被调水量的洼淀，调水后将增加2万公顷水面，有利改善水生生态环境，增加水产品产量和产值。水生维管束植物的面积、密度及总生物量将会有所下降，对鱼类的生长十分有利。从长远看，随着调水量的增加和向北延伸，调蓄湖泊的水生生物在数量上及种类上的差异将会逐渐缩小，同时长江流域的水生生物也可进入各调蓄湖泊。
五、南水北调工程施工对生态环境的影响
南水北调东线工程的施工会对沿线的生态环境造成一定的破坏，对水生生态环境而言，扩挖和疏浚工程会损伤部分水生动植物，造成一定的生物量损失，使自然生态系统生产力受影响，但研究成果表明，系统生产力的损失在系统可承受的范围内。对陆生生态环境而言，工程施工占地会破坏自然植被，造成系统生物量损失，其损失量也在系统承受范围内。同时，工程弃土堆放会在河道和南四湖形成埝堤，对水陆生生物的能流、物流造成一定的阻隔，但这些影响都是局部的，不会造成大的损失。工程施工将侵占部分动物的栖息地，施工噪声将对部分动物产生惊扰，施工还将损毁部分植物，也会扰动地表，将表土以下的沙石层翻上地面，易造成土壤沙化，使土层结构发生不可逆转的变化，植物、农作物将难以生长，但由于受影响的动植物在周边地区分布广泛，且无国家重点保护物种，对动植物的影响是轻微的。
综上所述，南水北调东线工程施工对生态环境的不利影响是局部的，可通过优化设计、采取工程措施、加强管理、资金补偿等措施将不利影响减少到最低限度。
六、南水北调东线工程对水质的要求
根据南水北调东线工程确定的输水水质要求，输水干渠的水质要求稳定达到地表水环境质量Ⅲ类水质。东线工程成败的关键也在于治污，就目前而言，东线工程水质距离通水目标尚有差距，究其原因在于以往的发展过多地追求经济效益，而以破坏环境为代价。
目前我国的发展模式为全面协调可持续，经济发展的同时需重视生态环境的保护。随着社会的发展，人们对居住环境的要求也越来越高，一滩污水也有碍于城市整体形象的提高，水污染的现状与人们对水环境要求之间的矛盾也越来越尖锐。因此，治污已经成为南水北调东线工程沿线的一个社会共识，改善水质水环境是自身发展的需要。南水北调东线工程的建设促进了沿线治污的实施和发展，也为治污带来了契机。南水北调东线工程规划总投资为650亿元，其中治污工程投资达260亿元。巨大的资金投入是治污工程的保证，沿线污水处理厂的建设，会使污废水能达标排放，将从根本上解决污染问题，保护水环境。虽说严格的污水排放要求对沿线企业造成了一定的负担，但是从可持续发展角度出发，经济发展的同时需要环境的保护，一江清水是社会民众共同的需要，放弃眼前利益，追求长远利益，需要沿线做出贡献。