由于南水北调工程征地移民工作的社会特性，其涉及面广、政策性强、矛盾突出，牵涉到各相关部门和老百姓的切身利益，实施工作难度大。江苏省南水北调办公室根据国务院南水北调办公室《南水北调工程建设征地补偿和移民安置监理暂行办法》及《南水北调工程移民安置监测暂行办法》，在工程初步设计批准后通过招投标确定监理单位，负责监理工作的组织实施，市、县主管部门和实施单位配合监理单位开展工作。监理单位按照监理合同进行监理，监理项目实行总监理工程师负责制，按照“三控制”（投资、质量、进度）、“两管理”（合同、信息）、“一协调”的方法进行监理。
（一）三控制
一是对投资的控制。主要对工程建设、征地和移民地面附着物数量（包括房屋、树木等相关补偿项目）、企事业单位迁建、专项设施复建补偿项目的复核、认定以及补偿项目变更情况的了解、证明，以达到按标准控制的目的。二是对质量的控制。主要是对移民生产生活安置、企事业单位迁建、专项设施复建实施情况按实施方案批复质量要求进行控制和了解，以保证实施品质。三是对进度的控制。主要对征地拆迁、移民安置，包括企事业单位的迁建、专项设施复建的实施进度进行控制。一方面督促实施单位按时进驻现场保证按期施工，另一方面督促实施单位按要求完成征地补偿和移民安置任务。
（二）两管理
重点是对合同执行和信息收集、归档进行管理。在合同管理中，主要是按照相关法律法规和江苏省南水北调有关的政策、规定及相关文件（包括经批准的《实施方案》）对实施单位实施情况（包括合同传达情况）开展全面监督和管理，维护群众合法权益。在信息管理中，主要是对实施单位征地移民实施的组织、宣传、管理等相关文件、通知、资金兑付程序等相关资料及影像进行收集、整理、归档等。
（三）一协调
着重是协助市、县、乡在征地补偿和移民安置实施进程中所发生的一系列矛盾的调解。结合做好对相关单位和南水北调工程建设征地移民相关政策、规定、标准的宣传、解释工作。对安置工作中出现的一般性问题协调、处理以及对相关信息的收集、整理、处理、存储、传递，实现征地拆迁和移民安置工作规范化运作和有效管理，使征地拆迁和移民安置按质按期完成。
四、加强行政和财务监督，确保征地移民补偿政策落实到位
（一）行政监督
江苏省南水北调办公室在组织开展征地移民工作中，对征地移民实施进度、质量控制、政策法规贯彻落实、征地移民资金到位、使用和管理情况，组织本级和下级行政监管部门切实加强行政监管，坚持依法办事，既保证工程建设顺利进行，又保证被拆迁群众的合法利益，使拆迁群众做到搬得出、稳得住、能发展。
（二）财务监督
财务管理是南水北调征地拆迁和移民安置工作实施中的重要环节，为规范南水北调工程建设征地补偿和移民安置资金的管理，提高资金使用效率，江苏省南水北调办公室根据南水北调工程建设征地补偿和移民安置资金管理办法有关政策文件，先后制定了《南水北调三潼宝工程征地拆迁安置会计核算办法》和《江苏省南水北调工程征地补偿和移民安置资金财务管理试行办法》，对征地拆迁和移民安置补偿资金存储、使用、支付、管理、审计、监督、科目设立等均作了具体规定，对征地拆迁和移民安置补偿资金使用情况进行内部审计，充分发挥财务监督管理作用。
（三）纪检监察
为保证征地移民资金各项政策法规和制度真正贯彻落实到基层，落实到移民资金使用的各个环节，维护被征地拆迁群众的合法权益，保证工程顺利实施，江苏省委纪委、监察厅派驻南水北调东线江苏段工程纪检监察工作组制定《南水北调东线江苏段工程建设项目监察工作办法》，对征地拆迁和移民安置方面提出了具体监督检查内容和要求，并组织相关市县纪检监察机关组建的纪检监察工作组，加强征地移民资金纪检监察，保证了工程建设“三个安全”。
（第八节）文物保护
南水北调东线工程江苏段文物保护工作，自2004年4月开始，在经国家文物局批准后，江苏省文物局组织南京博物院、徐州博物馆、邳州博物馆、南京大学、南京师范大学等单位，对南水北调先导工程——韩庄运河、中运河及骆马湖堤防工程省界段江苏省境内工程范围内的梁王城遗址、梁王城汉代墓地、山头遗址进行了抢救性考古发掘，2008年底全部完成。
经过5年的工作，发掘面积12600平方米，其中梁王城遗址10000平方米，梁王城汉代墓地2000平方米，山头遗址600平方米。共发现各时期的墓葬248座，灰坑501处，房址25座，以及道路、水井等遗迹，出土陶器、瓷器、石器、铜器、玉器等4000余件。三处遗址以梁王城遗址最为重要，最具代表性，文化层堆积深厚，内涵丰富。最早为新石器时代的大汶口文化，其后依次为龙山文化层、西周文化层、春秋战国文化层、北朝-隋文化层及宋元文化层。其中大汶口文化早期的120座墓葬和聚落遗存的发掘，为研究该地区大汶口文化早期的聚落、社会组织、生产状况提供了重要的考古资料。西周墓地的发掘填补了苏北地区商周考古的空白，为黄淮地区和中原地区的文化交流和沟通以及徐国史的研究找到了新的突破口。通过发掘，确认了梁王城城址是春秋战国时期苏北最大的城址，面积100多万平方米。丰富的六朝遗存对研究六朝时期南北文化交流具有重大意义。
江苏省文物局已对发掘出土的大汶口文化墓葬整体套取运回博物馆，拟作陈列展示。对考古发现的梁王城西城墙进行了加固保护。
（第九节）工程审计与稽查
一、认真落实国家审计署审计决定和审计报告
2007年，国家审计机关对江苏境内在建工程进行了全面审计，出具了《审计报告》，作出了《审计决定》。为做好审计整改工作，首先对审计报告提出的问题进行归类和逐条分析；其次提出整改方案，明确整改措施和责任部门；同时召集相关责任单位进行部署落实。在各相关责任部门的配合下，《审计决定》已在审计署规定期限内执行完毕，审计报告指出的问题也于2008年5月份整改到位。按照审计署的要求，向审计署书面报送了审计决定和审计报告的执行情况，并通过国务院南水北调办公室组织的复查。
二、做好国务院南水北调办公室组织的审计复查及专项审计的配合工作2008年3月初，国务院南水北调办公室委托北京大信会计师事务所对江苏省落实国家审计署《审计报告》及《审计决定》整改情况进行复查，同时对公司本级以及淮阴三站、淮安四站及江都站改造3个工程项目进行专项审计。江苏水源公司精心准备、积极配合，较好地完成了审计配合工作。一是全面检查公司本级和淮阴三站、淮安四站及江都站改造财务管理、合同管理情况，对检查出的问题及时要求整改；二是积极做好审计配合工作，审计过程中主动提供资料，介绍情况，并积极与审计人员进行交流、沟通，同时对审计报告多次提出修改意见；三是对审计中发现的问题要求有关单位及时整改到位，并按照国务院南水北调办公室的要求及时报送整改报告。
三、配合完成国务院南水北调办公室专项审计和审计署延伸审计工作2009年上半年，针对审计中提出的问题逐条分析提出整改方案，明确整改措施和责任部门，组织相关责任单位切实整改落实，确保在审计署规定期限内执行完毕并整改到位，于2月份通过了国务院南水北调办公室组织的审计复查。在延伸审计期间，对审计署审计决定整改时遗留的问题整改情况进行了汇报，按照审计署要求对工程开工以来历年投资完成情况、管理费开支情况作了汇总并分析了原因。
从审计结果来看，能够严格执行国家有关财经法规和公司的规章制度，资金使用规范，确保了工程建设资金安全规范。