南水北调东线工程的运营管理活动不仅包括调水生产活动（如用水户需求分析，可供水量预测计算，调水生产过程实时监管，水量、水质优化调度，生产成本控制等），还包括经营管理活动（如建立企业战略规划，制定市场营销策略，调水合同谈判，企业内部资本、财务和人力资源管理，企业效益综合评价等）。运营过程中还将受到国家产业政策变动、大气环境变化、区域城镇化和工业化发展等多种易变且不可控因素影响，造成运营管理流程十分复杂。因此，探索新的运营方式是十分重要的。
（第一节）东线工程运营机制
南水北调东线工程的总体运行机制是“国家控股，授权运营，统一调度，公司运作”。当前东线工程运营还属于探索阶段，把握东线运营思路，探索东线运营方式对中线、西线的工程运作具有重要意义。南水北调东线工程的准公益性决定了对其运营必须采取双重运行机制，充分发挥市场和政府共同配置资源的作用。
一、南水北调工程的市场化运营
市场配置资源的有效之处在于通过市场无数只“看不见的手”来实现资源的合理分配，生产者根据产品边际收益等于边际成本的基本原则决定私人产品的供给数量，消费者根据自身偏好和消费者剩余最大化来决定消费数量，通过产品市场价格的变动以及价格机制传导信息的作用，从而达到产品供给与消费的均衡。
二、南水北调工程运营中的政府宏观调控
调水工程的公益类项目产品的消费不具有消费排他性和收益独享性，存在消费的“搭便车”行为，在市场上很难找到资源的最有效配置途径，相反还会出现“格雷欣法则”即“劣币驱逐良币”的现象，无法通过市场供求关系来影响价格（或收费标准），不能通过市场自动调节达到资源配置的帕累托最优，消费者对公共品具有过度需求，市场“失灵”，因此供给和消费都需要政府的介入和调节，通过行政或计划的手段实现公共品的生产和配置，实现社会效益的最大化。
随着市场经济的不断发展和完善、水资源有效供给矛盾的愈发突出以及政府对南水北调工程的管理力度的不断加大，站在公共利益和公共服务的高度，成立类似管理委员会的协调机构，统筹各方利益，明确管理原则，将会更有效地保证南水北调工程预期效益的实现和服务经济社会发展及民众生产生活的需求。
（第二节）江苏段供水运营机制
南水北调东线江苏段工程对现有工程系统进行优化配置并向北延伸。新建工程、现有江水北调工程共同组成的南水北调东线一期江苏段工程，若要实现南水北调一期工程供水目标，必须统筹考虑江苏省内、省外供水的需要，建立有效地运营机制。
一、省际供水运营机制
（一）实行合同供水
江苏水源公司与山东干线公司作为买卖双方签订供水合同，实行合同供水、计量供水。淮委会组建的省界（际）供水管理机构作为供水合同第三方，负责计量工作。供水合同的内容包括水量、供水过程、交水断面和方式、计量方法、两部制水价、水费收缴办法、违约责任等，明确双方的权利、责任、义务。工程通水后水价按照国务院价格主管部门与有关部门会商后制定的价格执行。
基本水费按山东承诺的调水量13亿立方米确定，计量水费按照当年需求计划和实际供水量确定。
每年9月份签订下一年度供水合同。
计划外供水应及时签订补充供水合同，明确水价和水费，补充供水作为定额外用水，水价实行累进加价，在补充供水合同中明确。
（二）交水计量
江苏向山东供水在蔺家坝站和骆马湖水资源控制闸实现省际交水，交水水量按照合同供水水量以及南四湖江苏需用水水量确定。
蔺家坝站、骆马湖水资源控制闸设立水量计量及监测设施，对调入南四湖的水进行计量。
为保证交水的科学性及合理性，对下述输水线路进行整体计量和控制：韩庄运河（台儿庄站-韩庄站）＋不牢河（蔺家坝站）→下级湖（经二级坝站）→上级湖→长沟站。同时确保南四湖分水协议以及南水北调水权交易协议的有效执行。
（三）水费收取
基本水费按照供水合同约定由山东干线公司按季直接付给江苏水源公司。计量水费则按省界（际）工程管理局的实际计量，由山东干线公司按月支付给江苏水源公司。
二、省内供水运营机制
（一）省内实行合同供水
为结合省内各用水对象的特点，农业、工业、生活供水实行合同供水、计量供水，航运供水实行总额包干。
根据南水北调规划采用的定额和供水量，省与各市供水单位签订供水合同。
（二）供水计量
现阶段江苏省苏北地区供用水水量主要采用的是市界断面监测进行计量。苏北地区共设置了34处市际用水计量断面，由江苏省水文局按日对上述站点流量进行监测，并利用相应的计算软件对监测数据进行计算分析，得出各市用水量。
南水北调东线工程运行后，现有计量设施不能完全覆盖南水北调受水区供用水情况，各地的实用水量不能得到真正反映，必须构建完善的监测、计量体系。
建立健全供水计量设施是实现节水灌溉的最基本条件，也是实行计量收费和超额累进加价的基础。
只有实行计量收费，才能体现收费的公平和公正，大大减少供用水双方在水费数量上的争议和矛盾。
江苏省内南水北调干线供水实行计量供水，干线各口门全部安装计量设施。市县供水单位及非农业取水单位按计量支付计量水费。
三、水费征收机制
水费是维持南水北调东线工程和相关供水工程运行管理的主要经费来源，主要用于南水北调东线工程和相关供水工程的管理运行费、工程设施的维修养护、大修理和更新改造等。因此，建立水费征收机制是保证水费足额及时到位的必要措施。
（一）明确水费计收主体，按照供用水合同收费
合理的水价制定是南水北调东线工程良性运行的关键，而水费的足额按时征收则是工程良性运行的根本。南水北调东线江苏段调水工程产权划分复杂，既有原来的江水北调工程，又有新建的泵站工程，因此为避免管理混乱，需要明确水费的计收主体，政府对农业水价的补贴也相应地拨至计收主体单位。南水北调工程实行两部制水价，即基本水价与计量水价，水价的征收应根据合同约定收取，即在合同中就明确用水户水费的收取方式，这样可以实现高效、快捷的征收目的。
（二）水费计收采用公示制
水价公示是接受用水户和社会监督的一种必不可少的制度，是约束搭车收费、价外加价和实行公平、公正计收水费的必要手段。只有实行水价公示，才有可能不侵害用水户的权益。水价公示的内容主要包括：政府批准的各个环节的供水水价、各用水户的用水量以及各用水户的应交水费和实交水费。
（三）规范水费使用管理
（1）水费的使用和管理按国务院财政主管部门和水行政主管部门有关财务会计制度执行。
（2）建立健全内部水费使用制度。供水单位按照财务规定提取折旧和修理费，专项用于供水工程的更新、改造和维修。同时加强管理，严格控制人员经费和不合理的成本开支，降低供水成本。
（3）加强内部和外部监督，确保收取的水费合理合法使用。
（第三节）探索建立农业供水补偿机制
江苏既是南水北调东线工程的水源地，又是受水区之一，农业用水占受水区用水的比例接近70％，是第一用水大户。南水北调东线一期受水区处于苏北经济欠发达地区，农民收入水平不高，即使按照供水成本制定农业水价，农民也无法承受。受水区农业供水量大，农业水价不能到位，将直接影响南水北调一期工程的良性运行，并最终导致供水目标无法顺利实现。因此，合理制定农业供水价格及农业供水成本补偿政策，不仅是南水北调东线工程良性运行的重要保证，也是促进该地区经济可持续发展的重要保障。
一、补偿依据
（1）南水北调东线一期工程输水线路长，建设投资大，运行管理费高，按照“补偿成本，合理收益”的原则制定农业水价，江苏受水区农业供水到户平均成本远远高于江苏省现状供水成本，更是远高于现状农业供水价格。如不采取有效措施，对苏北地区来说，未来的供水、用水、管水收费等问题都将引发新的矛盾。
（2）由于工农业剪刀差的存在，农民收入很低；农民是经济利益集团中的弱势群体，对农业灌溉实行低于成本的政策性水价，仍是我国今后相当长一段时间内必须坚持的政策，这不仅由水市场本身的特性所决定，也是由水利工程供水实行以市场供求为基础的政府管制价格的水价机制所决定的。农业灌溉用水实行低于供水成本的政策性水价，供水生产经营单位就必然造成政策性亏损，这种政策性亏损是由政府的产业政策及宏观经济政策造成的，与供水生产经营单位的经营管理水平无关，也是供水生产经营单位本身无法抗拒的，这种亏损理应由财政全额补贴。否则，势必造成生产经营单位售水越多，亏损越大的不合理现象，对水利供水业的发展造成严重障碍。另一方面，工业和生活用水增长迅速，时常挤占农业用水，农业用水往往不能达到供水保证率的要求。
（3）农业水价的实施主体是供水单位和农民，供水单位若不能按成本计价，则会造成亏损的局面，难以维持正常运营；农民若按成本交费，则负担不起，也不利于我国农产品在加入WTO的形势下进入国际市场竞争，也不利于我国的粮食安全。从全球范围看，世界各国对农业都实行支持和保护，多数国家对灌溉用水进行了高额补贴。
二、补偿原则
（一）补偿成本，合理收益，受益者负担
对于南水北调东线一期工程中公益性部分，由各级政府纳入财政预算，明确由财政定期划拨给供水公司，以保证水利工程的正常运营；对供水公司所管理的经营性资产，在水价不到位，水利供水存在政策性亏损阶段，在加强成本核算、努力提高供水管理水平的前提下，对政策性亏损部分由财政给以足额补贴。真正实现经营性水利资产通过市场化运作得到合理补偿，公益性资产由政府给予足额补贴。
（二）政府补偿与市场机制相结合，财政负担和社会补偿相统一
根据公共财政理论，农业灌溉供水工程作为公益性资产，其耗费补偿必须以财政补偿为主。西方经济发达国家在农业供水工程资产耗费补偿中坚持政府财政负担为主的成功经验，也为我国农业供水工程成本补偿提供了实践借鉴。但是，我国当前经济尚不发达，各级财政财力有限，由财政完全包揽农业供水成本的补偿是不现实的，还必须在现有法律法规条件下广开资金筹集渠道，弥补财政补偿资金的不足。
三、补偿对象
水是一种稀缺性资源。在市场环境条件下，如果确定了市场由供给方（相关水管单位）和需求方（进行农业生产的农户）来构成，那么在农业用水有偿使用的前提下，水价改革的影响主体主要是农户和水管单位，直接影响到两者的利益和收入，故农业供水成本补偿的对象只能是农户和水管单位。
农业供水补偿到供水单位的方式，从江水北调长期实践情况看，简单易行，效果也比较好，适合苏北地区农业生产的特点。补偿资金直接用于供水工程的维护、更新、改造，以弥补由于水价不到位而造成的资金缺口，保证供水工程良性运行。另外，按WTO有关协议明确规定，对于农业资金支出只能用于农业基础设施工程项目的建设，不得用于对农业生产者提供直接的补贴，也就是说不能把钱直接补给农民。所以针对农业和农村经济发展的阶段性特点，通过对供水单位实行补贴的办法是解决供水成本不能足额到位的一条可行之路。
考虑以上因素，南水北调东线工程江苏受水区农业供水干线成本省财政补偿的对象以省属管理单位为主，对于一些计量条件较好的灌区，也可以直接补偿到灌区管理单位；市县财政补偿的对象以灌区管理单位为宜，同时，补偿额度要与用水总量控制、定额管理相结合，要体现激励节约用水的政策，以促进节约用水，提高用水效率。计量水费可以补偿到农户。
四、补偿渠道
随着社会主义市场经济体制的建立和水利改革不断深化，应建立政府与市场相结合、财政无偿投入与有偿使用相结合的水利工程供水补偿机制。补偿的渠道主要有以下几个方面：
（一）优惠电价