另外，虽然印度分别与巴基斯坦和孟加拉国签订了水资源协议，可是印度与两国之间的争水矛盾依然很突出，协议实际上没有得到落实，成为印度与巴基斯坦、印度与孟加拉国争议的热点。相比担心中国的水电站会影响印度的水资源这个伪命题，印度与巴基斯坦之间印度河水资源矛盾、印度和孟加拉国之间的恒河水资源矛盾，才是喜马拉雅地区水资源矛盾的焦点所在。
并不富裕的南亚水资源
就水资源总量而言，南亚地区并非十分贫乏。世界上不少著名的河流如印度河、恒河、布拉马普特拉河终年哺育着这一地区。另外，喜马拉雅山脉的积雪也为印度次大陆的河流提供了稳定的补给水源。而且，受西南季风影响，该地区的降水也较为丰富。
但地区水资源安全并不能简单地用该地区可用水资源总量来评定，事实上，专家衡量一国水资源紧张与否所采用的指标是每年人均可用水量。
根据近年来联合国粮食及农业组织（FAO）发布的数据来看，南亚地区除了孟加拉国、不丹和尼泊尔外，印度、巴基斯坦、斯里兰卡、马尔代夫的人均可用水量数值很低。另外，该地区水资源在水系、国家和季节之间分配不均，雨季洪涝成灾而旱季缺水，再加上各国在用水问题上缺乏合作，使水资源在地区各国之间得不到有效利用，加剧了南亚的水竞争。除此之外，气候变化也给南亚地区水资源带来新的威胁。由亚洲发展银行资助的一项研究报告称，气候变化导致的冰山消融、洪水、干旱等极端天气将给南亚国家的农业生产带来负面影响，印度、孟加拉国和尼泊尔是受影响最大的3个国家。
印度水资源总量丰富，达1.9万亿立方米，单位国土拥有的水资源量是中国的两倍。但印度人口众多，人口密度接近中国的3倍，因此人均可用水量低，目前每年人均可用水量仅为1 729立方米。随着经济的飞速发展，印度国内用水需求量不断攀升，2006年印度的农业和工业用水总量达8 290亿立方米，是世界第一用水大国。据人口统计学家估计，2050年印度的人口将达到16亿，到那时该国人均可用水量预计只有1 403立方米。除此之外，印度的水资源污染也较为严重，流经印度北方的主要河流——恒河已经被列入世界污染最为严重的河流之一。根据联合国2003年发表的《世界水资源评估报告》，印度的生活用水质量在全球被评估的122个国家中排名倒数第三位。
由于自然水资源较缺乏，再加上人口高增长率和水的低效率利用，巴基斯坦已经成为南亚地区水资源短缺压力最大的国家。众所周知，巴基斯坦所有的农业、工业和国内生活用水基本依赖印度河水域，居民大部分生活在印度河及其支流附近。随着人口快速增长，巴基斯坦人均可用水量正逐年减少，从1951年的每年人均5 000立方米降低到了2006年的每年人均1 274立方米。而据人口统计学家估计，2025年巴基斯坦的人口将达到2.21亿，到那时该国人均可用水量预计将不足700立方米，完全进入“水资源奇缺”国家的行列。
孟加拉国位于布拉马普特拉河和恒河的下游，水资源较为丰富。但流经孟加拉国的237条河流中有57条属于跨境河流，上游国家的任何干扰都将严重影响该国的水资源来源。而且由于孟加拉国地处平坦的三角洲，水资源储蓄能力不足，这也时常导致该国季节性水资源短缺。另外，孟加拉国所在的恒河三角洲地下水含砷量高，不适合饮用和灌溉，也增加了孟加拉国用水的困难。目前孟加拉国的人口增长迅速，据估计到2050年，人口将达到2.8亿，成为全球排名第六的人口大国，缺水问题已经给孟加拉国造成了巨大的压力。
尼泊尔相对来说水资源较为丰富。但尼泊尔河流有一个显著的特点是季节变化大，全年大约75%的流量发生在6至9月的四个月里。
水资源对南亚地区安全的影响刘思伟.水资源与南亚地区安全.南亚研究，2010年10月.
水资源对南亚地区安全的影响同样具有两面性。水资源在南亚安全中起着诱发冲突和促进合作的双刃剑作用。历史上，南亚国家为了解决水危机，在一定程度上表现出了合作解决共同问题的诚意，并签订了一系列的双边条约，这给南亚国家之间的合作提供了契机。不过，这种合作并没有完全有效地解决南亚地区水危机争端。
由于南亚地区主要河流都是国际性河流，主要水资源几乎都是被不同国家分享，再加上该地区各国家间在政治、种族、宗教、国家战略等方面存在差异，各国政府往往优先考虑国内河流资源的需求，在处理跨界水资源问题时往往采取对抗或单独行动的模式。为此，历史上南亚国家围绕水资源的争端不断，尤其表现在印度与巴基斯坦、印度与孟加拉国、印度与尼泊尔之间。
印巴水资源冲突与利用
印度和巴基斯坦分治和独立后曾就印度河的用水权发生严重分歧。1949—1950年，印度截断东三河向下游的供水，从而引发印巴两国水冲突。在世界银行的斡旋下，两国于1960年签订《印度河水条约》，确定了两国在印度河流域的用水范围，东部三条河流即萨特累季河、比斯河和拉维河划归印度使用，西部三条河流，即印度河干流、杰赫勒姆河和杰纳布河划归巴基斯坦使用。还规定印度使用印度河水系总水量的1/5，其余归巴基斯坦使用。《印度河水条约》在一定程度上缓解了两国的用水争端，条约一度被人们称为国际社会解决跨界水纠纷的成功典范，但该条约并没有完全解决印巴双方所有水争端，比如两国关于印度河水的开发利用依然存在分歧。
多年来印巴两国围绕印度的大坝建设和其他截流工程的争端不断，这些工程包括图布尔航道、乌拉尔拦河坝、巴格里哈大坝、基申甘加大坝，以及印度在拉维河、比斯河以及萨特累季河建立的拦水工程，等等。1985年以来，巴基斯坦就一直反对印度在杰赫勒姆河上修建乌拉尔拦河坝。在巴基斯坦看来，印度的此项水利工程威胁了巴基斯坦的安全，因为印度可由此截住河水，不让其流往巴基斯坦。此后，1999年印度投资10亿美元在印巴共享的印度河五大支流之一的杰纳布河上，修建用于水力发电的巴格里哈大坝。巴方认为该水电站建成后，会给处在杰纳布河下游的巴方农田灌溉造成负面影响，坚决反对修建该大坝和水电站。
实际上，从2008年夏天开始，巴基斯坦腹地的农业大省旁遮普省的农民发现，地表水位和地下水位都在明显下降。巴基斯坦指责印方有意截留数千万立方米的印控克什米尔地区上游水源，并将其蓄入巴格里哈大坝内，用于印控克什米尔地区的水力发电。近来，巴基斯坦政府还公开指责印度“偷水”，并要求国际机构对印度“偷水”事件予以仲裁。
印孟水资源冲突与利用
印度与孟加拉国共享54条跨境河流，包括布拉马普特拉河、恒河和梅克纳河三条主要河流，印孟两国水资源的主要矛盾集中在恒河水分配问题上。
恒河是南亚地区最长、流域面积最广的一条国际河流，流经印度和孟加拉国。恒河水量很大，但分布不均，下半年雨季时供应印、孟两国绰绰有余，甚至泛滥成灾；而上半年旱季则成了涓涓细流，造成沿岸千万亩耕地严重缺水，人畜饮水困难。
为了调节旱季供水，印度在干、支流上建了许多大坝。1974年，长达2 203米的法拉卡大坝竣工，使2/3的河水转往加尔各答入海。
由于印度截走恒河河水，孟加拉国每逢旱季水量严重不足。1996年印度和孟加拉国签署了《关于分享在法拉卡的恒河水条约》，双方对水的分配总量达成一致，但是矛盾依然存在。孟加拉国依然认为强邻印度不公平，尤其是近年来印度又提出“内河联网工程”计划，试图将东边的恒河和布拉马普特拉河与南边的卡维利河和默哈嫩达河连接。“内河联网工程”计划实际上是拦截从印度流入孟加拉国的大小54条国际河流的水，输往印度南部和东部缺水地区，这无疑将影响孟加拉国近亿人的生存和生态环境。
2005年，印度安全部队企图在邻近孟加拉国的阿考拉地区没收孟加拉国农民的取水灌溉设备，遭到孟方步枪队的阻拦，双方发生激烈的武装冲突。孟加拉国一再警告印度，新德里要想主宰恒河，那就是对一亿多孟加拉国人民的宣战。
另外，恒河水污染问题也激起了印孟两国的矛盾。在上游印度境内，有114座城市排向恒河的废水没有经过处理，严重污染了恒河中下游水体，对此孟加拉国持续向印度提出抗议。
印度-尼泊尔水资源冲突与利用
与巴基斯坦和孟加拉国情况略微不同，尼泊尔属于上游国家。尼泊尔的河流都源于喜马拉雅山的北坡和南坡，从北向南流入特莱平原，再流入印度。尼泊尔河流包括4条主要水系即柯西河水系、甘达克河水系、卡尔纳利河和马哈卡利河水系。
这些河流在枯水季节为印度东北部的比哈尔邦和北方邦提供所需水源，在季风季节则造成洪水灾害。由于两国拥有共同管辖的水源，两国在历史上签订了多个条约，如1954年的《柯西条约》、1959年的《甘达克条约》。由于这些条约基本上偏向于保护印度的利益，尼泊尔国人有些不满。
另外，两国围绕马哈卡利河的争端也由来已久。马哈卡利河位于印度与尼泊尔西部边境之间，于1816年被定为尼印两国边界。在尼泊尔总理普拉昌达执政期间，印度准军事部队突然占领马哈卡利河北岸两块有争议的土地，被尼泊尔指责为企图霸占界河水量。尽管1996年两国签署了《马哈卡利河条约》，但由于双方对条约的理解存在分歧，加上印度单方面在马哈卡利河修建卡纳克布尔拦河大坝，两国水资源争端可谓愈演愈烈。
水资源之争与领土争端
由于流经南亚地区的主要河流基本上都源于中国境内的冈仁波齐峰及其附近的玛旁雍错，印度近年来因其对国内水资源安全的担心而对中国在上游开发河水颇有微词，尤其是中国“南水北调”工程总能引起印度人极大的关注。
“项庄舞剑，意在沛公”，八个字就可以说明印度为什么热炒中印水问题。因为目前中国开发的在中国境内流域不大的国际河流，和印度并没有太大的关系，印度炒作的目的在于和中国有领土争端的地区和流域。
中国与印度两国边界全长约2 000千米，分西、中、东三段。西段约600千米，中段约450千米，东段约650千米。1962年两国因边界争端爆发了一场边界战争。几十年来，虽然中印政府一直在寻找公平、合理解决边界争端的方式方法，但至今未能取得突破性进展。
而在这些争端领土附近，有一个地方蕴藏着巨大的水能资源，那就是雅鲁藏布大峡谷。雅鲁藏布江大峡谷以连续的峡谷绕过南迦巴瓦峰，长达496.3千米，比号称世界“最长”的大峡谷——科罗拉多大峡谷还长56千米。深切的雅鲁藏布大峡谷宛如青藏高原东南部的一个绿色门户，面向着孟加拉湾和印度洋，为来自印度洋的暖湿气流提供了一条天然的通道。这条天然水气通道使来自印度洋的暖湿气流在青藏高原东南地区形成世界第一大降水带，年降水量达4 500毫米～10 070毫米。
大峡谷地区还广泛分布着现代冰川，如亚龙冰川、喜日尤甫冰川、作求甫冰川、则隆弄冰川、白马狗熊冰川等，故有大量融水补给河流。
大峡谷地区干流河道长度占全河的24.1%，区间集水面积49 959平方千米，占全河流域面积的20.8%，然而，大峡谷区间平均年产水量却占全河年径流量的63.8%。
大峡谷地区水能蕴藏量高达9 361万千瓦，其中干流河段的水能蕴藏量5 881万千瓦，分别占全流域和全干流的32.5%和87.0%。
以上充分表明，雅鲁藏布大峡谷地区水资源极其丰富，水能资源更是丰沛。可以说，它是我国乃至世界上最大的水电富矿，其水能蕴藏量超过三峡几倍。
但遗憾的是，这段号称莲花宝藏的峡谷，有部分被印度侵占。而且，在得知中国计划在雅鲁藏布江上游建设大型水坝和水电站时，印度就决定加快利用雅鲁藏布江的步伐。印度已经意识到加快在雅鲁藏布江流域修建水电站的重要性，以便在与中国就雅鲁藏布江水资源分配进行谈判时，拥有分量十足的筹码。根据现有规则，首先使用雅鲁藏布江水资源的一方将获得资源支配的优先权。因此，印度试图赶在中国之前完成水电站建设。