在水资源管理体制方面，水利部的综合管理职能得到加强。《水法》第九条明确规定：“国家对水资源实行统一管理与分级、分部门管理相结合的制度。国务院水行政主管部门负责全国水资源的统一管理工作。”1998年，国务院批准撤销地质矿产部，相应的地下水行政管理职能和建设部的城市防洪、城市地下水管理职能统一划归到水利部，国家防汛抗旱总指挥部办公室也设在了水利部。至此，大致形成了由水利部统一管理水资源的体制。
（4）水资源统一管理加强阶段（2002至今）
在水资源管理体制方面，相对于旧《水法》，2002年新《水法》明确规定：国家对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制，国务院水行政主管部门负责全国水资源的统一管理和监督工作，并且明确了各大流域机构作为水利部派出机构综合管理流域内水资源的职能。国务院水行政主管部门在国家确定的重要江河、湖泊设立的流域管理机构，在所管辖的范围内行使法律、行政法规规定的和国务院水行政主管部门授予的水资源管理和监督职责。
2002年，经过修订的新《水法》颁布实施。新《水法》确立了水资源论证制度，规定国民经济和社会发展规划以及城市总体规划的编制、重大建设项目的布局，应当与当地水资源条件和防洪要求相适应，并进行科学论证；在水资源不足地区，应当对城市规模和建设耗水量大的工业、农业和服务业项目加以限制。水资源论证制度的建立，为规划项目的水资源管理进行科学论证提供了制度保障。
2008年，政府职能改革，调整对城市水管理的规定，明确水利部将不再负责城市涉水事务的具体管理，由城市政府自行确定供水、节水、排水、污水处理的管理体制。这为各级城市根据各自的具体情况，探索适宜的水务管理体制，提供了自由空间。
多龙管水是必然
水是流动的，而且是循环的。大的有海洋－陆地之间的水汽、径流循环：海洋的水蒸发进入大气，被大气环流带到陆地上空，形成降水落到地表，次而形成地表地下径流，一部分地表地下径流又流回到大海。小的有降水、土壤水、植物水、地表水、地下水之间的循环转化。
水的用途也是多种多样的，除了生活用水、农业用水、工业用水、生态用水之外，水还可以用于航运、发电、水产养殖，还可以用于休闲、旅游，等等。
水发生改变的影响是多方面的。水的变化，既会影响生态系统，也会影响人类对水的多种利用，甚至还会影响人类的健康和生命。
同样，水受的影响也是多方面的。因为水在空中、地面、地下贮存、流动和转化无所不在，无论是地面，还是空中、地下的人类活动，都可能对水造成影响。
虽然多龙治水有弊端，但由于水的流动和循环特点、水的多用途特性、水的影响的多样性和水所受影响的多样性，几乎完全没有可能把所有与水相关的事务都集中到一个部门来管理。也就是说，“一龙管水”的愿望是不现实的。
实际上把与某种管理对象相关的事务都集中到一个部门管理的思路在逻辑上是不成立的，在现实中是行不通的。根本的原因是，在哲学上事物是普遍联系的。
与一种管理对象有关的事务，往往与另一种或多种管理对象的相关事务有联系、有交叉。例如，环境是我们的管理对象，环境事务中当然包括水环境事务；同时水是我们的管理对象，水事务中当然也包括水环境事务；此外国土资源也是我们的管理对象，国土资源的管理当然也与水有关联；等等。如果按照“多龙治水”改为“一龙治水”的逻辑，把与一种管理对象相关的事务都集中到一个部门，那就要把与水相关的事务都集中到水利部、把与环境相关的事务都集中到环境保护部、把与国土资源相关的事务都集中到国土资源部，等等。但这样做的结果，仍然没有解决“多龙治水”的问题，因为水环境事务属于与环境相关的事务，可以归属到环境保护部管理；水环境事务也属于与水相关事务，水利部也要管；国土部门也会涉及与水有关的事务；这样仍然有多个部门在管与水相关的事务。因此，与某种事物相关的事务都集中到一个部门管理的思路在逻辑上讲不通、在实践中不可行。与水相关的事务不可能都集中到一个部门管理；同理，与环境相关的事务、与国土相关的事物、与农业相关的事物，等等，都不可能绝对只有一个部门来管理。
完全排他的单部门的水管理，只有在这样一种假设条件下成立：赋予“水”高于其他管理对象的特殊地位，可以在把与水相关的事务都集中到水利部门管理的同时，剥夺其他部门管理与水相关的事务的职责。例如，不允许环保部门管理水环境、不允许国土部门管理地下水、不允许交通部门管理水运，等等，那么那些部门的管理职能必将会被肢解而支离破碎。显然，这样的假设是不可能成立的。
因此，不能追求把与水相关的事务都集中到水利部门管理。解决“多龙治水”的弊病的正确思路，不是把“多条龙”变成“一条龙”，而是让“多条龙”之间密切合作、协调一致。
为了减少部门间的协调成本，可以采取相对集中、分工协作的管理原则。目前，国务院与水相关的管理机构的设置和分工，应该说是基本合理的。水资源管理的核心职责，包括水资源评价、规划、开发利用、保护、防洪抗旱，都在水利部。主要的协调是在水利部和环境保护部之间，水利部负责水资源保护，环境保护部负责水污染防治，二者之间有重叠和交叉，需要互相沟通和协调。
如何加强部门间的协调
《瞭望》周刊曾刊登文章，严厉批评一些部门为了自身利益争权夺利，已经到了“部门利益大于国家利益”的地步。在官僚主义盛行的部门，官员们对于对自己有利的事情抢着干，对自己无利的事情绝不干，而不考虑事情对国家、对老百姓的重要性。但问题是，如何才能减少官僚习气？如何才能让管水的多个部门都能从国家利益、公众利益出发，积极协商，友好沟通，负责任地管好水？
建立跨部门的协调机制是必要的。
在中央层面，由于与水相关的管理部门众多，超越了主管副总理的权限，应成立由总理牵头的中央水资源委员会或协调会议，定期或不定期地开会，协调有关水资源管理的重大事宜，并作出决策。
在地方，也可以按此模式成立地方主要领导牵头的水资源委员会。实际上，福建省泉州市已经成立了泉州市水资源管理委员会，并取得了很成功的经验。
地方水务管理体制
为了与中央政府的水资源管理机构设置相对应，以便于开展工作，从省（市、自治区）、地市（自治州、盟）到县（自治县、市、旗），地方政府的机构设置基本上跟随中央，建立相应的水行政管理部门（厅、局等）。但各个地方根据自己的实际情况，政府水管理机构稍有差别，并且逐渐出现了水务体制改革的探索。
在人口较少的州县一级，特别是在牧区，水管理机构往往与农业、牧业、林业，或环保、国土管理机构合并设置。
1993年，深圳市在原水利局和排水指挥部基础上，组建了全国第一家水务局，率先打破了“多龙管水”的格局，在城市基本建立了“一龙管水”的体制，原来分属水利局、环保局、城建局、公用局、国土局的水务管理功能都归属到新成立的水务局。相继，上海、河北、陕西、北京等地也成立了水务局，全国地方水务体制改革进入新的阶段。
不过，在水务改革的大潮推动下，也有一些县市只是把“水利局”的名称改成了“水务局”，管理职能却没有什么改变。
但是，2011年青海省把前几年才改名的州县“水务局”的名称又改回了“水利局”，似乎有些逆大势而动，据说还遭到了水利部的批评。
中央与地方水管理职责的分工
从国家结构形式而言，中国是单一制而非联邦制国家。单一制国家实行中央统一集权，地方政府的权力由中央政府授予，并接受中央政府的统一领导；整个政府实行层级控制，对地方政府不适当的行政行为，中央政府有权撤销；地方的自治必须由中央政府授权。因此，中国在水资源管理方面，有关法律、政策主要由中央政府来制定；地方政府则根据当地的实际情况制定具体实施细则并加以落实。
不过，在管理层级上，仍然根据事务所涉及的区域范围有一定的分工。大致而言，跨省的事务由中央政府负责协调和管理，一个省内的事务由该省负责，省内跨地区的，（市、自治州、盟）事务由省政府负责协调和管理，一个地市内的事务由该地市负责，地市内跨县（自治县、市、旗）的事务由地市负责协调管理，一个县市之内的事务由该县市负责。
另外，事情本身的大小——工程规模的大小、用水量的大小等——也可以决定事务的管理层级。例如，多大规模投资必须省审批、多大的投资必须中央审批。还有项目资金来源的性质，也影响项目的管理层级：省出资的由省管，中央出资的由中央管。
需要考虑的问题是：第一，中国这么大，各地情况千差万别，中央“一刀切”的统一政策很可能不符合一些地方的实际情况；第二，水具有流域性，流域内上下游联系紧密，而跟流域外几乎没有关系，适于按流域为单元来进行管理。因此，在坚持全国的大方向、大原则一致的前提下，应鼓励各自的自主性和积极性，提倡各地、各流域根据各自的具体情况制定当地的水资源管理体制和政策。