《焚书》是明代思想家李贽“异端”儒学的结晶，是反理学、反传统、反教条的檄文。
明代晚期，社会动荡不安。农民起义此起彼伏，阶级矛盾日益尖锐。艰难生长的资本主义萌芽遭受腐败政治与封建经济的摧残，发展极其缓慢。在历史的发展面临重大抉择的关头，地主阶级内部改革派与保守派之间在政治上、思想上都展开了激烈的较量，因循守旧反对改革的传统思想孔孟之道、程朱理学等遭到了猛烈的冲击。被封建卫道士们视为“狂人”的“异端”思想家李贽，就是抨击时局，揭露假道学和封建礼教的勇敢斗士。
李贽于万历十八年(1590年)64岁高龄时著《焚书》，又称《李氏焚书》，6卷。他死后由门人汪本轲编辑成集，刻于万历四十六年(1618年)的《续焚书》，5卷。两书收录了这位著名思想家、文学家生前所写的书信、杂著、史评、诗文、读史短文等，表明了他的政治思想和哲学思想，是我们研究李贽生平和思想的重要著作。
李贽最痛恨维护封建礼教的假道学和那些满口仁义道德的卫道士、伪君子。他指斥那些所谓的道学家们：名心太重，回护太多。“实多恶也，而专谈志仁无恶；实偏私所好也，而专谈泛爱博爱；实执定己见也，而专谈不可自是。”及乎开口谈学，便说尔为自己，我为他人；尔为自私，我欲利他”，实际上都是“读书而求高第，居官而求尊显”，全是为自己打算，“无一厘为人谋者”(《焚书·答耿司寇》)。如此口是心非，言行不一的伪君子，反倒不如“市井小夫”与“力田作者”实实在在，干啥说啥(同上)。他还进一步指斥道学家们是一群道貌岸然的假道学，“阳为道学，阴为富贵，被服儒雅，行若狗彘”(《续焚书·三教归儒说》)。道学家满口仁义道德，实际上是借道学这块敲门砖，“以欺世获利”，为自己谋取高官利禄，他们“口谈道德而心存高官，志在巨富”(《焚书·又与焦弱候》)，李贽对程朱理学及卫道士们的揭露真可谓一针见血，句句中的。
李贽对统治阶级所极力推崇的孔孟之学也大加鞭挞。在《焚书·赞刘谐》及《续焚书》的《圣教小引》、《题孔子像于芝佛院》等文中，他以戏谑嘲讽的笔调贬低孔子，这在尊孔子为至圣先师的古代，真是一种大胆的举动。他认为孔子并非圣人，“虽孔夫子亦庸众人类也”(《焚书·答周柳塘》)。孔子没什么了不起的，“耕稼陶渔之人即无不可取，则千圣万贤之善，独不可取乎?又何必专门学孔子而后为正脉也”(《焚书·答耿司寇》)。人人都是圣人，又何必一定要去学孔子呢?这就把孔子从至高无上的圣人地位上拉下来了。如果一定要将孔子奉为偶像，言行举动都学孔子，那就是“丑妇之贱态”(《焚书·何心隐论》)了。李贽否认儒家的正统地位，否定孔孟学说是“道冠古今”的“万世至论”，认为不能将其当作教条而随便套用。《六经》、《论语》、《孟子》“乃道学之口实，假人之渊薮”(《焚书·童心说》)。李贽对孔子及孔孟之道的批判确已达到了“非圣无法”的地步，难怪统治阶级对他要恨之入骨了。
对封建礼教压迫下的妇女，李贽给以深深的同情，他大声疾呼，为妇女鸣不平。在《焚书·答以女人学道为短见书》中，李贽批判了男子之见尽长，女子之见尽短的说法。他说：“不可止以妇人之见为见短也。故谓人有男女则可，谓见有男女岂可乎?谓见有长短则可，谓男子之见尽长，女子之见尽短，又岂可乎?设使女人其身而男子其见，乐闻正论而知俗语之不足听，乐学出世而知浮世之不足恋，则恐当世男子视之，皆当羞愧流汗，不敢出声矣。”这是对传统封建礼教的尖锐挑战。
对封建统治者残酷压榨鱼肉人民的暴行，李贽加以无情揭露。他借汉宣城郡守封邵化虎食民的神话传说，指斥当权的官吏是“冠裳而吃人”的虎狼，“昔日虎伏草，今日虎坐衙。大则吞人畜，小不遗鱼虾”(《焚书·封使君》)。在《焚书》中，他还借评点《水浒》，发泄对现实政治的强烈不满。
如何拯黎民于水火，探求一条益国利民的道路呢?李贽将目光投向了封建统治阶级上层，希望“有一个半个怜才者”出现，使“大力大贤”的有才之士“得以效用，彼必杀身图报，不肯忘恩”(《焚书·寒灯小话》)。这说明李贽并非要推翻封建统治，而是要维护它，表明了他的政治思想没有超出地主阶级思想与时代的限制，也不可能违背地主阶级的根本利益。
李贽哲学思想的形成经历了从唯物主义到主观唯心主义转化的过程。李贽主张宇宙的万物是由天地(最终是阴阳二气)所生，否定程朱理学理能生气、一能生二的客观唯心主义论断。李贽还认为，人们的道德、精神等现象存在于人们的物质生活中，“穿衣吃饭，即人伦物理”(《焚书·答邓石阳》)，就是他提出的著名理论，这是带有朴素唯物主义的思想。李贽信奉佛教和王阳明的心学，所以，他的整个哲学体系的中心是主观唯心主义的。他认为“真心”、“童心”是最根本的概念，是万物的本源。自然界是“我妙明真心的一点物相”(《焚书·解经文》)，没有“理”，没有物，世上一切物质和精神皆是只存在于“真心”之中。什么是真心呢?就是童心、初心，最初一念之本心，即不受外界影响的“我”的心。它们是主宰一切，产生诸相的本源，可称作“清净本源”，万事万物、山河大地就在一念之中，只是真心的显现物，是真心的因素和成分，如同水泡和大海中的海水的关系。这种观点，与陆王学派的“吾心便是宇宙，宇宙便是吾心”、禅宗的“万法尽在自心”是一脉相承的。李贽用主观唯心主义作为反对以客观唯心主义为基础的程朱理学的理论武器，势必削弱自身的战斗力。
李贽的认识论是建立在主观唯心主义之上的先验论，主张渊源于佛性的“生知”说。《焚书·答周西岩》一文指出，“天下无一人不生知，无一物不生知，亦无一刻不生知。”人人有生知，人人有佛性。“人皆可以为圣”(《焚书·答耿司寇》)。李贽以“生知”说反对神化孔子，从认识能力、认识来源的角度来否定认识正确与否要以孔子为标准的传统思想，具有解放思想的进步作用，但以“人人生知”反对“圣人生知”说，其认识论方面的局限和缺陷是不可忽视的。
李贽的哲学思想中有不少朴素辩证法的思想。《续焚书·与陶石篑》中说：“善与恶对，犹阴与阳对，刚与柔对，男与女对，盖有两则有对。”他承认事物皆有两个方面，在一定程度上揭示了事物内部的矛盾对立和相互转化。受朴素辩证法思想的影响，《焚书》中表现的政治思想为“世无定时，我无定术”(《晁错》)，“不蹈故袭，不践往迹”(《与耿司寇告别》)等发展变化的思想。
《焚书》是李贽反对封建传统思想的力作。书中对儒家和程朱理学的大胆批判所表现的反传统、反权威、反教条精神，启迪与鼓舞了当时及后来的进步学者，对人们解放思想，摆脱封建传统思想的束缚，产生了极大的影响，因而被统治阶级视为洪水猛兽。李贽也深知其见解为世所不容，故将著作名之为《焚书》，以后也果然于明清二代多次遭焚烧，但却是屡焚屡刻，在民间广为流传。李贽不屈不挠的斗争精神也成为后世之楷模，五四时期进步的思想家把他当作反孔的先驱。“手辟洪蒙破混茫，浪翻古今是非场。通身是胆通身识，死后名多道益彰”(冯元仲《吊李卓吾先生墓诗》)，正是对李贽与其思想影响的真实写照。