6月18日，第三小组成立。恩来同志在成立会上说明了起草共同纲领工作的重要及以往工作的情况。他说：起草共同纲领，任务繁重。这个纲领决定联合政府的产生，也是各党派各团体合作的基础。去年在哈尔滨的各党派代表曾委托中共方面拟定一个草案，中共方面也曾两度起草。但去年工作重心在动员一切力量参加和支援解放战争，而现在的重点却在建设新民主主义中国及肃清反动残余，这是长期性的工作，因此，中共方面的第二稿也已不适用，必须根据新的形势的需要重新起草。会议决定委托中共方面再次草拟初稿，而小组成员则按照自愿参加的原则分为政治法律、财政经济、国防外交、文化教育、其他（包括华侨、少数民族、群众团体、宗教等问题）五个分组进行讨论和拟定具体条文，供起草人参考。参加新政协筹备会的各单位、各代表及第三小组各成员亦可提出自己的书面意见。至7月上旬，各分组均拟就了具体条文。
中共方面再次草拟初稿，仍在恩来同志领导下进行。大约过了两个月时间，写出一个草案初稿。由于我们所要建立的新中国是一个新民主主义性质的国家，所以把题目定为《新民主主义的共同纲领》。8月22日，恩来同志将草案初稿送交毛主席审阅。毛主席仔细阅读了这份初稿，并对其中一些段落作了删改，重新改写了几段文字。
这份《新民主主义的共同纲领》草案初稿，除简短的序言外，分一般纲领和具体纲领两大部分。同前述《中国人民民主革命纲领》草案相比，它删除了“人民解放战争的历史任务”一部分，在具体条文的规定上，增添了不少新的内容。一般纲领中规定：参加政治协商会议的各个单位，要以“奉行新民主主义”作为“长期合作政治基础”，新民主主义是“统一战线的纲领”；“新民主主义的国家制度，是工人阶级领导的以工农联盟为基础的团结各民主阶级及中国境内各民族的人民民主专政的国家制度”；“新民主主义的政治制度，是民主集中制的人民代表大会的政治制度”，“在整个新民主主义制度期间，既不是一个阶级专政，也不是一党独占政府”，而应是各民主党派及人民团体在新民主主义纲领之下的联合政府。此外规定了“新民主主义的国防”、“新民主主义的经济”、“新民主主义的文化”、“新民主主义的国际关系”。具体纲领部分，按“解放全中国”、“政治法律“、“财政经济”、“文化教育”、“国防”、“外交侨务”六个方面，共列45条。这份草案初稿，构成了此后不久正式提出的《中国人民政治协商会议共同纲领》（草案）的基础。
讲到这里，需要解释一下政协会议名称的改变问题。最初，在1948年中共中央发布的“五一口号”和其他一些文件中，沿用了1946年使用过的“政治协商会议”的名称。但这将是在新的形势下召开的具有新的性质、新的阵容、完成新的历史使命的会议，所以便很快采用了“新政治协商会议”的提法。待1949年6月新政协筹备会成立，新政协组织法起草小组首先感到只以一个“新”字来区别于旧政协，并不够确切。第一，旧政协包括国民党在内，新政协排除了国民党反动派；第二，新政协虽然沿用“政治协商会议”这一名称，但它并不完全发源于旧政协，它是百年来民族民主革命特别是30年来新民主主义革命的伟大成果，是中共历来倡导统一战线的组织形式；第三，新政协就其参加成分来说，已具有了全国人民代表会议的性质，名称与实际应该相符；第四，政治协商会议是长期存在的、固定的统一战线的组织，它的名称也应该是正式的、固定的。因此，应把“新政治协商会议”改称“中国人民政治协商会议”。8月22日完成的《新民主主义的共同纲领》草案初稿，已开始使用“中国人民政治协商会议”的名称。随后，恩来同志把这一意见提交筹备会常委会讨论，得到常委们的赞同。毛主席也曾就这一名称问题，同各民主党派主要负责人进行协商，取得了一致意见。到9月17目筹备会召开第二次全体会议时，正式将新政协定名为“中国人民政治协商会议”。
第三次起稿：
《中国人民政治协商会议共同纲领》
进入1949年9月以后，共同纲领的起草工作进入最后阶段。纲领的名称随着政协名称的变动而改为《中国人民政治协商会议共同纲领》。其结构也做了改动，不再分一般纲领和具体纲领，而是在序言之后平列七章。这已是第三次起稿。在这个阶段，毛主席直接参加了多次修改稿的修改工作。
根据有关档案材料，从9月3日至13日，毛泽东至少对四次草案进行了细心修改，改动总计有200余处。不仅如此，他还亲自校对和督促印刷。9月3日，他写便条：“乔木：纲领共印30份，全部交我，希望今晚10点左右交来。题应是《共同纲领）。”当把框架基本定型并第一次正式称作《中国人民政治协商会议共同纲领》的草案稿送到他那里以后，他立即动笔逐字、逐句、逐段修改，并在竖写的题目左侧亲笔加上“（1949年9月5日，初稿）的字样。9月5日晚，毛主席修改后的稿本送去付印，不久，又接到毛主席的便条指示：“乔木：今晚付印的纲领，请先送清样给我校对一次，然后付印。第二天，他把校对过的清样交下，指示：“照此改正，印成小册子1000本。”他在改过9月11日稿后又批示：“乔木：即刻印100份，于下午6时左右送交勤政殿齐燕铭同志，但不要拆版，俟起草小组修正后，再印1000份。”
总之，纲领最后阶段的修改和印制工作，都是在毛主席直接参与和细心指导下进行的。毛主席夜以继日地工作，他身边的工作人员，也随时配合。大家睡眠时间都很少。9月3日的那张便条上，毛主席特意嘱咐：“你应注意睡眠。”这虽然是很难做到的事，但仍表明了领袖对身边工作人员的关怀。
共同纲领最后阶段的修改，是同筹备会及所有出席代表的讨论结合一起进行的。从中共方面正式提出草案初稿，到政协全体会议召开，共经过了七次讨论，计：由到达北平的全体政协代表分组讨论两次，纲领起草小组讨论三次，筹备会常委会讨论两次。此外，政协各参加单位还组织各自成员进行了讨论。代表们字斟句酌，反复推敲，畅所欲言，互相商讨，真正做到了集思广益。讨论中提出的修改意见，有的被采纳或基本被采纳，有的为进一步修改提供了参考，有的当场进行了热烈讨论。至于提出的意见究竟有多少条，是很难统计清楚的。这里只举出几个例子。
关于国名及国名简称问题。本来，在发出新政协号召前后，在中央文件和领导人的着作中，即多次有“中华人民共和国”的提法《新民主主义论》中称“中华人民共和国”），如1948年1月18日毛主席为中共中央起草的党内指示《关于目前党的政策中的几个重要问题》、2月15日完稿的《中共中央关于土地改革中各社会阶级的划分及其待遇的规定》（草案）、8月1日毛主席复香港各民主党派与民主人士电等，都把新中国定名为“中华人民共和国”。但是，随后在10月上旬提出、11月25日达成协议的《关于召开新的政治协商会议诸问题》及随之起草的《新政治协商会议筹备会组织条例草案》和《中华人民民主共和国政府组织大纲草案》中，又改用“中华人民民主共和国”的名称，直至新政协筹备会召开。筹备会期间，黄炎培、张志让等主张用“中华人民民主共和国”，张奚若等主张用“中华人民共和国”，最后决定采用后一种意见。