2001年7月23口，印度尼西亚最高权力机构“人民协商会议”（简称“人协”）提前召开特别会议，罢免了总统瓦希德，梅加瓦蒂当选为印尼第五任总统，也是印尼历史上的第一位女总统，任期至2004年10月。
梅加瓦蒂是在国家进入一个相当困难的时期上台执政的。瓦希德执政期间，不仅没有给广大人民带来所希望的稳定和繁荣，相反国家的政治经济形势不断恶化，物价上涨，贪污盛行，政府信誉降到了最低点。她十分明白，她所面临的这些问题是多年来积累下来的，不可能在短期内一蹴而就，依靠个人的力量更是无法完成。要带领国家摆脱现状，当务之急是组成一个既坚强有力、又能被大多数人所接受的领导班子。为此，她花了半个多月时间，广泛征求意见，从各政党和社会各界提出的众多候选人中精心挑选33人组成新内阁，并称其为“互助合作内阁”，目的是要求内阁部长们精诚团结，集中精力扎实稳妥地解决人们最关切的问题。
作为总统，梅加瓦蒂深谙维护国家领土完整和民族团结的重要，她高举这面大旗，呼吁社会各阶层摈弃派系和个人利益，一切从国家大局出发。在组织内阁过程中，梅加瓦蒂任人唯贤，努力平衡各派利益，使长期以来争吵不休的党派关系明显缓和。军警派系在国家政治和安全方面的作用得到了相应重视，使他们与政府的合作关系得到改善。这种上层政治精英间的和谐共事气氛对稳定政局至关重要，同时也使包括地区分离活动在内的社会冲突有所减少。她明确告诉那些分裂主义者，他们的行为不可能得到其他民族的支持，奉劝这些人重返社会大家庭，共同建设新家园，并强调政府绝不允许某个地区在任何情况下或以任何理由从印尼共和国中分离出去。另一方面，梅加瓦蒂明白，印尼出现分离主义倾向和地方冲突的主要原因是政治、经济和社会的不平等。为此，她对于前几届政府对亚齐和伊里安查亚等地区的不公正待遇表示了歉意，承诺将采取措施，改善当地的状况。
梅加瓦蒂接手瓦希德留下的这个烂摊子，誓言反贪，以取信于民。执政伊始，她从自身做起，对家人亲属约法三章，严禁他们从事商业活动，也不允许有关部门向其家属提供任何经商的便利。与此同时，梅加瓦蒂还带头公布自己的财产，主动接受公众监督。此外，她还号召政府部长和国会议员也从自身做起，反对贪污腐化。这些措施大大提高了新政府的威望，使人们看到了建立一个廉洁高效政府的希望，政府的支持率明显上升。
将与东盟国家关系摆在印尼外交战略的优先位置，这是梅加瓦蒂急需解决的一个现实问题。在其新政权尚未足月之时，从8月21日就开始她对东盟9个邻国的“旋风之旅”。在为期8天的访问中，梅加瓦蒂重申东盟仍然是印尼对外政策的基石。她希望印尼能够重新在东盟内发挥“老大哥”作用，使这个组织在国际舞台仁发挥更大的影响。她也意识到，如果国家经济得不到发展，印尼将无法重新在东盟中发挥重要作用。为实现这个目标，梅加瓦蒂表示，她将在两年半任期内把印尼治理好。此外，梅加瓦蒂还就打击国际恐怖组织活动同东盟成员国领导人交换了意见。马来西亚、新加坡和菲律宾亦都表示不会允许自己的领土成为亚齐分离主义和其他国际恐怖活动的基地。这些表态不仅为印尼放手处理亚齐分离主义问题提供了有利的国际环境，也为印尼实现政治稳定和经济复苏提供了保障。
1965年印尼发生“9·30”事件后，中印两国外交关系于1967年10月30日中断。至20世纪80年代，两国关系开始松动。1990年8月8日，在李鹏总理应邀访问印尼期间，两国外长分别代表本国政府签署《关于恢复外交关系的谅解备忘录》。双方宣布自当日起正式恢复两国外交关系。复交后，在双方的共同努力下，两国关系呈现出良好的发展势头。
2002年3月下旬梅加瓦蒂对中国进行国事访问。这是她就任总统以来首次正式访华。访问期间，江泽民主席与梅加瓦蒂举行了会谈，就双边关系和共同关心的问题深入交换了意见，取得广泛共识。梅加瓦蒂还分别拜会了李鹏委员长、朱镕基总理和胡锦涛副主席，并与中国企业界人士进行了座谈。
在两国领导人双边会晤中，江主席对双方友好关系的良好发展势头感到满意。他对梅加瓦蒂说，中国与印尼是友好邻邦，早在50多年前，阁下的父亲苏加诺总统就与中国老一辈领导人建立了深厚友谊，为两国友好奠定了基础。江主席说，中国有句古话，“远亲不如近邻”。发展与亚洲周边各国睦邻友好合作关系、促进亚洲各国的共同繁荣是中国外交的优先目标之一。不断推进中国与印尼长期稳定的睦邻互信全面合作关系，是中国政府坚定不移的政策。为深化两国在各领域的友好交流，江主席提出了发展双边关系的“四点建议”：继续保持两国高层交往与接触，加强两国各层次的交流合作；扩大两国经贸合作，进一步巩固两国关系的基础；加强两国文化、教育、旅游等领域的交流与合作，促进两国人民之间的了解和友谊；加强国际和地区事务合作，共同维护发展中国家的正当权益。江主席还宣布，中方将向印尼提供4亿美元的优惠信贷，以促进双方之间的互利合作，支持印尼的经济建设。
梅加瓦蒂动情地说，她10年前曾率团访华，如今再次来到中国，看到中国经济建设取得的巨大成就，对此感到钦佩。她说，印尼与中国的友谊源远流长。近年来，在双方的共同努力下，两国在各个领域的交流不断加强，特别是高层交往增多，推动了双边关系发展，相信印尼和中国的传统友谊应该也有潜力得到进一步巩固和加强。她感谢中国政府迄今为印尼经济发展所提供的无私帮助。并说，中国对印尼的帮助是真诚的，充分体现了中方促进和加强中印尼关系的良好愿望。梅加瓦蒂完全赞成江主席就进一步发展两国关系提出的建议，对中方致力于两国友好合作的积极姿态表示赞赏。
会谈结束后，江主席和梅加瓦蒂共同出席了中国与印尼关于印尼在广州和上海设立总领事馆的协议、关于成：立能源论坛的谅解备忘录、关于经济技术合作谅解备忘录、关于桥梁、公路和其他基础设施建设项目开展经济技术合作的谅解备忘录及中国石油天然气国际有限公司和印尼国家石油公司合作协议的谅解备忘录等5个文件的换文和签字仪式。
梅加瓦蒂此次访华肩负着印尼政府和人民的重任，也带来了印尼政府和人民愿进一步发展与中国之间友好合作关系的真诚愿望。她表示印尼愿与中方一道，尽快落实双方在各领域内的合作意向，抓住发展双边关系的良好机遇，推动印尼与中国之间的传统友谊与友好合作关系迈上一个新的台阶。