可是不久，他在瑞士也住不下去了。在法国下令通辑他后，瑞士的日内瓦政府也下令通辑他，并下令烧毁他的著作。很快，全欧洲都掀起了反卢梭的声浪。各国的一些报纸、杂志、小册子都把最恶毒的字眼抛向卢梭，说他是“反教分子”，是狂人、疯子、野兽、豺狼。卢梭成了一个咒骂的对象。
没过几天，瑞士政府也下令驱逐卢梭。卢梭得知后，连夜逃走，翻过一座山后，到达了宗教势力较弱的普鲁士的讷沙泰尔邦。尽管他在这里没遭到迫害，可当地政府迫于教会的压力，下令禁了他的书。后来，卢梭再次受到排挤，他不得不四处躲避，离开欧洲大陆，到英国避难。
3.“忏悔”前后
1767年5月，卢梭从英国回到了法国的加莱港，但并无“重归故里”之感，在法国境内，卢梭仍然是一个通辑犯。为了隐藏身份，他改名为雷诺。为了充实隐姓埋名的隐蔽生活，卢梭继续研究植物，到处采集标本，还以书简形式写下研究成果，有时还和国外的植物学家通信联系，如英国的波特兰女伯爵，他们曾经一起采集标本，卢梭和她通信，署名就是“植物学者”。
除了研究植物外，他还继续写他的回忆录。回到法国的第一年，他写完了《仟悔录》的第五章到第六章，即这本书的第一部。这部分主要是他童年和青年时代的生活，写到1742年他动身到巴黎为止。尽管这一段生活也充满艰辛，但总体上给卢梭留下的记忆是平稳中而有甜美，写作时也主要是沉浸于幸福的回忆。他当时曾想写到此为止了，因为他怕继续写自己那惨痛的历史会引起感伤，而且他也怕涉及从前和他有关系的一些人的名声，甚至也不愿意涉及和他仇恨最深的人的名声，所以他在第一部的最后写道：如果我的名字能够流传到后世，人们也许有一天会知道我还有什么话要说而没有说。那时候，他们也就会知道我所以保持缄默的缘故了。
这话说过两年，他又在迫不得已情况下改变了主张，《忏悔录》还是写下去了。1769年卢梭又开始写第七章至第十二章，即《忏悔录》的第二部，最后完成的时间是1770年11月。本来和出版商约定，要等收梭去世20年后才能发表，事实上，《忏悔录》的第一部不会涉及到任何人的名声，所以在1782年就出版了。又过了7年，即收梭死后11年，第二部也在日内瓦出版，当时书中提到的有好多人都还健在。
卢梭住在圣丹尼斯市这一段生活是比较安静的，就是采集植物标本和写《忏悔录》。
遗憾的是，这种平静的生活被一个突如其来的事件打破了。一位名叫德强斯的城堡看守人意外死亡，卢梭成为被怀疑的对象。因为他常常带着酒和食品到城堡里找德强斯聊天，有人怀疑他在酒里放毒使德强斯致死的。卢梭为证明自己的清白，要求法医验尸；经过验尸，证明卢梭是无辜的。但是失去了一个朋友，又被人怀疑毕竟不是愉快的事，便于1768年7月到了格勒诺布市，在那里继续采集植物标本。8月份，卢梭又到了戈布市。当时该市正在筹备一项活动，市长听说他来到本市，马上请他共进晚餐。卢梭很喜欢这个城市，在一家旅馆里订了房间后便写信让戴莱丝到这里团聚。
8月25日，女友戴莱丝来到了戈布市。4天后，卢梭和她设晚宴隆重招待市长和他的表兄。在市长面前，他俩举行了婚礼，卢梭将戒指戴在戴莱丝手指上，发誓共同到老，至死不渝。这是他们在一起生活25年后感情发展的结果。
1770年春，卢梭决定迁往巴黎，这一年他已被法国当局赦免，可以自由选择居住地了。6月份，戴莱丝终于实现回巴黎的愿望。
他们住在古老的布拉屈斯镇，靠卢梭的版权收入和朋友的津贴维持生活，另外抄写乐谱和作曲也有些收入。
回到巴黎的头一年，卢梭完成了他的《忏悔录》。之后，他还担心后世对他的一生没有一个完整的印象，怕那些诽谤书所留下的阴影不能消除，便于1772年至1775年间写了三则长篇对话，在他身后于1780年汇成文集，以《对话录——卢梭审判让一雅克》之名发表。对话是在一个法国人和卢梭之间进行的。这个法国人从未读过卢梭的作品，却盲目地接受了卢梭的敌人伏尔泰、格里姆、霍尔巴赫所塑造的卢梭的形象。对话中的卢梭对这些阴谋作了最猛烈的抨击，也对自己作了最敏锐的分析。
这时候，卢梭已经变得非常孤僻了。他疑心重重，不相信任何人，不让别人进他的书房，也很少和过去的熟人联系。可是他越不愿见人，外界的人就越想见见这个隐居者。格里姆便借机捏造一些有趣的故事，写成文章发表。其中有一个故事叙述人们急于想见这位隐士的情形：
有一天，一大群人聚集在广场上。
“你们聚集在这里干吗？”有一个人问。
“我们等着看一看卢梭先生。”另一个人回答。
“谁是卢梭？”
“我们也不知道，不过他等一会儿要经过这里。”
虽然卢梭没有在这种大场合中公开露过面，但他偶尔也会在一些女士面前朗读他的新作，并申明他有权公开朗读，因为官方查禁的只是他的书。确实，他在一些贵族王室家里朗读过《忏悔录》有时从早晨一读到深夜。朗读时他并非只挑选某些章节，也不删减任何细节，而是包括他在书中所记述的高尚情感和种种错误，全都原原本本地朗读出来。当他读到把子女送进孤儿院时，许多女士都同情地低下了头。
卢梭知道他的《对话录》无法出版，而在法国又没有一个挚友可以代为保管。《对话录》正是展示他当时心中的强烈感觉：世人都在一致对他进行迫害。他正为此事踌躇，碰巧遇到以前在英国的好友布司比先生，便把已誊好的《对话录》第一部分交给他保管。其余部分誊写完后，也想交给布司比，但他已离开巴黎。卢梭很担心手稿落入他的敌人手中，便想了个主意，将《对话录》包好，在外层纸上写上：“托付给全能之主保管。”
1776年2月24日，卢梭带着《对话录》手稿前往巴黎圣母院，打算把它放在祭坛前，置于主的脚下。他急匆匆赶往大教堂，穿过布满鹅卵石的广场，经过拱门，向圣坛走去。走到栅栏前发现平时开着的栅栏紧锁着，无法进去。这时，他的身体摇晃起来，头也像挨了打似的晃动着，无法将作品呈献给主，使他非常懊恼。
1778年4月12日，是复活节前的又一个宗教节日——圣技主日。这天清晨，卢梭听到了教堂的钟声，立刻想起50年前的这个节日，他初次见到华伦夫人，当时的情景一下子浮现在眼前，使他先是一阵激动，接着便是怅然长叹。思索了片刻，他便拿起笔来，写下对她的追思。
5月20日，应朋友吉拉丹侯爵的盛情邀请，卢梭离开巴黎，迁到了侯爵在埃尔姆农维尔的别墅去居住。他住在这里非常安闲，几乎不和任何人来往，也不再写作，每天散步、闲游和寻觅标本，在植物花草中寻求乐趣。
7月2日，卢梭还是按照老习惯一清早就外出采集植物标本，但这次因为脚痛很快就回家了。喝完咖啡，他对戴莱丝说要去吉拉丹侯爵家，给他小女儿讲音乐，并嘱咐她给锁匠付款。
戴莱丝找到锁匠付完款后回到家时，听见卢梭呻吟说：“我感到胸口一阵阵疼痛，大脑也像被敲打似的。”这时是早晨7点钟，外面天气晴朗，卢梭说他想看看美丽的阳光，戴莱丝便扶他到窗前，只听他说道：“全能的主啊！天气如此晴朗、没有一片云，上帝在等着我了。”说完，他便失去了知觉。到充满阳光的地方去了。后经医生诊断，写下了“由于严重的尿毒症而引起的中风”的记录。
第二天，人们纷纷来到埃尔姆农维尔，瞻仰这位伟人的遗容。随后，他被安葬在波拉斯岛上，这是他一生向往的地方。法国大革命后，1794年4月15日，革命政府迁葬卢梭灵柩于巴黎先贤祠。
《忏悔录》是卢梭的一部影响巨大的作品。本来是他晚年遭到诬蔑、诽谤后被迫写的自传，因为写得坦率，“完全按本来面目把自己表现出来”。这种大胆把自己的隐私公之于众，承认自己产生过卑劣念头，有过下流的行为，把他着手写这本书之前的50年的经历如实道来，结果书中的主角便成为世界上绝无仅有的一幅完全依据本来面目和全部事实描绘出来的人像。人能够坦诚至此，仅此一点，便抓住了读者。何况他是写文章的高手，书中对自然美景的描绘，对坎坷经历的述说，对内心世界的剖析，使这部自传成为极富思想性和艺术性的文学作品。
《仟悔录》是卢梭献给全人类的一部珍贵的作品，他的真诚使一切虚伪的人无地自容。这本书已成为人们必读的文学名著。
卢梭的一生是苦难的，而他的思想是伟大的，永存的。他的平等自由、天赋人权、主权在民的主张，后来成为资产阶级革命的宣言书。他被誉为法国“革命的前驱”。“人类的导师”。
卢梭的著作，无论是文学作品还是思想论著，都在世界上广泛流传。而他的思想也越过国界，成为宝贵精神财富。