1860年的最后几个月发生了多起种植园主的叛乱事件。南部各州不断酝酿退出联邦。南卡罗来纳州任过6届国会众议员和1届参议员的罗伯特·巴恩韦尔·雷特，首先于1860年12月在查尔斯顿召开了秘密会议，通过决议宣布南卡罗来纳州脱离联邦。接着，靠南端的6个植棉州先后退出了联邦，加入南卡罗来纳州的分裂阵营，组成“南部同盟”，推选密西西比的大种植园主杰斐逊·戴维斯为临时总统。“南部同盟”的《宪法》规定废除保护关税制，宣布决不通过任何一项废除或限制黑奴占有权的法律。
这时，南部的参议员、众议员纷纷离开国会，许多官员向政府递交辞呈，不少部队的军官准备辞职，南部州长们都在调遣军队。
在这种情况下，《纽约先驱报》发表社论，敦促林肯不要就任总统，让位给某个南北双方都可以接受的全国性人物。该报还威胁说，林肯如果坚持到华盛顿宣誓就职，将是走进“耻辱的坟墓”，也许要遭到刺杀等等。对此，林肯在《纽约论坛报》上发表了一项声明，表示不能坐视联邦政府遭到毁灭，表示宁死不作让步，也不以妥协换取权力，因为权力是宪法授予的。
1861年2月11日，林肯依依不舍地告别了斯普林菲尔德。在前往华盛顿的路上，他一再谦虚地表示自己是出身贫寒的总统，但却要完成比任何总统都艰巨的任务。
林肯冒着沿途可能遇刺的危险到达华盛顿，并于3月4日宣誓就职。4月14日“南部同盟”夺取了联邦的萨姆特炮台。这是南方不宣而战。林肯原来试图对南方进行安抚的做法已经无济于事，便于次日正式宣布镇压南方的叛乱。这样，美国历史上有名的南北战争从此展开。
平息内战
南北战争从1861年4月开始，到1865年4月“南部同盟”的李将军在阿波托克斯投降之后不久结束，共持续了4年。战争之初北方内部的意见有分歧：马克思主义者和激进的废奴运动者主张彻底废除奴隶制。代表新兴工业资产阶级利益的共和党激进派虽然也主张消灭奴隶制，但在制定联邦政府重大政策方面不能起主导作用。以林肯为代表的共和党中的大多数人认为当时首先要维护联邦的完整统一，而解决奴隶制问题是次要的，因为他们担心边疆各州（这些州也存在奴隶制）倒向“南部同盟”。
联邦政府内部还有一小批右翼分子，如纽约和其他城市的银行家和商人，他们在南部有巨额投资和贷款，因而和南部奴隶主相勾结，进行阴谋活动，一有机会就兴风作浪。此外，北部还有被称为“铜头蛇”（北美的一种毒蛇）的北方民主党主和派和南方串通一气，担心失去南方的棉花会影响北部的工业发展，因此也对政府施加各种压力。
战争开始时林肯自任陆海军最高统帅，作战1年后，由于北方意见分歧以及林肯政府的政策动摇不定，北方在军事上处于劣势，节节败退。相反，南方奴隶主所发动的战争虽然是非正义的，但由于严格实行征兵法，强迫黑人从事生产劳动，动员白人参战，并在一开始就先发制人，对北部进行猛烈袭击，因此战争初期获得了局部的胜利。
在南北战争进程中，美国马克思主义者人数虽然很少，但起了极为重要的作用。北部的自由黑人、从南部逃亡到北部的黑人、广大的工人、小生产者、小资产阶级废奴主义者以及一小部分工业资产阶级都要求彻底粉碎奴隶制度。广大革命群众要求把代表南部奴隶主利益的民主党人从政府机构和军队中清洗出去，实行民主改革，用革命的方式进行战争，以保证战争的胜利。
然而，此时林肯倾向于中间派，在奴隶制问题上他总是谨慎小心，避免坚决的行动，希望在宪法范围内和解。最初他并不要求彻底消灭奴隶制，仅仅反对把这种制度扩展到西部领土，以后林肯认为只能逐步释放奴隶，并应对奴隶主作经济赔偿。
1864年4月6日，林肯政府通过法令，废除华盛顿哥伦比亚特区的奴隶制，规定奴隶主每释放1名奴隶可得到补偿金300美元。
林肯有时还阻止主张解放奴隶的重要行动，例如当时的西线总司令弗里蒙特于1861年8月宣布严惩叛乱通敌分子，没收他们的财产，并解放他们的奴隶。但林肯害怕惊动边界蓄奴州中“忠诚”于联邦的奴隶主，并担心“南部同盟”分子报复，下令撤销弗里蒙特的职务。弗里蒙特是第一个采取解放奴隶行动的北部将领，政府中的右翼分子千方百计想要把他除掉。林肯终于屈服于这一部分人的压力，签发了撤职令。
1862年12月，林肯正式宣布，任何脱离联邦的叛逆州，只要其居民中宣布效忠联邦的人数达到1860年具有选民资格的人数的10％，并承认国会所制定的法令，就可以重新加入联邦。这是对南方奴隶主相当大的妥协。
1884年7月，林肯提出除曾充任“南部同盟”政府高级官吏和高级军官者外，“南部同盟”的其他人，都可经过宣誓效忠联邦的手续获得特赦。在林肯看来，南部参加叛乱的各州并不需要实行政治民主化。如果真的这么做，南部黑人的土地权、选举权以及其他民主权利则都没有保障。
由于联邦政府的软弱，鼓励了北部主和势力，他们主张随时与南方奴隶主妥协，立即停战。西北部虽有广大人民投入反对奴隶制的战斗，但“上层”人物多半是由南部迁来的白人后裔，他们害怕黑人在获得解放后涌入本地，损害他们的利益，宁愿与主和的民主党人结合在一起，阻挠战争的彻底胜利。
战争的第一阶段，由于林肯政府在重大问题上举棋不定，造成军事上的失利，引起人民群众的不满。在纽约和其他大城市，人民不断游行示威，著名的废奴领导温德·菲利浦以钢铁般的意志，冒着生命危险，到处奔波，发表主张消灭奴隶制的演说，抨击联邦政府的动摇不定。
在全国人民的推动下，林肯政府采取了一些果断措施，包括撤掉一再使联邦军遭受挫折的联邦陆军总司令乔治·麦克莱伦，在军队中进行肃反，允许黑人参军等等。
1862年5月20日，林肯颁布了《宅地法案》，允许连续耕种西部无主土地达5年的农民，只缴付10美元证件费就可获得160英亩土地。宅地法还使不需缴纳绝对地租的农场得到了较大的发展，为美国农业资本主义迅速发展创造了条件。这一措施是消灭奴隶制的第一步，因为对奴隶主来说，他们已经无望再获得西部土地了。
战争需要黑人参加，发展中的经济需要新的劳动力，全国要求解放奴隶的呼声日益高涨，废除奴隶制已刻不容缓。
1862年9月22日，林肯终于发布了举世闻名的第一个《解放宣言》，也称做《初步解放宣言》。以后，当林肯于1862年底，握笔在手签署稍作修改的《最后解放宣言》时，他庄严地表示：“在我的一生中，从来没有比此刻签署这一文件时更加相信自己是正义的。”
宣言在报上公布后，北部人民游行示威，载歌载舞，彻夜不眠。
林肯由于颁布了这些革命法令而进入了世界伟人的行列。马克思认为这个文件是“自成立联邦以来，美国历史上最重要的文件”。
《解放宣言》规定自1863年1月1日起，南部参加叛乱的所有种植园主的奴隶，被视为自由的人民，都有参军的权利。从此，400万奴隶获得了解放，成为“南部同盟”后方反对奴隶主的同盟军。将近19万被解放的奴隶参加了联邦军队，活跃在联邦的各个战场上，给南部以沉重的打击。
永垂青史
林肯按预定计划于1863年1月1日发表了第二个《解放宣言》，即《最后解放宣言》。在这以后，内战发生了急剧的变化，北部从混乱的防御局面中解脱出来，转守为攻。
在东线战场，1863年7月1日联邦军在葛底斯堡大会战中击败南军，扭转了战局。同年11月19日葛底斯堡举行国家烈士公墓落成典礼。林肯应邀发表演说，而演说全文只有10句话，用了3分钟时间。
这篇号召为自由而献身的演说引起了轰动，美国报纸说他过去演讲时语病百出，这次完全出人意料的演说“感情深厚，措词精练，朴实、优雅，行文完美无缺”，堪称“演说的典范，是一篇誉满全球的演说词”，将“永垂青史”。
在西线战场，联邦军队打通了密西西比河大动脉，切断了“南部同盟”的大西洋沿途诸州与墨西哥诸州的联系，使“南部同盟”的军事力量受到沉重打击。此后，联邦军队在付出很大牺牲后又继续取得了几次战役的胜利。
1864年3月，林肯委任格兰特为陆军中将，4月向南部波托马克河全线发动最后攻势。6月南部李将军被迫退居彼得斯堡。
1865年4月9日李将军率部投降，不久，南、北卡罗来纳州的同盟军也全部投降。几周内，南北战争宣告结束。这是美国历史上划时代的大事，它是独立革命的延续与深入，为资本主义的发展开辟了广阔的道路，因而也被称为美国“第二次革命”。
1918年8月20日列宁在《给美国工人的信》中曾高度评价这次战争，指出南北战争具有极大的、世界历史性的、进步的和革命的意义。他还在这封信中强调：“为了推翻黑奴制度，为了推翻奴隶主的政权，就是使全国多年进行国内战争，遭到同任何战争分不开的无穷的破坏、摧残和恐怖，也是值得的。
北部的胜利维护了以联邦为形式的国家的统一。在战争期间，林肯还制订了新的关税法，设立了国家银行，鼓励移民，开始兴建横贯大陆的铁路等，这些民主改革措施，为工业的迅速发展铺平了道路，为20世纪90年代美国工业生产跃居世界第一位打下了基础。林肯感到禁止奴隶制度在宪法中尚无依据，担心根据《解放宣言》获得自由的黑奴会再次沦为奴隶，因此，他极力主张修改宪法。1865年1月，国会通过了《宪法第十三条修正案》。这是他对解放黑奴斗争的又一巨大贡献。
在内战时期，林肯工作纷繁。为了整顿政府，他在1639名官员中，撤换了1457人。他处理问题秉公而坚定。例如，事实证明约翰·耶比尔是帮助“南部同盟”的间谍和海盗。在比尔被判死刑后，一大帮头面人物出来说情，他们想通过总统的私交来影响总统，但结果还是失败了。
1863年，他说服妻子让儿子罗伯特参军。儿子参军后，他又写信给部队司令官要求不要让罗伯特当军官。
作为总统，林肯年俸为25000美元，但是，他在4年中，用这笔钱购买了75000美元的国家公债券。
1864年11月8日，在尖锐的政治斗争形势下举行了四年一度的总统选举。由于北部转败为胜，以及左翼力量对全国联邦党（共和党人为了争取民主党人的支持而暂时改用的名称）的支持，林肯以压倒优势的票数击败了他的对手民主党的乔治·麦克莱伦而再度当选为美国总统。
南北战争期间，南部奴隶主放火烧毁种植园，使南部经济遭到严重破坏。因此战后，恢复经济成为当时全国最迫切的任务，林肯准备酝酿重建南部的计划。
1865年4月14日内阁会议结束之后，林肯为了解除疲劳，偕夫人前往华盛顿戏院观看三幕喜剧《我们的美国表亲》。晚上约10点半，正当演出达到高潮时，在内战中同情南方的名演员约翰·威尔基斯·布斯经过周密准备，右手持枪，左手持刀，潜至林肯包厢后面，一枪击中林肯后脑。林肯应声倒下，昏迷不醒，经过一夜抢救未能脱离危险，于1865年4月15日清晨逝世。
林肯逝世后，全国人民深为悲痛，许多城镇的哀乐长鸣。从华盛顿到斯普林菲尔德的墓地，沿途群众以各种方式表达对林肯的崇敬与怀念。马克思在1862年10月为《新闻日报》写的《北美事件》中说：“在美国历史和人类历史上，林肯必将与华盛顿齐名！”