他后半生对唐宋名家的作品，朝夕揣摩，临池不辍。万历三十一年（1603年）董其昌49岁之时，他对晋、唐以来名人法书加以评定题跋，编纂成《戏鸿堂帖》。《戏鸿堂帖》因梁武帝评钟繇法书“群鸿戏海”之语而命名。初刻以木板，板毁于火后，模勒上石嵌于“香光室”。此帖集历代名家法书凡十六卷，这是他艺术生涯中值得记载的一件大事，但因其中有伪劣之作及摹勒不精，此帖历代评价不高。
60岁时，董其昌书艺渐趋成熟，他真正领悟到“书家妙在能合，神在能离”的真谛，从而开始进入旺盛的创作阶段。他出入钟繇、二王、颜真卿、杨凝式、米芾、李邕等诸家，形成了古淡、率真和萧散的个人风格。
董其昌对自己取得的书法成就很自负，常常有意无意地和赵孟頫相比。在李日华所著《味水轩日记》中就载有董其昌这样的题签：“行间茂密，千字一同，吾不如赵。若临仿历代，赵得其十一，吾得其十七。又赵书因熟得俗态，吾书因生得秀色。赵书无不作意，吾书往往率意。吾当作意，赵书亦输一筹，第作意者少耳。”
他又在《论画》中说：“吾与书似可直接赵文敏、第少生耳，而子昂之熟，又不如吾有秀润之气。”
董其昌多次用“生”“率意”“秀润”和“萧散”评价自己，从中也可以看出他在书法上的审美追求。在绘画方面，董其昌也多得益于他的书学成就。
和对书法的自我评价一样，董其昌对自己的绘画水平更为自负。他常常说，他和赵孟頫同学于北苑（即五代时的董源），但“未知鹿死谁手”，而对于明代画家，文征明是当时最负盛名的吴门画派的领袖，董其昌认为自己与文征明不分上下，各有短长。他认为，他的画虽不如文征明精工细制，但在古雅秀润方面，他要更盛一筹。他甚至说自己的画，没有一点儿李成、范宽的俗气。李成、范宽都是北宋的山水画大家，可见董其昌自我期许之高。
董其昌17岁学书，22岁学画。他从临摹“元四家”中黄公望的作品入手，后来又从收藏家手中借来宋人真迹临摹，尤其对南宋画家马远、夏圭、李唐的作品焚膏继晷、用功极猛，并把自己和这些大家作品的沉浸与周旋，说成“望见古人门庭”，犹如“与诸家血战”。
37岁时，董其昌告病还乡，搜集“元四家”的作品临摹，悉心揣摩他们技法的渊源所在。后来他领悟到了“元四家”多以董源为师，他也应该追根溯源，从那以后，董其昌就特别注意收藏五代画家董源的作品。据《画禅室随笔》所记：“吾家有董源《龙宿郊民图》。”又如：“董北苑《蜀江图》《潇湘图》，皆在吾家……又所藏北苑画数幅，无复同者，可称画中龙。”以及“余家所藏北苑画，有《潇湘图》《商人图》《秋山行旅图》……”这里所说的“北苑”即是指董源。
万历二十四年，他通过一位任中书舍人的同僚，设法购得黄公望的《富春山居图》，并惊喜地发现此画胜于当朝项元汴和王世贞收藏的所有黄公望的画作。第二年，他又购得《潇湘图》，这是后来传入董其昌手中的董源两幅大卷轴中的第一幅。董其昌对这幅《潇湘图》特别珍爱，几次巡游都身携此图，手不释卷，展玩不已。
在“元四家”中，他特别喜爱黄公望和倪瓒，尤其是倪瓒，董其昌认为他平淡天真，既得荆、关、董、巨遗意而又能自成一家。董其昌山水画受传统影响，主要是以这两人为主。比如在63岁所作《高逸图》中，山石皴法以侧笔为主兼用折带、披麻皴。侧笔效擦，正是倪云林山水的面目。
董其昌43岁所作的《婉娈草堂》（私人收藏），是写赠陈继儒的。乾隆题诗几满通幅，后曾为端方所藏。可称中年时期的精品。45岁所作的《山水图卷》（藏南京博物院）是他这个时期的又一代表作。上海博物馆藏的《山庄秋景图》扇面，上题“癸卯秋日画赠新宇丈，玄宰”，是他49岁时的作品。画面用柔润阔绰的线条勾写，并加以水墨渲染，一望可知其技法源自黄公望和王维。
董其昌认为自己的绘画，到了50岁以后，才得以“大成”。从50岁以后，董其昌笔下的山水虽仍以董、巨、米、黄、倪画风为主要面貌，但已融会贯通。这一时期的作品看似平淡无奇，但静静细观，就会觉得他的运笔含蓄凝练，墨彩沉静而耐人寻味。
他52岁时作的《秋山图》（藏广东省博物馆）、59岁时作的《烟江叠障图》（藏上海博物馆），还有万历四十一年所作的《山水图卷》，都是这一时期的代表作。
其实，不论是仿董、巨还是仿子久和云林，他都是借助于他们的笔法，以追求自己的“生”“拙”“真”“秀”“润”。
沉稳生拙，外柔内秀，正是董其昌晚年绘画表现出的审美风格。
70岁以后，董其昌的创造力更加旺盛，南京博物院藏《松溪幽胜图轴》作于71岁。辽宁省博物馆藏《书画合璧卷》作于73岁。全幅墨色沉郁，风格清润。远山娴熟地运用了“米点山水”的技法。
董其昌在书法方面审美风格的取向，得自于书法心得，也得益于广博的见识。陈继儒曾记载了这样一则轶闻，陆以宁对董其昌开玩笑说：“今日生前画靠官，他日身后官靠画。”这两句戏谑之语的意思大致是说，因为官职，你有了这样高的画名，以后别人会因为你显赫的画名，才了解你的官职。
特殊的社会身份与政治地位，使董其昌得以接触大量古代书画传世名迹，这为他开阔眼界、直登艺术堂奥并成为一代宗师打下了深厚的基础。他能成为一代领袖、在书画创作和理论上卓尔不群，无不得益于这种广博丰厚的积淀和识见。因为他作为书画家和鉴赏家的双重身份，收藏家们也渴望自己的收藏品得到他的题款和认可。
由于他的政治地位，通过那些活跃于政界的朋友，他比任何一位同时代的画家所能观赏到的历代书画大师的精品都多。
董其昌初进翰林院时，作为当朝首屈一指的收藏鉴赏家，韩世能恰巧是董其昌在翰林院的馆师之一。董其昌在书画方面表现出的才能，自然很快得到韩世能的赏识，并由此而成为他的得意门生。在《容台集》中多次出现韩世能的名字，几乎总是与他提供给董其昌研究的书画收藏联系在一起。如《画禅室随笔》卷一《临王右军曹娥碑跋》：“余为庶常时，馆师韩宗伯公所藏《曹娥碑》真迹绢本示余，乃宋德寿殿题，元文宗命柯九思鉴定书画，赐以此卷。赵孟頫跋，记其事甚详，且云：‘见此如岳阳楼亲听仙人吹笛，可以权衡天下之书矣。’当时以馆师严重，不敢借摹。”当时因为官职小，董其昌不敢贸然向韩世能提出借临。但后来，随着韩世能对他的器重，这种情况很快得到改善。如《临十三行跋》卷一载：
“此韩宗伯家藏子敬《洛神》十三行真迹。予以闰三月十一日登舟，以初八日借。冷。是日也，友人携酒过余旅舍者甚多。余以琴棋诸品分曹款之，因得闲身仿此帖。既成，具得其肉，所乏神采，亦不足异也。”
这是董其昌于万历十九年（1591年）乘船南行前借出韩世能《洛神赋》十三行真迹临摹研习三天的记载。当年春，韩世能延邀董其昌为其收藏的陆机《平复帖》题签。
董其昌推崇“元四家”，尤其把四家中的倪瓒看作元代文人画的极致，他认为：“……吴、黄、王三家皆有纵横习气，独云林古淡天然。”又说倪“以天真幽淡为宗”。云林即是指倪瓒。而董其昌自己的画，也是“以天真幽淡为宗”的。
董其昌竭力反对北宗“刻画细谨，为造物役”。但又并不完全否认宋画的成就。他的创作审美理想是“有宋人之骨力去其结，有元人之风雅去其佻”。对宋人和元人，董其昌是采取取长补短的态度。他取宋人画中的骨力，但避开它的刻露强硬。学习元人的风雅逸趣，避开轻佻荒率的习气，由此致力于创建一种可以与宋人和元人并称的画风。可见，董其昌有意突破前人局限、着力创建自己画风的远见卓识。
在意境上，他追求秀润与平和，避开元人的荒寒。在树木山石的结构、造型方面，他选取了宋人山水画精微刻画的长处，在笔墨趣味上，他追求在率意中不失法度。
对于宋人画法的吸取与融会，使得董其昌的山水画在意境上既具有元人的韵味，但又不同于元画的荒寒、寥落与枯索，而是富有宋人的秀润、平和与妍美。
可以说，这种对笔墨形式趣味的有意追求，是在山水画发展的特殊时期，对文人绘画的一大发展和特殊的贡献。当然，这种追求，在当时画坛已见萌芽。董其昌强调笔墨的形式美感，把山水画从形象化再现转变为书法性的笔墨表现。他认为，“以蹊径之奇怪论，则画不如山水（自然景物）；以笔墨之精妙论，则山水决不如画”。他把元人提倡以书入画重视笔墨表现的观念，提升到绘画第一要义的层面，认为山水画创作的目的不在于描摹自然界的真实山水，而在于体现笔墨自身的形式美感。
他主张以书法入画。他说：“士人作画，当以草隶奇字之法为之，树如屈铁，山如画沙，绝去甜俗蹊径，乃为士气。不尔，纵俨然及格，已落画师魔界，不复可救药矣。”
董其昌把画中“士气”的体现做为追求，并竭力避免“画师魔界”，认为那样是不可救药的。
同时，他十分重视墨法。他的山水画中的墨色沉静、简淡、温润、明净，即使是仿米氏云山之作，也不是墨色混沌，一片狼藉，而是以浓破淡，层次明晰。水墨点染中含有凝练的笔法，墨彩明润。清代画家王原祁特别推重董其昌的墨法，他评道：“董思翁之笔，犹人所能。其用墨之鲜彩，一片清光，奕然动人，岂人力所得而为？”
董其昌学习古人，善于摄取合乎他审美趣味的技法要素，并不拘执于一家一派之法。他十分推崇米芾，他认为米芾的画，打破了传统画家的观念，有很高的格调，没有一点儿职业画师的习气。董其昌常用“米氏云山”法入画，取其水墨点染的潇洒、灵逸，而舍其简率、混蒙。但他能够把米氏的“墨戏”与董源、巨然的法度相结合，笔墨既含蓄滋润潇洒，又避免了率易流滑，从而自成一格。
董其昌提倡学习传统，但主张学古而要能变。他用理想中的技法来改造和变革古人的法度，综合众家之长，最终形成他既萧散、率真，又秀润、妍美的个性笔墨风格。
对古代的书画作品，他收藏颇丰。董其昌先后收藏了王维、董源、巨然、米芾、赵伯驹、赵大年、赵孟頫、黄公望、王蒙、倪瓒等前代大师画迹。同时，他也是鉴识广博的书画鉴藏家，在自己和别人收藏的许多书画名作上，留下了鉴赏性的题识。他善于从艺术风格历史发展演变的脉络着眼，往往能独具法眼，发表精到的鉴赏见解，为时人所服膺。