格利佛又要去旅行了。这一次他乘坐的是“探险号”轮船。半路上，遇到了风暴，船漂到了一个陌生的地方。这时候，船上的淡水快用完了，格利佛和几个水手登上一座荒岛去找水。突然，他们发现一个跟教堂的尖顶一样高的巨人在追赶他们。其他的同伴都逃回船上去了，格利佛晚了一步，没跟上大家，被留在荒岛上。
格利佛害怕极了，慌乱中爬上了一座很陡的高山。他向四周望了望，看到有一个山村，还种植着庄稼，可是很奇怪，这里的青草长得比人高，庄稼长得就像森林一样高大、茂密。格利佛进了一块麦田，在里面什么也看不见。大约过了一个小时，麦田里来了几个人，他们是来收割庄稼的。格利佛眼看就无处藏身了，便躺在草丛中等死。
一个巨人发现了躺在草丛中的格利佛。一开始，那巨人又惊又怕，以为格利佛是什么危险的动物，用两个手指像抓一只苍蝇那样，把格利佛高高地举在空中。格利佛疼得要命，又害怕被巨人摔死，就向巨人苦苦哀求。那巨人好像听懂了格利佛的意思，把他放在衣袋里，交给了主人，并把发现格利佛的经过对主人说了一遍。
主人观察了格利佛的一举一动，相信他是与人类似的动物，就把他带回了家。
巨人一家对格利佛很友好。那个主人叫他9岁的女儿做格利佛的保姆和老师，教他学巨人国的语言。还给他取了个名字，叫格立锥格，意思是小人。
巨人在麦田里捡到了一个形状像人的怪物的消息，很快就传开了。主人听从朋友的意见，在一个集日把格利佛带到了集市上，让他表演了许多节目，主人赚到了一大笔钱。
从此，主人就带着格利佛到全国各地去展览演出，后来到了首都。国王下了一道命令，要那个巨人带着格利佛进宫，为王后表演。看了格利佛的表演后，王后舍不得让他走，就用1000块金币把格利佛买了下来。国王开始以为格利佛是由哪位高明的工匠装配起来的机器，格利佛就向国王讲述了自己是怎样来到这里的，还把自己国家的事情讲给国王听。国王相信了格利佛的叙述，叫王后好好照顾他。
王后命令木匠给格利佛做了一个箱子居住；每逢吃饭的时候，王后总要格利佛陪她一起吃。国王也喜欢格利佛，空闲时总喜欢和格利佛一起谈话，让格利佛给他讲述有趣的事情。
王后身边有一个矮子，只有其他巨人一半那样高，但还是比格利佛高许多倍，就常常欺侮格利佛。巨人国里的苍蝇，有老鹰那样大，常常飞到格利佛的脸上捉弄他。一次，格利佛在王宫里看花，一条像大象一样高大的狗，把格利佛当成小兔子咬在嘴里。格利佛吓得昏了过去，幸亏狗没有咬伤他的身体。
格利佛在王宫里虽然受到国王和王后的喜爱，但他总盼望着有一天能回到自己的祖国去。
一晃两年已经过去了。一天，国王和王后要到外地去旅行，把格利佛一起带去。到达目的地以后，一个仆人拎着格利佛居住的木箱子，到海边去让他呼吸些新鲜空气。
木箱子放在海边，被一只老鹰发现了。老鹰想把箱子里的格利佛吃掉，就把箱子叼走了。刚飞到半空中，便遭到其它老鹰的抢夺，箱子掉到了海里。
格利佛在箱子里拼命喊救命，还把手绢系在木棒上，伸出窗口挥舞，盼望有人来救他。大约过了一个小时，一艘客轮驶经这里，船上的人惊奇地发现了箱子里的格利佛，把他救了出来。格利佛再次回到了家乡。
由于格利佛在巨人国住了两年，已经看惯了那里的一切，回家后，看到的房屋、树木、牛羊都非常矮小，觉得很不适应，甚至以为自己又回到了利立浦特小人国。过了很久以后，他才慢慢地习惯了。