晚上，张群从昆明飞回成都，向蒋介石报告云南省主席卢汉的动向，谓彼正在戒烟，态度反常，只想要钱，公义私情皆所不顾。其实早在11月18日，蒋介石即已获悉卢汉“态度急变”，对其早已生疑。12月9日，蒋介石还留待成都观望局势，一度还打算去昆明；然而幸亏没去，因为卢汉是日忽然宣布投共（难怪前几天蒋日记里提及要见卢汉，卢却一直避不见面，推说在戒烟身体不适），随即扣押了刚飞抵昆明的张群，同时发出通缉令要各地“活捉蒋匪”。是日，刘文辉、邓锡侯、潘文华在彭县联名向毛泽东主席、朱德总司令及全国人民发出起义通电，宣布脱离国民党政权，接受中央人民政府领导。10日晨，卢汉致电刘文辉，建议四川军人发起第二次“西安事变”，扣留蒋介石，为人民立功。然而该电文却被蒋介石截获，蒋立即召见胡宗南、顾祝同、萧毅肃等人，商讨对云南处理的方案。为蒋介石安全考虑，在座的文武官员都劝其速离蓉飞台，蒋才决定离去。事见其12月10日日记：
“乃召集顾（祝同）、胡（宗南）、王方舟（陵基）、萧毅肃等人，研讨……文武人员皆要求余离蓉飞台，不先飞西昌……”
1949年12月10日下午2时，是蒋介石在中国大陆的最后一刻。“午餐后起行到凤凰山上机，14时起飞……”（12月10日蒋介石日记）此时，电话通讯忽然中断（被截断），蒋介石与外界失去联系。时间有一二十分钟，安静得几乎令人窒息。解放军先头部队很快就会逼近机场，形势已非常紧张。在衣复恩等人的劝说下，蒋介石擦了把脸，默默无语，乘上飞机。“他坐在飞机上一言不语，坐飞机起飞就走了，走了以后在飞机上他就休息，就拿本书在看书。他与跟他走的人也没什么好谈的嘛，唉，很孤单。”（蒋介石专机驾驶员衣复恩事后接受采访时，回忆道。）透过舷窗望去，飞机下的大好河山，是留在蒋介石记忆中最后的祖国大陆。
流水一逝，不再返回。这是蒋介石最后一次回首大陆江山，直到1975年过世，他再也没有踏上大陆一步。
“14时起飞，途中假眠三小时，未能成寐，20时半到台北。与辞修同车入草庐。回寓……环境清静，与成都晦塞阴沉相较，则判若天渊矣。24时前就寝。”（蒋介石10日日记，16日“上星期反省录”）蒋介石在日记中，多半会在最后记下一笔几时就寝，通常是10点30分左右；而12月10日这天有些例外。这一天对他来说，堪称人生中最漫长的一天，以致直到午夜方才睡下。
在西南内陆，贵阳和桂林先后在11月解放；11月30日重庆解放，国民政府北迁蓉城；12月9日，“国民政府行政院”开始在台北办公；26日成都解放。国共内战到此已近尾声，到1949年年底，除海南岛及舟山群岛仍控制在国民党军队手中（直到次年5月）外，国民政府已几乎完全被逐出大陆，败退到台澎金马。国共大战，以中共完全解放大陆终结。
11月28日，阎锡山的“行政院”内阁迁往成都办公。彼时李宗仁已出国，蒋介石重揽全权，阎锡山已失去了调和蒋、李矛盾的地位，因而不被倚重。12月8日，阎锡山带领其政府成员副院长朱家骅、财政部部长关吉玉等从成都飞往台湾。抵台后，阎锡山在寓所招待记者时，正式宣布“国民政府”自即日起移台办公。自此国民党在大陆的统治彻底结束。
“国民政府”播迁台湾后，1950年1月20日，“监察院”致电在美之李宗仁，促请返“国”视事，李以身体有恙仍需调养为由复电婉拒；2月5日，“国大”代表胡钟吾、刘宜达等人再电，仍未有结果；2月14日，国民党“中央非常委员会”委员居正、于右任、张群、吴铁城、朱家骅、陈立夫、何应钦、阎锡山、吴忠信等人联名致电李宗仁，劝其回国，并称若再不归国将请总裁复职。这是“国民政府”方面最后一次劝说。
1950年3月1日，在各界劝进中，蒋中正正式宣告复行总统职权。蒋于复职文告中称：“李代总统自去年十一月积劳致疾，出国疗养，迄今健康未复，返旆无期；于是全体军民对国事惶惑不安，而各级民意机关对中正责望尤切。中正许身革命四十余年，生死荣辱早已置之度外，进退出处，一唯国民之公意是从。”
此后李宗仁仍具“副总统”之地位，直至1954年2月，“国民大会”集会选举第二届“总统”；遂于3月10日审议了1952年1月监察院通过的弹劾李宗仁案，并举行投票。同意弹劾的比率高达94.4%，符合了三分之二同意门槛，李宗仁“副总统”之职旋告罢免，从此关闭了去台的门路。
而桂系的另一核心人物，与李宗仁合称“李白”的白崇禧，在12月3日乘飞机去了海南岛。蒋中正于12月10日，派陆军副总司令罗奇及国防部参谋次长陈良赴海南请白去台北组阁。此前，李宗仁曾警告白“桂系到台湾无用武之地”；但白崇禧在主力尽失，余部由第一兵团司令黄杰率领逃往越南后，仍按原定计划于12月30日由海南岛转往台湾。据李宗仁的说法，白是受蒋介石承诺委以“国防部部长”职务而赴台的，而其本人亦曾为出任“行政院院长”而主动为蒋复职奔走。但白崇禧到台后，仅获聘为“总统府战略顾问”委员会副主委及“中国回教协会理事长”等闲职。
有“常胜将军”之称的白崇禧，在国民党将领中素有“小诸葛”“今诸葛”“当代张良”“现代第一俊敏军人”等雅号，连毛泽东都评价他为中国第一狡猾军阀。其卓越的军事才能为国共名家所看重，甚至日本人也称之为“战神”；然而白崇禧自视过高，政治上短视，远不是蒋介石的对手。周恩来曾经这样评价他：“白健生颇自负，其实在政治上无远见，竟听信蒋介石的话，给骗到台湾去了。”
由于李宗仁尚在美国，蒋介石想利用白崇禧来牵制李宗仁，因此虽对白崇禧乘危逼宫非常嫉恨，但并没有立即公开处治，只是将白列为头号政治敏感人物。然而1965年，李宗仁夫妇冲破重重阻难，抵达北京回国，并受到中共党政军领导人的热烈欢迎和很高的礼遇；这对于在台湾的白崇禧来说，真可谓是致命的一击。李宗仁一回大陆，蒋介石利用白崇禧牵制李宗仁的价值顿时消失，白也就自身难保了。据说，白崇禧也明白其中的利害关系，曾经很痛苦地对身边的人说：“德邻投匪，我今后在台湾，更没有脸见人了。”此后白的处境日渐艰难，晚年生活孤独寂寥，只好将精神之安慰寄托在虔敬地信奉宗教信仰上。1966年12月2日，白崇禧在寓所内离奇死亡，死后身体发绿，口吐白沫，床单被撕破多处，卒年73岁。其死因至今仍是个谜。
蒋介石复职“总统”后，阎锡山的“战斗内阁”即不复存在。阎锡山辞去“行政院院长”（由陈诚接任）职，获得“总统府”资政和国民党中央评议委员两个头衔，居于台北市菁山之麓。他无事可做，乃从事著述，先后写了20多本小册子，主要有以反共和宣扬他的“物劳主张”和“中的哲学”为内容的《大同之路》。1960年5月23日阎锡山病逝于台北阳明山寓所，终年77岁。
1949年12月6日，吴嵩庆奉蒋介石之命，乘载台北运成都5万两黄金的回程机回台湾。12月7日，是他在国共内战期间在大陆的最后一天，以后他工作的重点就只在金马台澎了。在成都机场登机时，因为人太多，飞机超重，大家只好把随身行李都抛弃了，才得起飞。而他留在成都的5万两黄金，以后也没人提起过，也不知道都落到何人手里。在1949年夏，胡宗南部是蒋介石的王牌，每月四五万两黄金，共半年预算；后来果如预料，这最后的5万两于12月6日由台北空运到成都后，不到半个月，胡部几乎全部被歼。