卧龙寺位于西安市区内的柏树林街，与著名的碑林博物馆接近，是繁华的商业地带。它创建的确切年代至今争论不休。有说建于汉初，有说建于隋唐之际或唐初。总之，它的历史是非常久远的。据说到了宋初，有一位法号叫卧龙的禅师住于寺中，与宋太祖谈论佛法非常契合，因而，便将寺院改称为卧龙寺。清代慈禧逃亡到西安后，曾对卧龙寺进行了修葺。现寺院山门上“卧龙禅林”几个赫然醒目的大字，提示着人们佛家境地的存在。进入寺中，按照中轴线南北依次排列的钟鼓二楼、天王殿、大雄宝殿、斋堂殿、方丈殿等建筑，构成了幽深而宁静的三进院落，门外喧闹的都市仿佛消失了一般。
民国初年，在卧龙寺和开元寺中曾发现了非常珍贵的宋版《碛砂藏》。《碛砂藏》是佛教大藏经的一种，因雕刻于碛砂延圣禅院而得名。
宋孝宗乾道八年（1172），有一位叫寂堂的法师在平江府（今江苏省吴县）陈湖的沙洲上建立了一座佛寺，名为延圣禅院。不久便发展成为江南著名的寺院。碛砂本指水中的砂石，延圣禅院因建在沙洲上，故而被称为碛砂延圣禅院。后寺毁，雕版也散失无存。
1924年，康有为来西安参观卧龙寺时，发现方丈定慧法师所看的经卷正是稀世珍宝《碛砂藏》，他惊喜万分，忙问法师还有多少这样的经卷。法师告诉他有好几个书柜，康有为表示要全部买下，但遭法师拒绝。康有为又提出用清代内务府及商务印书馆新出的《大藏经》各一部来交换，法师遂答应与佛教协会商议。但康有为却急不可奈地立即雇人强行来寺中，将经卷装箱运走。慌乱中有几本经卷被遗失在寺院门口，被过往行人发现，报告了寺院。定慧禅师非常生气，急忙告知佛协，佛协又立即通告陕西督军。与此同时，陕西的地方绅士们也得知了这一事件经过，连夜联名向陕西省高等法院控告康有为的盗经行为。许多学校组织学生来阻挡康有为运经车队起程。一时，舆论大哗，令康有为非常难堪，只得忍痛留下经卷，悄然离陕。圣人与恶人也只是毫厘之差啊！当时，有人给康有为题了一幅对联，上联是“国家将亡必有”，下联是“老而不死是为”，横批是“寿而康”。这条联出自成语“国家将亡必有妖，老而不死是为贼”，将其中的“妖”和“贼”两字作了省略，直接讽刺了康有为是妖和贼。
在康有为事件之后，《碛砂藏》被移往陕西省立第一图书馆（今陕西省图书馆的前身）收藏。1930年，朱子桥将军来陕西赈灾时，看到了该版本。返沪后即与叶恭绰、丁福保、狄葆贤等佛教界知名人士组织筹划影印。在与陕西地方当局协商后，即以陕西的《碛砂藏》为蓝本，又从北京、云南、山西等地商借了一批佛经，互为补充，历时四年，完成了影印工作，共出版了《碛砂藏》500部，每部计593册。自此，《碛砂藏》广为流传。
卧龙寺中珍贵的文物还有很多，如北魏孝文帝太和年间（477-499）雕刻的小石佛，佛足造像碑，宋咸平六年（1003）铸造的铁钟，清代的长方形和阗玉香炉等。尤其是佛足造像碑，在陕西仅发现了三块（另外两块分别藏于宜君玉华宫和耀县文化馆），它们是早期佛教艺术的典型代表。而寺中的陀罗尼经幢更是唐代密教信仰普遍流行的见证。该经幢的独特之处是将表现观音信仰的大悲咒与无量寿如来根本陀罗尼、阿弥陀心真言同时刻在一个石幢上，这也是唐代盛行树立陀罗尼经幢以来所表现出的一种典型形象。