客户交易结算资金（俗称保证金）由独立于证券公司的第三方存管机构存管，称为“客户交易结算资金第三方存管”。存管机构按照法律法规的要求，负责投资者资金存取、转账与资金交收。这里的第三方存管机构，目前主要指具备存管资格的国有商业银行。
1.存管银行
存管银行是指按照《证券法》的要求，接受券商及其客户的委托，提供客户证券交易保证金存管服务的商业银行。
中国证监会要求所有证券公司必须实施第三方存管。中国证监会决定推行“客户交易结算资金第三方存管”制度，主要是为了避免券商挪用客户保证金，有效防范系统风险，更好地保护投资者的合法利益。
“券商托管证券、银行存管资金”，是第三方存管资金的核心，即由证券公司负责投资者证券交易、股份管理以及根据沪、深证券交易所和中国证券登记结算有限责任公司的交易结算数据，清算投资者的证券份额；存管银行则负责投资者资金管理账户的账户管理、投资者资金管理账户与其银行结算账户之间的资金划转、证券公司和中国证券登记结算有限责任公司之间的资金交收，并负责划拨佣金和为投资者支付利息等。
2.对股民的益处
“股民更放心”：客户保证金的安全由商业银行和券商的双重信用作为保障，确保客户资金的兑付，使客户资金的安全得到保障。
“存取更方便”：客户可以通过银行柜台、电话银行、网上银行或券商的电话委托、网上交易等多种方式完成资金划转。
“服务更周到”：同时成为券商和银行的客户，不仅继续享受以前证券投资服务，而且可以享受银行各种综合理财服务。
3.银行结算账户与资金管理账户的使用
客户资金管理账户是专门用于证券交易资金结算，它与客户银行结算账户一一对应，但是不同的两个账户，两者之间可以通过转账方式进行资金的相互划拨。
客户银行结算账户上的资金，在没有转入客户资金管理账户前，是不能直接购买股票的。客户必须进行一次转账操作，将资金从客户银行结算账户上转入客户资金管理账户，方能进行股票交易。客户可通过存管银行提供的柜台、电话银行、网上银行的委托系统、网上交易系统等多种方式，方便迅捷地完成此项转账操作。
股民卖出股票后，资金转入客户资金管理账户，而不是直接转入客户银行结算账户，所以，客户不能直接从客户银行结算账户上取款，而必须进行一次转账操作，将资金从客户资金管理账户转到客户银行结算账户上，然后再取出。客户可通过存管银行提供的柜台、电话转账、网上银行的电话委托系统、网上交易系统等多种方式，方便迅捷地完成转账操作。
股民从事证券交易的资金必须首先存入存管银行的客户银行结算账户，然后从银行账户划入保证金账户，即可进行证券交易。客户如需取出资金，须将保证金转入银行账户，然后通过银行存折或银行卡取出资金。
客户的银行账户与保证金账户的划转可通过以下途径来完成：
银行端——通过银行柜台、电话银行、网上银行等方式办理；
券商端——通过券商柜台、电话委托、网上交易等方式办理。
4.存管银行的变更和销户
若办理存管银行的变更，未签约股民必须完成原有存管银行的签约手续后，才能办理原有存管银行的撤销并重新指定存管银行、办理新的签约手续。具体办理事宜请到开户券商营业部咨询、办理。
股民如需销户，需持本人身份证明、股东卡原件（如股民授权他人代办，被授权人应提供授权人和被授权人身份证明、股东卡原件），到开户券商营业部提出销户申请。券商端为股民结息后，办理资金账户销户手续；第二个交易日，股民再到银行端办理股民资金管理账户的销户手续。