1938年6月，日军准备侵犯武汉，武汉外围的重镇信阳变成了抗战的前线，敌机更加频繁地轰炸信阳火车站。周祖训校长估计暑假后仍在信阳城上课已不可能，遂于暑假中将校具、图书、仪器分送距县城较近的易家旁和距城50里的西双河。这样，既可防敌机轰炸，又可为暑假后在农村上课做准备。8月30日，新学期开始，全体师生集中到西双河，借农民祠堂和空房开学上课。
9月12日，敌机轰炸信阳城，信阳师范校舍被毁。周祖训闻讯赶回县城，只见城内多处房倒屋塌，浓烟滚滚；学校操场弹坑遍地，他的办公室房顶被炸飞，被褥和图书被弹片穿透；学校会计室被炸，会计王潜斋不幸被压在废墟下，窒息而死。为保护学校财产不受损失，周祖训和留校教职工守护在废墟边，并当即通知信阳县政府派人来会同教职工检查所有重要账簿及库存现款，均无损失；教职员寄存会计室保险柜内的现洋，也分包放置，每包上写着寄存人的姓名，经核对毫无差错。周祖训通知王潜斋的家属来信阳，与留校师生一起为王潜斋先生举行了庄严的追悼仪式。周祖训致词说：“王先生谨慎清廉，因公捐躯，我们应向王先生学习。我们要牢记王先生是惨死在日寇炮弹下的，勿忘为王先生报仇雪恨。”
接着，周祖训将学校被炸、王会计殉职和善后情况，打电报报告给已迁到南阳的河南省教育厅。省教育厅复电，对王会计因公殉职表示哀悼，令学校立即迁往豫西南镇平、内乡、淅川一带。接到省教育厅来电，周祖训马上通知在乡下的全体师生回校做西迁的准备工作。
当时随校西迁的师生有400余人，学生男女各半。女生部因有三班初中，学生年岁小的仅十二三岁，需要特别照顾。所幸教职员眷属中的老弱者，已于数月前送到唐河县城居住。学校把这次西迁，当成是对学校数月来实行战时教育的一次考验。共同约法三章：第一，师生绝对遵守行军纪律，听从校长指挥，不许有一人例外；第二，师生同甘苦，共生活，教师有带领和保护学生的责任，遇危险时教职员特别是校长应身先士卒；第三，师生完全轻装前进，以便应付突发事件，大件行李由学校统筹，雇车运输。
由于师生已经过一年的战时训练，练就一双铁脚板，所以对学校长途搬迁并不畏惧。9月20日早晨，乌云密布，秋风萧瑟，周祖训率全体师生按行军组织冒雨启程，循信（阳）南（阳）公路西行。当时信南公路没有铺石子、柏油，只是砖渣奠基，表层铺土夯实。晴天汽车驶过，尘土飞扬，蔽天盖地；雨天车碾人踩，满路稀泥烂浆，无法行走。一连几昼夜的绵绵秋雨，加之西迁的军民昼夜兼程，拥挤不堪，步履十分艰难，队伍拉得很长。时有敌机在头顶轰鸣骚扰，或低空盘旋侦察。周祖训和师生为躲避敌机空袭，常常卧倒在路旁的稻田里，弄得浑身泥浆，甚至鼻眼模糊不分。旅途中常见破车死畜，弃之路旁，无人过问，呈现一派混乱凄惨景象。学校的数十辆行李车尤其难行，每前进一步，都要付出极大的努力，车轮不时陷进较深的泥坑中，一辆车停住，其后边的车都得停下来，因为人、车并进，摩肩接踵，根本无法错车或超车。人们还得常常跳进泥浆里推车，苦不堪言。
第一天从晨到晚，行程不足10里。当晚周祖训把全体师生在吴家店安排住宿后，总觉得在学校里还有些事情没有办妥，不忍恝然置之，遂决定带一工友携带自卫枪支回学校察看。返回信阳县城时，城内一片漆黑，街道寂无人声。周祖训摸黑到校后，约传达室老工友，拿着手电把校内各处巡视一遍，看有无需要带走但遗下的物件。离开学校时，再三嘱咐老工友尽可能把校舍和校具守护好。
归途路过信阳县政府，周祖训探访李德纯县长，说明学校奉令西迁。李县长表示，他守土有责，县城一旦失守，他将坚持在山区对敌斗争。彼此依依惜别。周祖训和同行的工友出城到公路旁一个小店住宿，店主早已逃亡，店房内只剩两堆稻草。周祖训和工友只得把稻草铺好和衣睡下，冷时抓一把稻草盖在身上。当时，迁徙途中的师生大都是这样过夜的。
在信阳与唐河之间，有一段信（阳）南（阳）公路从湖北省随县境内穿过，这里重峦叠嶂，林茂草深，加之系两省边界，常有土匪出没，拦路抢劫。周祖训恐遭匪劫，选师生中有战斗经验和熟习枪法者组成防护团，宿营时团员持枪站岗放哨，教职员不离左右。在行进中，周祖训始终在队伍最后，督率后队前进。周祖训有一辆自行车，但他自己不骑，一直步行，却指定学生骑着他的自行车，前后联系，不让拉距离太远，以免失去指挥。
途中若发现个别人违反纪律时，即当众批评教育，虽教职员亦不例外。有一次，周祖训因公短时间离队，校长职务由教导主任代理。当晚在大姑冢分配宿营地时，有一个教官却自寻方便，带一部分学生自找宿营地。周祖训回队后得知此情况，马上召集全体师生训话，批评那个教官和一部分学生违反纪律，该教官不得不引咎自责。
连续行军14天，10月3日到达唐河县。大队在唐河休息，周祖训到南阳向省教育厅报告学校迁移情况，并物色新的校址。选定内乡县师岗镇为新校址后，遂即通知在唐河的师生西行。
当大队于10月17日行进时，周祖训由南阳迎之途中，向全体师生说明校址选定经过时，大家自发地热烈鼓掌，使周祖训感到深深的慰藉。
在迁徙途中，周祖训时刻不放松对师生的教育，他常常利用集会和休息的时间，向师生进行团结、友爱和纪律教育，激励大家树立战胜困难和危险的决心及信心。在即将进入师岗镇时，周祖训又及时作了“入乡随俗”教育。周祖训提出，“入乡随俗”，即到一个地方就要按照当地的风俗习惯生活。怎样“入乡随俗”？每个地方都有进步的先进的一面，也有落后的糟粕的一面。我们是青年学生，而且是师范学生，将来大都要从事神圣的教育工作，担负着教育大众，改造社会的重任。豫西是穷乡僻壤，师岗镇却是一个好地方，当地民众具有淳朴、勤劳、节俭的美德，我们要学习、继承这些美德，随那些优秀的风俗习惯；对民众中的封建落后愚昧的东西，不仅不可盲目地随，还要做好宣传教育工作，帮助他们改掉落后愚昧的东西，特别是要做好抗日宣传工作，激发民众的爱国抗日热情，以实际行动支援抗战救亡运动。
10月23日，全体师生经过一个多月的艰苦跋涉，终于到达师岗镇，26日即开始上课。