1947年国民党进行“行宪国民大会”代表选举，周祖训参加华中区教育界国大代表竞选。因其办学成绩卓著，在华中教育界声望日隆，遂顺利当选。但只因他不在国民党“内定”当选人员名单之列，不得不把当选资格“谦让”给“内定”而落选的江西“青年党”某人。所以周祖训未能参加1948年3月29日至5月1日国民党在南京召开的“行宪国民大会”。
1948年5月，河南省已大部分解放。中国人民解放军对河南省会开封已形成包围之势。就在此时，国民党河南省参议会召开全体会议。周祖训随全体参议员到南京后，得知在“行宪国民大会”开会期间，被迫“谦让”的部分国大代表，大闹国民大会会场，非要参加会议不可，有的代表甚至抬着棺材到大会会场，表示以死抗争。国民党当局没办法应付，只得给所有“谦让”的国大代表补发了国民大会代表当选证书。周祖训到南京后，虽“行宪国民大会”已经开过，也照例领取了当选证书。
1948年6月22日开封解放。开封部分教职员学生因不了解共产党对知识分子的政策，约2000余人逃到南京。学生到南京后，包围国民党教育部请求收容救济。教育部负责人不敢接见学生，以致停止办公。在这以前，河南其他地方的学生逃到汉口的也有2000多人，在汉口的河南同乡会也函电交驰，请求教育部收容救济。教育部迫不得已，才召集在南京的河南绅耆，如立法、监察委员等商议，决定在南京、汉口两地分别设立两个学校，收容在两地的河南学生。新设的两校学生各暂定50班，2500人。河南绅耆并推荐二人分任两校校长。设在南京的学校叫“教育部特设豫州临时中学”，派王纶青任校长；设在汉口的学校叫“教育部特设中原临时中学”（以下简称中原临中），派周祖训任校长。
当周祖训得知要任命他为中原临中的校长时，对就任与否他曾犹豫过一阵子。因为周祖训心里盘算，在当时要想办好这样一所学校，有很大很多的困难。首先是经费拮据。国民党政府在抗日战争八年疲敝之后，不休养生息，而又大打内战，弄得法币贬值，物价飞涨，经济已到崩溃边缘；用大量经费收容这些流亡学生，本非情愿，只是怕学生在后方闹事，迫不得已而为之。一所近3000名师生的学校，设在远离南京的汉口，一旦经济不济，这么多的人等着吃饭，将怎么办？其次是校舍。当时在汉口这样的大城市，欲找到能容纳3000名师生的校舍，是不可能的。学校在汉口设不成，设在何处？另外还有一个大问题，即学生流亡到汉口，已有很长时间无人管教，过着流浪生活，打架闹事，时有发生，很多人提到这些学生都摇头叹息。一旦设校收容，对这些学生的管理是十分棘手的。
但要办这样一个学校，对周祖训来说，也有不少有利条件。当时国民党教育部部长朱家骅是周祖训在南京中央大学读书时的校长，他后来先后担任国民党组织部部长和教育部部长，曾极力提拔中央大学毕业的学生以厚植个人势力。当时的教育部就有周祖训认识的很多同学在里面任职，有几个人担任司长，担任处、科长的就更多了。这些人连朱家骅在内，都是周祖训办学的靠山。再说周祖训兼任河南省参议员和国大代表的头衔，对解决学校困难也可以有所帮助。特别是他在多年学校工作中与青年学生朝夕相处，对学生心理有较多了解：青年学生最富进取心和正义感，自暴自弃是极少数；只要学校领导真心实意地为学生设想，为学生谋福利，定能得到学生的拥护。周祖训权衡困难和有利条件，尤其是想到自己曾矢志终身从事教育事业，既然有这么多学生从河南跑出来，需要教育，这个责任是义不容辞的。经过再三考虑，周祖训终于决定接受担任中原临时中学校长的任命，并满怀信心，要把这个学校办好。