在建校之初，周祖训就特别看重大多数学生对读书的迫切要求。因为办学最主要的目的就是为使学生读书学习，而且只有满足学生的学习要求，才不至于无事生非。所以在校舍固定以后，初中部9月初即正式上课。分校由主任李浴带领师生劳动建校，惨淡经营，一切很快就绪，学生努力学习，思想比较安定。高中及师范部学生到羊楼洞后，因食宿一时未安排好，加之管理人员有时对学生态度粗暴，曾发生少数学生殴打管理人员事件，经过妥善处理，很快即告平息。10月初上课后，教师能坚持教学，学生能安心学习，这在当时很多临时学校中是少见的。
仓促上课后，周祖训即以惊人的魄力和在抗战艰苦岁月中办好信师的成熟经验，决心把这个一盘散沙、混乱不堪的流亡学生团体改造成一个像样的学校。为满足上课需要，根据当地竹木丰富的优势，不久即赶制出竹木课桌课凳，并购买了课本和少量仪器。接着订立学习、生活制度，严格贯彻落实。早晨5时半起床、洗漱洒扫，整理内务；6时早操，在宽阔的运动场上，各部学生分别由教官带队跑步，教职员全部参加；6时半全体集合点名升旗，接着由周祖训或导师训话。功课抓得特别紧，国文、英文择要熟读背诵，并按时习作；物理、化学除讲解外，还需有演示实验；数学则需认真演算习题；其他各科亦各督令做笔记，随时检阅。除正课外，还有早自习一节，晚自习两节。自习时有导师督堂，主任巡察并点名。学生因功课紧张，常感学习时间不足，人人倾心学习，秩序良好。
劳动生产是周祖训历来办学的重要主张。当时学校经费奇缺，而各项起码的教学设施又不容不办，在周祖训的倡导下，采取自力更生原则，凡能自己做的事，都由师生自己动手。师生经常参加的劳动有：集体打柴，开荒种菜，整修教室，平整操场，修筑道路，担运食米等。周祖训项项劳动身先士卒，师生亦不甘落后。这样既发扬了劳动精神，又稍补了实际困难。
周祖训素来重视学生课外阅读和写作，在经费万分困难的情况下，仍撙节一部分经费，购置图书数千册，成立校图书室，供学生借阅。为提高学生写作能力，周祖训提倡各班除上好作文课外，还编写墙报。如出版有《洪流》、《莽原》、《爝火》、《星光》、《茁壮》、《萌芽》等。
学生吃饭，每200～300人设一伙，每日两餐，定时开饭，编组定位。周祖训和教官、导师皆参加学生伙，随时监察。在最困难时，每人每天不足9两半米（每斤16两），全体师生均陷入饿乡。但由于周祖训以身作则，毫不特殊，师生都能患难与共，同舟共济。一次，周祖训与师范部师生共同食用少量米煮的野菜汤时，全场200多人，只闻一片喝汤声，而无一人发怨言。周祖训十分感动，不觉泪水流入稀汤碗里和汤喝下肚。
当时教职员待遇微薄。每人每旬由学校借给米15斤，银元一枚，暂免饥饿而已，其他一切费用无从谈起。有眷属的更是困难万端，每日惟仰天兴叹。但在周祖训的带领下，大多数教职员仍能诲人不倦，认真备课、讲课和批改学生作业。经过五个多月的整顿教育，学生基本能遵守纪律，努力学习，师生团结，和地方群众也能相安无事。
1949年2月，中原临中第二期开学时，南京国民党政府见大势已去，急于逃跑，无心再管学校，所以学校困难日益加剧。周祖训目睹国民党政府的腐败无能，已悄悄决定将学校留在原地迎接解放，参加革命，所以克服困难的勇气倍增，他设法借债度日，千方百计使学校在万难中安定下来。