“福无双至，祸不单行”。周祖训被错划为右派分子不久，“潜伏下来的国民党特务”、“反革命组织头目”等“莫须有”罪名，又骤然扣在了他的头上。
1958年审干开始后不久，从武汉来两个外调人员，到漯河高中找到周祖训，单刀直入地说：“我们是来调查‘青年救国团’的问题哩。你把原中原临中全体师生参加国民党青年救国团的情况，老老实实交待清楚。”周祖训听罢像挨了一闷棍，惊得半天说不出话来，思虑良久后说：“我从未听有‘青年救国团’的名字。”外调人员说：“正在劳动改造的原国民党青年救国军成员汪曙光，已经交待了‘青年救国团’的问题，你现在是右派分子，要老老实实交待，立功赎罪！”
一提起汪曙光，周祖训想起了一件往事。1949年3月底，国民党国防部派国民党青年救国军成员汪曙光、曹光有、马恒山等三人到中原临时中学担任教官，汪并被派任副校长。当时周祖训已决定把学校留原地迎接解放，当然不能让汪就任副校长，阻碍自己按原计划进行。周祖训就借口学校属教育部管辖，未接到教育部通知，不让汪等就职。汪等没办法，只得住在教职员宿舍等候教育部通知。当武汉快要解放时，汪看到学校无南逃准备，就职无望，便自行南去了。汪曙光未就职，在校内也没有任何活动。所谓原中原临中全体师生参加“青年救国团”之事纯属子虚乌有。
无风不起浪。原来在查国民党档案时，发现国民党国防部曾派青年救国军的汪曙光、曹光有、马恒山三人到中原临时中学，目的是要在该校建立“青年救国团”组织，作为国民党军队的后备军。这便是武汉来人找周祖训调查“青年救国团”的起因。
在那“千万不要忘记阶级斗争”的年代里，似乎越“左”越好，有些人“左”得要命，漯河市审干办公室听风即是雨，立刻把“青年救国团”作为国民党潜伏下来的特务组织立案追查。他们接二连三地找周祖训谈话，逼迫周祖训交待“青年救国团”的问题。周祖训矢口否认。市审干办公室又把在漯河市工作的原中原临中的30多名师生，集中到市人民医院的一幢空房子里，叫他们坐在水泥地上，逼供、诱供、引供，不交待不准休息，不让回家。被逼急了，个别人就瞎编一套，说是在学校大操场上集体参加了“青年救国团”。个别人一承认，接着大多数人“顺杆子爬”，都跟着那样交待了。可是不久，都又纷纷翻供。周祖训一直坚持实事求是，不承认有“青年救国团”组织。
当时漯河市的主要领导同志，对省委书记吴芝圃与周祖训的友谊早有所闻。为了妥善处理周祖训的问题，便派人前往省委向吴芝圃汇报、请示。吴芝圃当即指示：对周祖训的问题，要宽大处理。从此，对“青年救国团”的问题不再追究了。
“文化大革命”开始不久，时任中共中央中南局书记处书记的吴芝圃被划为“三反分子”。造反派在罗织吴芝圃的罪状时，点出周祖训的名字，说周祖训是潜伏下来的国民党特务，由于吴芝圃的包庇、重用，周祖训才得以长期潜伏下来。造反派组织用传单的形式，把吴芝圃的“罪状”散发到全国各地。在1958年审干期间停止追查的“青年救国团”问题，又重新被翻腾了出来。
当时，散布于全国各地的原中原临中的3000名师生，大部分已成为党政机关、部队和企事业单位的骨干，有的已当上将军或司厅级干部。关于吴芝圃“莫须有”罪名的传单散发后，一传十，十传百，很快在全国各地传播开来，特别是在1968年“清理阶级队伍”期间，在极“左”思想的指引下，造反派组织“闻风而动，雷厉风行”，或把他们隔离审查，交待问题；或残酷斗争，无情打击。与此同时，纷纷派出外调人员，云集漯河找周祖训调查取证。接踵而来的外调人员，几乎天天在四中排队调查取证。有的外调人员胁迫周祖训写假材料，他都顶住不写；有的人大加斥责恫吓，但他写的材料仍始终如一，前后一致。
还有更离谱的。原中原临中学生赵某，时任某县中学教师，当政治热情高而不成熟的红卫兵从传单上得知赵是“国民党潜伏特务”时，他们采取武斗的方法，对赵某轮番批斗，拳打脚踢，不让吃饭，不让睡觉，弄得他精疲力竭，神情恍惚。为了保全生命，赵某违心地承认了，并且编得有鼻子有眼。例如，他不仅承认在操场上集体参加了“青年救国团”，而且还编成大队、中队和小队，发有军大衣，佩带有“符号”，配备有枪支，进行过军事训练等等。该校的红卫兵如获至宝，当即把赵某关押起来，同时派出外调人员，找周祖训查对。周祖训听了外调人员的讲述，一方面感到吃惊，一方面耐心地对所提的问题，一一作了客观的实事求是的解答。（1）关于在操场上参加“青年救国团”的问题。中原临时中学1948年7月成立，1949年5月回河南，其间只有一次校外领导人在操场上向全体师生讲话，即国民党华中政务委员会教育处科长王春帆来校视察时，作了一次例行公事的讲话。有人把王春帆误作汪曙光。汪曙光没有就职，怎么能向全体师生讲话呢？根本没有在操场上发展“青年救国团”的情形。（2）关于编队和军训问题。解放前，一般高中、师范都有军事训练课，并实行军事管理，学生按校编为大队，按班编为中队，班以下为小队。中原临中一成立，即实行军事训练和军事管理，聘请军训教官若干人，从事军事管理和训练。此事与汪曙光等人企图成立“青年救国团”丝毫无关。（3）关于发军大衣问题。1948年11月，国民党教育部发给学校一部分棉衣费，周祖训托人向武汉驻军后勤部门，以一银元一件共购置军大衣3000件，发给教职员、学生每人一件，根本不是“青年救国团”发的。（4）关于学生佩带“符号”问题。学生佩带军训符号，本是当时学校的一般情形，以便于识别学生和整顿学生纪律。符号上写有学校名称、部别、班级、姓名等。这些符号学生都佩带着回到解放区河南，可见与“青年救国团”没有关系。（5）关于枪支问题。当周祖训决定学校留原地不动迎接解放后，估计到在国民党军队南逃而解放军未到之时，国民党散兵游勇和地方土匪，难免乘机抢劫，破坏社会秩序。为使3000名师生免受伤害，及早作自卫准备，有些地方武装的头目南逃，变卖枪支作逃亡旅费，学校购长短枪30余支。1949年5月，人民解放军二野某团进驻羊楼洞后，学校当即将全部枪支交给了解放军。
周祖训实事求是的陈述，并未使来调查的红卫兵感到满意，反而大骂周祖训是老奸巨猾，编造谎言，蒙混过关，将是死路一条。周祖训只有逆来顺受，忍辱沉默。
全国各地的外调人员连续不断地到漯河四中找周祖训调查，引起了驻校工宣队、军宣队的高度重视。他们当即组织力量，对周祖训进行猛攻，穷追不舍，扬言要“内外夹攻，一举拿下这个顽固堡垒”。在批斗周祖训的会上，有人竟掏出手枪威逼说：“不承认就是自绝于人民，要马上送监狱劳动改造！”周祖训泰然自若，肯定地说：“我只能实事求是地说没有。我必须对3000名师生负责，相信共产党永远是实事求是的。”有人质问道：“原中原临中的3000名师生绝大部分都承认了，你为什么还顽固不化，死不承认？”周祖训坚定地回答：“即使3000名师生百分之九十九都承认了，我还是讲没有那个组织。因为这是事实。”之后，他不再说话，准备自己承担一切严重后果。
当时批判、威逼周祖训最积极、最凶的人，后来回忆起来，十分佩服地说：“周祖训这老头真行！无论怎样批斗、威逼他，他到底没讲一句谎话。”