在第二次世界大战的后期，日本联合舰队和美国航空母舰“小鹰”号曾经数度遭到一艘神秘潜艇的跟踪。但每当他们发现并准备采取行动时，这艘潜艇又消失得无影无踪了。在太平洋战争中，日、美双方海军激烈交战之时，神秘潜艇也曾出现几次。但它并未卷入战事，而是对落水的双方水兵采取救援行动，颇有国际红十字会之风。这艘潜艇的速度和反应超过了当时所有船只。因此，美国海军把它称之为“幽灵潜艇”。
第二次世界大战结束后，美国海军即动用太平洋舰队的全部潜艇，在南太平洋水域4次搜寻“幽灵潜艇”。前苏联海军也闻风而动，派出大量潜艇在太平洋、大西洋细细搜索。搜寻历时几年，却无结果，可是美、苏两国海军却为此付出巨大代价：他们各有两艘与3艘先进的潜艇失踪。
到了20世纪60年代末，“幽灵潜艇”又频频出现在太平洋和大西洋的广大水域，跟踪美、苏舰队。一次，美国“企业”号核动力航空母舰在南太平洋发现被跟踪。正待作出反应之际、对方又悄然消失在声呐和检测仪的定位之外了。“企业”号派出数架反潜直升机到处捕捉，结果仍是空手而归。
前苏联舰队也遇到同样情况。这样，美、苏双方便都怀疑是对方侦察潜艇。但其动作如此敏捷，则又令双方咋舌和不服气。20世纪六七十年代美苏两国在海军潜艇上的研制与扩充比赛，“幽灵潜艇”起了很大作用。
1990年，在瑞典和“北约”海军举行的一次海上军事联合演习中，“幽灵潜艇”竟然又出现了。10多艘潜艇与巡洋舰在开恩克斯纳海湾排成梳篦阵势，炮弹、深水炸弹与鱼雷将这里变成一片喧嚣的战场……最终却是“北约”海军等一方扫兴而归。“幽灵潜艇”又将他们痛快地耍了一回。
过了几年，“北约”海军又在比斯开湾举行演习。这回“幽灵潜艇”又目中无人地出现在“北约”视野。可是，令“北约”指挥人员奇怪的是：“幽灵潜艇”出现时他们所有军舰上的无线电通讯、雷达、声呐仪等全部失灵。待到“幽灵潜艇”消失后，一切才恢复正常。这令“北约”非常着急，有劲使不出。当“幽灵潜艇”消失后，“北约”海军还试着向消失的方向发射了几枚“杀手”鱼雷——这是当时最为先进的鱼雷，能自动追击目标，百发百中——可是一出膛却向海底来了个90度的“倒栽葱”。看来，“幽灵潜艇”有可能在附近制约着“北约”海军，捆绑着它的手脚。
于是，“北约”军事研究人员提出一个猜想：“幽灵潜艇”乃是外星人派到地球的不速之客。
“幽灵潜艇”似乎有几种类型。通常看见的那种类型同美国核动力潜艇外貌相似，只是精巧些。此外，1992年，法国潜水专家拉马斯克在加勒比海的水下探险时，发现一座圆体的周身晶亮的银灰色建筑物。它飞快地旋转运行，同拉马斯克擦肩而过，却悄无声息，连波浪也未掀起。这大概是又一种类型的“幽灵潜艇”吧？
“幽灵潜艇”在地球的水域里无有基地呢？按常理是该有的。那么，这基地又在何处呢？有怀疑，是在百慕大三角区接近巴哈马群岛的海底下。
1985年，美国水下探险家在巴哈马群岛附近水下1000米深处发现一座庞大的水下建筑，里面似有机器在轰鸣。
1993年7月，美、法两国专家调查队在这一片水域还发现一座巨大的海底金字塔。塔的底边长300米，高约200米，塔尖距离海面100米。金字塔上还有两个巨大的洞，水流以惊人的速度奔流出来，使这一带海面雾气腾腾，波诡云谲。因此，有不少人说，作为“魔鬼三角”的百慕大，之所以有许多飞机、船只在此丧命，海底金字塔应难辞其咎。
研究“幽灵潜艇”的人则说，海底金字塔正是“幽灵潜艇”的最佳基地。那上面的两个巨大的水洞是“幽灵潜艇”出入的所在。
俄罗斯的一些研究者认为，仅从“幽灵潜艇”及其基地来看，其拥有者的智慧便高出地球人许多。何况“幽灵潜艇”并未攻击过人类，而是人类不断地攻击过它，但它也从不还击人类。这说明驾驶“幽灵潜艇”者的道德文明也比人类高。
据前苏联军方的档案资料，在北极地区内，“幽灵潜艇”时常与“不明飞行物”——飞碟（UFO）配合行动，海空呼应。60年代末，在前苏联北极圈内的科拉半岛附近的海域，发现有1艘“幽灵潜艇”被冰层封冻住。前苏军以为是侵入国境的美国潜艇，遂派出大量战机前来俘获“侵略者”。就在这个时候，飞碟赶来了。前苏军的通讯、雷达、各种仪表全部停止运作，致使飞碟从空中自由降落，飞向“幽灵潜艇”，帮助破冰开路，使“幽灵潜艇”获得解脱。
这一情景，终使前苏军有所醒悟，“幽灵潜艇”乃外星人的杰作，并非美国入侵者。
鉴于“幽灵潜艇”从不犯人的道德水准，美国海军情报局的亨利·罗德上校认为，美国和前苏联等国因追踪“幽灵潜艇”以及因航行百慕大海区而失踪的舰船、飞机以及上面的人员，不过是当了外星人的俘虏而已，他们总有一天会平安回来的。
研究者还指出，外星人来到地球后，大致分作两类：一类在地面活动，一类在水下活动。或许他们在外星上本来就分作这两类人吧？水下外星人建造了“幽灵潜艇”（或者是他们从外星携带来的吧？），又以百慕大三角海区水下金字塔为基地进行活动。所以，自第一次世界大战以来，各大洋，特别是太平洋与大西洋，不时会传来“不明航海物”——“幽灵潜艇”的报告。
还有一些研究者认为，在大洋深处，长期以来就一直生活着一支具有高度文明、高度智慧的生物。它们不是外星人，而是地球人的最亲密的邻居，也可以说是地球人的一种类型。它们既能在“空气的海洋”里生存，又能在“海洋的空气”里生存。而百慕大三角的大金字塔，不过是他们在海中建造的发电用的电磁网络。持这种观点的研究者还强调：人类起源于海洋，现代人类的许多习惯以及器官明显地保留着这方面的印痕。如喜食盐，身上无毛，会游水，海生胎记，爱吃鱼腥等。这些特征是陆地上的哺乳动物所不具备的。当人类进化时，很可能分作陆上、水下两支。上岸的就是人类，水下的则被称作“海妖”。而“海妖”的智慧比人类高出很多。造出了人类不能造出的“幽灵潜艇”。
研究者还认为，要全面揭开百慕大三角与“幽灵潜艇”之谜，只有等到人类的科学文明甚至道德文明与“海妖”相接近、相沟通时方可。可是这一天要等到多久呢？“海妖”和人类是否真的能成为朋友呢？这是一个未知数。