沙皇皇储在弗拉迪沃斯托克举行了铁路落成五周年典礼（同时中国已被日本击败），俄国开始收获从它的耐心和远见的等待策略中带来的成果。但这一策略受到了日本不断加强的陆军和海军实力的干扰，俄国的外交没有能够阻止日本发动对中国的战争，却最终获得了日本的战果，并把中国置于它的控制下，特别是让李鸿章置于条约的约束下。俄国坚持自己的权力以保证中国支付日本的战后赔款，因为通过这个手段和其他手段，它在京城获得了有利地位。
在《马关条约》签订后的一年里，俄国实际上（尽管没有在外交上得到承认）控制了满洲，此后通过进一步的“和平渗透”继续巩固了它在这个富饶地区的地位，比方说，通过对铁路和银行的控制，通过贸易协定，通过获得开矿和木材的特许权等等，而这一切都与李鸿章有直接或间接的关系。中国同意把东西伯利亚铁路向辽东沿海末端延伸，这是李鸿章由于俄国的“保护性友谊”被迫在1896年在莫斯科做出的体面的让步之一。俄国国旗在旅顺港口和大连（1898年）扬起，这只是让步的必然结果，也是作为中国出于感激而做出的进一步报答。
在特许权争斗（1898到1899年）的狂风暴雨之后，英国的远东外交毫无目的地、一阵一阵地挣扎着，同法国、俄国对中国主权的“压路机”
式的侵占进行斗争。这种不对等的斗争一种延续着，直到义和团远动爆发（1900年）给俄国提供了一个机会，而俄国的政策就是等待一个机会，并为俄国军事占领满洲提供了必要的借口。之后（1902年1月）的英日联盟投下了一片阴影，预示着为了占有这块诱人的、肥沃的土地，一场大战即将爆发。
我们有理由这样认为--其实也存在着证据--在李鸿章去世之前（1901年11月7日），在他关于和平协定和庚子赔款进行谈判的过程中，李鸿章已经意识到，为了俄国人的“友好关系”中国已经付出了，并且正在付出代价，这些代价实际上是和日本想通过战争胜利获得的利益一样。在杜撰的《回忆录》中有一段这样的文字，据说是李总督从马关回到京城后写下的，内容看起来很像李鸿章后期的看法：
“俄国今天是我们最大的朋友，但又是我们最可怕的敌人。它之所成为我们的朋友，是因为英国和法国作出了友好的样子，它像比它们更为友好。它之所以是我们最大的敌人，是因为俄国人认为这是命运使然。俄国控制了整个亚洲北部，并且希望有一天能够在中国发挥优势性的影响力。它帮助我们把日本拒之门外，是因为它自己想要进来。”
这种想法非常简单，但大多数中国的经世之道都非常简单，其中的微妙之处只是在于它们的应用。
通过和卡西尼伯爵在京城的谈判以及后来和维特先生在莫斯科的谈判，李鸿章肯定为俄国在中国的优势性影响力打开了方便之门。他在国内外的敌人毫不犹豫地确定，他和李莲英从这些谈判中获得了巨大的贿赂。两人所拥有的巨额财富，以及他们对于利益毫不掩饰的贪婪足以证明这些指责是对的。但无论如何，这些指责都没有什么证据。不过，不论李鸿章和卡西尼伯爵和其他俄国代表的亲密关系是因为爱国使然还是个人利益使然，可以肯定的是，俄国在满洲的地位最终一定让他意识到，“和魔鬼一起喝汤的人必须有一个长柄的勺子”。
1896年李鸿章从国外归来后，给皇帝呈上了一份奏折，从这份奏折来看，维特先生让他相信了俄国把西伯利亚铁路延伸到中国领土的目的，是基于政治方面的考量，是以维护中国领土完整的真挚希望为基础的。此后双方达成的协议实际上是一个秘密同盟，内容是俄国保证中国的独立和领土完整，作为报答，中国允许俄国将铁路延伸到满洲。
的确，李鸿章强调了这些铁路可能会带来的危险；他极力劝说维特先生允许用自己的钱铺设这些铁路。但在这一个问题上，俄国财政大臣的态度十分强硬。他说“没有铁路就没有同盟的关系”。
接下来李鸿章和沙皇进行了难忘的会见，沙皇要求李鸿章把所有毫无价值的怀疑抛出九霄云外：给中俄银行修筑铁路的特权会给中国带来什么伤害呢？而且中国的利益在这里是得到充分保护的。
经过了一次又一次的宴请和会见之后，李鸿章和罗拔诺夫在《满洲铁路协定》的秘密协定上签了字。由于卡西尼伯爵强有力的说服力（他和李鸿章在中国朝廷里的朋友仍保持联系），中国在1896年9月30日批准了条约--即在李鸿章回到天津的三天之前。它遭到了总理衙门几个大臣的强烈反对，但皇太后的懿旨把事情都定下来了。广州的维新派常常声称在这件事情上，大太监李莲英和慈禧太后共同瓜分了俄国公使所给予的数目巨大的贿赂。
1897年后，沙皇代表在远东的态度和行动给李鸿章留下的印象，跟他在1896年几次密会沙皇时留下的印象相去甚远，当时，沙皇表现出的“优雅的敬意”和对中国未来福祉的关切挂念让李鸿章折服不已。无疑，除了以上这些（就像李鸿章之后给慈禧所报告的那样），这位总督也怀有一种担心，那就是热情而野心勃勃的代表不见得有一样的同情心；但是事情到了这个地步，毕竟是俄国人赶走了日本人，无论它索要什么报酬，都要支付。
李鸿章总是认为可以在蛮夷之间制造纷争，所以他预料到俄国对满洲和朝鲜边境的“暂时性的军事占领措施”一定会让它和日本变成敌对状态。如果当那场战争爆发时，如果在之后三年的喘息时间内，李鸿章还能用经验丰富的手段掌握大权的话，中国肯定不会在最终导致俄日和解，在最终决定大清帝国北方附属地区命运的博弈中，成为孤独无助、无动于衷的旁观者。
但是由于慈禧对义和团运动的默许，由此制造的局面让李鸿章的治国之术一时不知如何是好，其外交政策也是一无所获。这种形势迫使他不惜一切代价在公使馆解围后就立即寻求俄国的协助。他之所以需要俄国的协助是因为他要达到这个时期的最大目标，即尽量少让中国丢失颜面，少受惩罚，让皇太后重新获得权力。
李鸿章心里非常清楚，要获得帮助的代价是巨大的，但除此之外别无选择，朝廷对此也十分明白。此外，当他奉太后之命从广州赶到北方时，在上海租界、天津联军海军当局那里遭受的屈辱经历让他十分地痛苦。他深切地体会到外国人尤其是英国人会把他视为嫌疑犯，而他从始至终是法律和秩序的坚定拥护者，也从来不容许在他总督管辖的范围内有任何反对外国人的暴乱发生。
总而言之，在义和团运动的策划中，李鸿章的良心是清白的。就像之后发生的事情所证明的那样，他表现出了少有的勇气。有一次，当他所有的同僚都抱着小心翼翼观望的态度时，李鸿章在奏折中大胆地指责了皇太后对端郡王的袒护，同时催促太后不惜一切代价和恼怒的列强和解。所以当他发现自己和自己的使命被怀疑被鄙视的时候，当他意识到英国官方的态度和实际的危险没有关系，而是由于他1896年以来和俄国的亲密关系的时候，当他把这种态度和俄国当局对他表示的礼貌的体谅和帮助加以对比的时候，如果他再不惜一切代价地接受俄国人这样巧妙的帮助，那么他就不会是其人了。
作为《泰晤士报》的记者，笔者曾居住在上海（1900年7月21日至9月14日），当时有机会和李鸿章讨论义和团运动和其后果。这位李总督年事已高，身体迅速衰弱，走路需要仆人搀扶，显得十分脆弱。但他不屈不饶的精神没有消失，头脑也没有衰弱的迹象，当他愤怒时，两眼发出火光，如往常一样。一些领事机构决定不来拜访他，他没打算掩饰自己对他们无礼行为的愤怒之情；市政当局把他的随从和仆人限定为20人，他也没有掩饰对市政当局的愤怒；对于英国一再公开要求与被围攻的使馆直接联系，他还表示了愤慨。他让人传话保证他们的安全，这难道还不够吗？甚至当时他孤军奋战，国人质疑他，外国人蔑视他，而他还是表现出那种天真的自满和无畏的自信的奇妙心理，而这种心理正是他和外国人交往的特征。
7月23日，李鸿章对当时的局势（那时非常关键）所提出的补救措施，就是让列强给华北的联军指挥官拍电报，下令让他们停止向京城进军。对他自己来说，他不打算北上，直到慈禧已经意识到她在这个政策上的错误决定并准备做出弥补的时候，她的声明在本质上和他呈给朝廷的奏折中的警告是一致的。
但是当李鸿章在上海摆脱所有事务时，却要在俄国人的帮助下为他高贵的女主人恢复威严的地位。他在摩登居住区的住所是广州人刘学洵的房子（当时是臭名昭著的“白鸽”彩票的组织者），一年前这个人曾受命于太后去日本执行一项秘密任务。李鸿章的亲信和财政代理人盛宫保每天来到这里进行长时间的会谈。由于领事机构总体上拒不承认李鸿章，所以其中的官员会单独而小心地在这里和他们见面。盛宫保当时还是中国电报局的董事，在这个时候他根据李鸿章的命令，在上海、天津和圣彼得堡之间奔波十分繁忙。7月31日，李鸿章接到了中国驻圣彼得堡公使的一份长文电报，得到了一个让人高兴的消息：如果太后尽快否认义和团并且寻求和解的话，俄国政府会尽力帮助中国摆脱困境。
7月3日，俄国批准了美国发布的通告，这个通告规定了结盟的列强共同采取行动的几项基本原则。在此前的通告上（6月16日），俄国宣称将与其他列强合作以恢复秩序，维护现状。它承诺会保护中国，让中国免遭其他列强的的攻击，这是李鸿章于1896年签订的秘密条约的自然结果，但由于条约的内容没有公开过，所以局面变得更加微妙起来。在这样的环境中，俄国所谓的现状绝对不是秘书海先生所说的那样。但是在这件事情上俄国没有太多情感上的顾忌，为了更好地发挥能力，俄国驻京城的公使（帕夫卢）早在1897年10月便坦诚地告诉窦纳乐爵士：“俄国政府并不打算把紧邻俄国边境的中国省置于除了俄国之外的其他国家的影响之下。”
俄国驻北京公使馆解围后，李鸿章和圣彼得堡之间的电报联络的结果，很快就从俄国公使和军事指挥官的态度中看出来了。格尔斯先生制造了一个变化，即把中国政府这个愤愤不平的施暴者转化为一个令人同情的朋友，这个过程太突然了，以至于有些生硬缺乏技巧性。中国的舆论认为朝廷下令残害手无寸铁的传教士是不合适的。8月14日解除了对公使馆的围攻；同月9日，慈禧准备逃走，下令让李鸿章全权与列强谈判，并补充了一个重要的命令，即他必须“拍电报给各国外交部，以期结束敌对状态。”
到了8月底，李鸿章从俄国和日本那里得到了慈禧太后个人安全的保证，接着发电报给正在逃亡中的朝廷，请求长江沿岸的总督和庆亲王在和解谈判中协助他；同时，他继续待在上海。到了9月初，他和俄国的协议有了结果；满洲三省在俄国军队的占领下，俄国政府实际上已经宣布这三个省份不在国际协同行动的范围内。9月7日，格里尔斯凯将军在布拉戈维申斯克对面的阿穆尔河右岸举行了一场隆重的感恩祈祷仪式。穆拉维耶夫的语言终于灵验了：“河对岸迟早会是我们的。”
8月21日，李鸿章给中国驻华盛顿公使伍廷芳拍了一份电报，内容是敦促美国政府暂停敌对状态，撤退军队，任命和谈代表。25日，俄国公使馆发布了一份通告备忘录，其中的言辞和上面的电报内容非常相似，所以两份电报无疑出自一个文件。9月8日，俄国代表单独建议说，如果朝廷同意立刻返京，那么列强就会开始撤出京城，于是便发电报敦促朝廷回京。13日，他又给荣禄发了份电报，请求他劝说太后和端郡王断绝关系并停止所有工作，此外宣布立即返回京城。同时俄国公使馆通过把公使馆和俄国军队转移到天津，以此表现出了努力“履行诺言”的样子。但是由于没有人追随这个显而易见的迁移，也由于其他列强决定在京城进行和谈工作，所以俄国人又悄悄地在10月份回来了。
李鸿章得知庆亲王抵达京城的消息后，服从了朝廷一再坚持的命令，于9月14日离开了上海前往北方。在天津，英国和其他国家的代表对李鸿章的态度和俄国对他健康状况的过分关心又一次形成了鲜明的对比，也许这也更加坚定了这位老人的决心，让他更加相信俄国人，相信俄国人有办法解决未来的事情。至少他总能得到太后的赞同和支持，因为俄国公使馆承诺保护了她许多义和团的亲信，并许诺把大太监李莲英的名字从列强的黑名单上抹掉，从而赢得她的感激之情。此外，俄国公使已经尽力全力让外交机构接受李鸿章为全权谈判的代表，并且让这一目标得以实现，尽管英国、美国和意大利的代表都因为怀疑而有些犹豫。
李鸿章回到了北方，年老的肩膀最后一次扛起了重担，弥补了他的政治对手的愚蠢行为造成的后果。在离开上海之前，他给朝廷呈上了一份奏折，弹劾了端郡王及其同党，他不仅在奏折上签了名，还得到了刘坤一和张之洞两位总督的同意，后两者都签上了各自的名字。
李鸿章在这份奏折里说到，如果义和团的首领们得不到严肃的处置，那么就不可能指望成功的谈判。但和平时一样，张之洞否认自己在奏折上签了名字，但是皇太后接受了这个劝告，下令惩罚她之前的顾问，这样一来，李鸿章又带着往日的自信重新掌权开始面对外交使团了。的确，靠着俄国公使团的支持，他逐渐采取了一种对各国代表有着小小冒犯的态度。比如在11月，他给各个公使馆发去了一份典型的不太礼貌的公文，抱怨联军在保定府的所作所为，甚至建议把中国军队调进京城“以期维持秩序”。他在京城的住所由哥萨克士兵保护，他本人与俄国公使的关系也最为亲密。事实上，他把所有的鸡蛋都放进了俄国人的篮子里。
尽管皇太后和她的许多高官对俄国的保护都存有感激之情，但李鸿章很快就意识到这种保护的背后将是沉重的代价。由于他提议整体地或部分地兑现这些代价，所以他自己肯定会被朝廷、御史和同僚们谴责为卖国贼。
在和平协议签订之后，紧接着《满洲条约》的内容也在10月底公布了。这些条款向全世界暴露了俄国出于“无私的友谊”而索要的报酬，于是立刻激起了长江流域总督们的愤怒抗议。李鸿章又一次地陷入了困境。