宪法虽然在很大程度上保护了人民的权利，但这种权利只是属于白种人的权利。宪法没有写进废除或限制奴隶制的条文，允许奴隶制的合法存在是美国早期民主制度的一个污点。从独立战争结束到内战的爆发的几十年间，南部奴隶主势力不断强大，他们不断地对联邦政府进行挑衅，试图从政治与地域上扩大奴隶制的生存空间。
当美国的历史迈入大步向前发展的19世纪，南部的奴隶主却在国内政治生活中不断制造事端，奴隶制的存废已然成为联邦国家关注的焦点。早在殖民地时期，南北双方在奴隶问题上就形成了地域差异，这条分界线就是宾夕法尼亚、特拉华和马里兰之间的边界划分。该线为测量员梅森、狄克逊两人于1750年完成，所以南北分界线被称为梅森-狄克逊线。在1780年代的邦联政府时期，这条线已经被公认为南北各州的分界线，南部为蓄奴州，北部为自由州。19世纪初，南部奴隶主蓄意破坏这一分界线，他们大肆在圣路易斯附近和密苏里河下游建立种植园，并且复制其本属于南部的奴隶制度。1819年密苏里申请建州，尽管它位于分界线以北，但由奴隶主控制下的州议会所制订的州宪法仍然允许奴隶制。联邦国会在这个问题上进行了激烈的争论，但密苏里州最后仍以蓄奴州加入联邦。随后，国会为了保持南北平衡，决定禁止北纬36度30分以北实行奴隶制，并接纳由马萨诸塞州分离出来的缅因作为一个独立的自由州加入联邦，这样南北双方在参议院中代表相等。南北双方也因此暂缓了矛盾，史称“密苏里妥协案”。
随着美国领土向西部的推进，南部的奴隶制也逐渐向西繁殖，南北双方的矛盾日益激化。1846年在新墨西哥是否实行奴隶制的问题上冲突加剧，南部首次以退出联邦来要挟。在1849年加利福尼亚要求以自由州加入联邦时，国会产生了一场更大规模的争论，南部再次以退出联邦来威胁。1850年双方最终达成妥协。加州虽以自由州名义加入联邦，但是除了该州首府禁止奴隶贸易外，其他地方仍保留了奴隶制度。
1850年的妥协案没有缓解矛盾，南部奴隶主得寸进尺。1853年堪萨斯至内布拉斯加修建铁路之际，南部要求重新考虑在新建州是否实行奴隶制应由该州公民自行投票决定。1854年1月民主党人向国会提交《堪萨斯——内布拉斯加法案》，要求废除《密苏里妥协案》，宣称新建州是否实行奴隶制应交给各州人民决定。法案最终在激烈的争论中通过。1855年由奴隶主武装控制的堪萨斯成为了蓄奴州。奴隶主在堪萨斯的暴行激起了当地自由移民的愤慨，很快自由移民也成立了新的州政府。联邦政府却偏袒奴隶主，最终双方发生了战争。来自全国各地以及欧洲国家的废奴主义者都参加了这场内战。持续三个多月的战争结束后，自由土地主逐渐控制了局势，但是堪萨斯州关于奴隶制问题一直拖到美国内战后才得以解决。
奴隶制是美国早期民主制度的一个恶性肿瘤，它不断侵蚀着美国民主政治的肌体。但在奴隶制蔓延之际，一些废奴主义者也开展了坚持不懈的斗争。
早在殖民地时代就有不少宗教界人士抨击奴隶制。1754年清教徒约翰·伍尔曼发表的《蓄奴之商榷》成为了早期废奴的重要文献。潘恩于1775年1月也在一家报纸上发表了标题为《美国的非洲人奴隶制》的文章，文中猛烈地抨击了奴隶制。独立后不久，一些反对奴隶制的团体也开始出现。1818年田纳西州出现了第一份废奴主义者主办的报纸，报纸广泛揭露了奴隶制的种种恶行。19世纪30年代，群众性的废奴运动也逐渐展开，这一时期涌现了不少废奴主义的活动家，他们中有政客、商人以及文学家等。早期最为有名的就是威廉·加里森，他一直从事废奴宣传工作，并创办了深受黑人喜欢的《解放者》周报，他长期担任该报的主编。后来还组织成立了反对奴隶制协会，该协会制定了比较激进的纲领。同时还以“地下铁路”的形式帮助黑人逃离南部蓄奴州。
反对奴隶制协会推动了废奴运动的蓬勃发展。对于加里森在废奴运动方面的功绩，林肯总统曾经给过高度评价。他说“我只不过是个工具而已。是加里森的逻辑和道义力量，是全国的反奴隶制人民，是军队，成就了这一切。”但是加里森的局限性也是比较明显的，他只是注重道德观念上反对奴隶制，而且主张通过教育与宣传的方式来促使奴隶主放弃奴隶制。他反对在废奴运动中开展暴力活动。早期一些黑人领袖也同样持有这种政治观点，如道格拉斯，他作为反奴隶制协会中著名的黑人领袖，一直主张在宪法允许的范围内开展合法的斗争。虽然他也有言辞激烈的评论，但是他仍然和加里森属于同一战线，不主张发动任何形式的暴力斗争。
随着废奴运动的深入发展，早期的废奴团体内部出现了政治分裂。一部分人主张采取暴力活动来对抗奴隶制，其中的主要代表人物为约翰·布朗。布朗并不是反奴隶制协会的成员，但他却是美国废奴历史上最为激进的斗士，曾经参加过堪萨斯内战。1857年布朗制定了武装起义的计划，自己四处奔走寻求支援。1859年10月布朗在哈泼斯渡口领导发动了震惊全国的反奴隶制武装起义。由于参与起义人数太少以及缺乏有力支持，几天过后，起义就宣告失败。布朗及其起义者都以谋叛的罪名而被判处死刑。临刑前布朗写下了不朽的遗言：“我，约翰·布朗，现在坚信只有用鲜血才能洗清这个有罪的国土的罪恶。”
就在布朗就义的当天，美国的反奴隶制协会为他举行了追悼大会。布朗起义在美国产生了极大的社会影响。在奴隶制的存废问题上，美国注定要通过一场激烈的战争来解决。除掉美国早期民主制度的污点，联邦必须要付出高昂的代价。
1860年是美国大选年，新近成立的共和党提名亚伯拉罕·林肯为该党的总统候选人。而坚决维护奴隶制的民主党出现了南北分裂，分别出现了南北两个候选人。提出走中间路线的立宪联邦党则推出了约翰·贝尔为候选人。由于共和党人推出了比较符合时代潮流的政治纲领，他们反对向各领地扩展奴隶制，但是并不干涉各州的奴隶制。同时他们主张国内改革，保护关税，提倡言论自由等。共和党的政治纲领赢得广泛的支持，而民主党由于内部的政治分裂使竞争力大为减弱。1860年11月6日大选揭晓，林肯获得了18个自由州中17个州的多数票（新泽西除外），虽然林肯没有获得南部一个州的支持，但他仍以绝对优势战胜了对手，当选为美国历史上的第16任总统。
作为共和党人的林肯当选总统给南部各州带来了极大恐惧。南部开始向联邦挑衅，同年12月20日南卡罗莱纳率先退出联邦。在不到一个多月的时间里，先后共有7个州宣布脱离联邦。面对复杂的国内形势，北部共和党人反应强烈，林肯一度曾表现出对南方奴隶主的迁就与忍让，但是南部诸州步步为营，1861年4月14日美国内战拉开帷幕。
为了这场战争，南部各州已经经过长时间的准备，所以战争伊始，南部在军事上占据着明显的优势。他们要求建立一个“大奴隶制共和国”。而北部资产阶级则要求恢复联邦的统一，他们不能容忍分裂。北部对形势过于乐观，也缺乏足够的军事准备，幻想三个月内可以结束战争。在实力绝对占优的情况下北部却一直处在军事被动的局面。1861年的下半年联邦军队在数次交锋中均以失败结束。其中最为有名的布尔河战役、波托马克河之战中联邦军队都损失惨重。
1862年战争进入相持阶段，南部叛军在著名将领罗伯特·李的指挥下一路北上。北部陆军总司令麦克莱伦优柔寡断，坐失不少良机，北部联邦政府一度告急。正在这时，林肯果断取消麦克莱伦的军事指挥权，并且在北部实行了一系列解放奴隶的革命立法，逐渐扭转了被动局势。
1862年2月，众议院通过禁止使用军队捕捉及引渡逃亡奴隶的法案，随即在参议院也获得通过，该法案鼓动了更多奴隶逃亡北方。4月16日，国会通过了在哥伦比亚特区废除奴隶制的法案。该法案规定政府为黑人奴隶提供每人300美元的赎金，但是被解放的奴隶必须移居国外。虽然法案有一定的种族歧视色彩，但它促进了军事形势的好转。5月20日林肯批准了《宅地法》，法案规定：凡已经成年并未同叛军反抗联邦政府的合法公民，从1863年1月1日起，只需交纳10美元登记费便可以领取160英亩的国有土地。在此土地上耕种5年后即可拥有该土地的所有权。《宅地法》的颁布阻止了奴隶制向西繁殖的空间，林肯政府的这项政策对南部各州是一个沉重的打击，政府因此也获得了西部人民对北部的有力支持，它有利于北部军队在西部战场转入反攻。
6月19日，国会又通过法案宣布：未来加入联邦的州及领地都将废除奴隶制，黑人子女有受教育的权利。7月在西弗吉尼亚加入联邦的时候，该州就宣布逐渐废除奴隶制。7月17日，国会还通过了“没收法案”，它规定凡叛乱者都应处以死刑，但也可改判为5年徒刑或罚金10 000美元。叛乱者的动产与不动产都应该予以没收，但是属于叛乱者财产的奴隶则被解放为自由人。总统还有权授予黑人去镇压叛乱。
1862年国会针对奴隶制采取的一些立法措施有效地改变了战争的局势，这些局部解放奴隶制的措施为后来《解放宣言》的颁布奠定了基础。正如美国学者所言：“所有这些法律都在起着打击、削弱、侵蚀、蚕食奴隶制的作用，它们把奴隶制的法律屏障炸开了一道道缺口，逐渐破坏着奴隶制生存的支柱和堡垒”。
1862年的下半年，各战场都有自动组织起来的黑人志愿军，他们在抗击南部同盟军队方面发挥了很好的作用，林肯对此颇为高兴。但同时联邦军队在东部仍处在被动状态。摆在联邦政府面前的局面非常清楚，只有完全废除奴隶制才能组织强有力的队伍来挽救联邦。从1862年7月开始，林肯就决定彻底废除奴隶制。7月22日，林肯向内阁宣读了解放奴隶宣言的第一稿。当时国务卿威廉·西沃德建议发表宣言的时间最好选择在一次胜仗以后。9月联邦军队在安提坦获得胜利，随即林肯在内阁宣读了《解放宣言》的第二稿，9月24日作为预告性《解放宣言》正式发表。宣言宣告：联邦政府将在未参加叛乱的四个边境州实行有偿的、逐步的解放奴隶的办法。而参加叛乱的南部诸州如果在1863年1月1日以后仍继续顽抗，那么那里的“为人占有而做奴隶的人们都应该在那时及以后永远获得自由；合众国政府行政部门，包括海陆军当局，将承认并保障这些人的自由，而当他们或他们之中任何人为自己的自由作任何努力时，不许有任何压制他们的行为”。宣言为南部诸州同盟留有余地，较多照顾奴隶主的利益，联邦政府主要目的想劝说南部尽快放下武器并投降。在美国历史上来说，这个宣言具有划时代的意义。马克思认为它是联邦成立以来美国史上最重要的文件，宣言的颁行者林肯在美国历史或人类历史上必将同华盛顿齐名。
1862年12月30日，预告性宣言经过部分修改作为《解放宣言》的正式文本发给国会议员，下午林肯在倾听内阁成员的意见后在宣言上签字。1863年1月1日《解放宣言》正式生效。林肯在宣言中以总统兼海陆军总司令的名义宣布在预告性宣言颁布100天后仍然没有放下武器叛乱州的名单，他们是阿肯色等10个州。林肯接着命令：“在上述各州及其区域内，所有被视作奴隶的人立即获得自由，并且今后永远获得这种自由。合众国政府以及海陆军当局将承认和维护他们的自由”。
《解放宣言》废除了奴隶制度，黑人获得了自由。北美大陆上存在了两个多世纪的奴隶制终于在战火与黑人的反抗中宣告废除。强制性的奴隶劳动也从法律上被取缔。《解放宣言》弥补了美国宪法的缺陷，在美国民主制度发展的里程中扮演一个重要的角色。《解放宣言》的颁布在军事上也发挥了极大作用。各地黑人士气高涨，奔走相告，并踊跃参军。他们对奴隶制的愤怒使得黑人军队成为了一支勇不可挡的雄师。联邦军队也因此实力大增，1863年上半年进入战略反攻，不断取得胜利。1863年5月，谢尔曼将军率领大军从田纳西出发，绕海作战，切断同盟军的联系，沿途扫荡了南部同盟的军队，同年9月夺取了亚特兰大，12月进入海滨城市萨凡纳。同时在中西部作战的格兰特将军在密西西比州一路高歌。1864年4月，格兰特将军与谢尔曼将军在里士满会师，1865年4月南部同盟被迫投降。至此，历时四年的美国内战宣告结束。
在内战结束前，由于废奴以及战事的转变使林肯威望大增，他获得总统连任。为了巩固在废除奴隶制上的成果，林肯当选后立即呼吁国会通过宪法第十三条修正案，明确把废奴措施写进美国宪法之中。1864年底，他在国会中明确表示他不打算撤回或修改《解放宣言》，也不会把根据这个宣言或国会的任何法案而将获得自由的任何人送回去做奴隶。1865年1月31日，林肯向国会提交了宪法第十三条修正案。该修正案规定：在合众国境内受合众国管辖的任何地方，奴隶制和强制奴役都不得存在，但作为对于依法判罪的人的犯罪的惩罚除外。国会有权以适当立法实施本条。林肯为了该修正案的通过，在国会做了大量工作。1865年初，众议院首先表决通过。同年12月，第十三条修正案获得3/4以上州的批准而正式生效。
《解放宣言》的精神以宪法第十三条修正案的形式得以法定确认，美国的奴隶制度被埋葬，早期制宪者遗留下来的这一问题得到了解决。研究美国宪政史的学者指出“奴隶解放将伴随美国宪法的一个巨大道德耻辱和恶性肿瘤割除了”。在美国黑人历史上，黑人从商品转变成了一个社会人。但是黑人成为一个合法公民还经历了一个过程。在南部重建期间，公民权利的维护是一项重大内容。1868年到1870年联邦政府相继推出了保护公民权利的第十四条和十五条修正案，其中第十五条修正案特地对黑人的各项政治权利都做了宪法的保证。第十五宪法修正案庄严宣布：合众国公民的选举权，不得因种族、肤色或以前是奴隶而被合众国或任何一州加以拒绝或限制。
南北战争以及战争期间和战后美国政府颁布的一系列法令政策，摧毁了长期束缚美国经济发展的奴隶制，解放了几个世纪以来不被当人看待的黑人奴隶，解放了巨大的生产力，扫清了资本主义发展道路上的一个重大障碍，使美国很快迈入了经济社会高速发展的镀金时代。