光绪二十六年（1900），八国联军的铁蹄蹂躏了繁华如锦的京城。李莲英为主子梳妆打扮成汉族老妇人，出德胜门，仓惶西逃。临出逃时，李莲英也没忘记提醒主子处置冷宫中的珍妃。当珍妃被推向井边，以求援目光看着李莲英时，这个阴狠的奴才借故走开了，储秀宫的首领太监崔二总管（崔玉贵）拖住后腰将珍妃推入后宫的井中。
逃到西安后，李莲英为慈禧找来唱秦腔、豫剧的戏班子，打发避难日子。次年，两宫回銮京师。这一年的流离颠沛和政局跌宕，使李莲英的心情变化了不少。尤其是端王载漪父子的遭遇下场，更使他对官场险恶有了不同以往的看法。
端王之妻是慈禧的侄女。光绪帝因变法失败被囚，慈禧欲废帝另立，以端王子溥为“大阿哥”（皇储），端王俨然以“准太上皇”自居，气势夺人，却不料因洋人提出惩办义和团祸首的要求，慈禧竟将全部责任推到端王身上，将其发配新疆充军，永远监禁，溥的“大阿哥”也被废掉。端王父子盛极悲来时间之短暂，真令人感喟万千。李莲英看着墙倒众人推的势态，不由想到自己平日作为不知已树下了多少仇敌。再看回銮之后，崔二总管一天“红”似一天，还有小德张八面玲珑，心里头就有了股凄凉感觉。老佛爷经过这一场折腾，也少了昔日的锐气，对光绪帝的态度也和缓多了。看来，是到了修后路的时候了。
“老佛爷，奴才昨晚作梦，梦见了珍主子。”李莲英知道慈禧信鬼信神，很在乎这类事。
“她在梦里说了什么吗？”
“珍主子说她三魂六魄飘飘荡荡，没有归宿。奴才看，珍主子的尸骨也该收殓一下，老泡在井里可不是个事呀。”李莲英说到这里，恰好西风吹得窗户纸发响，粗大的蜡烛也光焰闪忽不定。慈禧心里直发毛，脸也变了色，好一会才缓过神来。
“那……她在梦里说没说怎么办呢？”
“说了，她说在宫里给她设个神位就行了。”
“只是没有这个先例，放在宫里只怕不合宫规吧？”
“其实这也没个什么。就如一家人，老太太健在，小辈儿反而先故去了，就在偏房设个神位，只要不在正厅就可以。”
“那就替她在井旁边那间屋子供灵好了。”
第二天，李莲英奉太后之命，传谕工部打捞珍妃尸体，并择地安葬。李莲英这样做，是想获取光绪帝的赞许和感念。可是，一切都已太晚了，光绪帝那颗饱受折磨的心已麻木了。
1908年10月21日，光绪皇帝带着一生的遗憾与愤懑，驾崩于中南海瀛台，年仅37岁。这使慈禧震惊不已，次日也撒手西去，走完了她73岁的人生，离开了她48年来视如生命的权力。临死前，她最后行使权力，在御前会议上，命以醇亲王第五子载沣年仅3岁的儿子溥仪为帝，继为穆宗（同治）之后，兼祧德宗（光绪），这就是宣统皇帝。这已是慈禧一生中第三次扶立新帝。宣统继位，由其父载沣（袭封醇亲王）任摄政王，但遇事要向隆裕太后（光绪皇后）那拉氏请旨。
慈禧死了，最伤心的莫过李莲英。主子是他的靠山，主子在，他享尽荣华富贵，宫中太监个个对他唯命是从，宫外大臣人人对他巴结附会，他习惯了一人之下，万人之上的生活。可这一切随着主子去了，他犹如丧家之犬，在主子灵前大放悲声。
李莲英的悲伤劲儿，令隆裕太后也感动。“李谙达（宫中对老太监之尊称），节哀吧！皇上跟老佛爷相继去了，我这心里乱极了，还要靠你帮忙出主意呢。你跟老佛爷这么多年，熟习规矩，老佛爷这边的后事，就劳你经管吧。”这是跟姑母学来的优礼老臣手法。
李莲英止住哭号，为太后对自己的信任和尊重而感动，也象溺水者抓住了救命稻草一样：自己今后的靠山就是隆裕太后了。“奴谢主子抬举。主子也别伤心太过，万事保重御体要紧。如今，万岁爷尚小，全靠主子操劳了。”
此后，李莲英在宁寿宫照料慈禧，他事死如生，除丧仪上的规矩之外，一切全照慈禧活着的样子：早上让宫女打洗脸水，打开梳头匣子和首饰箱，传膳也是挑慈禧生前爱吃的。这些供完之后，照例喊一声：“老佛爷绕弯儿去罗！”走廊上的人听见这喊声，也象往日一样回避开。
照惯例，帝、后大殓毕，奉安之前，梓宫由大内移至景山的观德殿。但殿内仅能停放一座梓宫，现在却有两座。小德张建议先移慈禧的。这正合隆裕心思，立即传旨礼部。
李莲英闻听之后，特请拜见太后。见礼之后他跪着不起。“奴才听说要先移老佛爷到景山，不知可是真的？”
隆裕太后摸不明他的意图，便说：“还没有定规。”
“若是还没定规，奴才求主子开恩，让老佛爷仍旧暂安宁寿宫。她老人家归政后就住那儿，已经习惯了，那也曾是当年乾隆爷归政后住过的地方。若是到了景山，老佛爷会不习惯的，那儿太冷清。老佛爷喜欢热闹，这一点主子也是知道的。奴才侍侯老佛爷三十多年，等侍侯到陵上，奴才求主子开恩，放奴才回去。这也是没有多少日子的事了。求主子让奴才在老佛爷跟前再多尽点心，也不枉老佛爷疼奴才一场。”李莲英直说得声泪俱下，隆裕太后为他这忠心所动，也不加思索地说：“好了，就准你所请，请皇上先移观德殿好了。”
李莲英叩谢离开慈宁宫后，小德张埋怨自己的主子说：“主子真是心软，怎么就听他胡说。他霸占着宁寿宫不肯让出来，说不定会发生什么事呢！”隆裕太后只好吩咐小德张小心巡逻便是。小德张派人日夜严密监视宁寿宫。
虽说自回銮之后，小德张的气焰日盛一日，犹如自己当年一样，但李莲英却有对付他的办法。回到宁寿宫，李莲英冷笑着自语道：“小德张想把老佛爷从这请走，他好来掘宝，我偏不让他遂心。外头传说老佛爷的私房有几千万，都埋在宁寿宫。这话真假我偏不说出来，让他去想去猜，白天吃不下，晚上睡不着，把条小命玩完，我才高兴。”
慈禧的葬礼之后，李莲英便下落不明了。
一种说法是李莲英自知仇人无数，害怕遭报复，在慈禧出殡那天悄悄出走，隐姓埋名，流落他乡。一说是他求助于隆裕太后保护，在南花园一角住下来，以避人跟踪。一说他出家为僧。一说他被仇家杀死，身首异处。一说他用“金蝉脱壳”之计，让一名年老太监穿上自己的服饰，然后在京郊将其杀死，割取首级，造成自己被仇家所杀的假象，安然去往他乡。这一说法流传较广。但实情究系如何，无从考查。也许是个不解之谜。
李莲英荣宠兴衰的人生命运，是和执掌大清帝国命运半个世纪的女主子慈禧联在一起的。掌权的女主子从世界上消失的同时，权倾朝野的大总管也就此消失了。
三年后，中国历史被孙中山为首的资产阶级革命党人翻开了新的一页。