如果加盟总部经受住了第一步的考验，即已确认自己符合实施特许经营的条件，则其下一步考虑的就是如何具体实施特许经营业务。尽管许多特许加盟体系是在总部进行了多年的正规连锁经营基础上总结经验发展起来的，但管理特许连锁体系毕竟与管理正规连锁体系不同，在很多方面还需重新调整，这就需要总部拿出一套完整的切实可行的特许经营开发方案。
2.4.1 设置总部组织结构
特许连锁总部是统率众多加盟店的大本营，总部机构是否完善、职能是否健全，将直接影响特许业务的顺利开展。因此，在向外出售特许权之前，总部应首先对自己内部的机构设置以及每一机构所担负的职责进行审视，分析一下是否能满足特许经营的需要。
总部机构的设置根据不同行业的具体业务可以采取不同方式，没有一个完全适用的标准架构。一般情况下，在零售行业中，总部应设置如下机构。
总部在所设置的各个机构中，应承担起以下基本职能：
1.系统开发职能
总部负责整个组织功能的有机结合，制定长远发展规划，使整个特许连锁系统发挥最大效率，而不是仅仅关注某一个加盟店。
2.采购供应职能
总部应负责各个直营店和加盟店所需商品、原料、材料、设备及其他物品的采购，并及时配送。
3.商品与服务开发职能
总部负责开发区别于对手的独具魅力的商品和服务，并以合适的价格与快捷的渠道供应给加盟店。同时，还要根据市场环境的变化，及时改进商品与服务的质量、结构和销售方法等。
4.培训与指导职能
总部负责对加盟店工作人员进行定期的教育和培训，使他们能完全掌握总部开发出来的专业经营管理技巧，同时，总部还将派专人负责，具体指导加盟店的现场经营，解决经营中出现的各种问题。
5.促销职能
总部负责整体促销计划的制订，并负责实施开展各种促销宣传活动，以促进加盟店的销售，提高连锁体系的形象，以及推广新产品。
6.金融职能
总部进行资金援助和融资活动，对于资金实力较弱的加盟店，可以通过与融资机构协商，采取连带担保的方式，使加盟店获得贷款。
7.信息职能
总部应及时向加盟店提供市场信息、消费动向和产业界信息，并负责收集和加工来自加盟店的销售额等各种数据，作为有价值的销售信息提供给加盟店。
8.经营管理职能
总部代理加盟店承担销售以外的日常工作，如销售额、成本、费用、利润、福利费用开支的计算等，同时，总部还要统一处理各加盟店的经营统计，进行所有加盟店之间的经营业绩比较和分析。
2.4.2 建立自己的样板店
要说服投资者加盟总部的特许经营网络，最好的办法莫过于建立自己成功的样板店。通过样板经营，一方面，可以检验总部的经营管理思想是否可行，并在试验中获取经验，发现该套方法的优点和缺点，并不断改进完善；另一方面，若样板店取得成功，可以得到社会的认可及消费者的认同，从而扩大影响，增强投资者的信心，让他们看得见将来加盟以后可取得的经济效益，消除他们的疑虑。
总部没有开设样板店在实际中检验自己的特许经营制度，仅仅把想像中的模式出售给投资者是不负责任的行为，有些国家和地区的法律明文禁止这样做。因为对于加盟者来说，他们承担了全部的经营风险，并投入了毕生的积蓄和全部精力，如果这套经营制度在实际操作中行不通，这对他们经济上以及精神上都是一个沉重的打击，这种情况下，特许人的行为甚至可以看成是一种诈骗。因此，无论是从加盟者的角度还是从自身发展的角度出发，总部在出售特许权之前都必须建立样板店进行试点经营。
建立样板店的一个主要功能是建立总部的样板经营程序，即在可能出现问题的领域找到程序性的解决方法。例如，可发现店铺内外装修的最佳方法，可获得包括最佳营业时间、各岗位所需人手、日常费用开支等方面的实际经验，可发展出最具效率的财会制度、存货管理和存货控制方法，还可为制定一本详尽的操作手册提供现实基础。当总部对每一个营业岗位和营业环节都实现了标准化、专业化、简单化，并形成书面的经营手册，使之变成一个通过短期培训就可掌握的样板经营程序之后，对外出售特许权的计划就可以实施了。
2.4.3 准备特许经营所需的文件
特许经营可视为一种知识产权的转让，因此，在许可加盟者时，总部应首先进行一些基本文件的准备。这些基本文件包括：
1.加盟合约
为了保持特许经营的统一性，总部与各加盟店签订的合约内容应相同（个别地方可以根据具体情况略作修改），因此，总部要事先准备好加盟合同书。在双方签约时，加盟店只能表示“同意”或“不同意”，由于加盟双方合作关系比一般情况复杂，加盟合约应尽量详细具体，最好交由专业律师审定。
2.公开文件
在特许经营发展得比较成熟的国家，如美国、加拿大、澳大利亚、法国、日本、英国等，法律规定加盟总部必须在一定时间内向潜在的加盟商提供一套公开文件。公开文件所包含的内容因国家而异。就美国而言，美联邦贸易局有关连锁业法规规定，总部提供的基本情况（即公开文件）内容主要包括：特许权详细情况，董事人员及联系人员名单，费用项目，财政状况，特许权中止、取消或更新的规定，总部提供的支援，对加盟商行为的限制等。事实上，加盟商最感兴趣的资料，如赢利业绩、失败个案等，一般都不在硬性规定之列。
公开文件对总部来说是一个非常重要的文件资料，既要尽量提供真实可靠的参考资料，又不能泄露太多商业秘密，因而总部必须慎重准备。因为每个国家对此规定不一，在准备公开文件时，一定要以当地的法律为依据。鉴于这份资料将来有可能被作为法律诉讼之用，建议总部起草之后最好交由这方面资深的顾问、会计师、律师审核，以免错漏。
3.操作手册
除美国之外，没有一个国家硬性规定总部必须有操作手册，但由于特许经营运营模式的特殊性，操作手册已成为与特许经营密不可分的组成部分。在当今品质管理日趋流行的潮流下，经营者已越来越认识到操作手册的重要性，它不仅是特许经营事业本身品质的象征，也是维系特许经营的基础。
连锁经营与个体经营在运作上的最大区别是，连锁经营一切都讲求制度化，每一间分店从设备、生产过程、服务质素，甚至到员工制服等，都要符合总部制定的标准。为了保证每一间分店运作一致，总部所订立的手册应巨细无遗，并得到严格执行，目的是为了统一管理，同时可让那些缺乏专门知识的加盟者尽快熟悉业务，提高工作效率。如果没有操作手册，加盟者各自的文化知识背景不同，个人的管理手法不一，提供的服务质量也不同，这些会严重影响连锁经营的统一形象。因此，一个运作优良的特许经营事业，往往会有一本完整严密的操作手册。
在特许经营初期，很多总部都会花大量精力在制作操作手册上。操作手册并不是简单地将经营知识用白纸黑字写下来，而是系统地将操作工序以最方便查阅和更新的方法记录下来。操作手册可供加盟商随时参考，也可以作为总部在法律上对加盟商运作进行约束的一个依据。大多数总部在初期创业时所制定的操作手册都比较简单，然后在以后长期的实践中不断完善。比如麦当劳的操作手册，初期只是在店铺卫生、食物分量及服务态度方面有严格的要求，后来随着事业的发展，操作手册的内容发展到指导加盟者如何跟进货品的出入、账目的管理、工作进度的制定等。实际上，从长远看，初期投入大量精力在操作手册上是明智之举。
操作手册的内容随企业和行业的不同而有所区别，例如，快餐业的操作手册内容包括：配方、制作方式和程序、每份数量、存货量、展示方法、地方性广告及公关促销活动、顾客抱怨处理、关于健康和卫生的特殊法律要求、废物处理、夜间经营、日常清洁、噪音和停车等问题。有些总部的操作手册不仅列出了加盟店开业后的各项工作，还列出了开店的各种步骤、购物表、财政预算表，实为加盟商的经营指南。
4.培训材料
总部所面对的可能是毫无专业知识与经营经验的加盟者，这就需要总部对他们进行严格的培训，以使之掌握总部的经营宗旨和技巧。操作手册自然是培训的主要内容，但这还远远不够，培训应涉及有关专业的全方位知识。例如，广东顺德佐威服装有限公司对加盟成员的培训不仅包括公司简介、经营方针、店铺陈列方式、店铺规则以及员工守则，甚至还包括如何分析顾客心理、如何阅读货品编号、如何为顾客选择最搭配的衣服颜色等。这些培训资料总部都必须事先备齐。
除了以上所述文件外，总部还应准备的有：经过注册的商名、商标、专利、计算机软件等有效证明文件，配合推广宣传的小册子、录像带，发展加盟店所必备的表格等。
2.4.4 确定开店战略
当加盟总部练好内功，做足基础工作后，下一步考虑的便是如何对外开展特许业务。在具体实施加盟之前，总部还应该制定一个详细的开店战略。虽然许多总部在创业初期往往会迫不及待地授予任何地区的任何人以特许权，但如果这个加盟者远在总部管理及供应力所能及的范围之外，因得不到总部的有力支持和及时的货源而导致经营失败，则不仅会严重损害总部的声誉，还会影响特许经营事业将来在这个地区的发展。因此，即使是新成立的总部，也不能不加选择，匆忙开店，而应事先确定在何处开多少加盟店，有选择、有计划地开展特许经营业务。
对于日趋成熟的总部来说，应舍弃初期零散设店的做法，而采用区域型地毯式的集中开店战略，即在某个地区内以密集开店的方式，形成压倒性的优势，以达到规模效益。这种开店战略对于消费相对分散且区域性竞争不明显的便利店、冷饮店尤为适用，具体来说，它有以下几个好处：
1.降低每一家加盟店的广告费用
总部的广告宣传媒体主要是地区性的电视台、电台以及报纸、海报等，无论宣传区域内有1家加盟店还是有100家加盟店，总部所支出的广告费用都是相同的。因此，在一个区域内开店越多，平均每家的广告费用越低。
2.提高形象上的相乘效果
在同一个地区开设十几家甚至上百家加盟店，会很容易树立总部的形象，提高其知名度。如果一个加盟店缺少某种商品，顾客也可以马上到邻近的加盟店去购买。
3.提高加盟店的服务质量
总部一般指派一个专门人员负责几家商店的管理和服务工作，如果各个加盟店之间距离太远，则专门人员花在路上的时间较长，会影响到各店的巡视频率，加盟店的服务质量也会随之下降。
4.提高商品的配送效率
加盟店的营业面积通常都较小，货架上陈列的商品即是库存，因此要求配送中心必须采取多种类、小数量、多批量的配送方式。这样在同一地区内加盟店越多，分摊到每个加盟店的运输费用也越低。以乳制品为例，在加盟店数较少的地区，流通费用占进货价格的17%～18%；而在店铺达到一定规模的地区，流通费用可降低到13%～14%。尤其是毛利率高达30%～60%的速食品，如面包、糕点、饮料等，为保证食品新鲜可口，每天要配送2～3次，而且不能远距离运输，因此必须采取密集开店的战略，方能降低流通成本。
2.4.5 宣传推广，招募加盟
在一个新地区开展特许经营业务时，宣传推广活动是必不可少的一个重要环节。与其他类型公司的宣传活动主要是吸引消费者所不同的是，加盟总部的宣传推广既要吸引消费者，又要吸引投资者。在业务开展的前期，宣传推广的对象主要是投资者，这就要求加盟总部的宣传内容与一般公司的宣传有所不同。
总部可采取的宣传推广方式有很多，但最常见的是广告宣传形式。要达到良好的广告效果，关键是要选择适当的广告媒体。可供选择的媒体有：报纸、广播、电视、公共交通工具、户外广告牌、杂志、小传单等。至于最终时间确定、广告受众的习惯、广告成本等因素，要在综合评价后再作决定。
在宣传推广的同时，总部应着手进行招募加盟者的工作。对此，总部一般有两种态度：一是等投资者上门申请加盟；二是主动出击，寻找合适的加盟者。
日本“7-11”便利店便是采取主动出击的方式发展加盟店。总公司在全国设置了若干个招募顾问，每位招募顾问都有自己负责的业务区域，他们在自己的业务区域内发现有符合加盟条件的零售店后，就负责说服店主加盟。零售店在成为“7-11”加盟店之前，要接受“7-11”总公司详尽的评估调查，包括商店的地理位置、房产状况、资产状况、店主的素质等多项内容。若加盟双方没有异议，即开始商定签约。签约后，“7-11”的建筑设计人员，就开始进行现场调查，根据店铺现有的装潢和设备，确定改造为“7-11”便利店的投资预算。
加盟店装修完毕，便正式开门营业。总部接下来要考虑的事情仍然很多，例如，如何管理、如何给加盟店以持续的经营指导、如何监督加盟店按总部的样板经营程序按部就班地经营、如何培训加盟者、如何制订统一的广告促销方案使加盟店受益、如何不断地开发新产品和新的服务项目以使加盟店的生意能长期吸引顾客等。总部对这一系列问题都应尽量制订周密的方案，使总部与加盟者的关系能长期维持下去。
管理一套连锁体系不同于管理一家单店企业，特别是管理一套特许连锁体系，由于资本属于不同所有者，管理上比正规连锁更具有特殊性，必须具有更高的组织管理水平方能胜任。