征服了迈索尔后，英国人有了可能集中力量进攻马拉特联盟。1803年总督威尔斯莱发动了第二次英马战争（1803—1805年）。马拉特联盟此时方有唇亡齿寒之感，但为时已晚。
第三次英迈战争后，马拉特联盟分到一大片迈索尔领土，随后和海德拉巴作战又得其一半领土。这接二连三的胜利使他们浸沉在自我陶醉之中，似乎它强大无比，所向披靡。这种情况只能助长其盲目性，促进它的王公们专注于内部对胜利果实的争夺。它没有做任何准备来应对英国人的可能侵略，没有进行任何改革来增强国力。19世纪初，联盟内各王公的相互征战愈演愈烈。1802年10月，印多尔王公霍尔卡打败了佩什瓦和信地亚联军，佩什瓦巴吉·拉奥二世逃到巴塞因，向那里的英人求援。英人乘机强迫他签订了《巴塞因条约》（1802年12月），巴吉·拉奥接受6000英军驻扎佩什瓦领土内，负担其费用。还规定佩什瓦不得聘用敌视英国的欧洲人，此后同其他王公的关系要受英人节制。英军开到浦那，恢复了佩什瓦的政权。总督威尔斯莱得寸进尺，想借佩什瓦的地位来控制整个马拉特联盟，宣布英人同佩什瓦订的条约适用于整个马拉特联盟。在遭到各王公拒绝后，他于1803年发动了蓄谋已久的战争。
威尔斯莱在开始军事征讨的同时，利用马拉特各王公间的矛盾，挑拨离间，阻止他们联合行动。这种外交手腕是成功的。当英军攻打信地亚时，霍尔卡袖手旁观，只有朋斯拉与信地亚联合作战；当局势不利时，朋斯拉独自撤退，置信地亚于不顾；英军追击朋斯拉时，信地亚也不援助。结果，两者分别被击溃。1803年12月，朋斯拉首先与英人签订《德奥冈条约》，把库塔克大片领土（包括巴拉索尔及瓦尔达河以西地区）割给英人，保证聘用欧人服务时要经英人准许，与佩什瓦冲突时要接受英人仲裁，并接受英驻扎官驻那格浦尔。接着，信地亚与英订立《苏尔吉—阿尔金冈条约》（1803年12月），把朱木拿河和恒河之间的领土以及位于斋普尔、佐德浦尔和戈哈德的拉其普特小王国以北的所有领土割给英人，在西面，放弃了阿马德纳伽尔和布罗奇堡垒及阿旃陀丘陵以西的领土；放弃了对莫卧儿皇帝的一切权利要求。从此，德里由英人占领。莫卧儿皇帝就处在英人控制下，信地亚被迫接受一支英军驻扎其边境，负担军费，还接受一位驻扎官进驻。
征服了朋斯拉和信地亚后，英军转而进攻霍尔卡。霍尔卡抵抗很顽强，虽失去大部分国土，仍坚持战斗。
东印度公司董事会对战争成果已感到满意，担心继续拖延会引起不测并耗费过多战费，影响公司红利，故决定暂时住手，并召回威尔斯莱。新任总督与霍尔卡签订和约（1805年12月），归还他部分领土，又把瓜辽尔归还给信地亚以缓和他的不满。
这样，第二次英马战争的结果，马拉特联盟各王公丧失了大片领土，在一定程度上受英人控制。马拉特联盟已失去强国地位，政治上已部分失去自主权。
马拉特联盟的失败，首先是由于自身的分裂。几乎它所有的力量都消耗在无休止的内争中，甚至面对英人进攻，也不能团结一致。其次，马拉特联盟的军队素质越来越差，士兵早已是雇佣军，来自印度各地，先前马拉特农民士兵那种品质已不存在。军队中虽然步兵火枪增加，但缺乏训练。担任指挥官的法国军官多在关键时刻背叛，起了很坏的作用。对骑兵不再重视也带来了恶果，部队先前的机动性丧失。更重要的是王公将领奢侈腐化，征战中随军的非战斗人员越来越多，当年奥朗泽布军营的情景又在马拉特军营再现。信地亚军队一次从塔普提到纳尔马达140英里的行军足足用了18天时间。这样的军队还能有多大战斗力呢？
这次战争的失败使马拉特王公们蒙受了羞辱。近一个世纪来在印度封建势力纷争中处于支配地位所形成的高傲心理和自信心，使他们决不愿接受英国人这个外来侵略势力成为印度的主宰。
英国人作为胜利者的飞扬跋扈，也使他们极为憎恶。这方面感受最深的是佩什瓦巴吉·拉奥二世，他由于1802年的条约已处于对英人的完全依属地位。那里的英国统监俨然是太上皇，专横跋扈，颐指气使。佩什瓦急于摆脱难以容忍的英国控制，开始秘密派人和信地亚、霍尔卡、朋斯拉接触。英人发现后就先发制人，迫使他于1817年签订新的条约。条约规定，佩什瓦割部分领土给英人，作为供养驻军费用；此后他与马拉特联盟诸王公的交往要通过英统监。这实际上是剥夺了佩什瓦在马拉特联盟中的领导地位，把他贬低为一个普通的小王公。稍早于此，英人乘拉古吉·朋斯拉二世去世，那格浦尔内讧，诱使新王公与英缔结了依附条约（1816年5月）。
佩什瓦不甘心接受给他的打击，普通马拉特人也认为这是侮辱他们的民族感情，反英情绪增长。1817年11月，佩什瓦巴吉·拉奥二世领导人民起义，烧毁统监官邸，攻打英国军营。佩什瓦起义对其他马拉特王公是个鼓舞，朋斯拉、霍尔卡起兵响应，与英军展开激战。1817年底朋斯拉军、霍尔卡军都被击溃。1818年初佩什瓦军队也被击溃，6月佩什瓦投降。总督哈斯丁斯勋爵趁此机会决定取消佩什瓦职位，除掉这个马拉特人的民族统一的象征；兼并佩什瓦的领地，把它的一小部分交给西瓦吉的后裔统治（即后来的萨塔拉土邦）；巴吉·拉奥二世被软禁在康浦尔，靠每年领取80万卢比的养老金生活。1818年1月，霍尔卡与英人订立《曼达索尔条约》，割大片领地给英人，接受一支英军驻扎其地。条约规定，除非通过英国驻扎官，霍尔卡不得与任何其他王公往来。朋斯拉也与英订约，部分领土被兼并，剩下的部分立一个未成年的幼主统治。
1817—1818年马拉特联盟与英人的战争被称为第三次马拉特战争。其结果马拉特联盟不复存在。各个王公领地的相当部分被兼并，并入孟买管区，但保留了马拉特诸王公国家的残骸。它们都成了依属英国东印度公司的土邦。英国人没有敢完全兼并，害怕过激的处理会引发新的反抗，招致未来形势的不稳。
马拉特联盟的瓦解消除了英国征服印度道路上最强劲的敌手。德干和印度斯坦落入英人之手意味着，英国征服全印已取得决定性胜利。印度各地，特别是北、中印度尚有一大批大大小小的王公存在，但是已没有任何力量堪称英国人的对手了。