大起义冲击的一个直接结果是东印度公司统治印度的终结。1858年8月2日，英国议会通过《印度政府法》，规定结束东印度公司对印度的统治，印度由英国女王接管并以她的名义统治。总督坎宁这年11月在阿拉哈巴德接见大典上宣读维多利亚女王1858年11月1日诏书，其中宣布了这项变动。英国政府接管印度本来只是个时间问题，在大起义中做这件事却有特殊的政治用意：把公司当做替罪羊，并造成一种英国政府接管会使印度面貌一新的印象，以安抚人心，最终瓦解起义。女王诏书还宣布，东印度公司政权与印度土邦王公签订的所有条约和协定继续有效。这就是说，以前附属于公司政权的土邦，从此转附属于英国国王直接建立的殖民政权。英国政府直接统治印度的时期开始了。
英国接管后，第一位的任务是从大起义吸取教训，巩固对印度的政治统治。为此就要对统治体制和政策作相应的调整并修补漏洞。总的来看，在统治体制和政策上是有继承也有变化。继承是主要的，比如直接统治和间接统治两种形式，最高决策中心在英国议会和内阁，以总督及其参事会为首脑的中央集权的行政系统，立法职能与行政职能的逐渐分离，还有司法体系、军队制度、文官制度等，都被继承下来。这是不难理解的。这些制度原来就是在英国议会和内阁插手下制定的，而且已证明行之有效。变化的方面也不少，总的趋势是：强化殖民统治机器，巩固与封建主的政治联盟，拉拢日益兴起的资产阶级民族主义势力等。英王接管使英国对印度的统治从大起义的震撼中得到恢复与巩固。
1858年《印度政府法》规定，英王接管后，在英国内阁中设印度事务大臣职位，负责管理印度事务。他由一个15人组成的印度事务会议协助，其成员主要从前英印殖民政权高级官员中遴选。取消监督局，先前由监督局和公司董事会分别行使的权力统统归印度事务大臣及印度事务会议行使。印度总督由女王任命，是其在印直接代表，职权不变。1858年女王诏书又给总督加上“副王”官衔，这个称呼在与土邦交往中使用更为方便。总督在有关印度的方针大计上接受印度事务大臣指导，但在具体政策的制定上和日常管理上有决定权。这样，1784年以来一直实行的双重权力重心体制就变成了权力重心一元化的体制。最高决策权力操在英国议会和政府手中，它的决定通过总督贯彻执行。总督听命于英国内阁，内阁向议会负责。原总督坎宁被任命为英王统治后的第一位总督和副王。
总督参事会过去没有成员间的分工，事无巨细都要共同管理。这有许多不便。英王直接统治后，1861年英国议会通过印度参事会法，规定实行分工，成立内政、外交、税收、财政、法律、军事等部门，每个成员负责一个部门，这就是政府部长制的开始。这使参事会能更具体地领导各系统的工作。
这个办法在省督参事会中也实行了。不过省依然分成三种类型：省督治理省、副省督治理省、首席专员治理省。副省督治理省到1910年才有参事会。首席专员治理省没有参事会，由几名专员构成一个局共同领导，直属总督。
根据1861年印度参事会法和1892年印度参事会法，立法会议进一步扩大规模，权限也有所增加。立法会议的设置是为了形成立法权与行政权分离的体制。如果说，在公司统治时期，这样做是为了限制公司的权力，在英王接管后，则主要是为了拉拢印度上层和知识界。无论是中央的或省的立法会议都是没有实权的。总督和省督不对它负责，相反，它通过的法案还必须由总督、省督批准方为有效。
法院系统也进行了调整。两套高等法院并存已没有必要。1861年改组为统一的高等法院，分别设在加尔各答、孟买、马德拉斯，后在阿拉哈巴德也设立了。30年代起由马考莱主持起草的民事诉讼法典、刑法典、刑事诉讼法典1859到1861年被通过并颁布实行。
军队实行了改组。公司的军队改为国家军队。针对大起义暴露的问题，减少了土兵总人数，提高了英籍士兵在军队中的数量比重。英印人比例初为1：2，后改为1：3（大起义前约为1：5）。1863年，205000名士兵中英人为65000人。印籍士兵来源逐渐改为以招募锡克教徒、帕坦人为主，另外招募大量尼泊尔廓尔喀人参加。在军队编制上，把不同民族、宗教、种姓的人分别编成基层单位，又把这样的不同单位混合构成团队。这被称为“分割与平衡”的原则。炮兵完全由英人构成。
警察系统也强化了。各市县都有警察局。治安长官负责司法行政同时兼警察局长的很普遍，这使他们有充分权力行使镇压职能。
这样，英王直接统治使殖民地的国家机器进一步集中、统一和强化了。这个统治机器既是高压的，又在某些方面带有一些资产阶级民主色彩。这就使英国统治者可以用软硬兼施的两手来保持对印度的严密控制。