宋江军马在常州驻扎下来，忽有人来报，说吕师囊逃到无锡县，会合苏州的人马，正要来迎战。宋江听了，便派关胜、秦明、鲁智深、武松率领人马前去应战。
这时，柴进来到宋江寨中向宋江报捷，卢俊义已攻下宣州，不过在混战中失了三个兄弟。一个是郑天寿，一个是曹正，还有一个是王定六。宋江一听，顿时昏了过去。半天才醒过来，哭着对吴用说：“自从渡江以来，一连折了八个兄弟，真是出师不利啊。”吴用等人劝说了一阵，宋江才止住哭声。吴用说：“先锋哥哥，不要烦恼，眼下还是攻城要紧。”宋江说：“让柴进留下与我作伴，让戴宗去回复卢俊义，让他攻打湖州，早日与我们在杭州相聚。我们攻打苏州。”
吕师囊带了许定逃到了无锡县，正碰上苏州三大王的援兵守驻在无锡县，为首的是六军指挥使卫忠，看到关胜率领的人马已到。卫忠便上了马，率兵出北门迎战，斗了不到二十回合，就被关胜人马杀得落花流水，大败而逃，吕师囊见卫忠已逃，也急忙带了人马从南门逃往苏州。
关胜等人攻下无锡，便派人通知宋江，宋江人马到达无锡后安营驻扎下来。宋江与吴用商议明天攻苏州城。
且说吕师囊带了许定，同卫忠一起逃到了苏州，见到了三大王方貌。向他说了宋江敌势强大，抵抗不住，已失陷了好几个州郡。方貌听后顿时火冒三丈。立即整顿了人马，披挂上阵。
方貌亲自披挂，聚集了手下的八骠骑，带领人马出城迎战。前部由吕师囊带领前去挑战。
宋江也整顿了人马，离开无锡县，前往苏州。在路上碰上了吕师囊、许定、卫忠的人马。两军相遇，各排成了阵势。吕师囊心中怒气难消，首先挺枪出阵。这边，徐宁也不甘示弱，纵马奔来，斗了二三十回合，徐宁趁吕师囊心慌之时一枪把他刺下了马。宋江见状，指挥人马一起杀了过去。宋江正在追杀之时，碰上了方貌的人马。两军又都站住了。方貌率领他手下八将站在阵前向宋江挑战。宋江也从队伍中挑了八员大将：关胜、花荣、秦明、朱仝、黄信、孙立、郝思文。擂鼓响毕，这十六员大将骑马齐出。顿时战场上尘土飞扬，刀枪相接。斗了三十多回合，突然有一将翻身落马，原来是敌军苟正被朱仝一枪刺下马。两军皆都收兵，方貌见死了一将，心想出师不利，忙引兵退回到了苏州城。
宋江前进，到了寒山寺，便在寺中驻扎下来。第二天，宋江来到苏州城下叫阵，方貌坚守不出。一连几天如此。宋江见了，与吴用商议计策。吴用见苏州城外有水环绕，说借水攻城。这时，李俊、童威他们已收复了江阳、太仓等处，正等候宋江调遣。宋江听了，便命李俊等人整顿船只，准备攻城。李俊说先去看看水面湖泊地势情形，然后再去打听一下情况。随即，宋江让童威、童猛跟他一起去。
李俊、童威、童猛装作买鱼的商人在太湖上打听情况时，被四个大汉绑了起来，这四个人原来都是绿林好汉，后来聚到太湖岸边这个名为榆柳庄的地方，靠打鱼为生。他们分别是太湖蛟卜青，瘦脸熊狄成，赤须龙费保，卷毛虎倪云。当他们听说李俊等人都是梁山好汉时，顿时叩首下拜。备酒置肉招待了他们。当即，李俊、童威、童猛与他们四个结为兄弟。
在四个好汉的帮助下，他们几个聚集了六七十只打鱼的小船。宋江又让戴宗和凌振带给他们一百多个火炮，他们把炮各自藏在衣甲内。凌振又带了炮笼炮架和十个炮手，埋伏在船里。
费保扮作方腊手下的解衣甲正库官，其余的几个扮作副使，都穿上了号衣。其他的人都做了船上的水手，一切准备就绪直奔苏州。
来到城下，守门大将郭世广见是自己人，把船都放了进去。当监视官看到李逵等人面貌丑陋，正要怀疑时，李逵早就一斧下去把他砍倒在地了。这时，项充、李衮等人也出来了，把其他的守门人员也杀了。
船上的好汉都上岸了，凌振也支起炮，一连放了十几炮，整个苏州山摇地动。
方貌正在府中议事，听到炮响，吓得浑身发抖，四面八方有人来报：“各门都被攻下，城内的宋军不计其数。”
苏州城内顿时混乱起来，喊杀声、哭叫声、火炮声，声声刺耳。李逵、鲍旭在城里见人就杀，李俊、戴宗和费保四人保护着凌振，只管放炮。宋江人马见城门已被攻破，也引了人马杀进来。
方貌披挂上马率领了五六百铁甲军出了府，正好碰上了李逵这一般人马，被李逵等人杀得东躲西藏，方貌抵挡不住，逃到了一个深巷里面，却被迎面而来的鲁智深、武松截住。武松上前一刀砍断了马脚，方貌被马甩了下来。武松又是一刀，方貌人头落地，武松提了他的人头去见宋江。
苏州已经攻下，宋江到王府坐下，有功的都来献功。清点人马，少了一个宣赞，原来宣赞在斗郭世广时，两人同时死于饮马桥下。宋江和众人哭着埋葬了宣赞。
听说苏州已破，水军头领都回到了苏州，可惜在打常州、昆山时，施恩、孔亮不识水性，一时落水被淹死了。宋江听说又折了二将，又哭了一场。武松想起以前与施恩的情谊，也哭了一场。
费保等四位绿林好汉不愿做官，执意要回去。宋江重重地赏了他们，备了酒席送行。李俊、童威、童猛三人把他们四个送到了榆柳庄，然后挥泪离别。
宋江整顿了人马，直达吴江县，吴江县已无贼寇，他们又前往秀州。秀州的守将段恺原是宋朝良臣，因惧怕方腊，不得已才归顺了方腊，现在他听说宋江人马已到，站在城上大喊：“别打了，我准备投降。”随即，大开城门迎接宋江。
宋江向段恺打听杭州的情况。段恺说：“杭州地广人稠，东、北为旱路，西、南是水路。守城将是方腊大太子方天定，手下有四元帅、二十四员大将、七万多人马。尤其是前两员大将，一个是邓元觉，使一条禅杖，人称国师，一个是石宝，惯用一个流星锤，百发百中，又使一口宝刀，人称劈风刀。请主帅不可轻敌。”
宋江听了，谢过段恺。同吴用等人商议攻取杭州之策。柴进觉得知己知彼，百战不殆，便提出要去方腊的宫中做奸细。这时，恰巧卢俊义派燕青向宋江报捷。说卢俊义已攻下湖州。现在正兵分两路，一路由林冲带领前去收取独松关，一路进兵攻打德清县，然后商定在杭州会合。宋江听罢，心中不胜欢喜。他对燕青说：“要你跟柴进到方腊贼巢中做卧底，你愿意去吗？”燕青说：“赴汤蹈火，万死不辞。”商议已定，柴进扮作白衣秀士，燕青扮作书童上路了。
宋江送走柴进和燕青后对吴用说：“杭州南面是钱塘江，西面是湖，如果有几个人驾着小船到南江外放号炮，竖起号旗，城中一定会大乱。”当时，张横、三阮都表示愿去。宋江便派了张横、阮小七、侯健、段景住四人同去。
宋江调兵完毕，忽然有人报说东京天使来到。宋江急忙迎接，分发完赏赐的御酒。天使对宋江说：“皇上突然患了小病，要神医安道全回京。”宋江不敢阻挡，只好十里相送，依依惜别。
宋江回来后，整顿了人马，水陆并行，直奔杭州。不久，攻破杭州，直插歙州。
且说方腊得知宋朝大军已过了歙州，直奔清溪县而来，立刻召集文武百官商议迎敌之策。最后，决定以皇侄方杰为先锋，太尉杜微为副先锋，方腊作中军御驾亲征，又派了护驾教师贺从龙去截卢俊义一路人马。
宋江调拨了人马，水陆并进。且说这水路头领李俊让阮小五、阮小七、童威、童猛扮作梢公，乘驾了六七十只粮船，船上都插着献粮的旗号，装作向方腊献粮的百姓，果然过了关，进了城。
再说宋江这一路人马，先锋关胜、花荣、秦明、朱仝先到了清溪县，碰上了方杰。两边摆开了阵势。秦明首先上场，那方杰果然不同凡响，霹雳火秦明竟占不到他的一点便宜。斗得正难分难解时，只见杜微悄悄地从马后闪出来，举起飞刀朝着秦明砍去，秦明躲过了他的刀，却没躲过方杰的方天画戟。
宋江一看，一面命人把秦明的尸首拖过来，一面调军出战。
那方杰在阵前得意地大叫着，方腊也骑着马来到阵前亲自督战。那方杰得到命令，正准备前来捉拿宋江。只见敌军飞马来报说：“御林都教师贺从龙已被卢俊义活捉，宋兵已杀了过来。”方腊一听大吃一惊，忙让杜微守住阵势，让方杰护驾先保住内宫。方腊刚回到清溪界却见城内大火冲天，原来是李俊他们在城中放起火来。卢俊义、宋江一看城中大火，忙指挥人马杀进城去。方腊见状，只得让方杰保护着逃到了帮源洞。
宋江攻下清溪城郭。清点人马，只见少了郁保四、孙二娘、邹渊、杜迁，宋江命人把他们的尸首找来，埋葬了。李立、汤隆、蔡福身受重伤，过了两天也死了，阮小五在城中被娄丞相杀死。宋江见了，伤心不已，亲手剐了娄丞相、杜微的心肝，祭奠了死去的兄弟。
方腊在帮源洞中无计可施之时，忽然有一白衣秀士向他请兵。原来这白衣秀士就是柴进，他和燕青辞了宋江，来到了睦州的丞相祖士远处，祖士远见他天文、地理无所不知，便把他引荐给了方腊，方腊见柴进一表人材，能文能武，有龙子龙孙气象，非常喜欢，便把他召为驸马。一来二去，他把敌人的底细都摸了个一清二楚。方腊见柴进请兵，心中大喜。当即赐给他金甲锦袍，同方杰一起率领一万人马出战。
他们在洞外排成阵势。这边宋江、卢俊义早已作好了准备，首先柴进出来挑战，这边，宋江派了花荣，战了几个回合，花荣假装败走了。宋江又派了关胜迎战，斗了几个回合，关胜又假装败走了。方腊听说驸马如此英勇，忙命人鸣金收兵，大摆宴席庆贺。
第二天，方腊亲自出洞督战。宋江那边，人人磨拳擦掌，准备擒方腊。两军相对，方杰首先出阵。宋江这边关胜挥舞着大刀纵马驰去。战了十来个回合，花荣手持长枪也奔了上去，斗了一会也不见输赢，宋江见了，又派了李应、朱仝出阵，四将齐出阵，方杰见不是对手，勒转马头就要回。柴进见了，挺枪赶来，手中的铁枪却直直地刺向了方杰。方杰措手不及，被柴进一枪刺下了马。燕青也不示弱，纵马前来一刀把方杰砍成了两段。敌军一看顿时慌乱了起来。方腊见势不好，踢翻了金交椅，向深山中奔去。宋江率领大队人马，把敌军杀了个片甲不留。可惜方腊逃走，宋江传令命人上山搜寻，正在犒劳军士之时，只见花和尚鲁智深押着方腊来见宋江。
原来鲁智深在乌龙岭上追杀夏侯成时迷了路，在山里寻路之时，遇见一个老和尚。那老和尚告诉他让他在此等候，没想到等到的竟是贼头领方腊。当即，宋江让人把方腊装上了囚车，押往东京去了。
此时此刻，宋江、卢俊义大功告成，擒了方腊，平定了江南。奉旨前来督战的张招讨等众官在睦州设宴，庆贺众将官员，犒劳三军将校，传令宋江等人收拾回京。
这时，睦州城内瘟疫盛行，张横、孔明、朱贵、白胜、朱富都染病而死。宋江想起阵亡兄弟，不禁泪如雨下。现已捉得反贼，也应当超度一下死去兄弟的灵魂，便在睦州的宫观净处做了三百六十分罗天大醮，追悼阵亡将士。
宋江、卢俊义整理了军马将校人员班师回京，此时，只剩下正偏将三十六员。后来，宋江被蔡京、高俅让皇上赏赐御酒毒死了，李逵也被毒死了。后来，吴用知道情况后悲痛欲绝，自缢而亡。轰轰烈烈的梁山英雄故事就此结束了。