1846年5月1日，自由党人提名林肯为国会议员候选人。
他的竞争对手是民主党人彼得·卡特莱特牧师，他曾在1832年击败林肯而当选为伊利诺伊州议员。
卡特莱特的手下散布流言，大造舆论，说林肯是基督教的公开嘲笑者，甚至还讲过“耶稣是私生子”，指责他对信仰有偏见。为此，林肯在一份传单中说：“我不属于任何基督教教会，这是事实，但我从来不否认《圣经》中的真理，在我的谈话中也从来没有有意亵渎宗教的地方，更没有冒犯过任何基督教派。”在这份传单中，林肯还说：“我只觉得任何人都无权去伤害他可能生活于其中的公众的感情和伦理。”站在大众这一边，尊重他们，至少不冒犯他们，可以说是林肯一贯奉行的信条，除非不得已。有一次专程前去聆听卡特莱特牧师的布道。只听牧师叫道：“那些愿把心献给上帝的人，那些想进天堂的人，请站起来。”但见一些人站了起来。牧师又叫道：“所有那些不愿下地狱的人，请站起来。”这次只见除了林肯外，全体都起立。
于是卡特莱特牧师说话了：“林肯先生对上天堂和下地狱都没有做出反应，那么请问，林肯先生你想到哪去呢？”没料到会被点名，这次他站了起来，说：“我认为对待宗教问题必须严肃。对于卡特莱特牧师所提的问题，我承认都很重要，但我觉得我并不需要像其他人那样回答问题。
卡特莱特牧师很关切地问我要到哪去，我必须坦率地回答：
我要到国会去。”到投票日那天，林肯落选了。
两年后他又去竞选终于得到胜利，玛丽·林肯欣喜若狂，以为他政治上的胜利已经开始了。她订制一套新的晚礼服，并忙着温习她的法语。当她的丈夫一到首都，她写信时便称他为“敬爱的林肯大人”，然而他立刻制止了她。进入国会时，美国早已和墨西哥交战二十个月了，这是一场不体面的侵略战，全是由国会中那些主张蓄奴的人们有计划地闹出来的，为的是要国家多取得一些蓄奴的地域，并且多选举一些赞成蓄奴制度的议员出来。
在那一次战争中，美国成就了两件事。德克萨斯州以前是属于墨西哥的，而后脱离了。美国便强迫墨西哥放弃对德克萨斯的一切权益，并且处心积虑地抢夺了墨西哥原有领土的一半，并划分为新墨西哥州、亚利桑那州、内华达州及加利福尼亚州。
格兰特说过，那是有史以来最邪恶的战争，而自己曾经参战是永不能宽恕的。在国会挺身发言，他抨击总统发动了一场抢掠谋杀的战争，一场强夺和不义的战争，又声称天上的上帝居然忘记保护弱小无辜的人民，竟允许这些强悍的杀人者和地狱里上来的魔鬼尽情地杀戮，使得正直人的土地荒芜且遭受浩劫。
他的讲话尽管在国会并没有造成太大的震动，却在他的家乡伊利诺伊州激起了巨大震荡。卑鄙、怯懦、无耻、叛徒等等恶意称呼被加在林肯头上。
他如今害怕回家去面对怨恨的选民，于是他设法找个职位好让自己留在华盛顿，便开始活动要弄个地政局局长的位子来坐，但他失败了。然后他又尝试要当俄勒冈边境的州长，也希望在这一州加入联邦时，他可以当上第一届参议院议员，然而他又失败了。
于是，他重新回到斯普林菲尔德，继续他的律师工作，重新在第八审判区巡回，成为全伊利诺伊州中最凄惨落魄的人。
他决心要把政治全盘放弃，专心从事律师工作。
在乡间的小旅馆中，他总是点一根蜡烛放在床头的一把椅子上面，再将他那长长的脚搁在床脚上。然后就以这样的姿势读书，直到凌晨两点钟。
从这段时间直至去世为止，亚伯拉罕·林肯最显着的特征，是那深刻又无法以笔墨形容的忧伤形象。
有时他在街上走着，也会因为他太消沉，而忽略了在路上碰见或向他打招呼的人们。偶尔他会和人握手，却不知自己在做什么。
在上布明顿法庭的时候，林肯总会在某一时间内，无论是在法庭、事务所或是街上，谈笑风生使别人高兴；也会在别的时候陷入深思以致无人敢去惊动他。他总是坐在一把椅子上，斜靠着墙，双足搁在踏脚上，腿弯曲而膝盖和下颔靠齐，双手托着膝部，双眼显露出无穷的哀愁。
熟知林肯的人们都承认，他那无底的忧伤是有两个原因的：他在政治上的失败和他不幸的婚姻。
黑奴林肯对奴隶制深恶痛绝。他曾说：“劳动是我们人类的共同负担，而有些人却竭力要把他们分内的负担转嫁到别人头上，这是造成人类连续不断的灾祸的根源。”
大量的黑人从事着繁重的劳动。令林肯惊讶的是，这些黑人没有愤怒、没有怨言，他们只是安安静静地接受被奴役的现实。林肯对这种现象百思不得其解，他想弄清楚是谁在用道义做幌子，从上帝的“福音”里捞更多的好处。看到奴隶主们为了维护自己的利益，想出各种各样的理由来欺世盗名，他疑惑地问自己，难道上帝的使者们，还能拿出什么正当理由来解释黑人们的悲惨命运吗？当然，南方奴隶主们有他们一套冠冕堂皇的理论来为这种现实辩护。听听奴隶主们是怎样唱高调的吧：“对黑人们来说，难道这样的生活不比流浪好许多吗？”为了避免直接提到臭名昭着的“奴隶制度”字眼，这些顽固的南方奴隶主们“亲切”地称之为“我们的体制”。在奴隶主们看来，“奴隶们的自由是令人费解的麻烦事”，如果奴隶们获得了自由，世界就会为之崩溃。
在这些白人奴隶主的观念中，对黑人奴隶的控制、奴役是一件天经地义的事情。他们认为让白人们在田间辛苦耕种、操作机器、砍柴伐木、追捕野兽，是无法想像、违背常理的。他们甚至认为，奴隶制度是他们从祖辈那里，经历了几个世纪继承下来的精华所在，也是他们最明智的选择。对奴隶主们的谬论大为不解。没有黑人的艰辛劳作，美利坚合众国怎么能有今天的繁荣景象？就拿棉花的生产来说，黑人种植、收获了棉花，而后这些丰收品被当做原材料源源不断地被输送到英国的工厂。没有黑人的劳作，那些道貌岸然的大爷们在英国如何保持“体面”的生活？谁能想像那些满嘴仁义道德的奴隶主们，愿意起早贪黑地在毒太阳底下种植麦子？强壮的黑人奴隶在白人奴隶主的役使下艰苦劳作，然而可笑的是，他们的劳动换来的是比白人小姐、太太佩戴的项链更为“精致”的锁链，也许这些黑人的父辈们是无论如何也想像不到此情此景的。相比之下，白人奴隶主们却心安理得地享受着一切：在炉火旁品味着威士忌，在教堂享受神圣的洗礼，憧憬着自己死后进入极乐天堂。
带着这诸多疑问，林肯决定到现实生活中看看黑人的生活。平原上，低矮破旧的黏土茅舍一间挨着一间，屋内空空如也。门前的小火炉旁，上了年纪的女奴们正在用破旧的锅煮着玉米糊糊，偶尔还会看到有的锅里零星地点缀着几粒豆子，林肯觉得这和奴隶主们吹嘘中的供给奴隶的“美食佳肴”显然有着天壤之别。他听说，也有极少的黑人奴隶在加班加点地劳作之后，会得到极为有限的几美元作为奖励，然后买些自己渴望已久的烈性酒。但是很明显，这种情况实在罕见，只有指望某一天高贵的奴隶主突然心情极佳，甚至是头脑一热，才能有这样的仁义之举。走到田间去观察这些黑奴的劳作状况。在夏天炽热阳光的无情照射下，这些大多用锁链拴着的黑奴赤裸着上身，每天必须干足十四个小时。即便是在风雪交加、寒冷刺骨的冬天，他们每天最少也得干十个小时，才能满足奴隶主们剥削的欲望。每一天，他们都是拖着沉重的步伐忙碌着。
即便如此，他们的劳动强度仍然不能满足奴隶主的胃口，为了得到更多的“剩余价值”，代表奴隶主们行使权力的监工们可谓“尽职尽责”。在黑奴和马匹之间站着手持长鞭的监工，不时地大声吆喝着什么。一旦哪个黑奴稍有松懈，就会招致他们的毒打。长长的皮鞭子在空中飞舞着，继而落在黑奴的身上，这个奴隶顿时就会大声地惨叫，痛苦地蜷缩起来。黑奴们艰难地熬过白天的劳作时间，在日暮时分，他们会带着沉重的锁链，一个接一个地排着队伍，疲惫不堪地收工了。然而，奴隶主仍然不忘在此时巩固自己的权威。在回住地前，黑奴们必须先跟着监工到一处空地，接受肉体的再次洗礼。黑奴们站成一个半圆，冷酷的魔鬼监工便阴森森地喊出几个黑奴的名字，命令他到体罚场上来。被叫出来的黑奴一定是在白天劳作的时候触犯了奴隶主立下的诸多规矩。
就连监工的鞭打技术也是经过了训练的。监工的职责就是既要把奴隶打得皮开肉绽，疼痛难忍，又不会伤及他们的骨头，确保他们在明天早晨还可以照常劳作。经过在黑奴身上长期的训练，这些监工能够很好地把握鞭打的“技巧”，他们就像保护艺术品那样躲避着奴隶们的脑袋，却用皮鞭疯狂地抽打他们裸露的脊梁。
经过这场暴风骤雨之后，黑奴们才被允许回到各自的茅屋，他们个个神情沮丧、表情呆滞，如果说，还有什么是他们生活中的期待，似乎也只有那盛在破锅中的有限的玉米糊糊了。对于黑奴们来说，感情是个奢侈品。即便是彼此情投意合的青年男女黑奴偷偷见面，被奴隶主或他们的爪牙们发现了，也难逃残酷的惩罚。奴隶们的一切都由奴隶主支配，包括生与死，就更不必说感情了。倘若有不甘忍受折磨的奴隶想要逃离苦海，这会是一件非常冒险的事情，奴隶主们豢养着专门追捕奴隶的爪牙。他们会像围捕野兽那样把逃跑的黑奴围起来，把他逼到无路可退的地方，让他饱受痛苦之后再把他杀掉。在阅读过一本哲学论着后，就有关逻辑学写下了他那着名的推理，并将奴隶问题引入了这种思路：
“既然甲确证他有权奴役乙，那么乙就不能抓住同一论据证明他也可以奴役甲吗？你说因为甲是白人而乙是黑人，那么也就是根据肤色了。难道肤色浅的人就有权去奴役肤色深的人吗？那你可要当心。因为按照这个逻辑，你就要成为你所碰到的第一个肤色比你更白的人的奴隶。你说你的意思不完全是指肤色吗？那么你指的是白人在智力上比黑人优异，所以有权去奴役他人吗？这你可又要当心。因为按照这个逻辑，你就要成为你所碰到的第一个智力上比你更优异的人的奴隶。你说这是个利益问题，只要你能谋取你的利益，你就有权去奴役他人。那么好吧，如果别人也能谋取他的利益，他也就有权奴役你了。”
因此，林肯对拍卖奴隶更是厉声诅咒。当年，曾在“林肯-贝里”小店中做过伙计的年轻人比尔·格林，也是林肯的好朋友，他们曾合睡过同一张床铺。他回忆林肯时说道：
“在他驾驶平底船去了一趟新奥尔良后，只要有人提起黑人的事，他就变得表情十分严肃，随后便给你描述在新奥尔良见到奴隶主拍卖黑人的情景，以及奴隶主们怎样拍卖一户黑人之家的。他们把丈夫卖给种植场主，把妻子卖给另一个种植场主。孩子们则分别被卖给出价最高的买主。他觉得可恶至极，他的脸色变得苍白无血。一谈起这宗拍卖，他就恶心，像要呕吐似的，一个劲地厉声诅咒，深恶痛绝。我听他说过，他宁可一辈子照管锯木房，也不愿去拍卖奴隶；他宁可一个人独自经营整个农场，也不去买黑人孩子，把他们从妈妈身边抢夺过来。除了谈起那次拍卖黑奴的事，我还从未听过他诅咒骂人呢！”