是美国建国以来最富地方色彩的一位总统，各蓄奴州的总统选举人没有一个人投林肯的票，其中有十个州林肯连一张票也没有得到。可见南方的对抗情绪极为明显。南卡罗莱纳州预感林肯会当选，州议会甚至一直开会商量对策。当林肯当选的消息传来时，州议会立即再次开会，至12月20日，大会全体通过一项决议，宣告脱离联邦。随后，密西西比州在1861年1月9日、佛罗里达州1月10日、亚拉巴马州1月11日、佐治亚州1月19日、路易斯安那州1月26日、德克萨斯州2月1日脱离。那个令道格拉斯感到绝望的亚拉巴马州，实际上在一百票中只有六十一票赞同，其他各州则几乎全以压倒性投票通过脱离决议，其中以南卡罗莱纳州为最。知道会有这样一天，在他被提名之后，南方就在朝这个方向发展。他看到南方像一群受惊的马，在那里互相传染着紧张气氛，朝着脱离联邦的道路跑着，他感到南方在这样做时，甚至懒得看一下脚下的坎坷。
尽管他不在选举现场，但总统选举实在令他感到疲倦。
美国现在正处于一个不平凡的时期，不管谁当选总统都必然要面对那个危险且即将引爆的奴隶制度问题，那是一个重担，需要不屈的意志才能承担。感到太累了，大选之后他疲倦地躺在沙发上，他有些心神恍惚，一抬头忽然发现对面的柜上有面镜子，镜子照出自己的脸，他看见自己有两个影像，其中一张面色极为苍白。他大吃一惊，急忙站起，幻影消失。他嘘了一口气，又躺在沙发上，两个映像再次出现，而且比第一次更加清楚。林肯大为恐慌，急忙告诉玛丽，玛丽认为那是表示将连选连任的好兆头，但那张苍白色的脸却意味着他不会活着挨过第二任任期的。林肯没有告诉其他人，只是对赫恩登说：“比尔，我担心我不会有好结果。”
当选之后，斯普林菲尔德曾举办活动庆祝林肯当选，林肯不打算演讲，但还是即兴说了两句，他要人们时时刻刻记住“全体美国公民都是同一个国家的兄弟，应该在手足情深的亲情中共同生活”。
南卡罗莱纳州脱离后，林肯给斯蒂文斯写信，斯蒂文斯是佐治亚人，他是一个矮小瘦弱、脸色苍白患结核病的人，他曾经做过一次精彩演说，使林肯“那双枯干的老眼”充满泪水，现在他是一个有条件的联邦主义者，反对脱离联邦。告诉他：“我充分意识到国家目前所处的危机以及我担负的责任的重量。”并问道：“南部人当真害怕共和党执政会直接、间接地干预奴隶或就奴隶的事情干预他们吗？”如果他们当真害怕，林肯向斯蒂文斯保证南部人根本不用害怕：
“在这方面，南部在华盛顿时代没有危险，现在同样也没有危险。”不过，林肯认为，这样做是不能解决根本问题，或者无法解决问题，因为“你们认为奴隶制度是正确的，必须加以扩展，而我们则认为奴隶制度是错误的，必须加以限制。
我认为关键就在于此，它当然是我们之间惟一的一个重要分歧”。林肯从当选到就职的四个来月的时间里，美国正经历着一场分崩离析的痛苦的内战煎熬，对立的南北双方都在为脱离和维护联邦做孤注一掷的打算。在就职之前，林肯看着一个州又一个州宣告脱离，他竟束手无策。
现在仍是布坎南总统当政，尽管他只剩下几个月的任期，而他同样不知道该怎么办。他反对脱离联邦，并称脱离联邦为非法行为。他说，联邦的“任何一个契约成员都不能随心所欲地废除它”，因为联邦不仅仅是各州自愿联合在一起的一个整体，还是一个主权国家。然而令共和党大失所望的布坎南总统继续说，政府不能强迫一个脱离联邦的州回到联邦来。这样总统给了南部分子以暗示和鼓励。坐等时间一天一天地慢慢逝去，他如坐针毡，度日如年，只有胡子越长越长。林肯在家里的沙发上躺着，抚摸着他的已经将下巴遮住了的胡子。他以前是不留胡子的，可是一个叫格雷丝·比德尔的小姑娘告诉他如果他留上胡子，他的脸就不会看上去那么忧郁，就会显得好看些。那个小姑娘还问他有没有女儿。他不无遗憾地告诉她，自己只有三个儿子，没有女儿。同时对她蓄胡子的建议觉得有趣，虽然最后终于听从了她的劝告。躺在沙发上，抚摸着胡子。他知道在12月间有一种妥协的想法，即将密苏里妥协线扩展到太平洋。肯塔基州的约翰·克里坦登要求对宪法做一系列的修正，希望能得到永远的保护，该提案没能通过表决。还知道，所有脱离的州或正打算脱离的州都在备战，征召自愿兵，抓紧民兵建设，并在退出联邦的同时，攻占联邦的军火库和要塞。知道，到1861年1月，南部各州脱离联邦已成洪水决堤之势，新闻界趁机兴风作浪，掀起脱离狂潮。
他必须面对现实。他开始变卖家具，并将房子以年租金九十美元的价格租了出去。他盼望着重回斯普林菲尔德，他甚至对赫恩登说，不要将他们的律师事务所的招牌取下了，他想着做完总统后回来重执律师旧业。那天晚上林肯与赫恩登谈了很久，他们差不多共事十七年了。然后他们走出律师事务所。赫恩登后来写道：“一路上他讲到一些有关总统的职位所特有的不痛快的特点。我已经厌倦了当官办公，他抱怨道，而每当我想到摆在我面前的任务我便不寒而栗。”
其实，林肯的当选成了一根导火线，各种政治力量都在重新组合，各种政治人物都在卖力表演。
叫嚷要脱离联邦的急先锋中，有些正是像图姆斯那样的奴隶主代表。一个来自佐治亚州的种植场主就曾对民主党全国代表大会埋怨说：“我本来可以到非洲去，以每头五十美元的价格买进更结实的奴隶，而如今我买进一个奴隶却不得不付出一千美元至二千美元。”
与脱离联邦的各种舆论殊途同归的是一些鼓吹激进的论调或妥协的言论。一贯反对杀戮叫嚣，他说道：“让我们时刻记住，全体美国公民都是一个共同国家的兄弟。”一贯坚持原则，始终不渝地反对奴隶制的扩张，他在这一问题上没有丝毫妥协余地。他在给特朗布尔、沃会伯恩和在华盛顿的其他友人的信中一再指示他们一定要坚持立场，决不准奴隶制度扩展一步。他给他们写道：“在这一点上要像绷紧的钢链一样坚定不移。一场恶斗即将来临，与其今后某个时期出现，不如现在就来还好一些。”
在离就职典礼有几个星期之际，许多来信都警告林肯，要他在去华盛顿之前谨防暗杀。林肯又派伊利诺伊州副官处处长托马斯·马瑟去华盛顿试探斯科特将军忠诚与否。斯科特当下表态：“请转告林肯，只要他一到这里，我就对他的安全负全责。必要时，我将在宾夕法尼亚大道两头架起大炮。
谁胆敢把手伸出，哪怕只要敢竖起一个手指头来，我就会将他轰到地狱里去。”
当时的确流言四起，说什么南方军队将夺取华盛顿，林肯将不得不去其他地方宣誓就职。满载南方士兵的二十二节车厢从利文沃思堡经密苏里州开往巴尔的摩，形势是严峻的。但是，宾夕法尼亚的凯麦隆却一语惊人，他斩钉截铁地说道：“只要林肯还活着，他就一定要在国会大厦的台阶上宣誓就职。”
北部也在做好备战工作：新组建的一些炮兵连队正在芝加哥集训。一千名黑奴正在南卡罗莱纳州的查尔斯顿赶筑防御工事。伊利诺伊州州长迪克·耶茨通知议会：“本州公民中有四十万人可服兵役。”宾夕法尼亚州的议员们则宣布，他们州将提供五百万美元和十万士兵。
1861年2月4日，南方已脱离联邦的六个州(南卡罗莱纳、密西西比、佛罗里达、亚拉巴马、佐治亚、路易斯安那)的代表们在亚拉巴马州的蒙哥马利召开大会，宣布组成一个名为“美利坚同盟”的临时政府，选举密西西比州的杰弗逊·戴维斯为总统，佐治亚州的亚历山大·斯蒂文斯为副总统。戴维斯在就职演说中表示，他们的南方同盟正跻身于世界独立国家之列。他还认为这是大势所趋，非某些人的意愿所能决定的。他又威胁说，如果有人拒绝给予他们应有的地位，他们将谋求“刺刀的最后裁决，将断然诉诸武力，并祈求上帝赐福于这一正义事业”。
这时，行将去华盛顿就职的林肯，心情也极不平静。他收到了许许多多的信件，把他说成是给国家带来灾难的猩猩、猿猴、小丑、魔鬼、畸种、白痴，祈求上帝鞭打他，烧烤他，绞死他，折磨他，有的干脆在他的肖像前画上绞刑架和匕首。玛丽·托德·林肯还收到一幅油画，画画上她的丈夫脖子上套着绞索，脚上锁着铁镣，身上涂着柏油，还粘上了羽毛。
对于这一切，林肯都不屑一顾，他心中念念不忘的是受任于危难之际，就要以大无畏的战斗姿态去迎接各方的挑衅，并战胜它们，拯救国家和人民于水深火热之中。
去华盛顿宣誓就职之前，他曾专程到芝加哥会晤新当选的副总统哈姆林，商定内阁名单的任命事宜。由于事前彼此就有信函往来，所以这一工作协调得颇为顺利。林肯只希望已加入共和党的前辉格党人和前民主党人在内阁中能保持足够的平衡。
在启程去华盛顿的前一个月里，林肯可忙坏了。他整理好了行装，遴选了两位随身秘书——尼古拉和海，还从卢明顿把拉蒙要来。林肯对他说道：“希尔，看来是要打仗了。我要你跟随我，我没有你不成。”于是，拉蒙便带着他的五弦琴和随身衣物以角斗士般的勇气，随同林肯前去华盛顿就职。
1861年2月6日晚7至12时，林肯夫妇在斯普林菲尔德的家中举行家庭告别晚会，邀请了几百名亲朋好友、本州的政要名流以及左邻右舍，大家相聚一堂，依依惜别。
在告别父老乡亲的日子里，林肯还抽空草拟了3月4日他将在华盛顿发表的就职演说，赶在1月份就抢印出二十份，并确保秘不外泄。
2月11日，天气阴冷，细雨迷蒙。林肯一行十五人于清晨八点离开斯普林菲尔德，在大西铁路车站启程。
2月12日，正当五十二岁生日的那天，林肯来到辛辛那提市，市长热情地接待了这位新当选的总统。
2月14日，专车抵达匹兹堡市，林肯对乔治·威尔逊市长和市民们的“盛情接待”表示了感谢。
2月18日，专列到达纽约州。林肯在州议会大厅谦恭地表示：“不是我故作谦虚，在所有被推举到总统职位的人中，我的确是出身最贫贱的人。可我所要完成的任务，却比他们中的任何一位都要艰巨得多。”
纽约市迎接林肯的车队由三十辆马车组成，马车前方开路的是一排骑警，那情景煞是威风！林肯乘坐的那辆敞篷车就是英国皇太子几个月前刚坐过的那辆四轮四座马车。在他下榻的斯特大厦，外面有五百名警察把群众与他隔离开，被阻在警戒线外。离开纽约市，而一个暗杀他的阴谋正在积极酝酿中。一个名叫费尔南迪纳的理发匠正是这一阴谋的发起者。
这条绝密情报是林肯到达费城之后才得知的。当时他下榻于好友诺曼·贾德的住处，贾德是芝加哥铁路公司的律师，1856年至1860年曾任共和党伊利诺伊州中央委员会主席。通过贾德的引荐，林肯接见了“费城-威灵顿-巴尔的摩”铁路公司的侦探阿伦·平克顿。这位经验丰富的谍报人员开门见山地说道：“林肯先生，我们得知一起暗杀你的阴谋，这份情报千真万确。他们企图后天在你经过巴尔的摩的途中下手。我此行是为了协助挫败那暗杀阴谋的。”
平克顿接着详尽地叙述了一起狂妄阴谋：巴尔的摩警察局长只打算派出一小队警察去车站，一帮流氓将在站里有意挑起斗殴，便于把警察引开，接着费尔南迪纳之流的刺客们便趁火打劫，乘机冲上前去，把当选总统团团围住，给以致命的一枪或一刀。平克顿说：“总统先生，我们建议今晚就把你送到华盛顿，抢在敌人行动之前，使他们措手不及。”考虑良久，然后说道：“先生们，我对这一建议深表感激。但我觉得我不能在今晚就去华盛顿。我已允诺明早在独立厅升旗，然后再去哈里斯堡州议会进行访问。我一定要履行这两项承诺，不管代价如何。只有在这之后，我才打算考虑你们可能采取的任何行动计划。”
2月22日，是华盛顿总统的华诞。那天早晨六时，林肯在礼炮声和群众的鼓掌声中拉动着绳子，一面国旗徐徐升上了独立厅的上空。他面向独立厅拥挤的人群发表了讲话。
接着，林肯在荷枪实弹的士兵簇拥下来到哈里斯堡，接受柯廷州长的欢迎。
傍晚六时，林肯上楼，把宴会礼服换成旅行便服，口袋里塞一顶软呢帽，手臂上搭着一件披风。下楼后，门口已停着一辆车。拉蒙和林肯一前一后地上了车，直朝车站驶去。
随后他们俩改乘专列离开哈里斯堡，空荡荡的两节车厢的专列由宾夕法尼亚铁路公司的一辆机车牵引着，高速前进。车上没有一丁点灯光，拉蒙随身携带着两枝普通手枪，两枝大口径的短筒小手枪和两把锋利的长刀。电话线奉命切断，进出哈里斯堡的一切电报电讯全部中断，一切消息均受到严密封锁。晚十时刚过，列车抵达费城，来站台迎接林肯和拉蒙的，有侦探平克顿和“费城-威灵顿-巴尔的摩”铁路公司总督肯尼。平克顿和肯尼是乘坐马车赶到宾夕法尼亚火车站的。他们把林肯和拉蒙接下专列，再亲自把两人送到“费城-威灵顿-巴尔的摩”火车站，从这里搭乘纽约至华盛顿列车的最后一节普客卧铺车厢。平克顿早就派出手下的一名女侦探在那节车厢里定下了靠尾部的几个铺位，其中有一个是为她那“生病的大哥”预定的卧铺，即是为林肯准备的。林肯快速地爬上了那个铺位，窗帘也给悄悄地拉上了。到达华盛顿后，暂时下榻于威拉德旅馆的一个套间。那天早晨，他同1860年党内的竞选对手、这次被他提名为国务卿的威廉·亨利·西华德一道共进早餐，商讨有关政府的交接事宜。上午十一时，林肯与西华德一道走访白宫，同内阁成员们握手寒暄，和詹姆斯·布坎南总统闲聊了一会。
布坎南打趣地对林肯说道：“如果你进入白宫时跟我回到惠特兰老家时一样地感到幸福，那你就真是个幸福的人了。”