秦王政平了嫪毐之乱，回到咸阳。仲父吕不韦已经知道秦王不会放过他了，于是称病不敢上朝。
其实，秦王早就对吕不韦的专权很不满意了，他在看了李斯的《谏逐客书》之后，开始重用李斯，李斯就向秦王提到了他的同窗韩非及韩非的文章，秦王很感兴趣，命赵高亲自去李斯家取韩非的书简。
赵高把韩非的书一拿回宫，秦王就如饥似渴地读了起来。秦王首先抓到手上的，是《爱臣第四》。文章说：“爱臣太亲，必危其身；人臣太贵，必易主位。”这样的话映入眼帘，给秦王的感觉，就像一个长久经受阴霾折磨的人一下子看到了晴朗的天空。秦王一连读了三天三夜，饿了就随便吃上几口，实在困了就趴在几上眯一会儿。韩非的文章对于秦王来说真是大旱逢甘霖啊。
秦王甚至能背诵韩非的文章，如：“人主之所以身危国亡者，大臣太贵，左右太威也。所谓贵者，无法而擅行，操国柄而便私者也。所谓威者，擅权势而轻重者也……”嬴政极度聪慧并有极强的洞察力和惊人的记忆力。进宫后，嬴政一直在观察着、吸收着，很快就适应了环境。随后，他的知识积累越来越丰富，渐渐明白了做王的含义。嬴政入宫之后目睹了两次王位的更迭，他静听着大家对逝者功过的评述，静观着新王的动作，这实际上是他的即位演习。这一切促成了一个事实：嬴政过早地成熟了。他以成年人的目光观察着世界，并试图像一个成年人那样处理问题。而对此，人们却浑然不觉。
看了韩非的文章，嬴政受益匪浅，让他动脑筋最多的正是“吕不韦问题”。当初，对吕不韦，嬴政有的感情仅仅是崇拜。听到的，看到的，感受到的，完全是吕不韦的睿智、英明、果敢和令人吃惊的办事效率。后来，嬴政的思想起了变化，他发现了吕不韦的不足。吕不韦处理事情往往过于简单，有时甚至显得很粗暴。受到粗暴对待的人慑于吕不韦的权势，会低下头。长此以往，朝廷便形成“一言堂”的局面。开始嬴政只是心里感到不舒服、不愉快，对吕不韦的行为产生反感，对那些趋炎附势之徒感到厌恶，也越发不能容忍了。他认为，之所以有“一言堂”，是因为相国权力太大，势力太强了，这种局面必须改变。
吕不韦成了一个多余的人，而且他判定，事态会更加复杂。吕不韦从赵高那里了解到，秦王如饥似渴地读韩非的文章，并决心效法韩非的主张。吕不韦想知道韩非到底提出了什么样的主张，便找来韩非的文章读。读后他发现，韩非总结了历史上历朝历代君王掌握权柄之得失，系统地提出了一套统治之术。韩非的主张很适合有大志的君王的口味，嬴政作为强盛秦国的年轻的王，接触到韩非，出现那样的精神状态，思想上发生那样的变化，就不足为奇了。是他吕不韦从嬴政幼小时就教育孩子作一个有作为的王的，让他不但要作秦国的王，还要作天下的王。现在，嬴政接受韩非的主张，所作所为无可指责，而且，平心而论，说嬴政深谋远虑、举措得当并不为过。像嫪毐之事，嬴政表现出来的沉着、冷静、胆略，统统是值得赞扬的。
吕不韦想明白了，嬴政成熟了，事态的演变使自己成了一个多余的人，眼下处理嫪毐之变是如此，往后将事事如此。除掉他这个相国，也可以说是韩非的主张，韩非讲，一个有作为的君主，不能允许权柄操在别人的手里。一个大臣权力太重，会对国君构成威胁。君主必须有绝对的权威，他要想尽办法驾御群臣，只许大家服服帖帖地效力，不许任何人有半点僭越的行为。韩非列举前朝君权旁落的大量事实，无可辩驳地讲明了不允许重臣存在的道理。
想到这里，吕不韦联想到自己，位不可谓不尊，权不可谓不重，在嬴政眼里，他吕不韦是一个名副其实的重臣，因此必在铲除之列。这便是问题的要害。
吕不韦的时代结束了，秦王嬴政亲政的时代已经开始。
嫪毐的事必然要牵涉到吕不韦，秦王很快就查明，嫪毐是由吕不韦推荐入宫的，是个假宦官，和太后不清不白，还生了两个孩子。而吕不韦身为相国，让嫪毐进宫，属于严重的渎职行为。按照秦国的法律，有如此重大过失的大臣，必死无疑。可是嬴政却迟迟没作决定。
《史记·吕不韦列传》中说：“王欲诛相国，为其奉先王功大，及宾客辩士为游说者众，王不忍致法。”意思是说，秦王内心很矛盾，本来想杀掉吕不韦，但考虑到他侍奉先王功劳极大，又有许多宾客辩士为他求情说好话，秦王不忍心将他绳之以法。这也证明他对吕不韦还是有感情的。应该怎么办呢？想来想去，秦王嬴政终于下了决心，“免除吕不韦相国职务”。吕不韦虽被免去相国之职，但仍为文信侯，食河南十万户租税。
这道让吕不韦回封地的王命，是在车裂嫪毐一年后才下达的，嫪毐叛乱是公元前238年爆发的，最终嫪毐被车裂，灭三族。处理吕不韦是在公元前237年，这是为什么呢？
按照《史记》中所说，原因有三个：一是吕不韦辅佐先王有功。没有吕不韦的一掷千金，就没有异人的嗣子之位，就没有后来的秦庄襄王嬴子楚，当然也不会有秦王嬴政，更不会有雄视各国的强大的秦国。二是有很多人为吕不韦求情，吕不韦和嫪毐不同，吕不韦有真才实学，为强秦作出了卓越的贡献，他执政期间广纳人才，也重用有才能的人，所以朝中很多官员都是他的门客或朋友。为吕不韦说情的人很多，秦王也不得不考虑大臣们的意见。三是秦王本人也知道吕不韦为秦国作了很多贡献，吕不韦的错误和嫪毐的叛乱有本质上的不同，故“王不忍致法”。吕不韦逃过了一劫，官没了，封地还有，吕不韦仍然是富可敌国的万户侯。