清朝是中国古代历史上最后一个封建王朝，也是统治时间比较长的一个封建王朝，更是封建实力最强、并开始走向衰败的王朝。“康乾盛世”是中国封建制度最发达的时候，也是封建制度走向衰败的开始。清朝施行闭关锁国的政策，国内资本主义萌芽都被封建势力无情地镇压了，文化的创新基本消失，所以在清朝的文学著作中基本都是以总结性质为主的作品，如《古今图书集成》《四库全书》等。在医学领域，除了对瘟病学认识的完备，出现了叶桂《温热论》、吴鞠通《温病条辨》等著名的医家及其著作，还有除了王清任《医林改错》创造了以“淤血”论治的医疗方法外，大部分医学著作都是对前人著作的总结和考据，其代表就是《古今图书集成》《四库全书》中的医学部分以及《医宗金鉴》。这一时期的医学教育，没有得到更多的发展，基本是仿照前朝制度，医学教育的地位进一步下降了。
（一）清朝的医学教育机构
清朝的医学制度仍然承袭前朝，中央的医学行政机构仍然是“太医院”。主要人员配置是院使1人、院判2人、御医15人、吏目30人、医士40人、医员30人。太医院主要职责是医疗和医学教育，具体为：首先是为皇帝和后妃等看病，并且施行值班制度；然后是为王公大臣看病，或根据任务安排到下设机构或军营中看病。根据太医院医生的任务可以看出，当时太医院的人员职位是很低的，一般只有正五品，越来越不受朝廷重视。
（二）清朝的医学教育基本情况
清朝的医学教育大多仿照宋、明时期的建制，可以说没有什么创新，而且此时的封建王朝开始走向没落，各种社会矛盾日益加剧，医学教育也在大环境的影响下逐渐走向低潮。
1.医学教育分科的变化
清朝的医学教育分科与以往有所不同，既有进步的地方，又有明显的错误。清朝初期将医学分为大方脉、伤寒、妇人、小方脉、痘诊、疮疡、眼科、口齿、咽喉、针灸及正骨十一科。其中与明代不同的是取消了金镞、祝由、按摩三科，而增加了一个痘诊科，这与当时的社会情况是相吻合的。由于清兵入关时，痘诊流行，就连康熙帝幼时也感染过痘诊，当时的人们可以说是“谈痘色变”。因此，为了加大对痘诊的治疗和预防，特设此科，并推广人痘接种，进行有效的防护。从而使得清朝的医学对痘诊的认识达到了一个比较高的水平，并对患病人群进行隔离治疗和监管，取得了非常好的效果。
嘉庆二年，医学分科再度变化。将小方脉与痘诊，口齿与咽喉两两合并，因此总的科目数量变成了九科。嘉庆六年，将正骨科划为上驷院，由蒙古医生兼任。蒙古医生善于治疗跌打损伤，并有很好的疗效，因此将正骨科划入其中。但是，蒙古医生的正骨技术大多是口传心授，并没有留下太多的书籍，因此流传不广。
道光二年，由于小人谗言，认为针灸时的“袒胸露乳”为不雅的行为，因此针灸科被永远取消。这一举措绝对是一个荒谬的行为，大大影响了针灸医疗技术的发展，虽然民间针灸治病还在延续，但是针灸的进步在这一时期停止了。医学教育的分科随着时间的推移，科目越来越少，加之鸦片战争之后西医的涌入，国家的医学教育基本废弛。
2.医学教育制度的变化
清朝的医学教育还是分中央和地方两部分进行。这一时期的医学教育仍属专科学校之列。太医院中，分为内教习和外教习两部分，其中内教习是在御医和吏目中挑选学识上佳者担任教师，教授御药房的太监习医，这一举措是为了使小太监能够更好地管理药方，在一定程度上也有助于医药的结合；外教习则是由御医和吏目教授医官子弟学医。
当时的学生来源主要是医官子弟报送，其过程也需要官员作保，面试通过后，才可以进入太医院学习，根据个人选择的科目进行具体内容的学习。但此时的学生数量很少，一般不超过40人，他们除了学习，还会参加太医院中医学书籍的缮写和修订的工作。
教学的内容又回到对《内经》《伤寒》《金匮要略》等经典著作的学习当中，并在乾隆十四年，将《医宗金鉴》加入教科书之列。修业一般三年，年满后参加考试，合格者即被录取，不合格者来年再考。雍正八年，朝中医士缺额由太医院保举补缺，不再进行考试选拔。地方医学教育也设有考试制度，与前朝变化不大。但是对于精通《内经》《伤寒》《本草纲目》的人，可直接进京参加考试，合格者直接进入太医院。
由于国家实力的衰弱，民间一直进行的家传和师徒教育再次成为主流，其间出现了很多著名的医家，如王维德继承家业以疡科著名，张志聪聚徒讲习医学，陈修园辞官回家教授弟子习医等。这一时期也出现了自学成才的有名医家，王士雄就自学叶天士之医理，而成为了温热学派的代表。师徒或家传教育具有很大的灵活性，可以因材施教，相对于明清两代国家教育的衰落，此时的民间教育却培养出了很多的医学人才。
（三）西方医学的传入
康熙年间，康熙帝疟疾不愈，法国人樊国梁进献金鸡纳（一种土著草药，其实并不算西医技术），使得康熙帝病愈，至此，西医在朝中引起了广泛的兴趣，中西医的交流也有所增加。但是在鸦片战争之前，西方医学的传入并没有对传统医学教育产生太大的影响。但是为鸦片战争爆发后西医的大量涌入，以及对中医的发展产生冲击埋下了伏笔。