科学史的一个普遍准则就是：如果任何学说能够促使探索者以全新的方式去思考事物的话，那么不管其中存在多少错误，该理论也是有意义的。但是当它彻底地履行完推进历史的职责以后，这些理论就容易转变成为探索者们继续前进的绊脚石了。
——伯特兰·罗素
1．从奥古斯丁到阿奎纳
现代人有一种近乎无知的历史观点，即认为科学与宗教总是处于某种极端的对立状态，水火不容。就如同在中世纪的罗马教皇，几乎总是不遗余力地猛烈打压，甚至是妄图摧毁其科学界的理论敌手，今天的科学机器也应该丝毫不讲妥协地虐杀对方。
然而，纵观历史，我们就能够发现，事实并不像课本所宣传的那样：宗教完全是迷信，阻挡科学去探索真理。在人类文明发展的绝大多数历史性阶段里，宗教像所谓的科学一样，积极承担着理解世界的伟大职责与义务，为社会的合理进步指明了航向。
中世纪的神学家对自然哲学（科学）虽然怀有某些政治领域的敌意，但是就整体而言，他们的态度比较包容。若非如此，哥白尼革命就不会也不可能得以发生；而这场革命本身，至少是哥白尼日心说之思想体系，甚至也来源于神秘的古埃及宗教信仰。事实上科学思想，在很长一段时间以来，哪怕直到21世纪的今天都在很大程度上根植于虔诚的宗教头脑。正如伟大的阿尔伯特·爱因斯坦曾反复指出的那样：
我认为宗教情感才是科学研究当中最强有力而且最为崇高的动机。若没有这种热忱，就不可能在科学理论的开辟性工作中取得任何成绩。要是不相信我们的理论构造能够掌握实在，要是不相信我们所生活的这个世界内存和谐，科学就不会产生。这种宗教式的信念是且永远是一切科学创造的根本性动力。科学只能由那些全心全意追求真理并向往着理解真理的人来创造。然而这种情感的源泉却来自宗教的领域。我不能设想一位真正的科学家会没有这种深挚的信仰。
然而，深挚的信仰，在某些情况下，会为科学事业带来不少灾难，比如将年幼的科学从其宗教的母体中剥离，加以残酷虐待。历史上若非真的发生过这样的不幸，近现代科学也就不会崛起于梵蒂冈的对立面。罗马的宗教“造圣运动”确实是篡改了历史，君士坦丁也确实向宗教原理中灌输了海量政治意识，然而这一切并不足以导致中世纪的基督教彻底抛弃科学和信仰者对于真知的渴求。将科学的知识从宗教中一脚踢开并狠狠扣上了奴隶的枷锁绝不是罗马帝国的“政治杰作”，而恰恰是两位拥有着“深挚信仰”的宗教哲学家——即“恩典博士”圣奥古斯丁（Saint Aurelius Augustine）和“天使博士”圣阿奎纳（Saint Thomas Aquinas）相继作出的“历史贡献”。
奥勒留·奥古斯丁生于公元4世纪的北非。他原本是一名异教徒，且生活极其淫乱；后来在米兰城高级牧师圣安布罗斯大主教（Saint Ambrose）的感召下，放弃了淫乱生活，转而走进了基督教神学的象牙塔。而当时，基督教信仰正逢多事之秋。在罗马帝国境内，各大分支教派均宣称自己所持有的教义才是符合《圣经》的终极内容。曾经身为古希腊语修辞学教师的奥古斯丁，凭借其超凡才智，坚定不移地投身于基督教的教义论战与思考，并将其余生大部分时间和精力尽皆奉献给了系统传播和表达他所认定的“正统宗教原理”。而奥古斯丁的神学作品，比如《天主教手册》（The Enchiridion on Faith， Hope and Love）更是直接奠定了天主教所延续至今的教义。
美国学者奥利弗·约翰逊（Oliver Johnson）和詹姆斯·哈尔佛森（James Halverson）在他们共同编着出版的历史学着作《世界文明的源泉》（Sources of World Civilization）当中曾经这样评述奥勒留·奥古斯丁对于后世宗教的影响：
奥古斯丁所倡导的基督教义和圣保罗所倡导的基督教义从本质上说是一样的，都拥有相同的中心概念，即“原罪”；但是前者凭借超凡才能将这套理论系统地表述出来。而一旦完成了自己所信的这套教义体系的理论着述，奥古斯丁就处于有利的地位，可以给相左的理论打上“异教”的鲜明烙印。尤其是在他的后半生，奥古斯丁将其大部分时间、思考和精力都投入到了对教义正统性的宗教论战中，努力清除基督教神学所拥有的“异教元素”。奥古斯丁的这种努力非常成功，正统基督教基本保持着奥古斯丁昔日倡导的内容。
然而有意思的是：这套经由奥古斯丁亲自参与“编定修改”的“正统宗教原理”，并不是基督教传统哲学思想，而是古希腊新柏拉图主义的延展和变形。约在公元3世纪，所谓的新柏拉图主义（Neo-Platonism）诞生于充满传奇的亚历山大城。学者普罗提诺（Plotinus）融合了柏拉图和毕达哥拉斯等多位古希腊哲学家的独创性思想，总结并提炼出了一套更加完善的唯心主义理论。罗素在《西方哲学史》当中这样评价道：
普罗提诺在很多方面成功地澄清了柏拉图主义，坚定地发展了他所主张的那种理念，提出了尖锐的反唯物主义论据。他具有一种能够藐视感官世界的世俗生活，而从思想甚至是想象当中去获取幸福的能力。因而其哲学有个重大缺点：单纯鼓励人们去关照内心世界却忽视了外界的存在。这导致了唯心主义思想不断地增长。普罗提诺学说是古希腊文明的终结，但同时又是基督教世界的启蒙与开始。
圣奥古斯丁恰恰是偷师了这套哲学理念，并以此为基础建立了今人所熟知的基督教义——尤其是天主教教义。而新柏拉图主义当中“关照内心世界却忽视外界存在”的重大缺陷亦被这位博士全面继承。奥古斯丁甚至认为：所有包含理性的、关于自然世界的科学知识及其相关应用技术都是“人类灵魂生存于尘世之中的某种无奈”。
正是“恩典博士”这一套藐视科学与技术的“正统宗教原理”将西方拖入了一场近千年的文化大萧条。对于知识的排斥，使得欧罗巴在宗教的诱拐之下，逐渐走入了愚昧甚至野蛮的封建牢笼。直到13世纪初，欧洲人才从十字军东征所抢回的战利品当中“重新邂逅”了本该属于自己的宝贵文化遗产。而这次重要的“邂逅”直接导致了一场以光复古希腊文明为其革命宗旨的划时代伟大运动：文艺复兴。
大量失而复得的古典思想，尤其是亚里士多德的哲学体系，在基督教世界掀起了一场取代新柏拉图主义的文化风潮。为调和这场时代冲突，托马斯·阿奎纳及其诡辩哲学横空出世。在稍显短暂的一生当中，这位“天使博士”成功地将亚里士多德的自然哲学观点融入了以新柏拉图主义为理论基础的基督教神学，并有效地建立起一整套“严肃且不容置疑”的自大狂理论；而其中最有名气的“宗教真理”就是“地球中心说”。似乎是为了“确保”科学对基督教宣战，托马斯·阿奎纳还发展出着名的“神学婢女理论”：
首先，神学在其题材上高于哲学。哲学只能研究人之理性所能够涉及的内容，而神学可以研究超越理性的至高无上之存在（这里所谓的“哲学”包括自然哲学即科学）。
其次，神学在确定性上高于哲学。哲学的确定性来源于人之理性的本性之光，难免会犯下各种各样的错误；而神学的确定性来源于上帝的光照，是决然不会犯错误的。
第三，神学之目的明显高于哲学。哲学之目的纵使再高尚也不过是服务于国家政治；而神学之目的则是在追求和探索人类之永恒幸福。因此哲学以神学为其最终之目的。
最后，神学在地位上亦高于哲学。哲学依赖于神学并以其为终极探讨；而神学却得以独立于哲学之外，可以直接来源于上帝之天启。因此神学可以凭借哲学而得到发挥，但不是非依赖哲学不可，而仅仅是借助于哲学的服务将自己的义理讲解得更加清楚而已。
万事已俱备，只欠借东风。一场“新科学革命”等待着哥白尼的诞生。
2．日心说——“荣誉”不属于哥白尼
1473年2月19日，尼古拉斯·哥白尼出生于波兰托伦的一个富裕家庭。18岁时，他考入了波兰名校克莱考大学研习法学、神学与医学。1496年，哥白尼毅然决定离开祖国波兰，拜往博洛尼亚大学攻读医学与宗教学博士。
哥白尼于此求学期间，有幸结识了着名的天文学家德·诺瓦拉（de Novara）并跟随其系统学习了天文观测术。通过某秘密社团，他还接触到了古希腊学者亚里斯塔克保藏的古典日心说。当然，这一套传承自古埃及的日心说理论并无严格的几何学证明，而是延续了古埃及人一贯的“学术传统”，即只有最简明的结论：地球围绕着太阳旋转！
数十年后，尼古拉斯·哥白尼这名昔日的医学生出版了划时代的天文学着作《天体运行论》（De Revolutionibus Orbium Coelestium），“更加系统而完善”地提出了现代社会所熟知的日心说理论并将这本书和自己的名字永远地镌刻进人类文明的不朽历史。
以《天体运行论》的刊印发表为标志的“哥白尼革命”，彻底击垮了古希腊天文学家克劳狄乌斯·托勒密（Claudius Ptolemaeus）在其着作《天文学大全》（Almagest）一书中系统阐述的地心说。而该学说因为在几何结构及其哲学观点上与亚里士多德所提出的理论相一致，早已被圣阿奎纳整合为罗马教廷的神圣教义。因此，哥白尼学说的胜利被绝大多数历史学家视作科学反抗宗教压迫的莱克星顿枪声。弗里德里希·恩格斯亦在其名着《自然辩证法》（Dialectics of Nature）一书当中给予了哥白尼革命以如此评价：
自然科学借以宣布其独立，并且好似是重演路德焚烧教谕那般革命行为，便是哥白尼那本不朽着作的出版。他用这本书——虽然是胆怯地，甚至可以说是只有在临终时才敢于——向统领着自然事物方面的教会权威发出了挑战。而正是从这里开始，自然哲学才从神学中解放了出来。
然而，这场标志着近现代科学破茧而出的日心说革命真的像历史学家们所反复宣称的那样吗？毕竟发动这场革命的哥白尼本人终其一生都是虔诚的天主教信徒；而且在其生命当中的大部分时间里都是弗龙堡大教堂的驻堂神父！（科学家和现代教科书似乎总是“故意忽略”掉这些容易引发相关历史猜测的重要内容）其中会不会另有隐情？会不会是哥白尼试图恢复某种更加古老的宗教或传统？
有没有可能连这场革命及其“重大影响”本身也是后人幻想出的故事内容？
创办了德国《数学文摘》（Zentralblatt MATH）以及美国数学会当家刊物《数学评论》（Mathematical Reviews）等权威学术杂志的数学大师、古代数学与天文史学家、普林斯顿高等研究院教授奥托·诺伊格鲍尔（Otto Neugebauer）在其最着名的学术作品《古代数学天文学史》（A History of Ancient Mathematical Astronomy）中如此严肃地写道：
现代历史学家充分利用了事后认知的有利条件，一味地强调日心说体系及其所导致的简明性的革命意义。事实上，哥白尼体系行星位置的计算完全遵循了古代模式，而且所得结果亦是完全相同。哥白尼的太阳中心理论肯定是与实际的计算以及根本的投影式等观念背道而驰。对月球理论而言，应该有第二个本轮并以此代替等分点。我们现在已经知道，这些内容是与伊斯兰天文学的某一学派相似的方法。这种投影结构的美妙想法并不能够使人们更容易地想象行星运行。若不是第谷·布拉赫（Tycho Brahe）和开普勒等天文学家的辛苦努力，哥白尼天文体系，即所谓的日心说理论，只会有助于使托勒密体系以更加复杂但是能够令哲学家群体满意的形式永久地存在下去。
哈佛大学学者、美国艺术与科学院院士欧文·金格利什（Owen Gingerich）曾潜心研究过哥白尼革命。作为一名职业天体物理学家，金格利什显然比从事相关研究的文科学者更具有发言权。他出版的科学史专着《追寻哥白尼及其他天文学历史的重大发现》（The Great Copernicus Chase and Other Adventures In Astronomical History）以及《天之眼：托勒密、哥白尼再到开普勒》（The Eye of Heaven： Ptolemy， Copernicus， Kepler）赢得过科学界的广泛赞誉。而通过其细致的研究，金格利什获得了与诺伊格鲍尔相同的结论。在历次学术会议上他都会谈及对日心革命的历史谬解：
人们认为，在哥白尼所生活的黑暗年代，解释天体运动的托勒密学说就几何学而言，已经发展到了极为繁琐和复杂的程度，复杂到使得整个托勒密体系都到达了崩溃的边缘。而哥白尼之所以会大胆地提出日心说，或许是由于他觉得前人的理论模型过于繁琐复杂，因此需要采用一种新的模型取而代之。然而选取新模型时，我认为，他的信念出了问题。他坚信天体的运行轨道一定是正圆形，因而他在其体系上添加了许多复杂的东西，如圆，以满足行星预报的需要。这就使得他的体系比之托勒密体系既不简单亦不算准确，从而便招致了对该模型的抨击：既然这套新的模型并不比旧日的更加精准，为何要放弃已被人们信守了千年的旧模型呢？那种认为托勒密体系在16世纪已近崩溃的说法根本就不成立！
哥白尼学说提出了太阳是宇宙中心，而非像传统观念所认为的那样地球是宇宙中心；他用数学方法证明了这一点。但是哥白尼仍然持有天体做匀速圆周运动的理念，这使得其理论先天地排斥椭圆形轨道，使用了以太阳为中心的匀速圆周运动用以描述行星的运行。因而其理论与旧式体系一样，都谈不上所谓的精确。至于传说中的明显改善了对行星预测的精准度则更像是无稽之谈。