当林肯总统得知南军首领罗伯特·李将军投降的消息时，脸上出现了抑制不住的喜悦之情。为了庆贺南北战争的胜利，同时放松一下心情，他决定去华盛顿的福特剧院看表演。
1865年4月14日的晚上，林肯总统和夫人玛丽·林肯，少校亨利及其女朋友，还有一位名字叫帕克的警卫一起来到了福特剧院。他们来到包厢，林肯坐在有扶手的摇椅上。这个包厢有两道门，前面一道门开着便于看戏，后面一道门锁着为了安全，看似很保险，却存在着一定的安全漏洞。因为在包厢的后门上有一个小洞，这是刺客在前一天晚上就凿好的，透过小洞正好能观察林肯的一举一动。警卫帕克的任务便是寸步不离地守着总统，严密监视这里的一切。舞台上演的是《我们美国的表兄弟》。
在换幕的时候，帕克离开了总统身边，走到外面喝咖啡去了。这就让刺客有机可乘。在戏进入高潮的时候，刺客悄悄地拿枪从小洞里对准林肯，只听“砰”的一声枪响，林肯立即倒下了。子弹从后面打中他的头部，鲜血不停地往下流。亨利马上明白发生了什么，于是立即冲出包厢，来到包厢后面。这时他看到一个男人跳上舞台，然后又从另一端跳下逃跑。亨利大喊：“抓刺客，就是那个男人，他开枪刺杀了总统！”可是周围的观众都被吓得六神无主，没有人上前抓刺客。就这样，刺客逃到了戏院门口，跳上了一辆马车逃跑了。
这时的林肯躺在夫人玛丽的身上，玛丽大喊：“快来救救总统！他流了好多血！”亨利赶了回来，看见总统面无血色，双眼紧闭，他说，“马上送医院”，于是总统被抬上了一辆马车，送往附近的霍华德大学医院急诊部。
医生对林肯进行了全面检查，发现只有头部被枪击。他全身冰凉，双腿抽搐，脉搏微弱，生命危急。待在另一房间的总统夫人已是泪流满面，她多次被医生通知见林肯最后一面，她对林肯说：“您一定要活下去，您必须要活下去，您的心愿还没有完成啊！”
尽管医生奋力抢救，但是仍没能留住总统的生命。次日早晨，医生宣布了林肯总统死亡的消息。这个消息对于医院外面的黑人来说无异于晴天霹雳，这等于给他们当头一棒。总统的离去对他们来说打击太大了，正是因为林肯总统，他们才获得了解放，得到了该得到的自由。是总统给他们带来生活的希望，正当他们要回报总统的时候，总统却离开了他们。
4月15日上午9点，人们把林肯的遗体停放在国会大厦，让美国公众再看他最后一眼，约有150万人瞻仰了林肯的遗容。下午，遗体被送到了斯林菲德安葬，在从华盛顿到斯林菲德的铁路两边有700多万人前来为林肯送行。人们想起总统为人民所作出的种种贡献，眼里全是泪水。林肯成功维护了美国的统一，推翻了奴隶制度，解放了黑人奴隶，为推动美国社会向前发展作出了巨大贡献。其中有一位上了年纪的黑人边哭边说，“如果不是林肯总统，我这辈子都得不到自由啊！是总统把我从苦海里救出来，让我重见天日。”
1865年４月16日晚上10点，按照美国法律的相关规定，副总统安德鲁·约翰逊在华盛顿国会山宣誓就职，担任美国第17任总统。
就职后的安德鲁·约翰逊第一件事就是要查清林肯遇刺案的真相。他任命联邦大法官约翰·C.布雷肯里奇全权负责此案。约翰·C.布雷肯里奇很快成立了联邦调查委员会，全力侦查林肯总统遇刺案。
在这位法官的不懈努力下，案情终于有了进展。
凶手是一个名叫约翰·威尔克斯·布斯的演员。他出身于戏剧名门，17岁那年便登台演出并获奖。一直以来他都支持南方分裂，不希望南北统一。他认为应该实行奴隶制度，而不是让奴隶解放，他十分讨厌黑人，认为黑人生下来就是奴隶，这是不可更改的事实。后来发生了内战，他便产生了除去林肯总统的念头。1864年，他和一群“志同道合”的人士计划劫持林肯总统，希望这样能终止战争。由于一直没有合适的机会下手，他们的阴谋没有得逞。1865年4月14日，南北战争刚刚结束，布斯得到了一个好消息，林肯会在华盛顿福特剧院观看演出。于是他便进入包厢观察情况，同时在包厢的后门上凿了一个小洞，这一切做得神不知鬼不觉。
在林肯被刺的三天前，布斯还在琢磨如何实施自己的计划，杀死总统。他的阴谋组织内只有佩因、赫罗尔德和阿茨罗德了，其他人都离开了。4月14日中午，布斯得知林肯总统将于当晚到华盛顿的福特剧院看表演，心中大喜，他立即组织了同党实施他们的罪恶计划：他安排阿茨罗德去刺杀副总统约翰逊，佩因和赫罗尔德去刺杀国务卿西华德，自己去刺杀总统。
后来，由于阿茨罗德喝酒喝得太多，于是一觉睡到了天亮。佩因和赫罗尔德二人按计划行事，他们来到西华德家，赫罗尔德守在门口的马车上接应。佩因按照事先的计划，去给正在生病的西华德送药。西华德的儿子说他父亲刚吃过药，现在正在睡觉。佩因不听直接闯进去，小西华德让他快走，不然喊人了。佩因用枪砸坏了小西华德的头盖骨，然后来到了西华德的卧室，这时屋里除了西华德本人以外还有他的女儿和一位男护士。于是，佩因和他们打了起来，结果是三人都受了伤。西华德的另一个儿子听到打斗声也赶来，被佩因用刀划伤了。佩因一看人越来越多，自知无法行刺成功，只好逃跑。
事情的发展让人难以理解，没几天所有被佩因打伤的人都好了，就连西华德也迅速地好了起来，继续做他的国务卿。
再说布斯，他在开枪射向林肯之后急于逃跑，不小心摔伤了一只脚，但这些丝毫没影响他的逃跑。当他跑到剧院门口时，正好有一匹马，于是他跳上马便一路狂奔。
4月22日，布斯和他的同伙赫罗尔德穿越了阿纳科斯蒂亚河后，进入马里兰州，他俩一路往南狂奔，然后到达了弗吉尼亚州。布斯为了脚快一些好，便停留在了一个农场里。这个时候，联邦调查员和骑兵队追寻着线索也来到了这个农场。
叫开门之后，一位老人出来了，接着士兵们进入了院子，在老人的示意下士兵们包围了一个仓库。凶手约翰·威尔克斯·布斯正躲在里面。双方僵持了约有20分钟。最后大家听到一声枪响，布斯的脑袋被打了一枪，几分钟之后就死了。打死布斯的那名士兵说，当时他看见布斯准备开枪，于是他当机立断取了布斯的性命。联邦调查员在布斯的身上搜出了两支手枪，还有一些用密码写的信件及犹大·本杰明的私人物品。接着，他的同伙伴赫罗尔德被抓获。
犹大·本杰明当时是南方政府的部长，同时，他紧攥着南方金融的实权。他和欧洲的银行家们来往非常频繁。在林肯案发生的前一段时间，布斯曾两次去欧洲，他去欧洲找的正是犹大·本杰明，他们之间的关系不一般。而林肯案发生之后，犹大·本杰明就离开了美国。
为了证实此人就是凶手布斯，联邦调查员们把布斯的尸体运到了蒙托克市。在那里有一位牙医证实此人就是布斯，因为不久前他曾在这里补过牙。还有一位医生也证实，前段时间他为此人切除了位于脖子上的一个肿瘤。随后，布斯的尸体被转移并埋在了一个废弃的兵工厂附近。1869年，布斯的家人几经周折，才把他的尸体埋葬在巴尔的摩的绿地公墓。
整个事件似乎已说明林肯被刺不单单是布斯一个人所为，在他背后一定有一股强大的势力。林肯被刺杀是一个很大的阴谋，参与者不能排除以犹大·本杰明为首的南方金融机构。因为林肯解放了黑奴，南北统一后他宣布了一条让国际银行家们大为不满的命令：南方在战争中所负的债务一笔勾销。这让那些为南方发起战争提供巨额金融支持的银行家们损失惨重。所以他们发誓一定要报复林肯，同时林肯的货币新政（收回资本家的货币发行权）也让他们无利可图。于是他们便联络了一些同党，组成了一个暗杀小组，又指派了几个狂热分子，一个刺杀阴谋就这样出现了。参与这场阴谋的可能有林肯的内阁成员、纽约和费城的一些银行家、原南方的政府高官、纽约的报纸出版商和北方的激进分子。
在林肯死亡之后，一股强大的势力便操纵了国际金融，废除了林肯的新货币政策。
因为杀手布斯已经死了，警方在审讯布斯的同党赫罗尔德时，他只是说受了布斯的指示，别的一无所知。所以林肯被刺的幕后真相成了一个谜。大部分人都认为布斯只是一个被人利用的杀人工具，而真正的幕后凶手正逍遥法外。为什么会这么认为呢？原因有两点：第一点，林肯的儿子在离开人世之前，曾把他父亲的一些秘密文件烧毁，他告诉他的朋友，烧掉这些文件的原因是里面有内阁成员犯有叛国罪的证据，为了维护大局及美国公民的利益，所以必须烧毁。第二点，布斯的孙女伊左拉是一位有名的作家，她曾在书中写道：“祖母说过，祖父只是别人的工具，他是某个秘密组织的成员。”
林肯是位了不起的人物，他不仅是伟大的政治家，也是伟大的领袖，正是他给黑人带来了光明，而自己却死在和平时期。