明万历十年（1582年），著名的政治家、内阁首辅张居正病逝。他在任期间，实行一系列的政策，对明朝生产的发展、国力的增强贡献颇大，他也是戚继光在朝中的支持者之一，戚继光在戍守蓟辽期间取得的很多成就都与张居正和谭纶等一些较为开明的官员的支持分不开。但由于张居正在任期间的一些改革措施触犯了某些权贵的利益，这些人在张居正去世以后，对他进行了污蔑和栽赃。在一些人的煽动之下，张居正去世一年后，对他的清算活动也变得猖狂起来，张居正的谥号、赠衔也被剥夺，家被查封，连他的儿子也被逼死。
戚继光和张居正的关系较为密切，因此清算张居正的风潮也殃及了戚继光，一些人诬陷他和张居正有谋反的趋向。这时，戚继光在朝中的另外一个支持者谭纶也已经去世，于是在万历十一年（1583年），戚继光被调往广东省任总兵官，这一变故对于一心想建功立业的戚继光来说，无疑是一个沉重的打击。这一年，戚继光55岁，这个年龄对一个优秀的军事家来说，正是成熟的时期，他在军事谋略和思想上都达到了一个高峰。失去了在北方建功立业的机会，戚继光一夜之间似乎老了许多，也许在许多人看来，这是一个不可多得的好机会，因为南方早已没有战事，戚继光正好可以趁机好好休息，享受一下天伦之乐；另外在清算张居正的风潮中，戚继光没有被罢官、免职，也已经是朝廷对他的恩典了，但对于有着雄才大略和雄心壮志的戚继光来说，更多的是一种精神上的折磨和打击。事实上，不仅戚继光受到了牵连，而且他的弟弟戚继美和戚继光以前的许多部将也被罢官、革职。
当地百姓对戚继光苦苦挽留，他们很珍惜戚继光为蓟镇的平安与稳定所做的一切，但戚继光却不得不服从朝廷的命令，赶赴广东。戚继光虽然已经离开了北方的边境，但当地的百姓却久久怀念他的功绩。万历十一年（1583年），戚继光回到了阔别二十余载的故乡，看到故乡的一草一木，看着自己曾经生活过的庭院，戚继光感慨万千，自己离开故乡时，英姿勃发、血气方刚，是一名初出茅庐的少年，而今二十余年过去了，自己早已不再是年轻人了，二十余年的征战生涯已使他几乎满头白发。在故乡小住数月，当年的八月份，戚继光又来到了当年抗倭的主战场之一——浙江，与当年挚友汪道昆再次相聚，老友相见，戚继光少不了把盏痛饮几杯，诉说心中壮志难酬的郁闷与失落，而汪道昆也早就脱离了宦海的沉浮，对人世沧桑也看得较为淡泊，面对戚继光的闷闷不乐，自是少不了一番劝勉。时值中秋节，与一些老朋友的相聚和诉说也解去了戚继光心中的不少忧愁。中秋节过后不久，戚继光到达广东上任，由于这里的倭患早已平定，武将大都无所作为，除作战以外，军中的大小事务，均由文官负责，这些文官大都对军事和军营的管理一窍不通，只顾自己敛财，很少关注军队的建设和士兵的温饱，这一切都让一向正直的戚继光难以忍受。而文官治军是明朝的惯例，单凭他一个人的力量又怎么能够改变呢。于是在上任不久后，戚继光便要求引退，但由于他个人的威望和地方官员、民众的请求，朝廷没有批准他的请求。尽管他对自己的处境不很满意，身体状况也大不如从前，但还是拖着带病之躯巡视了广东沿海各地区，检查了各地的防务和军备，还对自己的直属部队进行了整治，使这支部队的军容有了很大的改观。
在主持日常工作的同时，戚继光把他的大部分精力和时间放在了整理过去的著作上面。从少年时代开始，无论是在家还是在外作战的间隙，戚继光一直没有停止过写作，不管是即兴赋诗，还是对于国家和军队的各种问题的思考，他都用笔写了下来。万历十二年（1584年），他在自己原来的著作《纪效新书》和《练兵实纪》的基础上，重新整理出了一部新的《纪效新书》，同时还对另一部著作《止止堂集》重新进行了整理。
万历十二年（1584年），由于朝廷当中反对张居正的风潮愈来愈烈，有些大臣上书弹劾戚继光，加上戚继光上书请退，朝廷在十一月罢免了戚继光的总兵官职。戚继光终于告别了他的官宦生涯，要回到自己的家乡了。恰在这时，他的弟弟戚继美在贵州总兵的职位也被罢免，听到弟弟也即将回乡的消息，戚继光非常高兴，兄弟俩已经有好几年没有见面了；由于父亲去世较早，戚继光与夫人王氏对戚继美的生活一直很是照顾，兄弟二人的感情一直很好，这次任职戚继光在广东，而弟弟则远在贵州，加上年岁渐老，他很想念自己的弟弟。但是，令戚继光万万没有想到的是，在他回乡的路上，却得到了弟弟已经因病去世的消息。原来，戚继美特别喜欢的二儿子不幸早亡，戚继美悲伤过度，也染病身亡。得到弟弟去世的消息，戚继光万分悲痛，他和侄儿寿国一起把弟弟戚继美和弟媳的灵柩安葬在家乡的墓地里。时间虽然过去很久了，戚继光却没有能够从丧弟之痛中解脱出来。
由于一生为官清廉，加上对部下较为慷慨，戚继光一生的积蓄并不多，恰在这个时候，他的结发夫人王氏带走了他的全部积蓄回了娘家，并且不再回来。戚继光十几岁时与王氏结婚，王氏也是大户之女，女中豪杰，在抗倭斗争中也曾披挂上阵，率领妇女守卫城池。虽然王氏性情刚烈，但对戚继光一往情深，婚后两人的感情一直很好，但王氏只给戚继光生了一个女儿。在古代的中国，人们认为“不孝有三，无后为大”，没有儿子，成了戚继光日后纳妾的一个理由。后来，戚继光背着妻子纳妾沈氏。一年之后，沈氏仍没能够给戚继光生子，戚继光于是再纳一妾陈氏。陈氏一连给戚继光生了三个儿子，即戚祚国、戚安国和戚报国。在陈氏生了戚祚国后，沈氏也生一子，戚继光为他取名为戚昌国。但是戚继光在外面纳妾生子，王氏长期以来竟一无所知。如果说戚继光纳妾仅是为了生个儿子“传宗接代”，那么，陈氏和沈氏已经给他生了儿子了，他应该达到目的了。但出人意料的是，戚继光后来又纳一妾杨氏，杨氏给戚继光生了儿子戚兴国。纸里终究包不住火，王氏终于知道了丈夫的所作所为，不禁勃然大怒，竟操起利刃欲杀了戚继光。戚继光为防妻子真对自己痛下杀手，就身穿铠甲去见妻子，在妻子面前放声大哭，边哭边解释自己娶妾实在只是为了生个儿子传宗接代。事已至此，王氏扔掉兵器，与戚继光抱头痛哭，原谅了丈夫的过错。另外王氏毕竟年纪大了，也觉得应该有个儿子为他们养老送终。所以，尽管对戚继光背着她娶妾的事情怒气难消，但戚家有了儿子，也让她感到欣慰。戚继光的五个儿子中，她最喜欢戚安国，将其视若己出，关怀备至，戚继光的家庭生活遂又归于平静。但戚继光背着夫人在外纳妾的事情已严重伤害了他与王氏之间的感情。后来，王氏最喜欢的戚安国婚后不久便不幸死去了，王氏遭此打击，万念俱灰，竟抛下年老多病的戚继光回了娘家。戚继光回故乡蓬莱后度过了两年的寂寞时光，就在他去世前几个月，御史傅光宅上疏朝廷，请求重新起用戚继光，竟遭了朝廷对他罚俸两年的处分。从此后，便再也没有人敢在朝中提及戚继光了。一代抗倭名将、民族英雄，到头来竟被自己所效忠的朝廷视为蔽履，这是戚继光个人的悲剧，也是整个大明王朝的悲哀。
在恶劣的生活和政治环境的摧残与折磨下，戚继光突然病发，于万历十五年（1588年）十二月二十日，凄凉地离开了人世。直到他去世很久，朝廷才赠予他“武庄”的谥号，又过了几年，才为他建立了祠堂，以纪念他为国家和民族作出的巨大贡献。
戚继光已经永远地成为了历史，但他建立的不朽的功勋和他卓越的军事才能却成为一座丰碑，深深地扎根于后人的心中。