三藩之所以失败，其主要原因是他们不顾人们渴望和平安定的愿望，为了一己私利，倒施逆行，不得人心，遭到全国上下的一致声讨。吴三桂早先投降清朝，又镇压人民抗清斗争，作为贰臣早已声名狼藉。明末以来历时四十年之久的战争刚刚结束，阶级矛盾已相对缓和，人民希望和平统一安定，不愿战争；再加上吴三桂战略上的失误，致使三藩失败。三藩之乱的平定，使国家重新统一，巩固了清王朝的统治。
康熙帝在平定三藩之乱后，相继采取了一系列行之有效的措施，使疆域辽阔、人口众多的多民族的封建国家得以巩固和不断强大。清廷的统治权力也得到集中和加强。
（一）军队编制得到统一
三藩之乱平定后，清廷对各藩及参加变乱的部队进行了妥善安置：吴三桂的部队全部发配到辽宁开原县东四十里的尚阳堡，在台站服役，“名曰台尼堪”（意思是台站奴隶）。王辅臣死后，其部队全被裁减。察哈尔布尔尼叛乱平息后，清廷将跟随叛乱的各部落安插在义州、锦州等地。与三藩通谋之人如陈梦雷、田起蚊等俱从宽免死，发配到披甲新满洲为奴。尚可喜、耿精忠、孔有德的部属，尚之信的弟弟尚之孝等家下所属壮丁，则分别被编入正黄、镶黄、正白、正蓝旗汉军旗下。清廷还在荆州、福州、广州等地增设八旗驻防，广西、云南加派绿营兵镇守，以增强统治力量。
（二）地方官吏的任命权收归中央，官僚制度得到整肃
三藩之乱平定后，三藩任意坐缺补官的擅权行动被废止。康熙十九年（1680年），康熙帝谕令：坐名题补“乃一时仓卒奏请，往往不能尽当……徒误地方”，严令“此后坐名题补各员概为停止，吏部仍照例铨补”。康熙二十年（1681年），康熙帝又传谕九卿詹事科道说：必须从公保举官吏，“不可以同年同乡亲党徇情私保，即督抚所举不当，亦著指陈勿隐”。
从此，举官用人的大权被收归朝廷。军队编制的统一和官吏任免的整肃，使得清廷的统治权力进一步得到集中和加强。
（三）三藩的暴政被废除
三藩之乱平定后，康熙帝即宣布废除三藩所施行的各种虐政。具体措施是：凡是三藩私自征收的赋税一概禁革，“悉照经制额税征收”；取消三藩掠取地方的一切政令；将吴三桂占夺的沐氏勋庄田地变价归并附近州县，“照民粮起科”；将尚藩在广东所占田庐、店舍一一奉还于民，其每年征收的数百万“私市私税”“尽充国赋，以济军需”。另外，清廷还将尚可喜家族在三藩叛乱后夺取的盐铁重利归还百姓。这就使得广大劳动人民的负担有所减轻，东南沿海和西南地方的残破局面开始好转。
（四）缓和阶级矛盾和民族矛盾，大力发展生产
长达八年之久的三藩之乱，给了清朝统治者以很大的震动。康熙帝认识到：“当吴三桂初叛时，散布伪札，煽惑人心，各省兵民相率背叛，此皆德泽素未孚洽。”由此，他认真地总结了明朝覆亡和三藩变乱的教训，指出：“朕阅历代史册，见开创之初及守成之主，政简治约，上下臣民有所遵守。末世君臣变乱成法，朝夕纷更，终无补益。所谓天下本无事，庸人自扰之耳。”从而得出了“久乱之民思治”和“恤兵养民”的结论，并进一步釆取了以下措施：
1.缓和阶级矛盾和民族矛盾
三藩之乱平定后，康熙帝将清初制定的圈地、逃人、迁海等加剧民族矛盾和阶级矛盾的法令予以废除或放宽。如，康熙二十三年（1684年）宣布开放海禁；二十四年在全国最终停止圈地；二十五年前后松弛了“逃人法”；三十八年（1699年）裁除督捕衙门，使延续六十余年的大规模的“逃人事件”进入尾声。这就使全国的社会秩序渐趋平稳，民族矛盾更趋和缓。
康熙二十年（1681年）初，在清军直捣吴三桂的老巢昆明、稳操胜券的形势下，康熙帝在四月出巡喜峰口外，在原属喀喇沁旗和翁牛特旗的牧地内划地为界，设置了“木兰围场”，兴建行宫，以此联络蒙古各部，使之“咸备藩卫，世笃忠贞”，从而震慑了分裂势力。这也是康熙帝尽力缓和民族矛盾、尤其是改善满蒙关系的一项极为重要的举措。
2.减轻人民负担，发展生产
康熙帝在平定三藩后，对遭到战争摧残的地区采取了下列减轻人民负担、发展生产的措施：多次下令蠲免钱粮，如将湖南和湖北的康熙十三（1674年）至十七年（1678年）遭受叛军战祸地区的赋税、云南地区康熙二十年（1681年）的夏粮全部免掉；招抚流亡，对回乡的农民贷以生产工具、耕牛、种子；奖励垦荒，对于三藩之乱中大量荒芜的土地采取“招补开垦”的办法，并对荒缺过多的地区暂时“开除额赋”；兴修水利和疏通被堵塞的河道等等。所有这些，对于促进东南、西南地区社会经济的发展，都起到了积极的作用。
在康熙帝采取的一系列发展生产的措施中，他尤为重视的，莫过于治理黄河了。
明末清初，由于连绵不断的战乱，黄河流域水患不息，给河南、山东、安徽、江南等地人民带来无穷无尽的灾难，不但严重影响这些地区经济的发展，而且更直接影响到清廷至关重要的漕粮运输。因此，康熙十六年（1677年），即在三藩战事犹酣的情况下，康熙帝就命令靳辅治理黄河。三藩之乱的平定，更为康熙腾出手来处理河务创造了条件。从康熙二十三年（1684年）至四十六年（1707年），康熙进行了六次南巡，其中虽有安抚民心、优容文人之目的，但主要还是为了治河。康熙在南巡中，亲自调查研究，勘察河工现场，制订了一套治河的规划。经过广大河工的长期辛勤努力，治河大见成效，此后黄河二十年无大患。黄河的稳定使清政府得以在新涸出的土地上招民开垦，发展生产，更进一步促进了社会的安定。
上述政策、措施的实行，使整个社会生产很快从战争造成的衰敝状态中恢复和发展起来。据《清实录》记载，康熙九年（1670年）全国耕地为五百二十多万顷，人丁为一千九百多万；康熙末年耕地达八百五十万顷，接近了明代的最高水平，乾隆初年人口激增至一亿四千五亿。这都表明了农业和手工业生产的发展，促使社会经济更加活跃，提高了人民的生活水平。
有清一代，中国统一的多民族国家得到进一步巩固和发展，中国辽阔的疆域版图得以奠定和确立。清政府在东至库页岛、台湾，西跨葱岭、至贝加尔湖，南抵南沙群岛，北达西伯利亚的广阔版图上，实现了以往任何一个封建王朝不曾有过的长期有效的统治，这对中国的历史进程与文明发展作出了巨大的贡献。清朝的有效统治不仅抵制了西方早期殖民主义势力的入侵，而且对中国境内各民族经济文化的交流和发展，起到了积极的作用。康熙帝平定三藩，既维护了国家的稳定与统一，也为即将到来的“康乾盛世”奠定了雄厚的基础。因此，平定三藩在中国历史上的重大作用和影响是不可低估的。