“三藩”是清初耿仲明（耿精忠）、尚可喜、吴三桂三位异姓藩王的总称。他们原都是明朝将领，清兵入关前先后投降清朝（清朝的前身是1616年由女真人努尔哈赤在中国东北建立的后金政权，1636年努尔哈赤的第八子清太宗皇太极将国号改为清，将族名改为满洲。本文将国号统称为“清”）。
其中，耿仲明祖籍山东，明朝末年任登州参将，隶属于明朝皮岛总兵毛文龙麾下。皮岛也称东江，东西十五里，南北十里，与鸭绿江口的獐子岛、鹿岛构成三足鼎立之势，地理位置居于辽东、朝鲜、山东登莱二州之间。皮岛与朝鲜本土只一水之隔，水面距离只不过相当于过一条长江而已，北岸便是朝鲜的宣川、铁山。明朝末年辽东战乱，朝鲜的义州、安州、铁山一带，因为邻近中国，从辽东逃出来的汉人难民和败兵纷纷涌到此地，汉人占了居民的十分之七，朝鲜人只十分之三。明朝将领毛文龙将其作为反攻清朝的根据地，逐步招纳汉人，声势渐盛。明廷也认为皮岛是关联明、清、朝三方的战略枢纽，因此特别为毛文龙设立一个军区，叫作东江镇，升毛文龙为总兵。
毛文龙（1579—629年），字镇南，明末将领。浙江仁和人（今浙江杭州）。毛文龙年轻时穷困潦倒，学麻衣相术，替人测字看相谋生，后浪迹江湖，来到山海关外边塞。万历三十三年（1605年），他武科及第后，便在辽东边陲度过二十多年的行伍生涯。后金崛起后，毛文龙以朝鲜为根据地率明军与后金军对抗，保障了辽东明军与明朝内地的水路交通，同时在后金后方出击，牵制其西进犯明，最终导致了清朝对朝鲜用兵。朝鲜战败后，毛文龙率部撤往鸭绿江口近海的皮岛（今朝鲜椵岛），先后取得亮马佃大捷与横江大捷，随后升为总兵。明熹宗天启年间以来，明廷对毛文龙日益倚重，“累加至左都督，挂将军印，赐尚方剑，设军镇皮岛如内地”“毛文龙灭奴虽不足，牵奴则有余”。但是毛文龙部有贪功、冒饷、不肯受节制、难以调遣等问题。崇祯元年（1628年）七月，袁崇焕上疏，献“五年平定辽东方略”，受到崇祯帝的赏识，受命为钦差大臣、赐尚方宝剑，督师蓟辽，便宜行事。离京前，袁崇焕与内阁辅臣钱龙锡谈到平辽事宜，认为毛文龙“可用则用之，不可用则杀之”，主张“先从东江做起”，集中精力对付毛文龙。
崇祯二年（1629年），袁崇焕以阅兵为名，乘舟至双岛，祭出尚方宝剑，宣布毛文龙十二条当斩之罪：
1.九年以来兵马钱粮不受经略巡抚管核；
2.全无战功，却报首功；
3.刚愎撒泼，无人臣礼；
4.侵盗边海钱粮；
5.自开马市，私通外夷；
6.亵朝廷名器，树自己爪牙；
7.劫赃无算，躬为盗贼；
8.好色诲淫；
9.拘锢难民，草菅民命；
10.交结近侍；
11.掩败为功；
12.开镇八年，不能复辽东寸土。袁崇焕公布十二条罪状后，面向京城方向请命：“缚文龙，去冠裳。”斩毛文龙于帐前。由于事发突然，史书记载“（崇祯）帝骤闻，意殊骇”。崇祯帝对于袁崇焕擅杀毛文龙非常不满，但“念（毛文龙）既死，且方倚崇焕，乃优旨褒答。俄传谕暴文龙罪，以安崇焕心”。
虽然如此，但毛文龙之死实际上为清廷长驱南下解除了后顾之忧。毛文龙被杀三个月后，后金约十万精兵绕道内蒙古，由喜峰口攻陷遵化，直迫明都北京，史称“己巳之变”。当时的明朝官员已经看到了袁崇焕杀毛文龙与“己巳之变”之间的关联。毛文龙死后，辽东战场从鸭绿江到旅顺的主要城镇、海港、海岛以及朝鲜，先后被后金占领。这可说是袁崇焕杀毛文龙始料未及的后果。毛文龙被杀，既是毛文龙悲剧的结束，也为日后袁崇焕惨死埋下了伏笔，成为袁崇焕人生悲剧的开端。
皮岛诸将得知毛文龙被杀后群起哗变，形势十分危急，幸而明廷措施得当，及时平息兵变，并将毛文龙所属的部分军队调往其他地区驻防，才稳定局势。皮岛旧部孔有德、耿仲明、李九成等人被明廷登莱巡抚孙元化接收。孔有德被任命为参将统领骑兵部队；耿仲明则被派往登州要塞担任游击将军；孙元化的军队拥有大量的西式火炮，被认为是当时最为精锐的一支火器部队。
崇祯四年（1631年）八月，皇太极率清兵攻打大凌河（今辽宁锦县），明朝将领祖大寿（吴三桂的舅舅）被清军围困在城内，粮尽援绝。孙元化接到明廷的调兵旨意，急令孔有德率领八百骑兵赶赴前线增援，但孔有德抵达吴桥（今河北省德州市吴桥县，当时属于山东）时，因遇大雨春雪，部队给养不足，士兵发生抢劫哗变，史称“吴桥兵变”。孔有德对明廷早已心灰意冷，趁着这个绝好的机会率兵叛变，调转军队，杀向登莱。在耿仲明等人的内应下，孔有德轻易攻陷登州（今山东蓬莱）。登莱巡抚孙元化被俘，孔有德念及旧情将其释放，但随即孙元化被明廷以丧师失地的罪名处死。
孙元化（1581—1632年），字初阳，号火东，嘉定（今属上海）高桥镇人，明末将领。明万历四十年（1612年）举人，从业师徐光启学习西洋火器和数学，后经侯震旸保荐从军辽东，协同驻守宁远，对袁崇焕等帮助极大，被袁崇焕誉为“识慧两精”。天启六年（1626年），清太祖努尔哈赤率军十余万进攻宁远，明军在宁远城头共布置有十一门红衣大炮，威力惊人，努尔哈赤身受重伤，不久身亡，史称“宁远大捷”。崇祯三年（1630年）一月，孙元化随军镇守山海关，三月加山东按察副使，五月兵部尚书梁廷栋破格荐用孙元化升任登、莱二州巡抚。崇祯五年（1632年）一月登州失陷。总兵张可大自杀，孙元化自杀未成，不向叛军妥协，孔有德念旧让他逃走。兵变发生后，朝中多言孙元化已反。三月孙元化、余大成等人被逮至京师镇抚司，又被政敌余应桂、李梦辰、路振飞等人陷害，在狱中遭到严刑拷打，难以脱罪。崇祯五年 （1632年）七月二十三日，孙元化被处死。孙元化是天主教徒，圣名依纳爵，一生重视西方科学，为西洋火炮专家，孙元化之死，代表西方军事专家派淡出明朝军队，他著有《太西算要》《几何体论》《几何用法》《西法神机》等。
孔、耿二人率兵在登州附近与明朝军队周旋近一年，虽然取得过几次胜利，但仍难以扭转战局。为了保存身家性命，孔有德等人于明崇祯六年（1633年）五月率所部三千六百余人以及大量西洋火器由登州渡海归降清朝。次年正月，也是毛文龙旧部，祖籍山西洪洞，时任广鹿岛副将的尚可喜也率官兵五千五百余人渡海降清。
孔有德、耿仲明、尚可喜三人的归降，为当时的清朝增添了大量红衣大炮和其他各型火器，而且将当时最为先进的火器瞄准技术带到了清朝，使清军在随后的作战中拥有了火炮、水师和精锐步兵，对作战勇猛的八旗铁骑可谓如虎添翼。更重要的是明廷经此叛乱，原本作为反攻基地的登莱地区优势彻底丧失，山东腹地也遭到蹂躏。明廷丧失兵力数万人，良将十多员，战舰、火炮、粮钱无法计算。从此登莱作为战略基地已不再被提起，战略进攻更是无人问津。
明崇祯九年（1636年），清太宗皇太极将国号由“后金”改为“清”，年号由“天聪”改为“崇德”，同时册封归降的孔有德为 “恭顺王”、耿仲明为“怀顺王”、尚可喜为“智顺王”。入关后，清廷又在顺治六年（1649年）五月，将三人的封号分别改为 “定南王”“靖南王”和 “平南王”。
“三王”中兵力最强、资格最老、对清廷忠心耿耿的是定南王孔有德。
孔有德，明末清初将领，辽东（今辽宁辽阳）人。孔有德出身矿徒，曾是辽东海盗，后投效皮岛总兵毛文龙，与耿仲明、尚可喜合称为“山东三矿徒”。毛文龙被袁崇焕处死后，其旧部由副将陈继盛统辖，不久，参将刘兴治在皮岛叛乱，杀陈继盛等十余人，总兵黄龙随即赴皮岛镇压。天聪七年（1633年），孔有德、耿仲明不服黄龙统辖，率部投靠了登莱巡抚孙元化。崇祯四年（1631年）八月，孔有德发动吴桥兵变后投降后金。崇德元年（1636年），孔有德受封恭顺王，随清军出征朝鲜、锦州、松山等地。入关后，随多铎追剿农民起义军，镇压了江南各地的抗清斗争。顺治三年 （1646年）授平南大将军，进攻南明永历政权。五年，改封定南王，出征广西。顺治九年（1652年），孔有德在广西桂林被南明永历政权的李定国部包围，他先出城以骑兵列阵冲锋，但战马见到李定国的战象后受惊，全军不战自溃；随后他又登城指挥防守，却额头中箭，负了重伤。孔有德见败局已定，桂林城无法坚守，便在府中自杀身亡，尸体也被李定国焚骨扬灰。清廷对此大为震惊，为其建衣冠冢并破格予以厚葬。孔有德的独子被李定国俘虏，囚禁六年后才将其处死。孔有德唯一幸存的女儿孔四贞，则被孝庄太后收为养女，封和硕公主，日后遵守其父孔有德与部将孙龙所定的婚约，下嫁其子孙延龄。“三王”中余下的靖南、平南二王则继续为清廷征战，由北京南下直至两广，且多有功劳，颇受清廷赏识。康熙初年，他们二王与顺治元年（1644年）才归降清朝的原明山海关总兵吴三桂被当时的人们合称“三藩”（要与“三王”相区别）。
“三藩”中占地最广、实力最强的是被清朝封为“平西王”的吴三桂。吴三桂祖籍江苏高邮，少年英挺，善骑射，《圆圆曲》的作者明末文人吴伟业说他“白晰通侯最少年”。吴三桂成名于18岁，其父吴襄带领五百名士兵出锦州城巡逻，被皇太极的数万大军重重包围。吴三桂的舅父祖大寿与吴三桂登上城楼观战，祖大寿以城内兵少不肯出兵相救，吴三桂竟仅率二十多名家丁将其父吴襄救出重围。皇太极见到吴三桂如此勇猛无畏，大为感叹道：“吾家若得此人，何忧天下？”崇祯四年（1631年）八月，皇太极发动“大凌河之役”，时任总兵的吴襄在赴援时临阵退缩，导致全军覆灭，被朝廷下狱问罪。但吴三桂却不仅未受其父获罪的牵连，反而因作战勇敢被提升为总兵，驻守宁远。史载吴三桂所部“胆勇倍奋，士气益鼓”，是明末最后一支有战力的铁骑部队。
顺治元年（1644年）三月初，李自成农民军攻破山西大同、真定，直逼北京城下。明崇祯帝慌忙册封在宁远驻守的吴三桂为平西伯，并命令他率领所部精锐的关宁铁骑入卫京师，随后又起用他的父亲吴襄提督京营。但形势的发展远超崇祯帝的预料。当吴三桂匆忙率军在三月十六日抵达山海关，二十日刚到河北丰润时，就接到北京已被农民军攻陷，崇祯帝在煤山上吊身亡的确切消息。无奈之下，吴三桂只有返回山海关静观局势发展。鉴于山海关的险要位置和关宁铁骑的强悍战力，李自成在攻下北京后很快就意识到了占有山海关的重要性，且志在必得。他曾派明朝的降将唐通、白广恩率部东进试图攻占滦州（河北滦县），以此作为夺取山海关的初步试探。但唐通和白广恩二人的进攻并没有得逞，反被吴三桂打得大败，损兵折将，狼狈退回北京，吴三桂也没有乘胜追击，仍驻扎在山海关上。此时，李自成最关心的是驻兵山海关的吴三桂何去何从，因为这对大顺政权至关重要。他深知吴三桂和他的辽东铁骑都是勇兵悍将，如果真的血战到底，将会是农民军的一支劲敌。另外，山海关距北京仅七百里路程，又跟清兵一关之隔，近在咫尺。因此，吴三桂可以左右逢源：进，可威胁北京；退，可凭山海之险固守；逃，可举足即至清兵营中。如若两者联合起来，更是实力大增，对农民军最终一统天下会产生致命威胁。因此，每当李自成想到吴三桂及山海关的存在，便愁眉不展，寝食难安。
李自成在对待吴三桂的问题上，并不想动用军事力量，而是希望争取政治协商的方式解决。此举堪称明智。这一解决办法也是完全可能的。因为此刻象征明政权的北京已被占领，明朝在全国范围内的统治实际上也已垮台，人心向着大顺政权，已是大势所趋，原明将吏非降即死。身为明臣，兵单势孤的吴三桂不能自存，也势必会走投降这条路，因而，李自成对招降吴三桂是很有把握的。
顺治元年（1644年）三月底，李自成再次派降将唐通率军，携犒师银四万两，前去山海关赏赐吴三桂所部，并许下高官厚禄，加以劝降。吴三桂起初对农民军的招降条件颇为满意，并于四月初率军离开山海关前往北京投降。四月四日，吴三桂率军抵达北京永平以西的沙河驿，并在这里遇到了从北京逃出的
府中家人。吴三桂询问父亲吴襄的情况，家人禀告说：吴襄已被农民军逮捕。他对此并没有在意，认为这是农民军的迫降伎俩，只要他应命投降，吴襄自然会化险为夷。吴三桂又问到他的爱妾陈圆圆的情况，家人回答说：陈圆圆已被李自成的大将刘宗敏掠去。与此同时，吴三桂派往北京密探其父消息的人也回报说，其父吴襄正在被严刑拷打、抄没家产，甚至传言已被拷打将死。吴三桂原以为其父只是遭到软禁，自己回京后一切问题自然迎刃而解。此时听闻其父惨遭拷打的惨状已是怒火中烧，尤其是爱妾陈圆圆的被掠，对他刺激更大，深感屈辱。此时的吴三桂再也按捺不住胸中的怒气，咬牙切齿地说：“大丈夫不能保一女子，何面见人耶！”他不假思索，当即下令全军停止前进，挥师返回山海关击败唐通，夺回关城。这就是明末以来广为流传的名句——“恸哭六军俱缟素，冲冠一怒为红颜。”（吴伟业《圆圆曲》）。至此和平劝降吴三桂的尝试彻底失败，双方图穷匕见，一场恶战在所难免。
李自成在得知吴三桂已招降无望后，率十万大军从北京出发试图一举攻占山海关，彻底消灭吴三桂，解除北京的北部威胁。迫于李自成的强大军事压力，吴三桂为了保存自己的实力，遂与闻讯前来的清朝摄政王多尔衮歃血为盟，决意降清。四月二十二日，吴三桂与清英亲王阿济格、豫亲王多铎合兵大败李自成于山海关外的“一片石”。清廷有感吴三桂较强的军事实力和绝佳投降时机，在获胜当日即将其册封为“平西王”，并命令他率军作为前锋继续追击李自成。至此，“三藩”的主要成员已全部归降清王朝，并在入关后的征战中，为清廷立下了汗马功劳。