（一）中国同盟会在东京成立
1905年7月30日，孙中山邀约各省有志革命的留学生和旅日华侨，在东京赤阪区桧町三番黑龙会的会所，召开了被史家称为同盟会成立前的预备会议。到会的有兴中会、华兴会、光复会、科学补习所等组织的主要成员孙中山、黄兴等共70人。当时全国18行省，除甘肃一省那时没有留学生外，其他17省均有人到会。
会上，首先由孙中山演讲“革命之理由及革命之形势与革命之方法，约一时许讫”。接着，由黄兴“宣告今日开会，原所以结会，即请各人签名云。乃皆签名于一纸”。孙中山当即被推选为会议主席，主持讨论新团体名称和纲领。在讨论新团体名称时，有人提议定名为“对满同盟会”。孙中山认为“革命之宗旨，不专在排满，当废除专制，创造共和，并行不悖”。众人赞成。孙中山提议定名为“中国革命同盟会”，黄兴认为革命之名一出，党员行动不便。经过讨论，最后定名为“中国同盟会”。会名确定，孙中山提议以“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”为誓词。黄兴随即提议“请赞成者书立誓约”，乃由孙中山即席起草盟书，黄兴、陈天华在文字上略加润色，制定誓词如下：
联盟人省府县人XXX，当天发誓：驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权。矢信矢忠，有始有卒。如或渝此，任众处罚。
天运乙巳年七月日中国同盟会会员XXX
按此誓词，众人书写盟书，在孙中山的领导下举行宣誓加盟仪式。最后众人盟书由孙中山保管，孙中山自书盟书，众推黄兴保管。宣誓完毕后，孙中山与入会者一一握手，并祝贺说：“自今日起，君等已非清朝人矣。”大家都高兴地鼓掌庆贺。众人以同盟会已成立，当有宪章，乃推黄兴、陈天华、宋教仁、马君武、汪精卫、蒋尊簋等8人为起草员，负责起草同盟会章程，提交成立大会讨论。中国同盟会筹建工作至此大体就绪。
自7月30日同盟会筹备会以后，在孙中山革命思想的影响下，各省留学生纷纷加入同盟会。8月20日下午2时，中国同盟会在东京赤坂区灵南坂，借日本人阪本金弥住宅，正式举行成立大会，到会者有百余人。
大会一开始由黄兴宣读起草员拟定的章程30条，经过讨论修改后通过。接着黄兴提议选举孙中山为同盟会总理，全体举手赞成。会上还选举了各部职员、议员。
（二）同盟会机构与主要领导人
大会正式通过中国同盟会章程，并决定本部组织：总理之下分设执行、评议、司法三部。现众所周知的章程是1906年5月16日修订的《中国同盟会总章》，共24条。同盟会本部机构和主要领导人情况为：
执行部：
总理：孙文
庶务：黄兴，后由朱炳麟、张继、孙毓筠、刘揆一相继主持。
书记：（初定马君武，未就）田桐，后孙中山又增派胡衍鸿（汉民）、但焘、李肇甫三人。
内务：朱炳麟、匡一。
外务：程家柽、廖仲恺。
会计：谢延誉，后改由何天炯继任。
经理：谷思慎、程克。
评议部：
议长：汪兆铭
议员：董修武、熊克武、于德坤、王琦、吴鼎昌、张树、冯自由、梁慕光、胡衍鸿、田桐、但懋辛、周来苏、胡瑛、朱大符（执信）、范治焕、吴永珊（玉章）、康宝忠。
书记：朱大符（兼）
司法部：
总长：邓家彦
判事：张继、何天瀚。
检事：宋教仁
孙中山之所以成为不负众望的革命领袖，成为中国第一个全国性的资产阶级革命政党的总理绝不是偶然的，这与他之前的功绩和取得的信任密切相关。
他建立了中国第一个资产阶级革命团体——兴中会，提出了第一个中国资产阶级革命的纲领，领导了由中国资产阶级革命派发动的第一次武装起义——广州起义。他亲自领导下的两次武装起义：广州起义、惠州起义虽然都失败了，却震惊了海内外，产生了重大的影响。
同盟会本部机构设执行、评议、司法三部，是模仿行政、立法、司法“三权分立”制度。但在实际执行过程中，三部很少分头开会，“遇有重要之事，将三部人员结合，一次议决实行。自此制行后，司法、评议二部未尝独立行使职权矣。开会时总理在部，则总理主席，总理离部，庶务主席 ”。
大会最后由孙中山传授秘密口号，作为革命党人的联络暗号，即如问：“何处人？”答：“汉人。”问：“何物？”答：“中国物。”问：“何事？”答：“天下事。”黄兴旋又提议：“《二十世纪之支那》杂志社同人，半皆已入本会，今该社社员愿将此杂志提入本会，作为机关报，何如？”众皆拍手赞成。成立大会至此圆满结束。
（三）“三民主义”学说的提出
在中国同盟会成立大会上，黄兴提议将《二十世纪之支那》杂志改为中国同盟会的机关报，与会者表示赞同。后《二十世纪之支那》被禁，孙中山、黄兴等决定同盟会机关报“不用原名，拟另出一报；一切关系，表明概与断绝”。经孙、黄等数次会议，9月中旬，决定改名为《民报》。
《民报》编辑部实际上成为同盟会本部的公开机关。《民报》初为月刊，后为不定期刊物。第一期于1905年11月26日问世。孙中山为《民报》写了发刊词，第一次提出了民族、民权、民生“三民主义”。
《民报》发刊词提出的民族、民权、民生“三民主义”，是孙中山革命学说的核心内容。孙中山在《民报》发刊词中这样写道：“余维欧美之进化，凡以三大主义：曰民族、曰民权、曰民生。罗马之亡，民族主义兴，而欧洲各国以独立。洎自帝其国，威行专制，在下者不堪其苦，则民权主义起。十八世纪之末，十九世纪之初，专制仆而立宪政体殖焉。世界开化，人智益蒸，物质发舒，百年锐于千载，经济问题继政治问题之后，则民生主义跃跃然动，二十世纪不得不为民生主义之擅扬时代也。是三大主义皆基本于民，递嬗变易，而欧美之人种胥冶化焉。其他旋维于小己大群之间而成为故说者，皆此三者之充满发挥而旁及者耳。”
1906年12月2日，在《民报》创刊一周年庆祝大会上，孙中山发表演说对“三民主义”作了进一步阐述。
关于民族主义，孙中山说：“那民族主义，却不必要什么研究才会晓得的。譬如一个人，见着父母总是认得，决不会把他当做路人，也决不会把路人当做父母；民族主义也是这样，这是从种性发出来，人人都是一样的。满洲入关到如今已有二百六十多年，我们汉人就是小孩子，见着满人也是认得，总不会把来当做汉人。这就是民族主义的根本。”但是仔细探究我们会发现，孙中山所强调的并不是“尽灭满洲民族”，而是“扑灭他的政府”。
关于民权主义，按照孙中山的阐释，“就是政治革命的根本。将来民族革命实行以后，现在的恶劣政治固然可以一扫而尽，却是还有那恶劣政治的根本，不可不去。中国数千年来都是君主专制政体，这种政体，不是平等自由的国民所堪受的。要去这政体，不是专靠民族革命可以成功。试想明太祖驱除蒙古，恢复中国，民族革命已经做成，他们政治却不过依然同汉、唐、宋相近。故此三百年后，复被外人侵入，这由政体不好的缘故，不是（做）政治革命是断断不行的。研究政治革命的工夫，煞费经营。至于着手的时候，却是同民族革命并行。我们推倒满洲政府，从驱除满人那一面说是民族革命，从颠覆君主政体那一面说是政治革命，并不是把来分作两次去做。讲到那政治革命的结果，是建立民主立宪政体。照现在这样的政治论起来，就算汉人为君主，也不能不革命”。
关于民生主义，孙中山认为：“社会问题在欧美是积重难返，在中国却还在幼稚时代，但是将来总会发生的。到那时候收拾不来，又要弄成大革命了。革命的事情是万不得已才用，不可频频伤国民的元气。我们实行民族革命、政治革命的时侯，须同时想法子改良社会经济组织，防止后来的社会革命，这真是最大的责任。”
同盟会成立后，孙中山积极宣传革命。《民报》以“三民主义”为理论指导，与以《新民丛报》为代表的保皇立宪派展开是革命还是立宪的大论战，取得了胜利。三民主义反映了中国旧民主主义革命时期的社会基本矛盾，概括了客观历史进程提出的三大斗争任务。通过后来的革命实践，三民主义得到丰富和发展。在同盟会的政纲中，三民主义被完整地表述为“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”。
三民主义是孙中山先生对同盟会政纲的展开表述。“驱除鞑虏，恢复中华”即民族主义，始终是资产阶级革命民主派在清末的战斗口号。它把反对清朝统治同反对帝国主义瓜分的斗争进一步结合起来，指出清政府已成为帝国主义统治中国的工具，“欲免瓜分，非先倒满洲政府，则无挽救之法也”。另外需要注意的是，“驱除鞑虏”的民族斗争同反对封建君主统治的政治斗争进一步结合起来，民族主义反对的不是整个满族，而是以皇帝为中心的满洲统治者。“创立民国”即民权主义，这是政治纲领和三民主义的核心问题，是“政治革命的根本”，它从理论上解决了夺取政权和建立政权的问题，反映了近代中国社会的又一个主要矛盾，即封建主义和人民大众的矛盾。“平均地权”即民生主义，是孙中山政治思想最重要的发展，也是其经济思想的核心和社会革命的主张。“核定地价”的办法及后来提出的“土地国有”政策，反映了他对农民的同情，包含着逐步取消封建土地所有制，代之以资产阶级国家土地所有制，发展资本主义农业经济的要求。