据传，天帝传下的治国大法第一类竟然是五行，五行在史书中记载是这样的：“五行：一曰水、二曰火、三曰木、四曰金、五曰土。水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土爰稼穑。”意思就是说，五行，指的就是水、火、木、金、土，水是下行滋润的，火如火焰一样发热向上，木可曲可直，金有刚柔相济之性，有土才能种植与收割。
五行学说起源于殷商时期，汉以后，阴阳五行作为中国人的一种思维模式，被广泛地应用于社会各个学科，当然也包括医学。
五行学说认为，物质世界是由木、火、土、金、水五种基本元素构成的，这五种基本元素相互滋生、相互制约，导致了物质世界的运动变化和普遍联系。比如说，木能生火，火生土，土生金，金生水，这是五行的相生关系，说明它们可以相互促进、相互滋生。转而，木克土，土克水，水克火，火克金，金克木，这便是五行的相克关系，也就是相互抑制、相互制约的关系。这些相生相克的关系，在自然界万事万物中，是无时无刻不存在的。
《黄帝内经》认为世界上的一切事物都是由木、火、土、金、水五种属性的基本物质生成的。这五种属性，又可理解为事物的五种功能、作用，可将万物划为五种类别。它不仅把人体的部分器官配到五行当中，称作五脏，还把气味、颜色、声音、形状等等都与五行相配，用来说明人体是一个有机的整体，同时也用它来说明人的病理变化。如果五脏正常，那么人体就是一种正常的生理状态，如果反常，人体就会处于病理状态。是不是正常，是由相生、相克关系所决定的，如果相生或相克关系超出正常范围，无论太过还是不及，都会导致疾病的产生。
我们可以将五行与人体各方面联系一下。
五行：木、火、土、金、水；
五脏：肝、心、脾、肺、肾；
五色：青、赤、黄、白、黑；
五味：酸、苦、甘、辛、咸；
五志：怒、喜、思、悲、恐。
这里，每一行的内容与人体都是相互联系的。拿肝来讲，肝属木，色青，酸入肝，肝主怒。根据五行相克，可得知肝克脾（木克土），如果制约太过，或者说相克太过，就会出现脾虚和肝气旺的病理表现，也就是“相乘”现象。如果制约不及时，脾土就会反克肝木，出现脾旺、肝气不足的病理表现，称为“相侮”。
五行之间无非这四种关系：相生、相克、相乘、相侮。根据五行之间的关系可得知五脏之间的联系。那么，相应地，五行与疾病的临床诊治也是分不开的。
在清代名医吴鞠通的诊治经历中曾遇到过这样一个病人。该病人二十多岁，感觉胸中堵塞，好像有郁结的硬块一样，另外还因肝气郁结而吐血。吴鞠通为他开了药方，几日后，病人再次吐血并且不能进食。吴鞠通采用“和肝络、养胃阴”的方法进行治疗，取得了一定疗效，但病人仍然咳嗽，胸中隐隐作痛，并有气喘、虚弱之象。于是吴鞠通继续采用“补土生金”法，病人痊愈。“补土生金”法就是通过补脾胃来养肺的方法。脾胃五行属土，肺属金，土能生金，肺得到脾胃的滋养，咳嗽、气喘这样的症状自然就会消失了。
明朝有位19岁的青年，面白体弱，因为思虑过度，夜里出现梦遗，接着又吐了一碗血，开始轻微咳嗽，再后来又忽然发热，出疹子，疹子好了以后，阴囊又开始瘙痒。这位青年忍不住去搓擦，导致发炎出水，等到阴囊瘙痒好了，又感染风寒，咳嗽不止，两胁生疼。
为青年看病的医生叫汪石山，他认为，心属火而藏神，肾属水而藏志，二者上下相通。病人是由于思虑过度而多梦，志不宁而梦遗。根据五行原理，在正常的情况下，肾水上升制约心火，而这位青年因为梦遗，使得肾水不升而心火独亢，与此同时，引动了肝火。这样一来，二火同时上升，血从上窍溢出，导致病人吐血。此外，肝脉环绕生殖器，因此肝火侵扰阴囊，令其肿胀瘙痒。火克金，所以肺虚而生咳。此外，人的两胁是阴阳往来的通道，通道为火所阻，气运行不通畅就会产生疼痛。汪石山用很简单的说明尽述中医学的玄妙，而这一切再用五行原理去解释，令人茅塞顿开。
明代时还有一位妇女，她的上身及脸部、头部发痒，刺痛起块。医生们看过后都说是风证，因为受风的症状与之相似。她家请的一位医生叫江汝洁，江医生通过仔细诊脉后发现，病人左手脉细，右手脉微实。他想起《黄帝内经》中的话：脉微就是虚，脉弱也是虚，脉细是气血两虚。心主血，肝藏血，这一定是血虚无疑。而肾藏精属水，这个部位的脉微是水不足，是肝火和肾火引起的疾病。诸阳为热乃热在肺，这都是由于火克金的缘故。肺主皮毛，肺有病在皮毛上会有所反应，出现发痒、起块的症状。因此，治疗上应该补水以制火，养金以伐木，也就是用补肾水的办法来克制肾火，滋养肺来克制肝，以达到阴阳五行平衡。通过以上的推论，江汝洁找到了最合适的办法，一击成功，病人很快就痊愈了。
古代和现代的医案中类似的记载数不胜数，不管病人病情发展如何，医生只要牢牢掌握阴阳五行大法，将之充分地理解、运用，就能参透病人生死，救人于危难之中。
阴阳五行学说贯穿《黄帝内经》全书，是解开《黄帝内经》乃至中医学之谜的一把极为重要的钥匙，将阴阳五行合参，才能对人类的生命形态作出最完整的认知，而这一点，无论从科学的系统性、完整性来讲，或从医学的理论性和可操作性来说，都达到了令世人惊叹的水平。