儒学是中国传统文化中的核心内容，在中国文化领域中占有统治地位。自汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”以来，儒学便一直被历朝历代奉为正统思想，受到了统治者的高度重视并被大力提倡。经过两千多年的渗透，它深深地融入到中华民族的血液之中，长期制约着华夏民族的思维方式、行为方式和生活方式，并成为中华民族文化生活的最高指导原则，它影响着中国社会的诸多领域、诸多方面和诸多阶层，也影响到医家的思想和中医药理论的形成与发展。
中医是世界文明史上的奇迹，是我国宝贵的文化遗产之一，也是世界非物质文化遗产之一。它根植于中国的传统文化，其理论和实践均与儒学有着千丝万缕的联系。在中医学形成与发展的过程中，中医理论从思维方法、伦理道德到治病救人、养生保健，各方面都受到了儒家思想广泛而深远的影响。
“医乃仁术”，“仁”本是儒家最高道德思想原则之一，同时它又被引申为医德思想的核心，行医的目的是济世救人，解除人之疾苦，救助人之危难，所以医学一直以来被儒家视为实现“仁爱”理想的一条重要途径，故而被称为“仁术”。
儒家另一个道德思想原则——“孝”，也深刻影响着中国传统医学，甚至成为许多人学医行医的动机和目的。中国古代有“为人子不可不知医”之说，古人为尽孝而学医，以孝奉养父母；又有“身体发肤，受之父母，不敢毁伤”之说，古人为尽孝而善身，以孝保养自身。东汉名医张仲景在《伤寒杂病论·自序》中指出“留神医药，精究方术”就是为了“上以疗君亲之疾，下以救贫贱之厄。中以保身长全，以养其生”。
此外，受儒家思想的影响，一些医家还把养性养德列为养生之首。唐代医家孙思邈在《备急千金要方·养性序》曾经提到：“道德日全，不祈善而有福，不求寿而自延，此养生之大旨也。”可见儒家的思想与医学处处相关。
在历史上一直被儒家奉为经典的《周易》也与中医学有着密切的关系，在后世中医学的发展中影响尤为显著。历史上很早就有“医易相通，儒医相通”之说，历朝历代也都曾出现过很多精通医易之理，并将之应用于临床的医学大家。由此观之，医学与儒学同出一辙，关系密切。
宋代林亿也曾说过：“通天地人曰儒，通天地不通人曰技。斯医者，虽曰方技，其实儒之事乎！”与他同时代的医官赵从古也提到：“医术比之儒术，固其次也。然动关性命，非谓等闲……儒识礼仪，医知损益。礼义之不修，昧孔孟之教；损益之不分，害生民之命。儒与医岂可轻哉，儒与医岂可分哉！”这都是认为医、儒两家相辅相成、异曲同工之论。