在这种情况下。康熙果断地做出了决定，下令处死了吴三桂留在北京做人质的儿子吴应熊、孙子吴世霖。这样，朝廷官员知道，朝廷再也没有退路，只有同吴三桂等叛军决一死战，清廷因此统一了思想，坚定了信念。而吴三桂等叛军也知道对清廷的要挟已失去了作用，只能死拚到底。
但大部分将领也因此开始离心了。
康熙面对“三藩”之乱并不惊慌，而是首先确定正确策略，认为“三藩”之乱以吴三桂为首，其余多是胁从，若能击败吴三桂，其余叛军不难攻破或是收服。这样，康熙就调兵遣将，重点向吴三桂进攻，对川、陕一带的胁从叛军，反复进行说服争取工作。康熙的这一招十分奏效，在不长的时间里，吴三桂就被分化瓦解，阻困在了湖南。
公元1678年（康熙十七年），康熙收复了浏阳等湘地的许多城池，吴三桂知形势不好，赶快过一过皇帝瘾，撕下了“复明”的假面目，于三月二十三日在衡山祭天，自称皇帝，改元昭武，改衡州为定天府。同年8月，吴三桂病死。吴三桂死后，其孙吴世璠即位，退据云南，后昆明城破，吴世璠服毒自杀。吴世璠被断头送京，吴三桂被掘坟折骨。耿精忠、尚可信等人也早已被杀，川陕等地也已平定。至公元1681年（康熙二十年），乱了八年之久，折腾了十多个省份的“三藩”之乱终于被彻底平定了。
在平乱之中，康熙的英明睿智表现在三个方面，一是坚决平叛，临乱不惊；二是方针正确，先攻吴三桂，分化收服其余；三是调兵遣将，指挥得当。平叛过后，这位少年天子已经二十八岁了，到这时，他已成为一位较为成熟的政治家。
康熙于六十八岁去世，他在后来的四十年里，更是立下了不朽的功勋。在统一中国，使台湾回归方面他做出了杰出的贡献。郑成功从荷兰人的手里夺回了台湾，本想把他作为抗清的海外基地，但壮志未酬，于三十九岁（公元1662年，康熙元年）去世。其后，郑氏子孙和部将互相争斗，一直未能振作。公元1683年（康熙二十二年），康熙派施琅攻入台湾，并及时制定政策，让施和平解决台湾问题。在康熙的正确指导下，郑成功的部将投降。康熙在台湾设置一府三县，并让郑成功归葬南京。
对于西北部的准噶尔部的叛乱侵扰，康熙数次亲往征讨。经过艰苦的奋战，终于平定了中国的大西北。
在抗击沙俄侵略的卫国战争中，康熙的决策也很正确，他指挥大军赶走了沙俄侵略军，并制定了《中俄尼布楚条约》。这一条约划清了中俄的国界，为中国争取了大片的领土。
另外，康熙本人在科学方面还有一定的贡献。少年时期就学习天文历法，后来还倡议学习数学，设立“算学馆”，培养了一批数学人才。在医学方面，他极力推广中国古老的种痘免疫法，收到了良好的效果，并尊重由西方传来的用金鸡纳治疟疾的方法。在地理学上，他还花费心血测绘中国地图。在农学方面，他也能亲自培育出一个新的品种。
康熙大帝不论从哪个方面来看，都是中国历史上十分优秀的皇帝，不仅在成年以后做出了突出的贡献，就是在少年时期所做的除鳌拜，解决新、旧历法之争，平定“三藩”之乱三件事，也足以证明他是一位非凡的人物了。
凭心而论，除掉近代史上的几十年，清朝在中国历史上并不是一个很坏的朝代，起码要比明朝好得多，清朝的前几位皇帝，的确还都是很有作为的，尤其是康熙大帝，在中国历史上恐怕很难找出几个这样的皇帝来。为什么会出现这种情况呢？别的原因先不说，也许与满清入主中原以后，总是担心自己的统治能力有关。在这种担忧之下，比起以前的朝代来，多少增加了一些兢兢业业的精神。
或许是一个新崛起的民族更有活力？就像康熙因为有自由的童年生活反倒比那些受到严格教育的许多前代皇帝更容易做出成绩一样？这都很难说。
在中国历史上，有两次少数民族入主中原，一是蒙古族建立了元朝，一是满族人建立了清朝，但他们都在某种程度上或浅或深地认同了汉族的文化，他们占领了中原，浸染了这种文化，却又在这种文化中衰败下去，这又该怎样解释呢？这里好像既有令人无法抗拒的魅力，又像一张令人无法突出的网，我们就一代一代地在这有始无终的圈中循环下去！
西太后
传统的中国社会是一个极其僵固的男权制的社会，男人统治一切，包括政治领域与经济领域，而女人则受着政权、神权、族权、夫权四大枷锁的束缚，地位之低，是可以想象的。然而，奇怪的是，在封建宫廷里，女人得势的时候似乎并不少，而且一专权就是几年、十几年、几十年，不仅实际上主宰了朝政，有的还干脆改朝换代，做起了开国皇帝。
十九世纪中叶，满清政府正处在内忧外患之中，大有风雨飘摇，朝不保夕之势。公元1861年（咸丰十一年），清咸丰帝因逃避英法联军的入侵而到热河的避暑山庄避难，同时避难的有贞治皇后（后为东太后），懿贵妃（后为西太后，即慈禧太后）。皇后无子，懿贵妃生了皇子载淳，她野心勃勃，帮助咸丰处理政务，并拉拢朝臣，企图在宫中攫取权力。咸丰帝已看出她的野心，要把她赐死，经皇后求情才没有实行。但咸丰帝对她极不放心，他在病床上下遗诏给皇后说，懿贵妃不可信任，她日后若以子贵而为太后，如果遵守规矩则罢，如不遵祖制，贞治皇后可召集群臣，宣读此诏书，把她处死。
是年8月22日，清咸丰帝因逃避外敌的入侵而病逝于热河避暑山庄，在其遗诏中命其六岁的儿子载淳继位，并命肃顺、载垣、端华等八人为赞囊政务的辅命大臣。
肃顺等八大臣掌握了清廷的重要权力，但是，慈禧太后被排除在权力的中心之外，引起了她的极度不满，同时也使她感到恐慌。这些大臣对她通过咸丰帝干预政事都十分不满，如果自己不能夺取最高权力，恐怕后果不堪设想。
慈禧太后是咸丰皇帝的懿贵妃，载淳的生母，她不仅是一个权力欲极强的女人，还富有胆略智计。与西太后有着同一心理的是奕。奕是咸丰皇帝的亲弟弟，有着极强的权力欲，他聪明机智，富有治才，曾经与哥哥咸丰帝争夺皇位，但由于自己不如咸丰善于韬光养晦和善于琢磨皇帝的心理，在最后的争夺中失败，没能登上皇位，但他一直想着控制朝廷的权力。在同英、法侵略者的议和交涉中，奕的权力越来越大，在他的周围聚集了一批人，形成一股强大的政治势力。但是，他当时没有军权。此次他被排斥于辅政大臣之外，当然心怀不满。在得到了这个消息后，急忙以“奔丧”为名，从北京赶赴热河，与慈禧太后密商，希望能取得权力。慈禧太后也正想取得当权大臣的支持，两人一拍即合，慈禧太后决定派奕先回北京，为政变夺权做准备。
奕从热河回京后不久，御史董元醇就受慈禧太后和奕的指使上疏，要求朝廷由慈禧太后垂帘听政，慈禧太后本来是投石问路的一招，果然遭到了肃顺等人的反对，没能成功。通过此次试探。慈禧太后不仅看清肃顺等人在热河具有很大的势力，也更加看清了他们对待自己的态度，坚定了她夺取政权的决心。她知道在热河不可随意发难，必须紧紧抓住自己的儿子——小皇帝载淳，巩固皇太后的地位，然后待机而动。
肃顺等人觉得他们成功地阻止了慈禧太后垂帘听政的要求，是一次巨大的胜利，认为自己的权力很大，也很巩固，因此麻痹大意，盲目自信，甚至得意忘形，肃顺没有进一步巩固自己的权力，反而上折请求朝廷解除他们的兼差，肃顺等人本来的意思是要显示他们劳苦功高，兼职太多，免除了一些职务以后可以一心一意地处理政务，但万万没有想到慈禧太后正是利用这一求之不得的机会，免去了他们的军事职务，如将载垣的銮仪卫免去，将端华的步军统领等职免去，这样一来，慈禧太后发动宫廷政变的军事障碍就基本排除了。
在做完了这件事以后，慈禧太后又策划将辅政八大臣分开，她命其中的七人随自己先行回京，而让其核心人物肃顺护送咸丰帝的梓宫，使肃顺一人在后，孤掌难鸣，而其他七人与慈禧太后在一起，不仅群龙无首，更时刻在慈禧太后的监视之下，不可能有什么作为。
在路上，肃顺和端华等人曾经借口保护后妃而增派卫兵，实际上是想杀掉懿贵妃母子，只奉贞治皇后一人进京。慈禧太后早已有所准备，她先密派人回京调荣禄带亲兵来接应，不久荣禄的大队人马已到，肃顺等人因势力悬殊而未敢动手。肃顺见此计不成，又打算自己先回北京，废除懿贵妃的名号，不让其母子进京，然后再另行图谋，便故意拉慢了行程。
此时，慈禧太后实行了迷惑并团结贞治皇后的方法，他告诉贞治皇后，肃顺是要废掉她们，要另立新君，从而得到了贞治皇后的同情与支持。在快到北京时，慈禧太后见他们把行进速度放慢，已料定了肃顺企图，趁休息时与贞治皇后商量，叫两个宫女打扮成后妃的模样，坐在后妃轿子里，迷惑肃顺，自己和儿子载淳化装成平民，秘密地雇小车抄近路飞快进京。
慈禧太后比肃顺等人早四天到达北京。在到达北京的第二天，慈禧太后就正式召见恭亲王奕等文武大臣，哭诉肃顺等人藐视太后，威逼皇帝的罪行，在征得了奕等权臣的同意后，传示国宝，诏告天下，立自己儿子载淳为皇帝，是为同治皇帝。
接着，慈禧太后布置兵马于城外，迎接梓宫。第三天，载垣和端华先到，进城后即被拘捕，为防夜长梦多，慈禧太后再派人奉旨于路上把肃顺逮捕，扣押回京。
不久，以同治皇帝的名义发布上谕，指控肃顺有叛国谋反罪，押赴刑场斩首。载垣、端华被赐自尽。
一场政变就这样成功了，从此，慈禧太后登上了权力的顶峰，在数十年间，成为中国实际上的最高统治者。
在中国历史上，专权的女人很多，其中最典型的是汉朝的吕雉、唐朝的武则天和清朝的慈禧太后。吕雉，“临朝称制”七年，除了诛杀了许多功臣和制造了朝中吕氏专权的混乱之外，对国家并未造成太大的损失；武则天专权乃至称帝，前后二十多年，实行了许多有利于国计民生的措施，应该说功莫大焉；至于慈禧太后，专权的时间最长，达四十年之久，可以说既是生逢末世，又是祸国殃民，至于功劳，恐怕是说不上了。令我们深思的是，在男权制的社会里，女人专权为什么会屡屡成功？为什么她们个人当权的时间比一般皇帝当权的时间要长得多？这些，到今天恐怕还难以找出令人满意的解释。