②根系本身就有培育微生物，改善土壤品质的作用。当前，根际微生物越来越受到人们的重视。所谓根际微生物，就是存在在根际表面及其附近的微生物，作物根不是单方面从土壤吸收养分，也把叶片产生的营养和一部分根系的分泌物排放到土壤中。虽然现在对分泌物数量还无法确定，但一般都认为占光合产物的10％～20％。这些根的分泌物包含糖类和富含营养的物质。土壤中的微生物把这些分泌物作为能源，在根的周围大量聚集，并在那里生存、繁殖。另外，根系的分泌物中还包括果胶类黏性比较强的物质，这种物质能够将土壤粒子粘在一起，以促进土壤的团粒化。
③微生物可以制造和提供根系生长所需要的营养微生物。不但接受根系的分泌物，而且以分泌物为食物进行繁殖，同时也产生氨基酸、核酸、维生素、生物激素等物质，为根系提供需要的物质。根际微生物把根的分泌物转化成其他的形态，把肥料的养分转化成根系能够吸收的形态供给作物根系吸收，这样，根系和根际微生物就成了共生的一体。
④微生物把土壤中的养分疏松到根系。根际微生物可以有助于作物对土壤中的养分进行稳订的吸收。如果在根的周围能够被根吸收的养分（可利用态）很少，微生物就靠根的分泌物繁殖，并把土壤中根部不好吸收的养分（不可利用态）转化成可以被作物吸收的养分，或把根系不能到达位置的养分输送到目的地。所以，微生物具有促进作物吸收养分的作用。其主要代表是AV菌根菌。AV菌根菌不但能够促进作物对磷元素的吸收，也可以促进作物对镁、钙及微量元素的吸收，甚至可以防治作物缺铜和缺锌症。
⑤微生物能够对肥料的效果进行调节。当肥效不够时，微生物可以提高肥效；当肥效过高时候，微生物又有缓和肥效的作用，在根的周围有丰富的养分（无机养分）的情况下，根无需依靠微生物的帮助，就能够吸收所需要的营养（常规农业的施肥）。微生物把吸收的大量的无机营养储存在菌丝体内，使根周围的养分浓度逐渐降低，起到缓和肥效的作用。当肥料不足时，菌丝里面的营养又会自动地释放出来，为作物提供必要的养分，起到增强肥效的作用。这是微生物为了自身的生存而适应环境的结果。当微生物大量增加时，会导致与根系争肥的现象，所以有机农业要求肥料一定要经过充分腐熟发酵以后再进行使用，这样就可以大大减少微生物剧增的现象。
⑥微生物产生的养分可以增强作物的抗逆性，提升作物的品质。微生物在活动或死亡后所产生的物质，不仅有N、P2O5，K2O等无机养分，包括多种氨基酸，多种维生素，还有细胞分裂素、植物生长素、赤霉素等植物激素类生理活性物质，这些物质可以对根系的成长起到刺激作用，促进叶芽和花芽形成，果实肥大，固形物增加，使作物的生命力、抗病性和适应性都得到增强，从而减少农药的使用，提高农产品的产量和质量。
二、有机畜禽生产技术
在有机农业系统中，动物的待遇和它们的生活状态应该得到人们的重视，这应该是任何畜禽养殖系统的自然组成部分，欧洲动物保护协会对此作了相关规定：动物需要提供饲料、饮水、照顾、温暖和其他环境条件，根据它们的种类、品种、年龄、适应性变化和驯化程度，满足它们的生理和行为的需要。另外，英国家畜福利委员会宪章中也对动物的权利进行了规定，主要包括以下内容：
避免营养不良，日粮应该充分，在食物的质量和数量方面都能够保障动物的健康和活力。避免炎热或生理、心理的不适，环境温度要适宜，不影响动物休息和日常的生命活动，避免损伤和疾病。生活自由，没有恐惧。
（一）饲养条件
除了食物是否充足以外，对动物影响最大的就是动物居住地的构造。集约化的畜禽养殖体系为了减少养殖成本，增加产量，已经发展到最大限度。但是这些系统往往忽视畜禽的生活质量，不重视动物的个体生态特性。虽然奶牛、猪、鸡等在这个系统中已经使得养殖者达到了最大的经济效益，但也不能证明这个系统没有问题。
对这个畜禽养殖系统的动物福利的讨论，大多数的人认为，如果只从畜禽建筑的角度看，普通的养殖场没有一幢畜舍建筑或管理系统符合动物福利的要求。有机畜牧业和普通畜牧业有本质上的不同。在动物生产和健康保障方面，两者的根本不同体现在畜舍建筑上，其中包括动物自由活动的空间，垫草的使用和良好的通风条件。在畜舍的建造中不得使用混凝土地板、石板（条板）。家畜在放牧季节可以自由接受牧草，虽然这样可能会限制动物种群的数量，但却可以完全满足动物的行为需求。尽管可以对动物进行放牧，但粗放的放牧会损害到动物和环境。如果放牧的地方太小或环境不适合会引起动物生病。如果动物没有足够的活动空间，可能会对一些设施造成毁坏。家禽需要用它们的利爪在畜舍周围寻找大量食物，因此需要足够的活动场地。
（二）饲养场地
有机生产的管理人员必须为动物创造一个能保持动物健康，满足动物日常行为的环境。在适当的季节，应使所有畜禽都到户外自由活动，并提供足够面积的活动空间。选择饲养场或运动场地时应保证动物在遮阴处、畜禽棚以及其他的活动场所都有适宜的环境。
散养的家禽，应该满足它们的自然天性，有充足的空间去展示自然的运动和呈现自然姿势，同时还应有良好的环境、同伴和娱乐。
（三）饲养圈舍
在畜舍的建造中，应该把动物的福利和健康作为考虑的主要因素。这并不意味着仅仅单纯地考虑畜舍本身，还应考虑有利于动物个体的、生态的畜舍调控系统和动物的活动场地。有机农场的畜舍系统是人和动物和谐关系的一个体现。农场建筑的设计和建设通常要在专家的指导下进行，因为专家们有相关方面的足够知识。建筑物的设计应该能够满足动物们的需要。必须有充足的自然通风和户食和饮水，有足够的空间活动和拥有温暖舒适的稻草。当动物生活的地方被污染后，要及时进行清理。畜舍中的地板或泥浆通道要保证容易清理。要按时对畜舍进行消毒，要满足动物的舒适性和生产的需要。要建立预留隔离间，它们的用途是当动物患病、产仔或受伤时使用。当小牛出生时，畜舍的面积应该可以同时容纳小牛和母牛。总之，饲养环境（圈舍、围栏等）必须要满足以下的条件：充足的活动空间和时间；自然通风，光照充足，但也避免过度的照射；保持合适的温度和湿度，避免受风、雨、雪等侵袭；足够的垫料；充足的饮水和饲料；禁止使用对人或畜禽健康明显有害的建筑材料和设备。
（四）饲养密度
动物的饲养密度取决于不同动物的种类和饲养方式。理想中的标准是在占有的土地上生产的所有食物和纤维性饲料恰好被饲养的动物消耗，有机农业倡导发展自我维持系统。目前，国家的相关规定中还没有对饲养动物的密度提出具体的要求。
1.散养动物密度 放牧密度的标准因家畜种类、农场环境、生产制度、本地气候和其他因素的不同而不同。在牧场中，放牧的密度根据环境的承受能力而定，同时还要对动物的粪便量和草量进行考虑。
考虑到气候因素很难预测，再加上恶劣气候发生频繁，所以，在确定放养密度时要留有⑧地。对牧场的过度使用会引起寄生虫的数量增加，导致动物生病，损害动物的健康。对放牧密度进行考虑，不但关系到动物的福利，而且也关系到环境的福利。凡是能对家畜造成污染和导致土壤退化、侵蚀的生产活动都应该禁止。有研究表明，动物在集约化条件下的生产能力要低于在自然条件下的生产能力。这个事实，经常被集约化养殖中的高生产力和因为使用药物而降低的疾病发生率所掩盖。当前，欧盟等对于动物的饲养密度已经有相关的规定，我国现在还没有相关的规定。但饲养企业应该依据动物的行为习性，为它们提供尽可能充足的饲养和活动空间。
2.圈养和笼养动物密度 对于牛、羊和猪等牲畜，根据体形的不同，每头所占用的空间面积从1～10平方米也各不相同。这里所谓的空间面积指的是室内喂养时的净使用面积，而蛋鸡等家禽的密度则应该相应增加。每平方米为6～20只，室外的活动面积一般不低于室内的使用面积，企业可以根据具体情况自行决定。
（五）饲料和营养
1.基本要求 有机养殖应该把优化饲养环境、尊重动物、强化饲养管理作为主要的条件。应该按照饲养的标准配制每天的饲料。
饲料的选择以新鲜、优质、无污染为原则。饲料配制应做到营养全面、平衡。喂养的饲料和添加剂必须符合有机标准要求。一般情况下，有机生产中动物饲料应该满足下面的条件：饲料可以为动物成长的各个阶段提供足够的营养，饲料的质量应该得到保证，应该允许动物自由进食。提倡使用本单位生产的饲料，没有条件的，可使用其他遵守有机养殖规定的单位或企业制造的饲料。倡导用天然的奶粉对哺乳期的动物进行喂养，最好是母畜的奶。对于反刍动物来说，每天饲料中最少应该有60％的干物质为粗饲料、新鲜或干的草料或者青贮饲料，在牲畜哺乳初期，该比例可相应减少到50％。绝大多数饲养场地没有完全的饲料自给自足能力，因此有机养殖一般情况下允许使用有限数量的常规饲料，即在喂养的饲料中，可以使用一定比例的常规饲料作为转换期的饲料。畜禽养殖中不得使用以刺激生长为目的的抗生素、杀菌剂、化学药物和生长调节剂等物质。不得使用任何利用转基因生物及其衍生物制作的饲料、合成饲料、饲料加工剂以及各种营养物质。
2.营养原理和配比 有机养殖生产主要的营养原理是根据动物的生理特点进行喂养。在普通的农业中有因为违背动物生理特点而引起的大规模灾难，例如，英国的疯牛病。如果不根据动物的生理特点进行饲喂，至少也会降低动物对疾病的抵抗性，或者引起更多的健康问题。例如，反刍动物可以消化人类不能消化的农副产品，它们的口粮是粗饲料而不是精饲料。奶牛天生是吃草的，精料太多容易引起牛的瘤胃病。反刍动物还能够对植物中的纤维素和其他成分进行消化，并转变成蛋白质，这种功能是得益于靠瘤胃中的有益微生物菌群。对奶牛进行精饲料喂养，会降低瘤胃中的pH值，从而改变瘤胃微生物菌群。菌群失调会导致体内消化道炎症，使一些致病细菌进入血液，从而导致如脂肪肝、乳房炎、腐蹄病等疾病，此外还可以影响到繁殖率。在和饲料的配合中，能量和蛋白质的平衡非常重要，可以通过增加或减少蛋白质的比重来调整平衡。
3.日粮来源 普通的养殖需要购买大量动物口粮、饲料需求量大，价格昂贵是养殖者面临的主要问题。
为使有机畜牧业向经济、环保、合理方向发展，一些养殖户开始自己种植牧草。外国的一些养殖者认为有机畜牧业唯一的发展途径就是在饲料上实现自给自足。如果不能实现饲料自给自足，就应该走区域畜牧业的道路，即周边的有机农场专门为养殖者生产饲料。
总之，饲料的最好来源就是由自己或附近的场地提供。由于有机饲料不容易获得，因此，有机标准中通常可以使用一定比例的常规日粮来饲喂畜禽。当前很多标准规定肉用型家畜应该从出生就饲喂有机饲料，只有在遇到少数的个别情况如水灾、长期旱灾和暴风雪下才能够使用常规日粮。有机养殖中奶用和蛋用型畜禽必须要喂养有机饲料。虽然可以使用一些常规的饲料，但不能超过最大的使用量规定。一般情况下，反刍动物允许的饲喂量占饲料总量的5％～15％，非反刍动物占15％～20％。此外，一些特殊的添加剂可以产自非有机农场，比如食盐、维生素和青贮饲料保存剂如细菌和酶等。
有机畜牧生产虽然可以有限制地使用常规饲料，但不准使用经过化学方法加工后的油料作物。另外，基因工程生产的饲料也被禁止使用。
4.饲料的种类和组成
（1）饲料的种类。饲料是有机畜牧业中养殖的根本基础，喂养动物的饲料要能够提供动物所需要的营养和符合动物的取食习惯。饲料应满足种类多元化和营养全面化的要求。
①植物性饲料。
a.禾谷类植物以及它们的产品、副产品。
b.油料类植物以及它们的产品、副产品。
c.豆科植物的籽实以及它们的产品、副产品。
d.块根、块茎植物以及它们的产品、副产品。
e.其他种子以及果它们的产品和副产品。
f.牧草和粗饲料。
g.其他植物和它们的产品及副产品。
②动物性饲料。
a.牛奶和奶制品。
b.鱼类、其他水产动物以及它们的产品、副产品。
（2）饲料的组成
①粗饲料、青饲料或青贮饲料。日常饲喂的饲料组成中，青贮饲料和青干草占有很重要的位置，猪和其他动物每天的饲料中必须配以粗饲料、青饲料或青贮饲料。要保证反刍动物每天都能得到可以为其提供基本营养的粗饲料。