三是安全农产品生产技术在农业生产过程中没有得到大范围推广。当前，我国农民户均经营耕地不足8亩，户均销售粮食只有1000千克，猪肉不足100千克，禽蛋只有55千克，是全世界最小的农户。与小规模经营相对应的是生产者素质、技术水平较低，小污染和无污染的生产技术的使用受到阻碍。此外传统的轮作、间作、绿肥等有利于提高地力和改善农业环境的技术应用的频率也越来越少，这就给农产品的安全和产地环境带来了不利影响。
四是农产品加工技术还很落后。国家质量监督检验检疫部门2001年对60085个生产小麦粉、酱油、食醋、食用植物油、大米的企业的专项调查显示，不足100人的小型企业占94.9％，不足10人的家庭作坊式企业或生产厂点占9.4％。小型企业年产量达到以上五类食品产品年产总量的50％以上，但其生产技术和设备都很落后。
五是农产品包装和储备技术落后。农产品的包装、运输，容器卫生规范，运输与货架储备等的卫生标准和检验检疫规程还存在很多漏洞。在包装和贮藏过程中发生的污染现象很多，具有广泛应用前景的清洗剂、保鲜剂、保鲜纸等品种还很少，综合保险技术还刚起步，具有防腐、保鲜功能的材料和冷藏设备还十分匮乏。
六是应用新原料、新技术、新工艺引起了农产品安全问题。白酒、饮料、酱油等在生产过程中使用的菌种会产生霉菌毒素，对人们的健康造成损害。辐射和辐照技术还没有成熟，不同农产品相关的辐照剂量参数还无法确定，辐照也可能使产品的物质成分发生改变，引起安全问题。此外，转基因技术的应用对人们健康的影响也是不能忽略的。
（二）农产品质量安全体系不健全
1.标准制定不合理 以风险评估为基础，才能够对各种影响农产品安全的关键因素和危害程度很好地区分，进而制定出不同的影响等级，为农产品的检验检测提供先后顺序。在世界范围内，依托风险分析制定农产品安全标准已经成为一种潮流和趋势。但是，针对我国现状而言，因为缺少对有关国际标准和先进国家标准的深入研究，我国很多标准中的指标没有很好地利用风险评估技术，标准的科学性和可操作性都需要提高。这在有毒有害物质和高新技术产品的检测方法标准中表现得更为突出。
2.统一性和协调性差 农产品质量安全检测牵涉到农业、商业、卫生、质检等很多部门，由于各部门之间各自为政，不同部门制定出的标准在内容上难以协调和一致，对同一产品同时存在两个或两个以上标准的现象时有发生，行业标准与国家标准交织、重复，形成了一种产品多个规定、多种要求、多个部门管理的现象，这些就给标准的实行和食品安全的监督都造成了严重的影响。众多部门时常按自己的标准对企业生产和市场上农产品进行检验和监督执法，使得企业不知所措。
3.标准体系不完善 我国标准化体系相较国际标准化组织和发达国家，还很不完善。
一是标准的制定没有依据产业链条上下游协调的原则进行配套。二是一些重要标准还没有建立。三是标准中一些技术要求，尤其是与食品安全相关，如农药与兽药残留、抗生素限量等指标还很不完善，甚至还处于空白阶段。四是标准层次体系不完善。
五是标准规定的水平过低，很多标准和国家标准有很大的差距。
六是国内标准与国际标准有很大的不同。七是标准的实用性不高。
八是农产品质量指标与卫生指标相互混淆。九是标准制定和修订不及时，严重滞后。
（三）农产品质量管理不合理
最近几年，尽管多个农产品安全管理部门采取多种有效方式和措施，在我国的农产品安全方面起到很大的作用，但是，我国现行的食品安全管理体系仍然有很多缺陷。
1.协调性较低 多个部门只是负责食品的某些方面，这就导致了我国在农产品的监管上，形成了多部分管理的局面。
当前，农产品安全管理的权力被分配到农业、商务、卫生、质检、工商、环保和财政等部门，造成多头管理，无人负责的形势，这就严重削弱了监督执法的权威性。职责不清、政出多门、互相矛盾、管理重叠和管理缺位现象严重。这种情况经常导致管理的重复、法律实施的不稳定、管理缺乏统一性和无人管理等现象发生，此外，还可能引起公共健康目标和贸易便利化及产业发展间出现矛盾。为了让各机构的管理工作更好地统一起来，我国建立了国家食品药品监督管理局，但是这依然无法从根本上解决部门职能交叉和多部门管理的问题。
2.监管的关系有待调整 我国现在的农产品质量安全是由国家和地方部门共同监管的。中央政府级别的农产品安全监管主要由卫生部、农业部、国家质检总局和商务部等部门共同管理，这几个部门都要向国务院报告工作。这几个部门都有自己独立的体系，在省、市、县各级都分别设有相应的下属机构，同时每个机构的具体结构和管理范围都很复杂。大多数省、市和县级政府都设立了卫生部、农业部和国家质检总局的下属管理机构。一般而言，这些管理机构由当地政府直接领导，但同时中央的机构也对其进行管理和技术指导。某些情况下，中央的机构对地方部门进行直接领导，例如，省级的进出口检验检疫局。此外，地方政府也可以自己制定规章和标准，地方的食品安全管理机构一般都是地方政府进行财政支持的，所以很可能更多关注于本地区标准而不是国家标准。当前，各机构从中央到地方的垂直系统也十分复杂。从中央到地方卫生部、农业部均有自己的下属部门。其中，质检总局的商检系统属于垂直管理，其他的机构属于分级管理。而药品监督管理局中央和省一级机构属于分级管理，省以下的机构属于垂直管理。
3.行业参与不够 有效的农产品质量安全保障体系的建立，需要产业界包括生产者、加工者、销售商、贸易组织等各方面的协调配合。在发达国家，行业参与是保障食品安全的前提。产业界在农产品安全管理体系中的作用主要通过以下几个方面来实现：
一是与政府交流，把行业信息传达给政府，为政府完善管理制度提供依据；二是通过行业自律加强行业内的管理；三是与消费者交流，根据消费者的意见使行业内部管理制度不断得到完善。但是，当前这几个方面的作用发挥还不充分。当前，我国农产品质量安全管理体制依然是一个自上而下的模式，法律法规的发布、标准的制定、检验检测体系和认证认可体系的建立，并不是从行业的实际情况出发的，这种情况就容易导致管理虚化问题，致使很多相关的管理制度难以执行。行业自律是发达国家中保障农产品安全的一个重要因素，但在我国，从当前的状况来看，农产品行业组织还不够成熟。有些行业虽然成立了行业协会，但在运行上还缺乏规范性，其作用并没有得到充分发挥。此外，农产品行业和消费者的沟通也不多。作为企业，追逐利润是理所当然的；作为消费者，也有足够的理由食用安全、营养和卫生的食品。
要使这两者得到很好协调，企业就必须在提高食品质量，满足消费者要求的基础上进行盈利。但是目前，部分生产者和销售商为了降低成本和扩大市场，利用与消费者信息不对称，制作、销售假冒食品，给农产品安全造成了极大隐患。
4.促进消费者的作用发挥 在构建有效的农产品安全保障体系中，消费者起着非常重要的作用。但当前，我国大多数消费者对于农产品质量安全问题还缺乏足够的重视。即使有部分消费者对农产品安全问题比较重视，但为消费者服务的组织还不完善，也缺乏有效的监督管理途径。
（四）农产品质量监测不成熟
我国的农产品安全检验检测体系虽然已经初步建立，但农产品检验检测机构依然有很多突出问题，致使我国对农产品安全的状况家底不清。当前，我国还缺少对农产品中农药和兽药残留以及生物毒素等有毒物质的检测资料。
1.体系不健全 从检测体系的组成来看，食品安全检测的主要方式应该是企业的自我检测，而行业检测和政府检测是企业检测的完善。而目前，这方面，我国还是以政府机构的强制性检测为主，食品行业缺乏自身检测的意识。有些企业甚至把制假售假当成获取利润的手段。另外，我国行业组织还不成熟，检测力量还比较薄弱，其作用也还非常有限。
2.检测方式不合理 从监管方式来看，发达国家一般都建立农产品安全例行监测制度，食品从农田到餐桌全程都得到了有效监测。而当前，我国在食品安全监测的建设上还很有限，食品质量检验检测体系不完善，对食品的检测比较多地表现在传统式、突击式和运动式，对食品的监管检测无法全程化、日常化，致使不合格食品依然普遍存在。市场准入性检测费用大多由食品生产者或经营者支付，不但影响了政府监督职能的发挥，也增长了食品的生产成本。
3.源头控制作用较弱 从监管环节来看，当前监管的重点是对成品的监测，缺乏对生产过程的监管。从监管对象来看，管理检查的大多数都是优秀企业，对不合格的企业都不愿意进行监管，至于对分散农户的农产品的检查管理更是无人过问。从地域分布来看，质检机构分布的地区不平衡。尤其是中西部地区，农产品安全监测体系的建设落后，面向广阔市场准入急需的地（市）级和县级基层综合性农产品检测部门几乎没有。从检测对象来看，现有的检测机构数量与社会需要还有较大差距，尤其是针对农产品的农药、兽药残留等检测机构的数量和检测能力都无法满足目前我国安全监管的需要。
4.检测机构设置不合理 我国农产品安全检验检测机构数量很多，总体具有一定规模，但由于检验机构的领导部门不同，缺少统一的发展规划，低水平重复建设情况比较常见。各部门纷纷
购买检测仪器，并有愈演愈烈的趋势。各级质量技术监督、检验检疫、科研院所、大专院校及企业都建有检验检测机构。这些机构互相沟通很少，工作无法统一，检测数据无法共享，这就阻碍了检验检测体系整体作用的发挥。最近几年，农业、卫生、工商等部门花费大量金钱购买的检测设备近似或者相同，这就导致设备的利用率很低，浪费严重。
在管理中，农业、卫生、质检和工商四部门各自为政。卫生部门检查许可证、卫生标准、生产环境；农业部门管理行业规范；工商部门管理违规经营；质检部门检查质量标准。在对农产品卫生质量检查方面，四个部门都有权力，对农产品卫生质量自主抽检或委托农产品检测机构抽检。在信息发布方面，四个机构都可以发布对农产品卫生质量抽检的结果；对于不合格产品的处罚方面，同一违法行为，四个部门的管理人员都能分别依据食品卫生法、产品质量法、消费者权益保护法给予行政处罚。虽然管理的部门众多，花费巨大，但效果却并不显著。
5.支撑保障体系不完善
（1）体系整体质量差。我国现有农产品方面的国家标准、行业标准所包含的农产品种类，相比我国上市产品的检验需要，严重落后。现有的安全标准有很大一部分已经陈旧，其中的参数规定和指标要求有很多不合理的地方，与国际标准难以接轨。产品质量标准与检测方法标准的配套性差，缺少检测方法的标准。因为标准的不合理和许多项目的检验空白，导致我国农产品在进出口贸易方面处于不利局面。
（2）检测手段落后。我国检验检测仪器设备数量虽然不少，但大多数都是小型和常规设备，自动化和精密程度比较低，拥有原子吸收仪、气（液）相色谱仪、气质联用仪等先进仪器设备的检验部门很少。由于经费限制，质量检验部门设备的维护和更新没有保障，有些国家质检中心还处于使用20世纪七八十年代的仪器设备，检测20世纪90年代末产品的滞后状况。检验设备滞后已成为检验机构扩大规模、提高检验水平的一个阻碍。速检方法和手段的匮乏，不但使农产品检验检测体系效率无法提升，甚至导致严格检验的程序无法应用，只能被放弃。
（3）可操作技术缺乏。相较于国外的质检机构，我国质检机构的检测水平还需要提高。如在大气、水、土壤和污染源等方面，国外的农业环境检测部门的可检测项目有680个左右，而我国同类质检机构可以检测的项目约140个，差距非常大。我国现在的质检机构缺少必要的技术储备和适应市场需求的应变能力，对可操作技术缺乏掌握。急需在大力引进和吸收国外先进检测技术和方法的前提上，结合我国自身情况，研制适合不同层次水平检验的技术和方法，并形成具有一定规模的技术储备，减少与国外发达国家检测技术水平的差距。
（4）专业人员素质急需提高。农产品质量检验是一项牵涉到很多学科，对科学性和技术性都要求很高的工作。然而，因为很长时间以来从事食品检验检测人员缺乏相关的资质要求，导致了当前食品检验人员素质良莠不齐，阻碍了我国农产品检验检测体系的建立和发展。
（五）农产品安全应急机制缓慢，可操作性不强尽管我国在突发公共卫生事件应急法律法规体系建设方面已经有了很大的进步，但依然存在以下几个方面的问题。