对于突如其来的数万民众，清政府动员了全国的力量，从各地调入了大量的米粮、皮衣、牲畜等物品来帮助土尔扈特人渡过难关。
土尔扈特人在回归的过程中，起程之时正值严冬，夏季才抵达，途中又有俄政府的围追堵截，行进中，蒙古包、帐篷全部丢弃，一路风餐露宿，旅途异常艰苦。往往行至大漠之时，数日没有水喝，遇到水后，又不管水质好坏，尽情狂饮，导致牲畜和人死亡很多。到达伊犁时，深受疾病的侵害。尤其是渥巴锡的部众，由于在前方冲锋陷阵，伤亡很大，患病的也最多。鉴于渥巴锡部众贫病交加的情况，清廷加以区别对待，凡病弱伤残者，约一万余人，一律暂行留在伊犁，安置于伊犁河南岸克特曼、双科尔等地养病，使之免于再受路途颠簸之苦，将尚属强壮、能够坚持行走者迁往斋尔。但这部分渥巴锡部众到达斋尔之后，不幸事件突然降临，乾隆三十六年秋冬以来，天花开始在渥巴锡所属部众中流行，本已很脆弱的生命抵御不了瘟疫的肆虐，许多人因此而丧生。渥巴锡的妻子、女儿、母亲都因患天花而去世。渥巴锡部众出天花者众多，不断有染患者，而痊愈者极少。几个月间因为天花而亡的人已达三千三百九十余人。渥巴锡遭此不幸，乾隆帝很是同情，立即谕令护送渥巴锡等从避暑山庄返回游牧地的户部侍郎福康安加以安抚，并转赏银两要渥巴锡回至游牧地后，用于为其亲人念经超度。渥巴锡离开避暑山庄后，一路缓行，于乾隆三十七年（1772年）正月十二日才返抵其游牧地博湖图，但为避痘疫，并未深入其游牧地，只是住在边缘地带，直至月余之后仍未去探视其幸存的婴儿；所属斋桑等来见，也不准进蒙古包，只是命人传话。也许正是这些防范隔离措施，使渥巴锡逃过一劫而得以幸免。这年年底，疾病和天花再次流行，又有不少人死亡。天花不仅夺走了数千人的生命，而且也使幸存者产生了恐慌心理，包括渥巴锡本人在内的部众都不愿再在斋尔居住，他们希望能有更好的生存环境。
在土尔扈特回归之初，清政府就确定了令其“农牧并举”的方针。但土尔扈特蒙古原本是游牧民族，不谙农事，虽经清廷拨给籽种、农具，挑派绿营兵教习耕作技术，毕竟是一相情愿的事，其耕种者本身并无生产积极性。乾隆三十七年（1772年），渥巴锡部众种下粮食后，也未善加管理，却远牧他处，再加上这年雨水稀少，山水短缺，渥巴锡部众只是作法祈雨，也未找水源引水灌溉，天旱地干，所种作物长势不佳，及至最后，全都枯黄，基本颗粒无收。
为了摆脱困境，渥巴锡多次请求清政府移地放牧，终获批准。经过多次考察，渥巴锡终于选定了水草丰美，气候适宜的珠尔都斯草原放牧。珠尔都斯，是回语星星的意思，其地泉眼如星，因此得名。位于伊犁东南路，纳喇特山与艾尔温根乌拉之间的高位山间盆地，开都河蜿蜒其间，水草丰茂，极宜放牧。乾隆三十八年七月（1773年），渥巴锡率所领土尔扈特南路盟分六队，在厄鲁特兰翎伊斯麻里及熟悉道路的维吾尔族人噶札那奇伯克和买麻特·克里木向导的指引下，向珠尔都斯草原移牧。此前，清政府将原在尤勒都斯草原游牧的和硕特恭格部，移牧于博斯腾湖畔以西以北之地，以便腾出尤勒都斯草原供渥巴锡部游牧。至此，土尔扈特的游牧地基本确定。
渥巴锡所领之地称旧土尔扈特，划分为东、西、南、北四路，设四盟，各立盟长，颁发官印。南路在喀喇沙尔北珠尔都斯草原，置四旗，渥巴锡为盟长；北部在和布克赛里，置三旗，策伯尔多尔济为盟长；西路在精河县一带，置一旗，默门图为盟长；东路在库尔喀喇乌苏一带，置二旗，巴木巴尔为盟长。
舍楞所领之地称新土尔扈特部，游牧于科布多、阿尔泰一带，置二旗，舍楞为盟长。
和硕特恭格部，游牧于博斯腾湖畔，置四旗，恭格为盟长。
上述游牧于新疆的土尔扈特各盟，由哈拉沙尔办事大臣、台尔巴哈台领队大臣、库尔喀喇乌苏领队大臣分别管辖，由伊犁将军总理其事。
新疆维吾尔自治区现存的八颗银印，就是乾隆四十年（1775年）清政府颁发给土尔扈特及和硕特的官印。其中有“乌纳恩苏珠克图旧土尔扈特部卓里克图汗之印”，印文的汉语意思是：忠诚的旧土尔扈特部英勇之王。这颗印是给渥巴锡及其继承者策琳纳木扎勒的。还有一颗是颁发给策伯尔多尔济的“乌纳恩苏珠克图旧土尔扈特北部盟长之印”，还有各札萨克之印。
由于东归，土尔扈特各部民众财产损失极大，人民生活贫困，清政府虽然全力赈济，但一时难以使新归的部落稳定下来。土尔扈特部安置之初，偷盗、抢劫、伤人的事情时有发生，土尔扈特各部秩序混乱，管理困难。面对这种情况，为了保持部族稳定，维持人民生活安定，渥巴锡制定了适合土尔扈特部实际的法规、法纪，于乾隆三十九年（1774年）在部内实行。主要内容如下：
1.健全管理体制，明确管理职责。宰桑管辖的人中，每十户设一名大甲长、一名小甲长统一管理放牧。如有偷盗的，甲长有权力给予处罚，每人每次偷盗行为，罚一头骆驼。甲长要是保护或包庇盗贼，按照情节的轻重治甲长的罪。对属下有偷盗行为的人不予报告，将罢免他的宰桑职务，没收他管理的牧民与和屯，交给其他人管理，并抽打三十鞭，戴枷号令三十天。
2.惩治分赃。和偷盗的人瓜分赃物的人，和盗贼治同样的罪。
3.奖惩分明。奖励检举盗贼的人，假设受到刁难，按照他的意愿，迁移到其他头人处居住放牧。假设有擒拿抓获盗贼的人，则将盗贼的财产、牲畜全部赏给擒拿捉获盗贼的人。
防盗法纪实行后，有效防止了盗窃行为的蔓延，维持了部众生活的稳定。随后游牧在博斯腾湖畔的和硕特部，也制定了法纪十条，并颁布施行，内容基本和渥巴锡颁布的防盗法纪相类同，只是扩大了甲长的权力，并增加了制止部众逃亡的条例。
乾隆三十九年十二月八日（1775年1月9日），渥巴锡因病去世，终年33岁。他在弥留之际，对其部众留遗言说：“安分度日，勤奋耕田，繁衍牲畜，勿生事端，致盼致祷。”乾隆闻讯后，特派乾清门侍卫鄂兰前往游牧处祭奠。4月6日，鄂兰向渥巴锡之续妻宣读乾隆谕旨：渥巴锡自归顺以来，一切甚为恭顺，惊悉渥巴锡之噩耗，殊为恻怜，今按律例，汗之封号令其长子策凌纳木札勒承袭汗爵，并袭札萨克封号，赏银千两厚葬。
渥巴锡的一生十分短暂，但在其短暂的一生中，他始终为本民族的生存和发展鞠躬尽瘁。为达到此目的，他与土尔扈特部人民战胜了难以想象的艰难困苦，承受了极大的民族牺牲，用勇敢和智慧完成万里长征，用生命和鲜血谱写了壮丽的诗篇，终于回到祖国的怀抱。土尔扈特部的东归，是人类历史上的一次壮举。英国作家昆德赛在他的著作《鞑靼人的反叛》一书中曾这样评价：“从最早的历史记录以来，没有一桩伟大的事业，能像土尔扈特人跨越无垠的草原，东返祖国那样轰动世界和激动人心的事。”回国后，渥巴锡又能够顾全大局、审时度势，放弃个人利益，为部族的稳定和祖国的统一作出了历史性的贡献。
对于土尔扈特部的回归，俄国政府一直不甘心。早在1771年4月（乾隆三十六年三月），俄国政府就致函清政府，如土尔扈特部归清，要求清政府送还。乾隆帝回应：这些厄鲁特臣民是大清的子民，过去舍楞逃到俄国，你们也没把他送还，反而接纳安置，已经不尽情理了，现在他们归国，我们不会再把他们送回去的。
理藩院在乾隆三十六年七月四日（1771年8月13日）致俄国萨纳特衙门（枢密院）的咨文中明确宣称：土尔扈特渥巴锡等既不是我大清王朝以武力征服的，也不是我们骗来的，是他们在那里忍受不了你们的剥削和压迫，希望得到我们的恩典，愿意做我们的国民，诚心归来的。这么恭顺归附，我们不能把他们再交给你们。
俄国政府当然不甘心自己的失败，就土尔扈特部回归一事一再和清政府纠缠。1772年，俄国萨纳特衙门又一次行文清政府理藩院，要求将土尔扈特部交予俄方，甚至以武力威胁。理藩院于8月复文，要点如下：
第一，俄政府的来文称，相邻各国，没有收留别国属民的例子，清政府不应收留土尔扈特。清政府回答，土尔扈特渥巴锡等人，于你俄国本来就是不同的部落，也不属于你们国家，他们从我们的准噶尔盆地进入你们国境，但你们对他们的征调烦苛，他们不能忍受，才率众回归。我们的皇上怜悯人民，哪有不接纳愿意回归的人民的道理？
第二，俄国政府要求归还杜丁大尉等 150名俘虏。清政府回复，你国明明知道杜丁大尉等150人已经死亡，土尔扈特那里没有你们俄罗斯人。
第三，俄国政府称，如清政府不满足俄政府的要求，就要用武力相威胁。清政府答复，用武力或者是和平相处，随你们的便。我们清朝大皇帝只想安抚我们的人民，不会轻信别人说什么，如果你们想背弃协约，你们就做吧。
同时，清政府又通知伊犁将军舒赫德和渥巴锡，指出了俄政府来文的“诬枉”，也表示土尔扈特部人民绝对不可能再送给俄国。
土尔扈特部的回归，表现了土尔扈特人对祖国的热爱和认同，回归的计划经过土尔扈特部八位汗王、七代子孙的努力，付出了巨大的代价后终于成功。他们的回归创造了人类历史上的一个奇迹，他们为维护祖国的统一、中华民族的团结作出了不可磨灭的贡献。