乾隆鉴于准噶尔与回部一再叛乱，现在既然都被平服，也应该想个彻底解决的善后办法。以前的称汗称王显然有弊，就是仿照喀尔喀、科尔沁的盟族制度将来也可能有问题。为了全盘改革，乾隆决定建立新的军事管辖制度，将天山南北路直接隶属于中央。在天山以北原卫拉特蒙古地区设一总管伊犁等处将军（简称伊犁将军），总管全疆（包括回疆）军政财经一切事务，下设都统、副都统、参赞大臣、领队大臣、办事大臣、总管等官，分驻各地。南疆的所有大臣也直接受伊犁将军节制。这种军府制的实行，不但进一步加强了新疆地区与清朝中央的关系，也增强了清政府对西北地区的统治与边防。假若我们更深一层地来看，天山南北路的平定至少有以下几点值得注意的事：
第一，乾隆完成了他祖、父（康熙、雍正）两朝“筹办未竟之事”，彻底清除了喀尔喀蒙古生存与青、藏不安的祸根。第二，在军府制的管理下，大力推行屯田政策，并对原住民轻徭薄赋，以致人丁增多，生产发展，改变了全疆以往人烟少、劳力严重不足现象，对当地农工商业的发展大有裨益。第三，内地与新疆的交往增繁，在文化经济方面起了推进作用，在种族融合方面也起了正面的作用。
清朝大学者魏源曾说：乾隆平定准、回之后，从前“烽火逼近畿”的西北边乱，如今“中外一家，老死不见兵革”了。新疆除官田之外，余地听民人自耕，农桑阡陌徭赋如内地。内地土满人满，而西域地大物博，“牛、羊、麦、面、蔬、瓜之贱，浇植贸易之利，金矿、铜矿之旺，徭役赋税之简，外番茶马布缎互市之利，又皆什佰内地。边民服贾牵牛出关，至则辟汉莱，长子孙，百无一反，是天留未辟之鸿荒，以为盛世消息尾闾者也”。
他的赞语应该算是中肯的。
五、四征缅甸
缅甸是亚洲中南半岛上面积很大、人口很多的国家，在中国史书里，汉朝称它为掸国，唐称骠国，宋称蒲甘，元称缅国，明朝才称作缅甸。缅甸与中国是山水相连的邻国，交往也多。元世祖时曾派兵征缅，明代则没宣慰使司羁縻之。清顺治十八年（一六六一），吴三桂等因追捕明桂王永历帝曾统军入缅，缅王后缚献永历帝送清军，吴三桂等后即班师，没有责令缅甸朝贡。
乾隆初年，云贵总督张允随奏请听从内地人民出边开矿。不久有云南石屏州人吴尚贤在缅境开采有成，事业大旺，且得卡瓦部长蚌筑信任，获利甚丰。张允随亦委任吴尚贤为该地矿场首长。吴尚贤与当地首领关系良好，为保护矿场继续经营，便游说蚌筑以厂课纳贡，向中国内属。乾隆十一年（一七四六），卡瓦矿地课银便解送到云南省城，并进呈缅文禀书一纸，请求归诚纳贡。张允随也立即上奏说：
滇省永、顺东南徼外，有蛮名卡瓦，其地茂隆山厂，因内地民人吴尚贤赴彼开采，矿砂大旺，该酋长愿照内地矿例，抽课作贡。
乾隆皇帝后批示“应如该督所请办理”，缅甸一小部的入贡就由此开始了。
吴尚贤劝说蚌筑入贡成功后，他又想游说缅甸国王向清廷入贡。当时缅甸国内局势混乱，土司多有叛乱的，国王奔达拉很想藉着中国的力量来稳固他的统治权，乃同意吴尚贤的建议，因此在乾隆十五年七月，吴尚贤就向云南巡抚禀报称：
缅甸国王奔达拉情愿称臣纳贡，永作外藩。……彼国大臣一员、头目四人，象奴夷众数十人出境过江，于四月已抵边界，请代奏。
云南巡抚图尔炳阿立即将吴尚贤的禀文与缅甸国王的贡表一起呈送中央，向乾隆报告。皇帝得报后，相当高兴，同意缅王请求，并派官员伴送缅使来京。乾隆十六年六月，皇帝在太和殿接受缅使朝贺，赐以筵宴赏物，缅使一行于十月返抵云南。
中缅正在建立朝贡关系之时，缅甸内部突然发生大动乱，缅王奔达拉先被得楞部酋长杀害，而另一木梳部长瓮藉牙则乘势起兵，统一了大部长缅甸，只有少数如贵家（一称桂家）部等与他对抗。贵家是明末随桂王逃亡缅甸的一些贵族后代，他们据波龙等处采银矿，自成一部。贵家的首领宫里雁后来被瓮藉牙击败，窜居到云南边境。瓮藉牙的次子懵驳相继统一缅甸各部，成了国王，他为扩展势力，派兵扰掠云南普洱府一带的土司，使清朝云南边境时受侵凌，很不安定。
吴尚贤本来是个“无籍细民”，自从开矿富有，又为朝贡关系牵线成功后，变得胆大妄为起来，颇为云贵疆吏所不喜。总督硕色就说他“言貌举动粗野无知，终非安分之人”。随缅使入京后，在归途又因“望泽未遂，时怀怅怏”。不久在硕色等人搜证下，认为他“侵肥人己”，“乖张僭越”、“霸占别人产业”等罪，将他拘禁，吴尚贤最后“在监病故”。
乾隆三十年（一七六五）十月，缅兵在九龙江一带骚扰，云贵总督刘藻即调兵防御，主动出击。由于军队缺乏训练，三路兵丁均告败绩，尤其何琼诏部，行军征伐途中竟将兵器捆载行装，将弁徒手散行，以致惨遭缅兵痛击，全军不战自溃。但是三路总兵刘德成竟谎报战绩，刘藻又不作调查，为邀功立即进呈皇帝，声称破缅军大营七座，并将在普洱府迎战缅兵等语。皇帝后来发现刘藻所奏的情况不实，而常以书生之见，办事错谬极多，官兵忽调忽撤，全无纪律，于是降旨将刘藻革职，留滇效力，所有因调兵不合定例糜费的银两，全由刘藻补赔。刘藻见缅事难办，又多次被皇帝降旨责斥，心绪大坏，寝食难安，乃于乾隆三十一年三月初三日夜在公馆内自刎，留书：“君恩难报，臣罪万死，快请常巡抚……”。刘藻死后，皇帝命杨应琚继任云贵总督。杨总督运气不错，他刚到昆明时，正值缅甸境内瘴疠大作，缅军渐次从边界退却。清军也乘机攻取了孟艮、整欠、车里等地，随着普洱边外地区的平定，杨应琚派出官兵正经界、集流亡、厘户口、定赋税，使地方恢复安定。皇帝知道这些事实之后，非常高兴，下令加恩边地土司豁免钱粮，以表示优恤之意。
杨应琚已完成了分内工作，但是不久之后他竟误听腾越副将赵宏榜的煽惑，以为缅甸首领势力孤单，容易征服，决定兴兵征缅。尽管不少属下官员劝告“边衅不可轻开”，但他却不予采信，并向皇帝奏报缅甸可攻取，并说有些土司怨缅王残刻，情愿归附。皇帝以为“杨应琚久任封疆，夙称历练，筹办一切事宜，必不至于轻率喜事，其言自属可信”。不过乾隆也带着几分保留地说：“倘必须劳师筹饷，或致举动张皇，转非慎重边徼之道。”指示杨应琚“务须详审熟筹，其于妥善，以定进止”。杨应琚显然没有经过长时间的“详审熟筹”，他接到皇帝的谕旨后，便向皇帝保证似地说：他断不敢邀功，但也“不敢坐失事机，不敢轻举妄动”。乾隆觉得很稳重实在，特别传旨嘉奖了他。
杨应琚得到皇帝允准后，便开始了他的军事行动，先派人传说缅方，说他已调集精兵五十万，大炮一千门，随时可以发动战争，缅甸各土邦，不降的即予征讨，他想以此来震慑缅人。清军入缅境顺利地进据蛮暮、新街等地，但不久缅甸国王集军数万人反攻，而清军仅有三千人应战，副将赵宏榜先在新街失利，大败退兵，响应清军的土司也随之人云南境内避难。杨应琚得前线兵败报告后，痰疾发作，他向皇帝报告了病情，但没有真实陈述战况。皇帝还关心他的身体，调两广总督杨廷璋去云南暂带军务，并派杨应琚长子江苏按察使杨重英去云南探视父病并为监军，分担他父亲的事务。皇帝又让乾清门侍卫、大学士傅恒之子福灵安带着御赐的十香返魂丹、活络丹等大内珍品与御医去云南为杨应琚治病，皇帝对他的关怀重视，可谓无以复加。当然乾隆也暗中命福灵安在当地了解军情，回京时据实详报。
不久，杨应琚病愈，调集士卒一万四千余名，分路出击，不幸在楞木、宛顶等地均遭败绩，并受重大损失。杨应琚却向皇帝谎称大捷，杀缅兵近万人，并说缅甸有兵头来营，恳请罢兵归降。他想以与缅甸议和来弥补此前的一切谎报。他并向皇帝表示缅人“愿效臣服，似可宥其前愆，酌予自新之路”。然而乾隆在不久后即接到福灵安等人的奏报，知道缅甸乞降、前线胜仗、杀敌万人等等，都是虚妄不实之语。绿营兵多畏缩不前，而杨应琚驭下姑息，不察虚实，实属欺罔。乾隆了解实情后，大为生气，下令革杨应琚大学士与云贵总督职务，逮捕人京，廷讯后命令他自尽。其他云贵一带有关于杨应琚一同造假欺罔的官员，都逮治论死。这是乾隆朝第二次征缅之役的大概情形。
乾隆三十二年三月，皇帝重新任命满族名将明瑞为云贵总督，决心与缅甸作战。他在一份谕旨里说：
蛮暮、新街等处既已纳降，并遵定制剃发，即成内地版图，皆为中国版宇，两处附降人民，即同内地人民，自当加意保护。木邦、整欠、整卖等处，前此恳请内附，并请我兵保护，焉能还与缅甸，听其欺凌！
皇帝还特别强调说：
……缅匪侵扰内地，则必当歼渠扫穴，以中国威，岂可遽尔中止？且我国家正当全盛之时，准夷、回部皆悉底定，何有此区区缅甸而不加剪灭乎！
由此可见，前两次清军攻缅，多因总督邀功，尤其是杨应琚抵达云南履新时，普洱边外事态已经平静，可以不必用兵，若能善自清理疆界，亦能保卫边疆。但他冒昧喜功，又缺乏对缅甸的认识，致遭败绩，自身亦致凶终。此次皇帝任命明瑞督师，完全出于主动，大有一雪前耻之意。
明瑞于三十二年五月抵达云南，除了解军事情况并调整部分官员外，八月间他拟定好了三路出兵计划，一路由他亲自率领，向木邦前进；一路由都统额尔景额带兵，攻向猛密；另一路由领队大臣观音保指挥，作为互为声援的中军。不过在出发的前夕，明瑞又把观音保一路划入他自己的一路，简化为两路出兵。九月二十四日明瑞等统兵出征，天下大雨，三昼夜不绝，人马都在泥潦中渡过，“饥且冷，多疾病，糗粮而尽失”，真不是好兆头。十月十八日明瑞一行抵木邦，缅兵早已弃城而去，明瑞派珠鲁讷带五千兵留守，令杨应琚长子杨重英等人管印务粮饷，明瑞则率兵深入，希望能直捣缅甸国都，打败缅王。
明瑞乘胜渡锡箔江至蛮结，该地缅兵两万，立木为栅，栅外有深壕，又“列象阵为伏兵”，木栅共有十六座，相互为应，“不但山势峻险，兼深林密箐，并无可通之路”。明瑞英勇督战，“身先陷阵”，右眼遭敌枪伤，“几殒”，“犹指挥不少挫”，终于连破栅垒，杀敌二千多人，缅兵逃散，是为蛮结之捷。但是经此战役，随行将官观音保等认为不宜再深入，因兵疲粮乏，不如先回木邦，“整旅再进”。明瑞不从，反责诸将怕死，于是继续进兵，不料在前往目的地阿瓦途中，向导无人，迷失道路，明瑞一军到了人疲马乏、水土不服、“势不能进”的境地，而北路军额尔景额的情形又一无所知，面临危急状态。
额尔景额一路进兵到猛密北面的老官屯时，被缅军所困，他也因“幽恚”而死，他的军队九千人于是就由额勒登额统领。
乾隆三十三年初，军情发生不利的变化，缅甸攻占锡箔，又打进木邦，参赞大臣珠鲁讷自尽，数千绿营兵或逃或死，杨重英被俘。云南巡抚鄂宁七次檄令驻守旱塔的额勒登额援救木邦，正如要他出兵支援明瑞一样，他却全无反应，甚至后来还退兵入内土司地区，以保安全。明瑞至此与内地联系完全隔绝，只得孤军奋斗。二月初七日，明瑞率军行至猛腊地方，缅兵数万人截断去路，他下令在山顶扎营七处，迎战四面来攻的缅军。此时额勒登额仅离明瑞二百多里，竟不听皇帝谕令派兵来援。明瑞等在人伤粮缺的情形下，仍拚命拒敌，直到初十日，见形势大坏，乃率将领与巴鲁图侍卫数十人及亲兵数百殿后，命诸军乘夜退去。后来扎拉丰阿阵亡，观音保以遗矢刺喉自尽。明瑞身负重伤，竭力疾行二十多里，至小猛育，“乃从容下马，手截辫发，授家人使归报，自缢于树下，家人木叶掩其尸而去”。由于明瑞等将领视死如归，掩护了突围的兵士，总兵哈国兴、长清及不少满汉兵丁，才能突出重围，安抵宛顶。第三次征缅之役也就这样以惨败收场。
皇帝对明瑞的死非常难过，也感到自己有责任。他说过：“若在额尔景额病故时，即令阿里衮前往统师，即不能进取阿瓦，亦必能应援明瑞。”因此皇帝对按兵不动的额勒登额痛恨万分，后来乾隆下令将锁拿来京的额勒登额凌迟处死，其父云代与其亲叔弟侄等都照大逆缘坐律拟斩立决，谭五格也因为不出兵被处斩，由此也可以看出皇帝对明瑞之死的震悼之情。
乾隆三十三年二月二十八日，皇帝降谕授大学士傅恒为经略，阿里衮、阿桂为副将军，舒赫德为参赞大臣，增兵增粮，再征缅甸。
在筹集兵马粮草期间，舒赫德等人曾以山多路远，缅人熟悉地形以及缅甸未敢侵犯内地种种理由，上书建议息兵，派人招降缅甸。皇帝严饬“荒唐无耻，可鄙可怪”，并将他革去尚书与参赞大臣职务，改赴新疆乌什任办事大臣。另外，在三十三年六月初，缅甸有使者来书谈和，强调以往都是“土司从中播弄，兴兵战争”，希望能准许他们“循古礼，赐贡往来，永息干戈”。乾隆也认为缅甸人“甚属狡猾，殊难凭信”，因而不予接受。