随着《四库全书》的纂修工作的开始，好大喜功的乾隆皇帝不但经常关心工作，而且对修书的计划愈改愈大。例如在开馆之初，决定纂修的只全书本身，最多加一份总目。后来皇帝认为全书卷数太多，一时难以编成，而且将来修好后也是内容过多不易翻阅，所以下令“撷其英华”先编成一套《四库全书荟要》。乾隆三十九年又命编《四库全书简明目录》一种。四十一年再决定增修《四库全书考证》一书。增加这几种副产品，皇帝是为“嘉与海内之士，考镜源流，用昭我朝文治之盛”的。另外，《四库全书》修成究竟要缮写几份？早期皇帝只想到皇家的图书馆，所以命令缮写四份，分别存在北京紫禁城、圆明园、承德避暑山庄与沈阳故宫四地。后来为了满足社会需要，也满足他的喜功心，下令再抄录三份，分别收藏在扬州、镇江与杭州三地，让这些“人文渊薮”之地的读书人能“就地观摩腾录”。全书份数的增多与副产品的增修，都是费钱又费力的事，也只有在乾隆统治下的当时，才能顺利完成这项中国文化史上的壮举。
《四库全书》是中国古代重要典籍整理与重新抄录的大工程，书中分经、史、子、集四大部，四十四类，共收录图书三千四百六十一种，七万九干三百零九卷。存目则有书籍六千七百九十三种，九万三千五百五十一卷。总计一万零二百五十四种，十七万二千八百六十卷。可见存目的书比收录在全书中的要多出一倍略多，共六千多种，被清廷这次“消失”的图书数量实在也是多得可观的。尽管如此，《四库全书》仍是中国古代思想文化遗产的总汇，内容包罗宏大、丰富浩瀚是毋庸置疑的。全书修纂的时间从乾隆三十八年开始到五十二年全部竣工，前后历时十五年，而动员的专家学者等共计三百六十多人，其中纪昀（晓岚）是出力最多的一位，他从头到尾参与了工作，全书的体例与文字多是他主持制定、加以润色与统一的。尤其是《四库全书总目提要》二百卷，他的贡献更多，他把著录在全书里的三千多种书籍以及未著录而存其书目的六干多种书籍都作了介绍和评论，简要地叙述每部书的内容，评述其优劣得失，探讨其学说源流与版本同异，实在是有益于读书与治学人的实用书，难怪大学者阮元说：
高宗（乾隆）纯皇帝命辑《四库全书》，公（纪昀）总其成。凡六经传注之得失，诸史记载之异同，子集之支分派别，罔不抉奥提纲，溯源彻委。所撰定总目提要，多至万余种，考古必衷诸是，持论务得其平。
《四库全书》以及《四库全书总目提要》的内容与价值在这寥寥数语中，似乎可以窥知梗概了。
《四库全书》修成之后，分别珍藏在“内廷四阁”（紫禁城文渊阁、圆明园文源阁、避暑山庄文津阁、沈阳故宫文溯阁）与“江浙三阁”（扬州文汇阁、镇江文宗阁、杭州文澜阁），由于外省各地读书人可以到江浙查阅参考，对学术研究的推动与发展贡献良多。就收集资料与修书而言，也是自西汉以来政府组织的历次整理图书文献事业中，最有意义、最具影响的一次活动。
不过这七处收藏的《四库全书》，不到一百年间就有三处毁于兵火了。圆明园的毁于英法联军之役，扬州与镇江的则在太平天国期间被烧毁。连藏在翰林院里的一份底稿也在八国联军入北京时被化为灰烬，实在是不幸的事。不过在二十世纪中期，带到台湾收藏在台北故宫博物院的文渊阁藏本由台湾商务印书馆复印成书，使这套空前绝后的大丛书能呈现在各大图书馆中。后来大陆又出版了纸印本与光碟，四库资料更便利于学界及一般人利用，真是大功德之事。
《四库全书》的出版以及这一大丛书的在江浙地方公开使用，确实是意义重大，而且影响深远的。先从该书的内容来说，它除包含了《永乐大典》、清宫原先收藏图书与武英殿刻本等资料外，又从江南征求到大量的遗书，而且不少是收藏家们几代珍藏的善本，甚至是失传数百年的海内孤本，现在都因《四库全书》的问世，得以重现人间，委实难得。其次，在修纂全书的过程中，由于主事者都是饱学之士，他们把收集来的资料作了有系统的分门别类，并反复地校勘、考证，把原书中的错误改正了，缺文增补了，这些整理工作若不是政府出面主持推动，根本无法做到。还有一点更重要的是，自从全书在南方公开之后，民间学者便利用该书作学术研究，不久之后他们就有了具体的成就。如在经学方面，把历代学者对汉代以来经学家的误解与歪曲解释清楚了，并在钩考汉儒经学真义时作出了新的看法，尤其把清代人对经学研究的成果汇集在一起，供后人参考，这些贡献都是对后人有大助益的。在史学方面，由于资料的增多，学者们扩大了研究的范围，提高了史学的地位；尤其是对古代历史拾遗补缺，考证发明，作了很多有用的工作，为后世治史者搭起了津梁，开辟了新路。其他在文字、音韵、校勘、目录等等学问方面，学者们也因利用了《四库全书》而有了丰硕的成果，不但制作出了很多的专书与工具书，同时也让各该学科有了显著的地位，终于成为独立的专门学问。总之，清代学者能在笺释群经、搜补史料、辨证伪书、搜辑佚册，同时又能在文字、训诂、音韵、算学、地理、金石、方志等学科中做出创见发明，实在多少是与《四库全书》的公开流传有关的。
然而，乾隆皇帝也不是“为学问而学问”纂修《四库全书》，他让一批御用学者为他做这套大丛书的工作是有其政治目的的。以下几点，也许可作说明：
第一，儒家唯一正统。乾隆知道要统治汉人，不能不崇儒，因此《四库全书》的编纂也以崇儒为基调。儒家的开山老祖是孔子，所以全书“以孔子之是非为是非”。儒家的经书也被编纂人高度重视，因而全书极力排斥各种异端思想，纪昀等人更不隐讳地说：
今所采录，惟离经叛道者、颠倒是非者，掊击必严；怀诈挟私、荧惑视听者，屏斥必力。
尽管全书中也包容地收录一些别家“阐明学术”的文章，但儒家经典的书“甄录最宽”，总数高达六百多部，占全部著录书的五分之一，可见儒经被抬高到了显赫地位。其他科技、手工业、道佛与西洋宗教之书，被收入全书的寥寥无几。从比例上看不但有着重经轻艺的失调缺陷，同时也明确地透现了全书是配合崇儒国策而修纂的。如果我们再深入一点观察，皇帝当时所崇的儒是汉儒不是宋儒，是汉学不是宋学，程朱之学在《四库全书》里显得失去光彩而式微了。在全书里我们可以看到不少地方批判理学，例如理学是以一个“理”为核心的哲学逻辑结构，全书则认为“执一理而该天下之变”是不当的。纪昀等人以“气外无理”、“理外无气”来责难宋儒的“理先气后”、“理为气本”的理气一元论。理学家又以“穷理”为主，竭力关注“修身养性”与“性尽至命”。程颐说：“凡学之道，正其心养其性而已。”朱熹则说：“曾子之学专用心于内，故传之无弊。”把他们的学问推演下去会发展成正心诚意为“国治安民之本”，这也是理学被不少君主尊崇的原因。《四库全书》则认为性理空谈悖背于儒家的人世实用传统；至于理学强调的“存天理，遏人欲”的泛道德主义的理想，全书也予以批判，认为不近人情，而应该恢复古代儒家具有人情味的“礼”传统才对。朱熹是宋朝理学的大领袖，全书当然不能放过他，认为“晦庵（朱熹的号）一集律天下万世……非千古之通论也”，反对以朱熹一家之言，笼盖天下学术文化。总之，皇帝厌恶程朱理学，全书也反对宋儒理学，而独尊汉学。
第二，皇权至上。《四库全书》修纂期间，乾隆不但亲定收录图书的标准，而且有时还干预编纂的工作。例如他几次下令要馆臣们对所收录书的内容仔细清理与审查。唐宋以下，特别是明末清初的史料与史书，其中如有“违碍悖逆”的文字章节，具有民族思想以及反清意识的叙述，全部予以销毁，不能收录。即使是名著如顾炎武的《日知录》，纂修馆臣认为是“学有本原，博瞻而能贯通”的佳作，但是书中原有以“素夷狄行乎夷狄”、“胡服”、“左衽”等等用字用词，又有其他一些尊称明朝或行文中有“夷”、“贼”、“胡”等称呼的，乾隆也谕令将它们改易，无法改易的则干脆删除销毁。当然清朝皇帝们“钦定”、“御制”、“敕撰”的书全部收入，皇帝们的圣训、庭训、诏令等文字，充塞在“圣义”、“圣谟”等部分了，借以宣扬大清得国之正与帝王们的圣德、圣学之伟大。
第三，传统天朝观念。《四库全书》中有一个明显的事实，就是以天朝观念去审视西学。尽管编纂们承认西洋科技是一种“精密有据之术”，甚至说“其制器之巧，实为甲于古今……皆裨益民生之具”，但是对西学传来的目的却以为“欲借测之有验以证天主堂之不诬”，用心是可议的，而且沿用明末徐光启与康熙等人的说法，强调“西学中源”。《明史·历志》说，“尧时宅西居昧谷，畴人子弟散人遐方，因而传为西学者，固有由矣”。这种固步自封、至尊至大的文化观念，其根本就是来自天朝心态。对于西洋科技尚且如此，对西洋宗教则更是严加指责了，比如说“其议论夸诈迂怪，亦为异端之尤”。更有趣的是，全书的编纂人与审查人乾隆皇帝也认为天主教是从佛教变幻而来，所谓“天堂地狱之说与轮回之说相去无几，特小变释氏之说，而本原则一耳”，或是“盖西方之教，惟有佛书。欧罗巴人取其意而变幻之，犹未能甚离其本”等等。这些说法是对西洋无知的表现。不过，当时担任全书编辑的权威学者们总相信无论是佛教或是天主教，它们都不是中国意识形态的正统，都不是皇帝喜欢的，因此说天主教“欲人舍其父母，而以天主为至亲；后其君长，而以传天主之教者执国命。悖乱纲常，莫斯为甚，岂可行于中国哉！”当然有关西洋很多书，特别是宗教有关的书，都被排除不录了，最多有些于民生有益的天算方面的书，准予抄入四库，这就是“节取其技能，而禁传其学术”。这种说法，充分反映了中国传统的天朝心态。
以上几项也许可以说明《四库全书》修纂的政治用心了；但是更大更可怕的是在修书前后销毁了为数可观的中国古代图书文献，据说“初下诏时，切齿于明季野史。其后，四库馆议，惟宋人言辽金，元明人言元，其议论偏谬尤甚者，一切拟毁。……”按照专家估算，当时销毁的各种图书总数在三千种左右，六七万卷以上，几乎和收录在《四库全书》中的数量相等。这次毁书与秦始皇的焚书一样，同是中国文化史的浩劫，也使乾隆朝文治消减了不少的光彩。
三、惨烈的文字狱
乾隆皇帝除了销毁“违碍”的图书，窜改古人作品中不利于他统治的文字之外，又大兴文字之狱，以达到消灭异己人士与钳制思想的目的。文字狱就是在作家的出版品或论著中找文字上的麻烦而定罪，甚至是些望文生义的，或任意罗织的文字罪状。文字狱不是清朝首创的，在中国专制政体下早就有文字狱案了。史学家司马迁与魏收等人都是文字狱案的受害者，专制皇帝常用这种方法来震慑官员与知识分子。不过文字狱发展到清朝，变得更为残酷激烈了，受害者不仅是当事人，家族与关系人有很多都会被牵连上。而且又形成一种告讦之风，很多人为了报私仇或谋私利而告发别人造成文字大狱。更不幸的是，文字狱多了，被杀的人多了，读书人不敢写时论相关的文章，特别是与民族有关的文字，这样使得人民思想受抑制，乾隆朝的情形正是如此。
乾隆即位后，一度因为标榜中道，造就自己宽仁的形象，曾经对思想文化界采取过比较宽松的政策；但是后来为了打击朋党，特别是鄂尔泰与张廷玉两党人士的斗争，皇帝开始借孙嘉淦奏稿案与胡中藻的《坚磨生诗钞》案，以文字的缘由整肃思想、震慑官员了。到乾隆三十年代之后，更因强化专制，伸张皇权，大兴文字狱案，无论是择词不精、引用不当，或是无意发出牢骚抑郁，甚至连文墨都不通的人，一经告发，都被定罪，有些还弄得家破人亡，惨烈的情形超过前代。知识分子生活在浓重的恐怖气氛中，而君主的专制淫威高涨到了极致。乾隆朝的文字狱为数在百件之上，不能一一列举，现在分几类略述如下：