然而，命运却偏偏和王锡侯作对。《字贯》并没有换来他梦寐以求的名誉和金钱，却招来了杀身破家的惨祸。乾隆四十二年（1777年）王锡侯的同族本家王泷南到知县衙门告发王锡侯编撰的《字贯》“狂妄悖逆”。王泷南是个不安分的光棍，多年前曾因唆讼而问徒发配，后偷偷从配所逃回原籍。那时王锡侯血气方刚，好打抱不平，就告到官府，把王泷南拿获重又解配了。事隔多年，王泷南遇赦还乡，寻机报仇。这时王锡侯老了，早没了昔日的锐气，家里高悬自书的一副对联——“莫倚英豪常带侠，须知大智每如愚”，就是用以警戒自己的。但王泷南却旧恨难释，如何能放得过他？从乾隆三十九年开始查办禁书，王泷南就意识到机会来了。要想将王锡侯整个死，最爽利的法子莫过于检举他撰写、刊刻逆书，而王锡侯已刊各书中，《字贯》的辫子最好抓。《字贯》前有王锡侯写的自序，叙明何以编撰该书时，先颂扬了一番《康熙字典》如何如何好，接下去笔锋一转，话就说得不那么得体了：“然而穿贯之难也！今《康熙字典》所收四万六千字有奇，学者查此遗彼，举一漏十，每每苦于终篇掩卷而仍茫然。”这是对《康熙字典》不加掩饰的贬损，而这部字典是康熙皇帝“御制”的，王锡侯如此一说就可以引伸为有意贬损康熙皇帝。王泷南就咬住了“穿贯之难”这句话，告王锡侯“狂妄悖逆”。新昌知县见告发逆书，不敢耽延，立即禀报上峰江西巡抚海成。海成调取《字贯》原书，先命巡抚衙门的幕友们检查。检查到该书序言，果如王泷南所举首的那样。但幕友们很正直，他们向海成解释，王锡侯如此说乃属“狂妄不法”，不能构成“悖逆”，王泷南在呈状中说“愿为圣祖（康熙皇帝）抱告”，此话显有慢渎不敬之意，亦不便姑容。海成交代将这番意思写成奏折。当年十月初，海成将缮具的奏折派专差驰送京城，向皇帝作了全面的奏报。他建议将王锡侯革去举人，以便审拟，同时将《字贯》一部四十本粘签，恭呈御览。
不料一经“御览”，乾隆便勃然大怒。当他翻阅到该书第十页时，见“凡例”内“将圣祖、世宗庙讳及朕御名悉行开列”，于是断定“此实大逆不法为从来未有之事，罪不容诛！应照大逆律问拟”。乾隆之所以大怒，主要是对海成而发。《字贯》的“悖逆”开卷即见，如此明显，海成竟说它“无悖逆之词”。十月二十一日命军机大臣传谕海成，骂他“双眼无珠”，骂他“天良尽昧”，又命他将逆犯王锡侯迅速锁押解京，交刑部严审治罪。就这样，王锡侯《字贯》案由妄行著书的一般案件一下子升级为钦办的特大逆案。
问题究竟是否像乾隆说得那么严重？所谓“庙讳”、“御名”云云，是指康、雍、乾三帝的名字——玄烨（烽）、胤禛和弘历（厝）。在当时，行文中凡遇到这几个字都不准直书，而要“避讳”，如“胤禛”写成同音字“允正”，“弘历”则缺笔，写成“弘厝”。如必得书写皇帝的名字怎么办？也有变通的法子：如“胤禛”可作如下表示：“讳上一字从丿从乱，下一字从礻从真”。固然麻烦一点，但臣民必须一体遵守，否则便犯了“讳”。王锡侯不是不懂临文避讳，他是好心，怕年轻的士子不懂，所以在《字贯》的“凡例”中将庙讳、御名照原字直书，提醒人们别犯错误。这且不说，就是真的不留心没有避讳，也不见得治罪，更谈不到什么“大逆不法”。乾隆即位后就一再降旨声明：“避名之说，乃文字末节，朕向来不以为然。”乾隆二十二年（1757年）原布政使彭家屏赐令自尽，罪状之一是他撰写的族谱《大彭统记》遇庙讳、御名皆不缺笔。乾隆说：“朕自即位以来从未以犯朕御讳罪人，但彭家屏历任大员，非新进小臣及草野椎陋可比。”四年以后，江苏查出沛县监生阎大镛《俣俣集》中有不避庙讳之处，乾隆也说“虽其不避庙讳，犹可云村野无知”。由此可见，犯讳固然是不允许的，但是否治罪，有很大的伸缩性和灵活性。在王锡侯《字贯》案之前尚无任何一个“草野椎陋”、“村野无知”因没避讳而被治罪。即使如彭家屏那样的省级大员，也止于“赐令自尽”而已。《字贯》这部书刊刷后在各省流布了两年之久，从未有人指出它在“避讳”上的“大逆不法”；王泷南不择手段欲置仇家于死地，却没去作王锡侯犯庙讳、御讳的文章；并非漫不经心、“双眼无珠”的巡抚海成让“悖逆”“开卷即见”的《字贯》漏掉了。这一切都表明，一个乡曲小儒出于好心而将“庙讳、御名悉行开列”，本不是什么大不了的事，犯不上大动肝火。
然则，乾隆一定要借避讳的小题目把《字贯》案打成“从来未有”的特大逆案，个中奥妙究竟何在呢？这就要从当时查办禁书的政治背景中去寻找答案了。
查办禁书是从乾隆三十九年（1774年）八月通谕全国正式开始的，但这件事在乾隆却蓄谋已久了。所谓禁书，即对清朝统治不利的诸种书籍的统称，其中明末清初的野史、清初具有民族气节的明遗民的诗文集，最为乾隆所关注。康熙宽文网之禁，不少禁书都是那个时候刊行的。例如，顾炎武的诗文集中记了庄氏《明史》案，记了自己如何以死相拒参与官修《明史》，他的“北去（原抄本作“红装”二字）三百舸，舸舸好红颜”之类的诗句，更是对清初满洲贵族在征服江南时所犯暴行的无情鞭挞。王夫之的民族情绪较之顾炎武犹有甚者，他在《读通鉴论》中说，天下之大防有二，首先就是“华夏”和“夷狄”之防。在他看来，“夷狄”乃“异类”，“歼之不为不仁，夺之不为不义，诱之不为不信”，这简直在公然号召汉族人民起来造满洲的反。然而，像顾炎武和王夫之这样的“胜国遗民”的著作都在康熙中结集出版了。此外还有在当时政治上极为敏感的记述明清鼎革之际的现代史作品，如季六奇的《明季北略》、《明季南略》成书于康熙十年（1671年），温睿临的《南疆逸史》成书于康熙四十年（1701年）。雍正时文字狱搞得很厉害，但并不热衷于焚毁书籍，甚至连发挥“华夷之别”的吕留良的作品都明谕不必销毁。乾隆则大不然，他这个人特别害怕书籍对人民思想的影响。到他当政时，清朝定鼎中原快一百年了，一代“胜国遗民”早已物故，汉族士大夫和读书人作为一个整体，已承认了满洲皇帝对中国的统治。但乾隆不放心，他总觉得只要有反对清朝或不利于清朝的书籍在，就还会产生新的一代敌视清朝的分子。所以他抓了诸如彭家屏收藏明末野史案、段昌绪藏匿吴三桂反清檄文案、齐周华逆书案，以至下令查禁、销毁钱谦益的诗文集，等等。但这样地零敲碎打，毕竟不是个彻底解决的办法，为了大清江山的长治久安，乾隆一直在寻找一条釜底抽薪、一劳永逸之计。
乾隆三十七年（1772年），他终于想出了掩人耳目的巧妙办法——征集图书。这一年正月颁发了在全国范围内“搜辑古今群书”的诏令，表面上说是为了“稽古右文”、“嘉惠士林”，其实是想借此将一切对清朝统治不利的禁书摸清，然后统通收集起来，劈板烧毁。当然这个引蛇出洞的妙计不便在煌煌谕旨中明说，但对重点查缴禁书的江浙两省的满洲大吏却不能不事先透露些许，让他们思想上早有准备，提前部署。闽浙总督钟音陛辞回任路过江苏时，奉旨向两江总督高晋和江苏巡抚萨载秘密传达皇上口谕：“少有忌讳之书，令臣等一体留心查办。”这些皇帝最亲信的奴才在全面征集图书的名义下细心搜剔所谓的禁书。两年多过去了，书籍征集得委实不少，光浙江一省就有四千五百二十三种。但乾隆一看，他心中要“征集”的那些“少有忌讳”的禁书却寥如晨星。看来草野愚民精得很，他们似乎窥破了皇上的真意，一齐来捉迷藏。这中间为了让家有藏书的汉人解除顾虑，乾隆一再信誓旦旦地向天下臣民表示：“朕办事光明正大，可以共信于天下。岂有下诏访求遗籍，反而在书中寻摘瑕疵，罪及收藏之人？”为表示“稽古右文”、“嘉惠士林”的诚意，乾隆确也开始了纂修《四库全书》的扎扎实实的工作。不过，这一切效果还是极其有限。眼看着如意算盘落了空，乾隆索性摘下了重视学术文化的伪装，将搜访遗籍一下子改为查办禁书。
乾隆三十九年八月初五降下一道严旨，蛮横无理地说为什么各省进呈的一万多种书籍中竟然没有“稍有忌讳之书”？岂有这么多的遗书中“竟无一违碍字迹之理”？况且明末野史甚多，其中“必有抵触本朝之语，正当及此一番查办，尽行销毁”。在此谕末尾，乾隆以严厉的口吻宣布：“若此次传谕之后，再有隐讳存留，则是有心藏匿伪妄之书，日后别经发觉，其罪转不能逭，承办之督抚等亦难辞咎！”图穷匕首见。乾隆在一切伎俩均告失败的情况下，到底揭开了冠冕堂皇的骗人盖子，露出了征集天下群书的险恶用心。
然而，严旨催逼比设计诱惑的效果并不见佳。最使乾隆伤脑筋的是，查办禁书在江浙等省进展极为缓慢。他逐渐意识到，查办禁书的谕旨之所以贯彻不下去，首先是各省督抚漫不经心，并不实力查办。进入四十二年以后，乾隆就伺机制造一起大案，藉以在封疆大吏们的背上击一猛掌，使这些糊涂的家伙惊醒起来。江西巡抚海成没有看出王锡侯触犯庙讳、御讳，把一部“大逆不法”的书籍从眼皮底下漏掉了，正好拿来当坏典型。至于说王锡侯的犯讳能否算得上“悖逆”，这是次要问题。眼下既需要重治海成，就只能先把《字贯》打成“从来未有”的“大逆不法”。如果说王锡侯冤枉，那么海成的冤枉也不在王锡侯以下。
海成是旗员，胸无点墨，但对查办禁书却格外热心。到乾隆四十一年年底，江西省已查缴禁书八千余部，列全国各省之首。海成的办法很绝，为使查办禁书的诏令深入穷乡僻壤，他命令各州县把地保召集起来，训练一番后，再让他们挨家逐户去宣讲。无论全书还是废卷，统通呈缴，由官府付给缴书者一倍的书价。对这个创造乾隆很欣赏，通谕“各省仿而行之”。对这样一个亲手树立的典型，为什么又很快把他打翻了呢？乾隆也有自己的考虑。十月二十三日通过军机大臣给包括海成在内的各省督抚发出一道廷寄上谕，指责海成未将《字贯》“早为查出”，“可见海成从前查办应毁书籍原不过空言塞责，并未切实检查”。这无异于告诫各省督抚，像海成这样查办禁书的“模范”尚且“空言塞责”，你们该吸取什么教训？这样一来，对海成的处理自然越来越严厉。在短短两个月间，先是“传旨严行申饬”，随即“交部严加议处”，继而“革职交刑部治罪”，步步升级，直至刑部拟斩立决，乾隆帝觉得火力够了，下令从宽改为斩监候，秋后处决。
海成是查办禁书运动以来第一个被判处死刑的方面大员，乾隆并不讳言拿他开刀的目的，谕旨说，严惩海成，是“使封疆大臣丧良负恩者戒”！封疆大臣中，首当其冲的是两江总督高晋，《字贯》案发，他受到的惊吓不下于海成。两江下辖江苏、江西、安徽三省，作为海成的上司，高晋亦难辞失察之咎。再者，总督所驻之江宁地近江西，所以严旨责问高晋：“江宁省城与江西省相隔不远，该逆犯初刊《字贯》之本断无不传行至江宁之理。高晋等此次查办应毁书籍，何以尚未将此等大逆之书列人？”高晋最后受到了降一级留任的处分。由于乾隆有意借《字贯》案推动查办禁书，所以有关这一案件的每道谕旨除寄两江之外，同时也寄发各省督抚。各省督抚自然从中吸取教训，查办禁书不止查明末清初野史之类的旧书，而且也要查如《字贯》这样现在刊行者。如果仍如过去那样“空言塞责，并不切实检查”，海成便是前鉴！
了解了《字贯》案发生的政治背景，就不会把它看作一起孤立的文字狱了。王锡侯不过是查办禁书这场浩劫的第一个牺牲品。乾隆四十二年十一月二十三日，王锡侯被押解到北京，投入刑部大牢。案情极为简单，没有什么好审讯的，到二十八日，大学士、九卿会同刑部就把这件特大逆案办完了。他们遵照皇帝早已定下的调子，请旨照大逆律将王锡侯凌迟处死。他的子孙、弟侄及妻媳二十一人照律缘坐，家产籍没入官，王锡侯所著一切书籍通谕各省查缴销毁。乾隆命王锡侯从宽改为斩立决，他的子孙王霖等七人从宽改为斩监候，秋后处决，妻媳及年未及岁之子给功臣之家为奴。王锡侯的全部家产，把锅碗瓢盆、小猪母鸡统通计算在内，官府估价不过六十几两银子。一个无辜的、清寒的知识分子就这样家破人亡了。