诚如乾隆对自己所下的判断，当他阅历日渐丰富以后，也就慢慢地把书读活了，到晚年竟达到了出神人化的境界。他虽服膺孔孟的学说，但敢于批驳先圣，发挥自己独立的见解。《论语》是孔子的弟子和再传弟子所汇辑的一部夫子语录集，其中有这样的记述：“子曰：吾久矣不复梦见周公。”乾隆则以为孔子未必讲过此语，根据是“夫子末识周公形容，何从见诸梦寐？”此外，他又引《论语》中另一段话：“子不语怪、力、乱、神”，进一步指出孔子“岂肯为此无稽之说乎？”如果说这仅仅是诗注中的游戏笔墨，那么，对亚圣孟子的某些说法则不惜在大庭广众之下，严肃郑重地予以指斥了。乾隆五十二年（1787年）仲春经筵，讲官德保、刘墉进讲《孟子·万章》——孟子的弟子万章问道：“有人说，到禹的时候，道德就衰微了，不再传位于贤者，而传位于自己的儿子，这种说法对吗？”孟子回答道：“不，不是这样的。天要传位于贤者，就传与贤者；天要传位于君王之子，就传位于君王之子。”讲官讲毕，一同侍班的大学士、九卿、詹事等齐刷刷地跪在文华殿正中皇帝宝座之下，敬聆御论。只听乾隆侃侃而谈，出口便一语惊人：“‘天与贤则与贤，天与子则与子’，此二语也，以为答万章之前问，从而为之词，则可；若以为示后之继业，为万世法，则不可。”下面乾隆从容罗列根据，根据之一：
盖自启贤继业之后，但有与子，无与贤之事矣。其有托子贤而攘者，皆乱臣贼子之流，非唐虞之所谓禅也。
这就是说，三代之后，凡借“天与贤则与贤”而篡夺帝位者，皆为乱臣贼子；易言之，“天与贤则与贤”一句，从理论上讲，对有国者不利。再看乾隆的第二条根据：
且天何言哉？与贤、与子，将命者谁？以子论之，天视自我民视，天听自我民听，民之所与，即天之所与。然与子虽然万世不易之规，而其败德堕行，恃天之与己，而不知凛难谌靡常之义，存如保赤子之怀，则民必不与之，而天亦厌知而不与。此不大可畏乎？纣之言曰：“我生不有命在天。”岂非恃天之与己乎？
这段话重点驳斥“天与子则与子”，其核心是，为君王者切不可“恃天”而骄纵，其能否坐稳帝位，关键还在能否“爱民”。
乾隆对孟子这段话大不以为然，故而在“御论”结尾时说：“余又以谓斯言也，仲尼必不为之；仲尼而为斯言，亦非仲尼而已矣……呜呼！此孔子所以为至圣，而孟子只可称亚圣乎？”平心而论，这篇针对孟子的“御论”析理精微，确很精彩。经筵御论尚且如此不留余地，在其他场合对孟子就更不客气了。《孟子》开宗明义第一章便是《孟子见梁惠王》，梁惠王说：“您老先生不远千里而来，想来会有利于我国吧？”孟子回答说：“王！何必日利？”乾隆又大不以为然，他在诗注中说，利有“公利”、“私利”之别，“公利”为什么不能讲呢？“利在乾元五德之中，古圣所言，岂可去其一而不用”？乾隆反对一般地抹煞、菲薄功利主义，他的见解显然比孟子高明。
乾隆一生能够成就诸多超迈古今的伟业，与他饱学而又不尽信书，特别是并不处处墨守儒家教条，而注意从已经变化了的实际情况出发决定方针政策有关。道学家故习，斥边功，厌武备。用兵准噶尔，盈廷群臣惟傅恒一人态度鲜明地支持乾隆出兵的决策。故而乾隆不喜“穷兵黩武”一词，而针锋相对地以“奋武”代之。乾隆的“十全武功”并非都是正义之战，但他不赞成一般地反对战争，也是道学家不可企及的。下面再看乾隆惩贪。乾隆惩治贪污、贿赂之严，古今史家俱有公论。乾隆朝六十年共杀掉督抚等一、二品贪官墨吏不下三十员。甘肃通省官员贪污大案，被判处死刑的官员有一百余人，绑赴刑场“名正典刑”的有上自总督、巡抚、布政使，下至州县牧令的贪官五十六名，这在有清一代是空前绝后的，在中国古代亦是罕见的。然而，乾隆以铁腕手段惩治贪官，与他治学上摆脱了“好名泥古”也有直接关系。中国古代法律自汉代以来，深受儒家思想的影响。对官吏侵盗国家财产的犯罪行为莫名其妙地予以宽容，即源于儒家“与其有聚敛之臣，宁有盗臣”这样一句似是而非的怪论。《礼记·大学》有云：“‘与其有聚敛之臣，宁有盗臣’，此谓国不以利为利，以义为利也。”朱熹对此句的解释是：“君子宁亡己之财，而不忍伤民之力。故宁有盗臣，而不容聚敛之臣。”这就是说，对国君而言，与其让“聚敛之臣”刻剥百姓私有财产，宁可包容“盗臣”侵贪国家财产。《清律》规定“侵盗钱粮（贪污）千两以上，拟斩”，且有“完赃免死”条例，因此，乾隆之前，罕有贪官伏法者。究其根源，即是儒家教条成了保护贪污的神圣盾牌。乾隆从开始严惩贪污以来，就清醒地意识到，从根本上讲，这不是法律问题，而是法理问题，因此他一再降旨，表示对“与其有聚敛之臣，宁有盗臣”这条古训的不同见解。乾隆十四年（1749年）九月的谕旨称：
夫谓“与其有聚敛之臣，宁有盗臣”者，乃重为聚敛者戒，而非为盗臣者宽。盗臣与聚敛，厥罪惟均。不独聚敛之臣不可有，即盗臣亦岂当有哉？……论者又谓“律载贪罪（指索贿赂罪）重于侵（指贪污），必有深意”。是大不然。夫侵盗帑项，与勒索所部财物，虽并列刑章，而库帑之关系重大，人无不知，乃身为职官，敢侵帑而漫无顾忌，则虐取所属，恣饱贪壑，自必无所不为。
不久，乾隆又进一步申谕：
向来锢习，以为“宁盗毋贪”。此在为上者爱民之深，权其轻重，谓与其厉民，毋宁损上。以是重言入臣之不可贪耳，而岂忍以盗待臣子哉？为臣子者，又岂以盗臣自处哉？人徒知渔利于民者，贪也；蠹蚀于官者，侵也。援例傅罪，轻重判然。不知贪者固有害于下，而侵者实无所畏于上。以无畏之心，而济之以无穷之欲，则派累以肥橐者有之，因事而勒索者有之，甚至枉法而受贿者有之。朝廷之府库且所不顾，更何民瘼之可矜，何民膏之足惜？
乾隆指斥儒家某些教条为“锢习”，他对“宁有盗臣”怪论的批驳切中要害，其逻辑上的结果必然是从立法人手，改变对贪污的包容，遂有乾隆二十三年（1758年）九月将“侵亏入己，完赃减等”旧例永行停止的对刑典的重大修改，因而才可能出现以王直望为首的甘肃贪污集团成员骈首就戮的空前整肃行动。乾隆朝惩贪愈力，贪风愈烈，个中原因极为复杂，但乾隆严惩贪污的立法绝没有错。设身处地考虑，他能力排众议，不囿锢习，是很不容易的。若没有实厚的学问根基，若没有务实求实、不迷信先圣教条的治学态度，是很难做到的。
说乾隆皇帝是一位个性极为鲜明的中国学者，还因为他注重实践，强调知行合一。如上所述，乾隆之所以敢对某些儒家教条怀疑、驳正，正因为他在实践中感到神圣的古训亦有难于行通之处。正如他在《古风》一诗中所述：
曩余佩古训，治理颇能言。
行之扦格多，乃悟实践难。
乾隆治学态度的可贵之处，正在于他像海绵吸水一样，接受了中国传统文化，但他并不满足，也不迷信，当被人们信奉了千百年的教条一旦与实践“扦格”时，他尊重实践胜于古训。为政如此，读书亦如此。
乾隆南巡，论者多有不同看法，但实地考察河工、海溏，人们大致没有异议。即以浙江海塘而论，首、二次南巡，海潮无警，因而御驾未至海滨。迨至乾隆二十五年（1760年）顷海潮改趋北大门，海宁一带潮灾严重，地方大吏有柴塘、石塘之争议，乾隆遂于第三次南巡时首次驾临海宁，实地勘察。此后四、五、六次南巡俱亲临海塘阅视，指授方略。经过二十余年，乾隆治理海搪的学问日渐深厚，从最初主柴塘治标，最后改为兴建鱼鳞大石塘，从而完成一代伟绩。
乾隆对读书时碰到的疑难问题，也往往从实践中验证，以决疑传正。自古以来人们即以为黄河孕育了华夏文明，故而对黄河之源，一代一代竟相追溯，务得其实。汉通西域，张骞仅得河源梗概；元世祖时曾遣笃什穷探，仅至星宿海而止；康熙也曾命侍卫拉锡等往穷河源，亦指星宿海为河源。乾隆四十七年（1782年）春，因黄河青龙冈决口久未合龙，乾隆特命大学士阿桂之子、乾清门侍卫阿弥达前往青海，务穷河源，告祭河神。阿弥达遂西溯河源，绘图具奏云：
星宿海西南有一河，名阿勒坦郭勒，蒙古语“阿勒坦”即“黄金”；“郭勒”即河也。此河实系黄河上源，其水色黄，回旋三百余里，穿入星宿海，自此合流至贵德堡，水色全黄，始名“黄河”。又阿勒坦郭勒之西，有巨石高数丈，名“阿勒坦噶达素齐老”，蒙古语“噶达素”，北极星也，“齐老”，石也。其岸壁黄赤色，壁上为天池，池中流泉喷涌，酾为百道，皆作金色，入阿勒坦郭勒，则真黄河之上源也。
据此，乾隆说：“其所奏河源颇为清晰。”意即阿勒坦噶达素齐老壁上天池系黄河之真源。乾隆对河源的认识，并未到此而止。他进一步指出《宋史·河渠志》记载河源的错误，并考证出其误在不通蒙古语，而将新疆的昆仑山，生拉硬扯到青海境内，指为河源。为此，乾隆作《读宋史河渠志》一文，以订正其论。尔后，又参酌《元史·地理志》、《汉书·武帝纪》等史籍，肯定其所记大致不误，但究未穷尽河源。最后御制《河源简明语》，扼要地叙述了自己的看法：
盖河源究以张骞所探蒲昌海盐泽，及汉武帝所定昆仑为是，
虽山海经、水经注皆略具其说，山海经刘歆称伯益所著，本无所据，水经注，则桑钦、郦道元皆张骞后人，实祖其说而广之，以至于烦文。且昆仑在回部，原出玉也，独未揭伏流至青海，于阿勒坦噶达素之天池而出耳。至唐宋以至元，乃有鄂敦淖尔为河源之语。鄂敦为蒙古语，汉语即星宿海也。彼时虽未考至天池，而中国之河源，实由此颇见梗概矣。溯伏流以至蒲昌海盐泽，非河源为何？星宿海亦盐泽之伏流，至青海而出为清水，黄河挟之以流，始为微淡，后为纯黄，是二水本一源，至中国出地为二色，而终收于一。
河源既明，侍郎纪昀等又奉旨博采史传，旁稽众说，综其向背，定其是非，辑为《河源纪略》一书。纪昀等称颂皇上“自临御以来，无逸永年，恒久不已，乾行弥健，睿照无遗。所综核者，无一事不得其真；所任使者，亦无一人敢饰以伪。与笃什之探源未竟，遽颟顸报命者，更复迥异。是以能沿溯真源，祛除谬说”。这自有吹捧的味道，但赞誉皇帝“沿溯真源，祛除谬说”，则符合事实。
乾隆皇帝学问精深，尤为可贵的是，他重视实践，强调知行合一，因此，他的学问较少陈腐气，而是有益于治道的真学问。乾隆之睥睨汉人通儒，不能不说他有相当的资本。他用纪昀等大学问家编纂《四库全书》，但从心底里仍很藐视他们。乾隆五十四年（1789年）四月刑部审理旗员海升殴死其妻吴雅氏一案，左都御史纪昀等奉旨会同刑部开棺覆验。因海升系大学士阿桂姻亲，纪昀有意包庇，几使正凶逸于法网之外。经乾隆看出疑窦，真相大白，纪昀从宽交部严加议处，但旨意十分严切：“其派出之纪昀，本系无用腐儒，原不足具数，况伊于刑名事件，素非练悉，且目系短视（近视眼），于检验时未能详悉阅看，即与刑部堂官随同附和。”把纪昀说成是“无用腐儒”，其他汉人学者更不在话下了。但乾隆的本意并不是不承认纪昀学问之博雅宏赡，而是说他仍不脱书呆子气，未能练达吏事。